Ученые рассказали о россиянке, в которой коронавирус приобрел 18 новых мутаций

Ученые из Сколковского института науки и технологий, Института проблем передачи информации имени Харкевича при Российской академии наук, Первого государственного медицинского университета имени Павлова и НИИ гриппа имени Смородинцева опубликовали препринт работы на портале Virological.org, в которой рассказали о 47-летней пациентке с Covid-19. Дело в том, что в ее случае коронавирус приобрел 18 мутаций, а болела она более четырех месяцев.

В конце марта прошлого года женщину с В-клеточной неходжкинской лимфомой четвертой стадии госпитализировали для прохождения плановой химиотерапии ритуксимабом (противоопухолевое средство из группы моноклональных антител). Она лежала в одной палате с пожилой пациенткой, у которой вскоре выявили Covid-19.

17 апреля 47-летнюю женщину выписали из больницы, однако менее чем через две недели у нее диагностировали коронавирусное заболевание. «К тому времени у нее появились симптомы Covid-19 (повышенная температура тела). Этот исходный образец был отброшен сразу после тестирования и не был доступен для секвенирования. Повторные мазки из носоглотки от 14 мая, 19 мая, 9 июня и 14 июля дали отрицательный результат на SARS-CoV-2. Тем не менее у пациентки с 25 мая по 21 августа наблюдались симптомы тяжелой формы Covid-19. Результаты ее тестирования вновь оказались положительными 3, 5, 8, 11, 13, 17, 20, 21, 26, 27 августа, а также 3 и 9 сентября. Наконец, результат был отрицательным 12 сентября, а затем повторно 10 ноября и 16 декабря», — пишут авторы исследования.

Ученые секвенировали геном образца вируса, полученного 20 августа из носоглотки. Для сравнения они также секвенировали образец мазка женщины (пациентка А), от которой 47-летняя пациентка (S), предположительно, и заразилась. В результате выяснилось, что от эталонного, уханьского штамма SARS-CoV-2 образец россиянки отличают 25 генетических изменений. «Из них семь вариаций однонуклеотидных полиморфизмов, включая три на соседних позициях 21881-21883, помещают образец пациента в линию B.1.1. Геном несет оставшиеся 18 генетических изменений. Образец первой пожилой пациентки А помещается в основание линии B.1.1, подтверждая, что 18 мутаций специфичны для пациентки S», — объяснили специалисты.

Таким образом, уточняют авторы отчета, секвенированный геном коронавируса от пациентки с лимфомой характеризуется независимым приобретением 18 новых мутаций, накопленных с 10 апреля по 20 августа: это соответствует скорости 1,67E-3 изменений на нуклеотид в год, то есть значительно превышает среднюю скорость эволюции SARS-CoV-2. В том числе присутствуют мутации S-белка Y453F и Δ69-70HV («комбинация ΔF»), которые выявляли и у зараженных коронавирусом норок.

«Обе мутации встречаются у пациента с промежуточной частотой: это представляет собой случай полиморфизма внутри хозяина. Поскольку филогенетический анализ показал, что родословная пациента не связана с кластером норок, мутации сформировались заново. Независимое приобретение идентичной пары изменений у норки и пациента с лимфомой, а также между несколькими пациентами с подавленным иммунитетом, предполагает согласованные изменения в отборе. <…> Пациентка S предоставила единственный на сегодня образец с комбинацией мутаций Y453F и S: Δ69-70HV за пределами кластера 5, то есть приобретенный независимо от норок», — добавили они.

Помимо этого, у пациентки выявили еще две мутации, которые ранее также обнаруживали у других больных Covid-19 с ослабленным иммунитетом, в том числе N501Y. Это изменение присутствует в распространяющихся сегодня так называемом британском штамме коронавируса и южноафриканском варианте.

«Поскольку все эти мутации приобретаются конкордантно (то есть сходны по генотипу. — Прим. ред.), следовательно, им способствует давление отбора, которое является общим для пациентов с ослабленным иммунитетом и, возможно, для норок, но отличается от такового в популяции. Тем не менее варианты, выявленные у пациентов с ослабленным иммунитетом (и у норок), могут позже распространиться на общую популяцию, влияя на характеристики циркулирующих штаммов», — подытожили авторы исследования.

Руководитель научной группы Григорий Базыкин, профессор Сколковского института науки и технологий, в комментарии для российских СМИ отметил, что описанный в отчете случай — единичный. «Для общей эпидемиологической ситуации он большой важности не представляет. Можно надеяться, что этот вирус, который возник в организме этой пациентки, дальше никуда не пошел. Скорее, это попытки понять, каким образом этот вирус эволюционирует и какой на него действует естественный отбор», — подчеркнул он.