Ученые рассказали о россиянке, в которой коронавирус приобрел 18 новых мутаций — Naked Science
11 минут
Мария Азарова

Ученые рассказали о россиянке, в которой коронавирус приобрел 18 новых мутаций

6.3

Некоторые выявленные у российской пациентки мутации SARS-CoV-2, накопленные достаточно быстро, совпадают с обнаруженными в британском и южноафриканском штаммах, а также в варианте этого вируса от норок из Дании. Однако в целом описанный случай — единичный. Хотя он, бесспорно, важен для понимания эволюции коронавируса, поводов для беспокойства нет, подчеркивают специалисты.

Цифровое изображение коронавируса
Цифровое изображение структуры коронавируса SARS-CoV-2 / © Andriy Onufriyenk, Getty Images

Ученые из Сколковского института науки и технологий, Института проблем передачи информации имени Харкевича при Российской академии наук, Первого государственного медицинского университета имени Павлова и НИИ гриппа имени Смородинцева опубликовали препринт работы на портале Virological.org, в которой рассказали о 47-летней пациентке с Covid-19. Дело в том, что в ее случае коронавирус приобрел 18 мутаций, а болела она более четырех месяцев.

В конце марта прошлого года женщину с В-клеточной неходжкинской лимфомой четвертой стадии госпитализировали для прохождения плановой химиотерапии ритуксимабом (противоопухолевое средство из группы моноклональных антител). Она лежала в одной палате с пожилой пациенткой, у которой вскоре выявили Covid-19.

17 апреля 47-летнюю женщину выписали из больницы, однако менее чем через две недели у нее диагностировали коронавирусное заболевание. «К тому времени у нее появились симптомы Covid-19 (повышенная температура тела). Этот исходный образец был отброшен сразу после тестирования и не был доступен для секвенирования. Повторные мазки из носоглотки от 14 мая, 19 мая, 9 июня и 14 июля дали отрицательный результат на SARS-CoV-2. Тем не менее у пациентки с 25 мая по 21 августа наблюдались симптомы тяжелой формы Covid-19. Результаты ее тестирования вновь оказались положительными 3, 5, 8, 11, 13, 17, 20, 21, 26, 27 августа, а также 3 и 9 сентября. Наконец, результат был отрицательным 12 сентября, а затем повторно 10 ноября и 16 декабря», — пишут авторы исследования.

Положение образца коронавируса 47-летней пациентки в линии B.1.1. Филогенетическое древо B.1.1, реконструированное для 49 083 последовательностей, обрезали, чтобы оно содержало случайный набор из 1% всех образцов, включая образец от пациентки S (красная точка). Пациентка A — черная точка. Линия пациента S (красный цвет) насчитывает 18 мутаций, в том числе Δ69-70HV и Y435F S-белка, отмеченные двумя внутренними кругами желтым и синим цветом соответственно. Линия B.1.1.7 и кластер 5 заштрихованы / © Базыкин Г.А. и другие

Ученые секвенировали геном образца вируса, полученного 20 августа из носоглотки. Для сравнения они также секвенировали образец мазка женщины (пациентка А), от которой 47-летняя пациентка (S), предположительно, и заразилась. В результате выяснилось, что от эталонного, уханьского штамма SARS-CoV-2 образец россиянки отличают 25 генетических изменений. «Из них семь вариаций однонуклеотидных полиморфизмов, включая три на соседних позициях 21881-21883, помещают образец пациента в линию B.1.1. Геном несет оставшиеся 18 генетических изменений. Образец первой пожилой пациентки А помещается в основание линии B.1.1, подтверждая, что 18 мутаций специфичны для пациентки S», — объяснили специалисты.

Таким образом, уточняют авторы отчета, секвенированный геном коронавируса от пациентки с лимфомой характеризуется независимым приобретением 18 новых мутаций, накопленных с 10 апреля по 20 августа: это соответствует скорости 1,67E-3 изменений на нуклеотид в год, то есть значительно превышает среднюю скорость эволюции SARS-CoV-2. В том числе присутствуют мутации S-белка Y453F и Δ69-70HV («комбинация ΔF»), которые выявляли и у зараженных коронавирусом норок.

«Обе мутации встречаются у пациента с промежуточной частотой: это представляет собой случай полиморфизма внутри хозяина. Поскольку филогенетический анализ показал, что родословная пациента не связана с кластером норок, мутации сформировались заново. Независимое приобретение идентичной пары изменений у норки и пациента с лимфомой, а также между несколькими пациентами с подавленным иммунитетом, предполагает согласованные изменения в отборе. <…> Пациентка S предоставила единственный на сегодня образец с комбинацией мутаций Y453F и S: Δ69-70HV за пределами кластера 5, то есть приобретенный независимо от норок», — добавили они.

Спайковые мутации в известных вариантах коронавируса и зарегистрированных случаях так называемого продолжительного Covid-19. Показаны места мутаций аминокислотной последовательности, кодируемой геном шипа. Ряды сверху вниз: 501Y: вариант V2; вариант VOC-202012/01 (британский штамм); вариант кластера 5;  пациент с ослабленным иммунитетом, получавший плазму выздоровевшего; пациент с ослабленным иммунитетом, получавший смесь моноклональных антител Regeneron; пациент с ослабленным иммунитетом, получавший плазму выздоравливающего; пациент с ослабленным иммунитетом, не получавший лечение плазмой или антителами выздоравливающего. Яркими цветами отмечены мутации, наблюдаемые как минимум в двух исследованиях / © Базыкин Г.А. и другие

Помимо этого, у пациентки выявили еще две мутации, которые ранее также обнаруживали у других больных Covid-19 с ослабленным иммунитетом, в том числе N501Y. Это изменение присутствует в распространяющихся сегодня так называемом британском штамме коронавируса и южноафриканском варианте.

«Поскольку все эти мутации приобретаются конкордантно (то есть сходны по генотипу. — Прим. ред.), следовательно, им способствует давление отбора, которое является общим для пациентов с ослабленным иммунитетом и, возможно, для норок, но отличается от такового в популяции. Тем не менее варианты, выявленные у пациентов с ослабленным иммунитетом (и у норок), могут позже распространиться на общую популяцию, влияя на характеристики циркулирующих штаммов», — подытожили авторы исследования.

Руководитель научной группы Григорий Базыкин, профессор Сколковского института науки и технологий, в комментарии для российских СМИ отметил, что описанный в отчете случай — единичный. «Для общей эпидемиологической ситуации он большой важности не представляет. Можно надеяться, что этот вирус, который возник в организме этой пациентки, дальше никуда не пошел. Скорее, это попытки понять, каким образом этот вирус эволюционирует и какой на него действует естественный отбор», — подчеркнул он.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Вчера, 20:05
4 минуты
Илья Ведмеденко

Компания Dynetics провела успешные тесты перспективной воздушной системы X-61A Gremlins, предполагающей запуск БПЛА с борта самолета-носителя. Во время испытания беспилотник находился в непосредственной близости от C-130.

4 часа назад
5 минут
Илья Ведмеденко

Российские инженеры приступили к опытно-конструкторским работам в рамках проекта истребителя-перехватчика, получившего обозначение МиГ-41. В будущем самолет должен заменить МиГ-31 и дополнить Су-57 пятого поколения.

Вчера, 19:05
4 минуты
Мария Азарова

Пациент — уроженец Исландии Феликс Гретарссон, лишившийся верхних конечностей более 23 лет назад из-за несчастного случая на работе — уже идет на поправку.

Вчера, 19:05
4 минуты
Мария Азарова

Пациент — уроженец Исландии Феликс Гретарссон, лишившийся верхних конечностей более 23 лет назад из-за несчастного случая на работе — уже идет на поправку.

22 января
51 минута
Александр Березин

Решение Совета по космосу РАН повременить с созданием сверхтяжелой ракеты для полетов на Луну звучит странно. Куда откладывать лунную ракету, когда в США средство полета туда отправится в космос уже в 2022 году? Если присмотреться к ситуации внимательно, все еще хуже. Starship — не просто ракета для полетов к Луне и Марсу, а технологическое решение, которое навсегда перевернет военно-политический баланс на Земле. Попробуем разобраться, откуда у «Роскосмоса» такое нежелание посылать людей в дальний космос и как прорывной проект Илона Маска может оказаться дорогой к настоящей Звезде Смерти.

22 января
4 минуты
Ольга Иванова

Особенно это касается витаминов D и A, а также холестерина и незаменимых аминокислот. Все эти показатели у детей, которых кормили в соответствии с веганским меню, оказались значительно ниже, чем у малышей, придерживавшихся обычной диеты.

4 января
2 минуты
Илья Ведмеденко

В России приступили к летным испытаниям нового Ту-214. По имеющимся данным, речь идет о третьем и заключительном экземпляре Ту-214ПУ, изготовленном по контракту от 2017 года.

6 января
42 минуты
Александр Березин

Попытки нашей страны создать замену сверхмассовому биплану советской эпохи терпят неудачи вот уже тридцать лет. Причина проста: кризис легкомоторной авиации в целом. Когда-то самая передовая часть авиастроения сегодня застряла на решениях большой древности — и без резкого изменения всей концепции "летающего такси" так и не увидит заметных результатов.

4 января
7 минут
Василий Парфенов

Наступление Мирового океана на сушу, как правило, связывают с глобальным потеплением. Однако испанские геологи описали еще одну проблему, которая только усугубляет ситуацию. Они подсчитали, что из-за проседания почв территория, на которой проживает 19% населения Земли, окажется ниже уровня моря уже к 2040 году.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Лучшие материалы
Предстоящие мероприятия
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: