Хотите получать важные новости науки?
Подписаться
  • Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
12.01.2021
Мария Азарова
14 526

Ученые рассказали о россиянке, в которой коронавирус приобрел 18 новых мутаций

6.3

Некоторые выявленные у российской пациентки мутации SARS-CoV-2, накопленные достаточно быстро, совпадают с обнаруженными в британском и южноафриканском штаммах, а также в варианте этого вируса от норок из Дании. Однако в целом описанный случай — единичный. Хотя он, бесспорно, важен для понимания эволюции коронавируса, поводов для беспокойства нет, подчеркивают специалисты.

Цифровое изображение коронавируса
Цифровое изображение структуры коронавируса SARS-CoV-2 / © Andriy Onufriyenk, Getty Images / Автор: Александр Литвинов

Ученые из Сколковского института науки и технологий, Института проблем передачи информации имени Харкевича при Российской академии наук, Первого государственного медицинского университета имени Павлова и НИИ гриппа имени Смородинцева опубликовали препринт работы на портале Virological.org, в которой рассказали о 47-летней пациентке с Covid-19. Дело в том, что в ее случае коронавирус приобрел 18 мутаций, а болела она более четырех месяцев.

В конце марта прошлого года женщину с В-клеточной неходжкинской лимфомой четвертой стадии госпитализировали для прохождения плановой химиотерапии ритуксимабом (противоопухолевое средство из группы моноклональных антител). Она лежала в одной палате с пожилой пациенткой, у которой вскоре выявили Covid-19.

17 апреля 47-летнюю женщину выписали из больницы, однако менее чем через две недели у нее диагностировали коронавирусное заболевание. «К тому времени у нее появились симптомы Covid-19 (повышенная температура тела). Этот исходный образец был отброшен сразу после тестирования и не был доступен для секвенирования. Повторные мазки из носоглотки от 14 мая, 19 мая, 9 июня и 14 июля дали отрицательный результат на SARS-CoV-2. Тем не менее у пациентки с 25 мая по 21 августа наблюдались симптомы тяжелой формы Covid-19. Результаты ее тестирования вновь оказались положительными 3, 5, 8, 11, 13, 17, 20, 21, 26, 27 августа, а также 3 и 9 сентября. Наконец, результат был отрицательным 12 сентября, а затем повторно 10 ноября и 16 декабря», — пишут авторы исследования.

Положение образца коронавируса 47-летней пациентки в линии B.1.1. Филогенетическое древо B.1.1, реконструированное для 49 083 последовательностей, обрезали, чтобы оно содержало случайный набор из 1% всех образцов, включая образец от пациентки S (красная точка). Пациентка A — черная точка. Линия пациента S (красный цвет) насчитывает 18 мутаций, в том числе Δ69-70HV и Y435F S-белка, отмеченные двумя внутренними кругами желтым и синим цветом соответственно. Линия B.1.1.7 и кластер 5 заштрихованы / © Базыкин Г.А. и другие

Ученые секвенировали геном образца вируса, полученного 20 августа из носоглотки. Для сравнения они также секвенировали образец мазка женщины (пациентка А), от которой 47-летняя пациентка (S), предположительно, и заразилась. В результате выяснилось, что от эталонного, уханьского штамма SARS-CoV-2 образец россиянки отличают 25 генетических изменений. «Из них семь вариаций однонуклеотидных полиморфизмов, включая три на соседних позициях 21881-21883, помещают образец пациента в линию B.1.1. Геном несет оставшиеся 18 генетических изменений. Образец первой пожилой пациентки А помещается в основание линии B.1.1, подтверждая, что 18 мутаций специфичны для пациентки S», — объяснили специалисты.

Таким образом, уточняют авторы отчета, секвенированный геном коронавируса от пациентки с лимфомой характеризуется независимым приобретением 18 новых мутаций, накопленных с 10 апреля по 20 августа: это соответствует скорости 1,67E-3 изменений на нуклеотид в год, то есть значительно превышает среднюю скорость эволюции SARS-CoV-2. В том числе присутствуют мутации S-белка Y453F и Δ69-70HV («комбинация ΔF»), которые выявляли и у зараженных коронавирусом норок.

«Обе мутации встречаются у пациента с промежуточной частотой: это представляет собой случай полиморфизма внутри хозяина. Поскольку филогенетический анализ показал, что родословная пациента не связана с кластером норок, мутации сформировались заново. Независимое приобретение идентичной пары изменений у норки и пациента с лимфомой, а также между несколькими пациентами с подавленным иммунитетом, предполагает согласованные изменения в отборе. <…> Пациентка S предоставила единственный на сегодня образец с комбинацией мутаций Y453F и S: Δ69-70HV за пределами кластера 5, то есть приобретенный независимо от норок», — добавили они.

Спайковые мутации в известных вариантах коронавируса и зарегистрированных случаях так называемого продолжительного Covid-19. Показаны места мутаций аминокислотной последовательности, кодируемой геном шипа. Ряды сверху вниз: 501Y: вариант V2; вариант VOC-202012/01 (британский штамм); вариант кластера 5;  пациент с ослабленным иммунитетом, получавший плазму выздоровевшего; пациент с ослабленным иммунитетом, получавший смесь моноклональных антител Regeneron; пациент с ослабленным иммунитетом, получавший плазму выздоравливающего; пациент с ослабленным иммунитетом, не получавший лечение плазмой или антителами выздоравливающего. Яркими цветами отмечены мутации, наблюдаемые как минимум в двух исследованиях / © Базыкин Г.А. и другие

Помимо этого, у пациентки выявили еще две мутации, которые ранее также обнаруживали у других больных Covid-19 с ослабленным иммунитетом, в том числе N501Y. Это изменение присутствует в распространяющихся сегодня так называемом британском штамме коронавируса и южноафриканском варианте.

«Поскольку все эти мутации приобретаются конкордантно (то есть сходны по генотипу. — Прим. ред.), следовательно, им способствует давление отбора, которое является общим для пациентов с ослабленным иммунитетом и, возможно, для норок, но отличается от такового в популяции. Тем не менее варианты, выявленные у пациентов с ослабленным иммунитетом (и у норок), могут позже распространиться на общую популяцию, влияя на характеристики циркулирующих штаммов», — подытожили авторы исследования.

Руководитель научной группы Григорий Базыкин, профессор Сколковского института науки и технологий, в комментарии для российских СМИ отметил, что описанный в отчете случай — единичный. «Для общей эпидемиологической ситуации он большой важности не представляет. Можно надеяться, что этот вирус, который возник в организме этой пациентки, дальше никуда не пошел. Скорее, это попытки понять, каким образом этот вирус эволюционирует и какой на него действует естественный отбор», — подчеркнул он.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Позавчера, 10:56
ПНИПУ

С наступлением летней жары так и тянет окунуться в прохладную воду реки или озера. И такое решение может быть небезопасным! Эксперты Пермского Политеха рассказали, от чего водоемы становятся мутными и грязными, почему нельзя купаться рядом с утками и мостами, что находят в запрещенных для отдыха местах, какие инфекции можно подхватить и как не заболеть после купания.

Позавчера, 12:53
Юлия Тарасова

Анализ свыше миллиона фрагментов из выступлений в датском парламенте показал, что с приходом в правительство политики начинают изъясняться менее простым и понятным людям языком. Причины тенденции автор исследования увидел в обязанностях, которые накладывает правительственная должность.

Позавчера, 20:07
Юлия Тарасова

Прошлые исследования показали, что татуировки могут быть способом самовыражения и отражать определенные черты личности их обладателей. Но насколько верно судят окружающие о владельцах нательных рисунков, исходя из их внешнего вида? Результаты нового исследования продемонстрировали, что подобные выводы часто бывают ошибочными.

25 июня
ФизТех

Группа российских ученых из Института прикладной математики имени М. В. Келдыша РАН и МФТИ провела детальное численное исследование источников шума, генерируемых крылом прототипа сверхзвукового бизнес-джета в режиме посадки. Эта работа, сочетающая передовые методы вычислительной гидродинамики и аэроакустики, впервые позволила с высокой точностью локализовать и охарактеризовать основные зоны шумообразования вблизи полноразмерной геометрии крыла модели прототипа сверхзвукового пассажирского самолета в посадочной конфигурации.

25 июня
Елена Авдеева

Состояние паралича, в которое впадают разные виды животных, хорошо известно и задокументировано. Обычно оно считается защитной реакцией в случае опасности, но никаких доказательств этому до сих пор нет. Особенно загадочным остается поведение обитателей океана, притворяющихся мертвыми. Ученые проверили существующие объяснения этого эффекта и сделали неожиданные выводы.

25 июня
Evgenia Vavilova

Квантовые спиновые жидкости (КСЖ) обещают ученым развитие в областях квантовых вычислений и передачи энергии без потерь. В них магнитные моменты частиц теоретически не должны упорядочиваться даже при охлаждении до абсолютного нуля температур.

17 июня
Адель Романова

Радиотелескопы уловили очень короткий сигнал, и по его характеристикам стало ясно, что он не может быть естественного происхождения. Астрономы пришли к выводу, что источник находился в околоземном пространстве — там, где уже более полувека летает «мертвый» аппарат NASA.

25 июня
ФизТех

Группа российских ученых из Института прикладной математики имени М. В. Келдыша РАН и МФТИ провела детальное численное исследование источников шума, генерируемых крылом прототипа сверхзвукового бизнес-джета в режиме посадки. Эта работа, сочетающая передовые методы вычислительной гидродинамики и аэроакустики, впервые позволила с высокой точностью локализовать и охарактеризовать основные зоны шумообразования вблизи полноразмерной геометрии крыла модели прототипа сверхзвукового пассажирского самолета в посадочной конфигурации.

5 июня
Александр Березин

Вид антилоп, с ледникового периода привыкший к массовым миграциям, пытается вернуться в свой исторический ареал, когда-то достигавший Днепра. Однако их нетипичные для травоядных привычки вызывают сильнейшее отторжение у сельских жителей, предлагающих массово уничтожать их с воздуха. С экологической точки зрения возвращение этих животных весьма желательно, но как примирить их с фермерами — неясно.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Закрыть
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно