Новое поколение нейронных сетей научили предсказывать свойства органических соединений
Ученые создали новый метод прогнозирования важного свойства органических молекул – фактора биоконцентрации. Новый подход позволяет предсказывать сложные свойства веществ, используя минимальный набор исходных данных.
Исследователи из России, Эстонии и Великобритании создали новый метод прогнозирования важного свойства органических молекул – фактора биоконцентрации. Новый подход, основанный на классических моделях физико-химических взаимодействий растворителя с растворяемым веществом и современных методах машинного обучения, позволяет предсказывать сложные свойства веществ, используя минимальный набор исходных данных. Результаты исследования опубликованы в журнале Journal of Physics: Condensed Matter.
Фактор биоконцентрации характеризует степень накопления вещества в живых организмах и является одним из важнейших свойств органических веществ, используемых при оценке безопасности того или иного химического соединения. Оценить этот параметр на практике можно путем добавления исследуемого вещества, например, в емкость с живой рыбой, а через некоторое время — измерения его концентрации в рыбе и в окружающей воде. Но как оценить фактор биоконцентрации чисто теоретически, без проведения дополнительных экспериментов?
Первый способ: сгенерировать множество параметров (дескрипторов), описывающих молекулы, и построить на основе этих данных математическую модель. Она может получиться точной, но плохо интерпретируемой за счет большого числа параметров. Что еще хуже, модель может работать неудовлетворительно для соединений, слишком отличающихся от представленных в обучающей выборке.
Второй подход основан на молекулярной теории жидкости, описывающей поведение веществ в растворах. Поскольку биоконцентрация – это сложный параметр, зависящий от множества факторов, то напрямую предсказать биоконцентрацию по физико-химической теории не получится.
Ученые из Сколтеха, Университета Тарту (Эстония) и Университета Стратклайда (Великобритания), под руководством профессора Сколтеха Максима Федорова разработали гибридный метод предсказания фактора биоконцентрации. Cначала они проводят физико-химические расчеты, на основе которых определяют трехмерные плотности водорода и кислорода вокруг изучаемой молекулы, а потом применяют к этим данным 3D сверточные нейронные сети. Такую технологию успешно используют для распознавания изображений. Этот подход демонстрирует, что для описания сложных свойств органических веществ достаточно небольшого объема исходной информации.
«Разработанный нами метод позволит существенно упростить прогнозирование экологической нагрузки от того или иного вещества. Но самое главное в нашей работе — это то, что мы разработали универсальный способ описания молекулы для передачи ее “образа” в трехмерную сверточную нейронную сеть. В перспективе наши разработки позволят прогнозировать свойства различных экзотических молекул и принципиально новых соединений, для которых существующие методы поиска соотношений «структура — свойство» неприменимы», – рассказывает аспирант Сколтеха Сергей Соснин, первый автор опубликованной статьи.
Telegram 
Дзен 
VK Древнеримские инженеры проложили колоссальную сеть дорог через Европу, Северную Африку и Ближний Восток, многие участки которой до сих пор поражают безупречной прямолинейностью. Секрет строительства заключался в использовании трех особых геодезических инструментов, с помощью которых разбивали местность на ровные отрезки и размечали трассы.
Самый маленький дневной хищник Африки впервые попал под наблюдение с помощью GPS-трекеров. Ученые выяснили, что для выкармливания птенцов ему нужен участок почти в 14 раз меньше, чем у степной пустельги — ближайшего «рекордсмена» среди изученных птиц.
В вакууме космоса два металлических предмета, прижатые друг к другу, могут спонтанно свариться без какого-либо нагрева. Из-за отсутствия кислорода на поверхностях деталей разрушается защитный слой, в результате чего свободные электроны начинают мгновенно перемещаться между ними и соединяют два элемента в один монолит.
Американские ветеринары установили, что длина шага передних лап у пожилых собак отражает возрастные изменения в работе мозга. Когда у собак развивается деменция, шаги их передних лап становятся короче, причем эта связь не зависит от хронической боли в суставах.
Древнеримские инженеры проложили колоссальную сеть дорог через Европу, Северную Африку и Ближний Восток, многие участки которой до сих пор поражают безупречной прямолинейностью. Секрет строительства заключался в использовании трех особых геодезических инструментов, с помощью которых разбивали местность на ровные отрезки и размечали трассы.
Терраформировать Марс — то есть превратить в мир, где можно жить без защитных куполов — мечта человечества с того момента, как стало понятно, что это холодная планета с призрачной бескислородной атмосферой. Сейчас главный хедлайнер ее освоения — Илон Маск, компания SpaceX которого планирует первые полеты туда уже в 2028 году. Многие энтузиасты вспоминают слова Маска 14-летней давности: Красную планету надо лишь «подремонтировать», чтобы ходить без скафандра. Но между полетом и прогулками по городу-саду на Марсе лежит огромная пропасть. Пару лет назад Naked Science рассматривал положительный сценарий терраформирования. Пришло время подсчитать, сколько же лет и ресурсов потребуется.
Хотя длительность помех не превышала десяти секунд, это первый известный случай такого рода. Обычно спутникам не хватает мощности для создания радиосигналов той силы, что нужна для подобных помех.
Вселенная может оказаться «замкнутой» глобальной структурой, где свет от далеких галактик способен возвращаться к наблюдателю с разных направлений. Именно такой сценарий не удалось исключить авторам нового масштабного обзора. Проверить его предсказания астрономы смогут уже в ближайшие годы.
Ученые впервые на молекулярном уровне доказали, что обычная вода одновременно состоит из двух разных жидких состояний — более плотного и менее плотного, которые непрерывно сменяют друг друга. Раз молекулярная «двойственность» действительно существует, это подтверждает спорную 30-летнюю гипотезу. Новое открытие поможет, наконец, объяснить десятки «странных» физических аномалий воды, включая ее расширение при замерзании и парадоксальное изменение вязкости под давлением.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Последние комментарии