Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Создан инструмент, облегчающий генетическую модификацию растений
Американские биоинформатики разработали новый инструмент с открытым исходным кодом, позволяющий значительно упростить и ускорить проведение генетической модификации растений с использованием технологии CRISPR/Cas. Авторы надеются, что новое программное обеспечение не только ускорит исследования, но и снизит число неудачных экспериментов.
Сегодня генетическая модификация растений, особенно сельскохозяйственных культур, — широко распространенная практика. Ее используют для изменения характеристик плодов, повышения урожайности и устойчивости растений к стрессовым воздействиям. Очень важную роль в процессе модификации играет технология CRISPR/Cas.
В современной генной инженерии CRISPR/Cas — «рабочая лошадка» большинства методов направленного редактирования генов. При помощи нее можно целенаправленно вырезать участки ДНК в клетках различных организмов, чтобы на их место встроить другие участки ДНК, несущие нужный ген. Целевой участок ДНК опознается направляющей (или гидовой) РНК (гРНК), после чего белок Cas его вырезает.
В теории все звучит просто, однако на практике есть риск неспецифического редактирования ДНК (не только в том месте, где предполагалось) и нарушения последовательности кодирующих генов. Все из-за того, что гРНК может быть комплементарна нескольким участкам ДНК. Ситуация усугубляется в случае многих сельскохозяйственных культур из-за сложности и полиплоидности их геномов.
Решением задачи адаптации технологии CRISPR/Cas для геномов растений решили заняться в Центре передовых инноваций в области биоэнергетики и биопродуктов (CABBI). Исследователи разработали CROPSR — первый в своем роде программный инструмент с открытым исходным кодом для полногеномного проектирования и оценки последовательностей гРНК для экспериментов CRISPR/Cas. Результаты работы опубликованы в журнале BMC Bioinformatics.
«CROPSR предоставляет научному сообществу новые методы и новый рабочий способ проведения экспериментов с нокаутом CRISPR/Cas9, — поясняет разработчик CROPSR, ведущий автор исследования и аспирант по молекулярной биологии Ханс Мюллер Пауль (Hans Müller Paul). — Мы надеемся, что новое программное обеспечение ускорит проведение исследований и снизит количество неудачных экспериментов».
Дело в том, что существующие программные инструменты, необходимые для разработки и оценки эффективности экспериментов CRISPR, до сих пор основывались на редактировании геномов бактерий и млекопитающих, которые очевидно отличаются от полиплоидных геномов сельскохозяйственных культур с кратным набором хромосом. В растениях один признак — например, связанный со стрессом, где полезны резервные системы — может регулироваться набором генов.
Ученый может разработать эксперимент с CRISPR/Cas-системой, чтобы отключить один или несколько генов и не знать о других, выполняющих ту же функцию. Он также может не знать о существовании похожей последовательности ДНК другого гена с иной функцией, который может быть случайно вырезан.
В любом случае проблему можно не выявить до тех пор, пока растение не вырастет и не созреет, без какого-либо изменения признака или с какой-нибудь новой характеристикой (очень редко полезной). Эта проблема особенно остро проявляется с культурами, для выращивания которых требуются особые погодные условия, когда пропуск сезона может означать задержку разработки на год.
Для решения этой задачи команда создала программное обеспечение (автономный пакет, написанный на Python), в котором пересмотрела подход к разработке и оценке последовательностей гРНК с учетом того, что необходимо вырезать все копии гена и не задеть ненужные участки ДНК. По словам авторов, модели оценки гРНК в CROPSR обеспечивают куда более точные прогнозы применения CRISPR/Cas даже в геномах, не относящихся к сельскохозяйственным культурам.
Разработчики также заложили в CROPSR возможность создания базы данных гРНК для всего генома сельскохозяйственной культуры. Этот процесс требует значительных вычислительных ресурсов и времени.
Но исследователям нужно сделать это всего один раз, чтобы создать базу данных, которую затем можно неоднократно использовать для многих экспериментов.
В результате все, что нужно сделать ученому, — найти нужный ген в собственной базе данных, выбрать гРНК из предлагаемого списка, а CROPSR сам укажет на другие места в геноме, на которые нужно нацелиться.
«Вы можете просто зайти в базу данных, получить всю необходимую информацию, готовую к работе, и начать исследование, — заключает Пауль. — Чем меньше времени вы тратите на планирование своих экспериментов, тем больше времени можете потратить на сами эксперименты».
Telegram 
Дзен 
VK Ученые из Института космических исследований РАН и МФТИ раскрыли химический механизм, объясняющий появление молекул воды на поверхностях астероидов.
Пластичность мозга — его способность перестраиваться под влиянием приходящей информации. Это свойство необходимо для обучения и адаптации. Пластичность особенно высока в детском и юношеском возрасте, она помогает быстро выучить иностранный язык и освоить сложные моторные навыки (например, фигурное катание). Ресурс пластичности есть и у пожилых людей — благодаря альтернативным нейронным сетям они восстанавливаются после травмы или инсульта. Как выясняется, высокая пластичность это не всегда хорошо. Нарушение тонкого баланса между пластичностью и стабильностью может вести к неприятным последствиям, таким как хроническая боль, тиннитус (звон в ушах) и фобии.
Исследователи Санкт-Петербургского государственного университета разработали эффективный способ обнаружения в крови важнейшего биомаркера иммунитета — неоптерина — с помощью нанотехнологий и лазера.
Астрономы недавно проанализировали базу данных о падающих на Землю объектах и пришли к выводу, что два из них прибыли из межзвездного пространства. Известна не только дата, но и место падения каждого из них.
На наземные растения, в основном деревья, приходится 80 процентов всей биомассы Земли, 450 миллиардов тонн сухого углерода и более двух триллионов тонн «живого веса». Поэтому идея сажать новые леса для связывания СО2 из атмосферы долго казалась логичной. Новые данные показали, что реальность заметно сложнее.
«Любить лишь можно только раз», — писал поэт Сергей Есенин, а герои культовых сериалов приходили к выводу, что «настоящая» влюбленность случается в жизни максимум дважды. Однако ни один из этих тезисов не подкреплен научными данными. Американские исследователи подошли к вопросу иначе: опросили более 10 тысяч человек и вывели среднее число сильных влюбленностей, возможных в течение жизни.
Астрономы недавно проанализировали базу данных о падающих на Землю объектах и пришли к выводу, что два из них прибыли из межзвездного пространства. Известна не только дата, но и место падения каждого из них.
Международная команда палеонтологов описала новый вид динозавра размером с крупную современную птицу. Он носил на голове плотный костяной нарост, который эти животные, возможно, использовали для внутривидовых разборок. Находка показывает, что даже мелкие хищники мелового периода могли решать конфликты не только когтями и зубами, но и ударами головой.
Образцы грунта, взятые астронавтами полвека назад, вложили еще один важный кирпич в здание научной картины мира: гипотеза о том, что Земля исходно была сухой, не стыкуется с фактами. Похоже, идею о невозможности сохранения большого количества воды на «теплых» планетах придется пересмотреть.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Последние комментарии