Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Создан инструмент, облегчающий генетическую модификацию растений
Американские биоинформатики разработали новый инструмент с открытым исходным кодом, позволяющий значительно упростить и ускорить проведение генетической модификации растений с использованием технологии CRISPR/Cas. Авторы надеются, что новое программное обеспечение не только ускорит исследования, но и снизит число неудачных экспериментов.
Сегодня генетическая модификация растений, особенно сельскохозяйственных культур, — широко распространенная практика. Ее используют для изменения характеристик плодов, повышения урожайности и устойчивости растений к стрессовым воздействиям. Очень важную роль в процессе модификации играет технология CRISPR/Cas.
В современной генной инженерии CRISPR/Cas — «рабочая лошадка» большинства методов направленного редактирования генов. При помощи нее можно целенаправленно вырезать участки ДНК в клетках различных организмов, чтобы на их место встроить другие участки ДНК, несущие нужный ген. Целевой участок ДНК опознается направляющей (или гидовой) РНК (гРНК), после чего белок Cas его вырезает.
В теории все звучит просто, однако на практике есть риск неспецифического редактирования ДНК (не только в том месте, где предполагалось) и нарушения последовательности кодирующих генов. Все из-за того, что гРНК может быть комплементарна нескольким участкам ДНК. Ситуация усугубляется в случае многих сельскохозяйственных культур из-за сложности и полиплоидности их геномов.
Решением задачи адаптации технологии CRISPR/Cas для геномов растений решили заняться в Центре передовых инноваций в области биоэнергетики и биопродуктов (CABBI). Исследователи разработали CROPSR — первый в своем роде программный инструмент с открытым исходным кодом для полногеномного проектирования и оценки последовательностей гРНК для экспериментов CRISPR/Cas. Результаты работы опубликованы в журнале BMC Bioinformatics.
«CROPSR предоставляет научному сообществу новые методы и новый рабочий способ проведения экспериментов с нокаутом CRISPR/Cas9, — поясняет разработчик CROPSR, ведущий автор исследования и аспирант по молекулярной биологии Ханс Мюллер Пауль (Hans Müller Paul). — Мы надеемся, что новое программное обеспечение ускорит проведение исследований и снизит количество неудачных экспериментов».
Дело в том, что существующие программные инструменты, необходимые для разработки и оценки эффективности экспериментов CRISPR, до сих пор основывались на редактировании геномов бактерий и млекопитающих, которые очевидно отличаются от полиплоидных геномов сельскохозяйственных культур с кратным набором хромосом. В растениях один признак — например, связанный со стрессом, где полезны резервные системы — может регулироваться набором генов.
Ученый может разработать эксперимент с CRISPR/Cas-системой, чтобы отключить один или несколько генов и не знать о других, выполняющих ту же функцию. Он также может не знать о существовании похожей последовательности ДНК другого гена с иной функцией, который может быть случайно вырезан.
В любом случае проблему можно не выявить до тех пор, пока растение не вырастет и не созреет, без какого-либо изменения признака или с какой-нибудь новой характеристикой (очень редко полезной). Эта проблема особенно остро проявляется с культурами, для выращивания которых требуются особые погодные условия, когда пропуск сезона может означать задержку разработки на год.
Для решения этой задачи команда создала программное обеспечение (автономный пакет, написанный на Python), в котором пересмотрела подход к разработке и оценке последовательностей гРНК с учетом того, что необходимо вырезать все копии гена и не задеть ненужные участки ДНК. По словам авторов, модели оценки гРНК в CROPSR обеспечивают куда более точные прогнозы применения CRISPR/Cas даже в геномах, не относящихся к сельскохозяйственным культурам.
Разработчики также заложили в CROPSR возможность создания базы данных гРНК для всего генома сельскохозяйственной культуры. Этот процесс требует значительных вычислительных ресурсов и времени.
Но исследователям нужно сделать это всего один раз, чтобы создать базу данных, которую затем можно неоднократно использовать для многих экспериментов.
В результате все, что нужно сделать ученому, — найти нужный ген в собственной базе данных, выбрать гРНК из предлагаемого списка, а CROPSR сам укажет на другие места в геноме, на которые нужно нацелиться.
«Вы можете просто зайти в базу данных, получить всю необходимую информацию, готовую к работе, и начать исследование, — заключает Пауль. — Чем меньше времени вы тратите на планирование своих экспериментов, тем больше времени можете потратить на сами эксперименты».
Telegram 
Дзен 
VK Долгое время ученые полагали, что сотни гигантских статуй на острове Пасхи создали представители местной общины под руководством одного вождя. Однако авторы нового исследования поставили эту гипотезу под сомнение. Детальная трехмерная карта главного каменного карьера острова указала на более сложную картину. Вероятно, монументы были плодом творчества и соперничества небольших независимых групп.
Что стало настоящим фундаментом власти — умение обрабатывать землю или контроль над некоторыми культурными растениями? Авторы нового исследования пришли к выводу, что появление первых крупных сообществ и государств зависело не от земледелия в целом, а от выращивания определенных злаков. Эти культуры было легко хранить и, еще важнее, невероятно просто облагать налогом, что и дало толчок появлению цивилизации.
Гамма-излучение, зафиксированное гамма-телескопом «Ферми», по мнению исследователя, может объясняться только распадом вимпов, частиц темной материи, в существовании которых множество других физиков уже разуверились. Если независимые проверки подтвердят открытие, это может существенно изменить космологическую картину мира.
Так называемые зумеры и альфа, несмотря на молодой возраст, уже формируют ключевые поведенческие и потребительские тренды. Ученые Пермского Политеха рассказали, почему обозначение поколений начали с конца алфавита, как альфа и зумеры отличаются в способности к терпеливости, совмещении цифрового и реального «Я», подходу к профессиональной деятельности и отношении к финансам, какое мышление пришло на смену клиповому и как использование искусственного интеллекта повлияет на авторитет родителей.
Коллектив российских ученых из МИРЭА — Российского технологического университета, Центра фотоники двумерных материалов МФТИ, Института металлургии и материаловедения им. А. А. Байкова РАН и ряда других ведущих научных центров провел глубокое исследование кристаллической структуры широко используемых пьезоэлектрических материалов на основе цирконата-титаната свинца. Используя метод рентгеноструктурного анализа, исследователи впервые смогли в деталях установить, как небольшие химические добавки кардинально меняют фазовый состав керамики и напрямую определяют ее электрофизические характеристики. Это открывает путь к целенаправленному дизайну «умных» материалов с заранее заданными свойствами для передовой электроники и сенсорики.
Ученые разработали штамм цианобактерии, способный поглощать в три раза больше фосфора из сточных вод
Фосфор – элемент, играющий ключевую роль в росте растений. В сельском хозяйстве он используется в составе многих минеральных удобрений. В то же время фосфор, содержащийся в сточных водах — серьезный загрязнитель, который при попадании в водоемы нарушает баланс экосистем и вызывает цветение водорослей. Ученые Национального исследовательского центра «Курчатовский институт» и Южного федерального университета предложили новый экологичный способ выделения фосфора из сточных вод с помощью фотосинтезирующих микроорганизмов.
Человеческие языки разнообразны, но это разнообразие ограничивается повторяющимися закономерностями. Пытаясь описать правила, которым подчиняются различия в грамматике, лингвисты сформулировали ряд так называемых грамматических универсалий — утверждений, предположительно верных для всех или большинства языков мира. Международная команда ученых провела статистический анализ на материале 2430 языков и обнаружила, что соответствующими действительности можно считать около трети таких утверждений.
По расчетам, большинство «гостей» из других звездных систем летят к Земле примерно со стороны созвездия Геркулес. Скорее всего, они время от времени падают на нашу планету, просто мы еще не научились это замечать. Как удалось вычислить, чаще всего они должны падать зимой и где-то в окрестностях экватора.
Ученые открыли новый, ранее неизвестный способ передвижения бактерий по поверхностям, для которого не нужны жгутики. Эти микроорганизмы на краю колонии переваривают сахара, выделяют метаболиты и создают осмотическое давление. Оно вызывает микроскопическое «цунами», и на нем бактерии катятся вперед.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Последние комментарии