Искусственный интеллект решил проблему фолдинга белков
Нейросеть AlphaFold впервые в истории смогла точно предсказать пространственную форму сложных белков по их аминокислотной последовательности.
Искусственный интеллект решил задачу, которая уже около полувека остается одной из самых актуальных для биологии: предсказание третичной структуры белков по первичной. Теперь, зная аминокислотную последовательность крупной белковой молекулы, можно будет рассчитать ее трехмерную пространственную конфигурацию. О достижении сообщается в пресс-релизе, распространенном британским стартапом DeepMind.
Дело в том, что свойства и функции белков определяются их трехмерной структурой, и многие важные находки о том, как именно они работают, сделали на основе именно таких структур. Десятилетиями для этого применяют такие методы, как рентгеновская кристаллография, ядерный магнитный резонанс или криоэлектронная микроскопия — длительные, сложные и трудоемкие. Однако даже они не всегда справляются; в результате сегодня установлены 3D-структуры примерно 170 тысяч белков из около 200 миллионов, известных науке.
Между тем в природе третичная структура белков определяется первичной — последовательностью аминокислот, которые образуют цепочки этих молекул: они складываются естественным образом, сами по себе. Этот процесс называют «укладкой», фолдингом белка. Неудивительно, что долгие годы ученые стремились к тому, чтобы моделировать его математически. Задача оказалась настолько сложна, что даже применение суперкомпьютеров здесь не слишком помогло: число вариантов, которые требуется рассчитать для молекул, состоящих из сотен аминокислот, получается астрономическим.
Чтобы стимулировать работы в этом направлении, с 1994-го каждые два года проводят испытания CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction — «Критическая оценка предсказания структуры белков»). Создатели подобных проектов и алгоритмов со всего мира получают аминокислотные последовательности примерно сотни белков, структуры которых еще неизвестны, и пытаются вычислить их с помощью своих моделей. Параллельно в лабораториях работают ученые, действующие «классическими» методами структурной биологии. Затем полученные структуры сравнивают, вычисляя величину совпадения — GDT.
Значения GDT от 90 до 100 считают точным предсказанием структуры, и для коротких пептидов, состоящих из нескольких десятков аминокислот этого удалось добиться еще в 1990-х. Однако для белков, включающих сотни аминокислот, GDT долгие годы держались на «позорном» уровне — около 20. Лишь несколько лет назад, используя сложнейшие алгоритмы, эту цифру удалось довести до 40, чего по-прежнему недостаточно.
С 2018 года в конкурсе CASP участвует и проект AlphaFold, который разрабатывает британская компания DeepMind — та самая, в которой ранее создали ИИ, побеждающий профессионалов игры го. Уже тогда AlphaFold оказался лидером рейтинга, продемонстрировав GDT на уровне до 60 даже для сложнейших структур. К конкурсу 2020 года ИИ усовершенствовали и обучили на 170 тысячах известных белковых структур. На испытаниях он оказался способен предсказывать фолдинг со средним GDT более 92 и свыше 87 — для наиболее сложных молекул.
Специалисты уже называют это событие одним из важнейших прорывов последних лет. Возможно, вскоре нейросети позволят рассчитывать трехмерные структуры белков «на лету», по мере необходимости. Задача, которая прежде была настолько сложна, что авторы некоторых таких работ удостаивались Нобелевской премии, станет рутиной.
Telegram 
Дзен 
VK Анализ более 150 тысяч древних звезд Млечного Пути показал, что возраст космоса, судя по всему, близок к 13,8 миллиарда лет. Авторы нового исследования заключили, что сценарии, в которых Вселенную приходится делать заметно «моложе» ради решения хаббловского кризиса, плохо согласуются с наблюдениями. Это важно, поскольку возраст старейших светил — один из немногих независимых способов проверить космологические модели не по данным ранней Вселенной, а по объектам нашей собственной Галактики.
Новая находка доказывает, что эволюция изобрела как минимум два независимых способа бороться с вирусами. Это открытие кардинально меняет представления о развитии иммунитета и расширяет горизонты для поиска новых лекарств.
Мы много знаем о том, как цивилизации до нас строили дома и дороги, но с объектами материальной культуры дела обстоят сложнее. Ремесленные техники часто хранились в строгом секрете и могли быть случайно утрачены при неудачном стечении обстоятельств. Так случилось с ювелирной техникой цзинь чжэ сы.
Анализ более 150 тысяч древних звезд Млечного Пути показал, что возраст космоса, судя по всему, близок к 13,8 миллиарда лет. Авторы нового исследования заключили, что сценарии, в которых Вселенную приходится делать заметно «моложе» ради решения хаббловского кризиса, плохо согласуются с наблюдениями. Это важно, поскольку возраст старейших светил — один из немногих независимых способов проверить космологические модели не по данным ранней Вселенной, а по объектам нашей собственной Галактики.
Новая находка доказывает, что эволюция изобрела как минимум два независимых способа бороться с вирусами. Это открытие кардинально меняет представления о развитии иммунитета и расширяет горизонты для поиска новых лекарств.
В вакууме космоса два металлических предмета, прижатые друг к другу, могут спонтанно свариться без какого-либо нагрева. Из-за отсутствия кислорода на поверхностях деталей разрушается защитный слой, в результате чего свободные электроны начинают мгновенно перемещаться между ними и соединяют два элемента в один монолит.
Хотя длительность помех не превышала десяти секунд, это первый известный случай такого рода. Обычно спутникам не хватает мощности для создания радиосигналов той силы, что нужна для подобных помех.
Вселенная может оказаться «замкнутой» глобальной структурой, где свет от далеких галактик способен возвращаться к наблюдателю с разных направлений. Именно такой сценарий не удалось исключить авторам нового масштабного обзора. Проверить его предсказания астрономы смогут уже в ближайшие годы.
Ученые впервые на молекулярном уровне доказали, что обычная вода одновременно состоит из двух разных жидких состояний — более плотного и менее плотного, которые непрерывно сменяют друг друга. Раз молекулярная «двойственность» действительно существует, это подтверждает спорную 30-летнюю гипотезу. Новое открытие поможет, наконец, объяснить десятки «странных» физических аномалий воды, включая ее расширение при замерзании и парадоксальное изменение вязкости под давлением.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Последние комментарии