У летучих мышей обнаружили близкого «родственника» коронавируса SARS-CoV-2 c аналогичными вставками в геноме

Споры о происхождении коронавируса SARS-CoV-2 продолжаются несколько месяцев — причем не только среди обывателей, но и уже вышли на государственный уровень. Хотя, согласно самой распространенной версии, вероятный природный хозяин вируса — летучие мыши, — у ученых остается много вопросов, поэтому изучение свойств возбудителя заболевания Covid-19 не останавливается.

В исследовании, опубликованном 10 мая в журнале Current Biology, коллектив ученых из Китая, а также Эдвард Холмс из Университета Сиднея (ранее он стал соавтором еще одной работы — которая тоже настаивает на естественном происхождении SARS-CoV-2) описывают недавно идентифицированный коронавирус RmYN02. По словам специалистов, его обнаружили у летучих мышей — и это один из ближайших «родственников» SARS-CoV-2, который тоже содержит вставки аминокислот на стыке субъединиц S1 и S2 белка-«шипа» (spike, S-белок). Как подчеркивают авторы исследования, хотя RmYN02 нельзя назвать прямым эволюционным предшественником виновника пандемии Covid-19, суть в том, что, судя по всему, подобные вставки происходят естественным образом — в процессе эволюции.

«С момента открытия SARS-CoV-2 появилось несколько необоснованных предположений о том, что вирус имеет лабораторное происхождение, — говорит старший автор работы, Вэйфэн Ши, директор и профессор Института биологии патогенов при Шаньдунском университете. — В частности, говорилось, что вставка S1/S2 весьма необычна и, вероятно, свидетельствует о лабораторных манипуляциях с вирусом. Наше исследование четко показывает, что подобные события происходят естественным образом в дикой природе. Это убедительно свидетельствует о том, что SARS-CoV-2 — не утечка из лаборатории».

Исследователи выделили RmYN02 из анализа 227 образцов летучих мышей из провинции Юньнань, взятых с мая по октябрь 2019 года. Образцы, содержащие геном вируса, отправили на метагеномное секвенирование в январе 2020-го, когда как раз началась вспышка Covid-19 в Китае. «С 2005 года, когда обнаружилось, что летучие мыши были резервуаром коронавируса «атипичной пневмонии», возник большой интерес к ним — как к природным резервуарам для инфекционных заболеваний, — особенно потому, что они несут большое разнообразие РНК-вирусов, включая коронавирусы», — добавляет профессор Ши. 

Хотя более близким по геному к SARS-CoV-2 признан другой вирус — RaTG13, который ранее также нашли у летучих мышей в провинции Юньнань, RmYN02 показывает больше сходств с SARS-CoV-2 в некоторых частях генетического материала, в том числе в самой длинной кодирующей части, названной 1ab: там их РНК совпадает на 97,2 процента. Ключевое сходство между двумя вирусами в том, что RmYN02 тоже содержит аминокислотные вставки в точке, где встречаются две субъединицы S-белка.

Так, SARS-CoV-2 характеризуется уникальной вставкой из четырех аминокислот в точке соединения S1 и S2. Однако вставки, обнаруженные в RmYN02, отличаются от вставок в SARS-CoV-2 — следовательно, они произошли независимо друг от друга, в процессе эволюции, и имеют естественное происхождение. Что касается нуклеотидной последовательности (порядок следования нуклеотидных остатков в нуклеиновых кислотах), то она у них совпала на 93,3 процента.

Помимо этого, согласно выводам работы, RmYN02 не имеет достаточного (61,3 процента) сходства с SARS-CoV-2 в области, которая кодирует ключевой рецептор-связывающий домен (RBD) в белке шипа (он взаимодействует с рецепторами ACE2 на поверхности клеток хозяина). Следовательно, RmYN02 вряд ли ли способен заражать человека.

«Наша работа проливает больше света на эволюционное происхождение SARS-CoV-2, — уверены ученые. — Ни RaTG13, ни RmYN02 не служат прямыми предками SARS-CoV-2, потому что между этими вирусами все еще существует эволюционный разрыв. Но наше исследование настаивает, что отбор образцов из большего числа видов диких животных выявит вирусы, которые более тесным образом связаны с SARS- CoV-2: возможно, они даже будут его прямыми предшественниками, которые расскажут нам многое о том, как этот вирус перешел к людям».

Ранее китайские медики обнаружили РНК коронавируса в сперме больных Covid-19, а их коллеги из Франции провели исследование, по итогам которого обнаружили, что первый случай заражения коронавирусом в Париже, на самом деле, был еще в конце декабря прошлого года.