В интернет выложили полный геном коронавируса 2019-nCoV — Naked Science
6 минут
София Жаботинская
9

В интернет выложили полный геном коронавируса 2019-nCoV

5.2

Открытый доступ к визуализированным данным поможет исследователям со всего мира ускорить работу над лечением и вакцинацией против смертельного патогена.

Модель белковых оболочек вируса
Модель белковых оболочек вируса /© NCBI

Команда из Научно-исследовательского института геномики Калифорнийского университета опубликовала полный биомолекулярный код 2019-nCoV. Посмотреть на главный вирус последних лет можно по ссылке.

Данные выложены в рамках проекта, изначально инициированного в 2000 году в рамках глобального международного проекта «Геном человека» — крупнейшего межнационального научно-исследовательского плана. На сегодня в открытом доступе находятся геномы и сборки не только человека, но и многих других организмов, которые доступны для просмотра и работы в графическом интерфейсе Genome Browser, имеющем большой набор инструментов для просмотра, анализа и загрузки данных.

«Когда мы показываем коронавирус в UCSC Genome Browser, это позволяет исследователям посмотреть на структуру вируса и, что более важно, работать с ней, чтобы исследовать, как можно его атаковать», — поясняет инженер UCSC Genome Browser Хирам Клоусон.

Образцы вируса обрабатываются исследовательскими лабораториями по всему миру, а исходные данные о его генетическом коде были отправлены во всемирное хранилище геномной информации в Национальном центре биоинформатики Национального института здравоохранения (NCBI) в Бетесде, штат Мэриленд.

Для визуализации институт использовал последовательность, полученную из NCBI: 29 903 нуклеотида (пар оснований, составляющих молекулы ДНК и РНК). 2019-nCoV имеет относительно простую структуру из одноцепочечной РНК.

NCBI присылает эти данные в виде буквенной последовательности. Информация обрабатывается и помещается в базу данных, откуда Genome Browser получает доступ к материалу и отображает в более удобном формате: исследователи могут увеличивать и уменьшать масштаб генома, есть даже интерфейс для моделирования CRISPR-редактуры генома.

Структура этого вируса состоит по меньшей мере из трех типов вирусных белков: S-протеинов, или «белковых шипов», мембранного белка и белка оболочки. Ученые отмечают, что 2019-nCoV кодируется десятью генами, и наиболее перспективными для работы по обезвреживанию называют S-протеины, которые нужны вирусу, чтобы «ухватиться» за атакуемую им клетку человеческого организма и проникнуть в нее.

NCBI — своего рода всемирное хранилище данных. Когда ученые обнаруживают новые вирусы, их отправляют в NCBI, где им присваивают название и номер (именно так 2019-nCoV получил свои). Как только организация обрабатывает новые данные, они поступают в общий доступ. При необходимости любой исследователь может обратиться к точному образцу необходимого для его работы микроорганизма. Genome Browser отображает вирус, используя именно эти данные.

По состоянию на утро 10 февраля от коронавируса 2019-nCoV уже умерли 910 человек, заражено 40 573, из них около 6,5 тысячи в тяжелом состоянии. Сегодня был зафиксирован самый высокий показатель суточной смертности — 97 человек. Общее число выздоровевших на сегодня — 3497 человека. За полтора месяца коронавирус унес больше жизней, чем эпидемия атипичной пневмонии 2002-2003 годов (тогда погибли 774 человека), однако уровень смертности среди заболевших у него существенно ниже: приблизительно 2,2% против 9,56%.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Вчера, 20:06
9 минут
Мария Азарова

Согласно выводам нового исследования, именно бессимптомные носители коронавируса — невидимая часть айсберга пандемии Covid-19.

2 часа назад
2 минуты
Илья Ведмеденко

По мнению американского предпринимателя, первые люди смогут отправиться на Красную планету в течение шести лет. Запустить к Марсу космический корабль в беспилотном режиме Маск планирует не позднее 2022 года.

7 часов назад
5 минут
Мария Азарова

Этот окунеобразный маколор появился на свет в последние годы Великой депрессии, пережил Вторую мировую войну и, таким образом, получил титул долгожителя среди обнаруженных на сегодня рифовых рыб.

30 ноября
7 минут
Василий Парфенов

История с загадочным артефактом в американском штате Юта становится все запутаннее. Мало того, что, вопреки всем предосторожностям властей, «монолит» нашли любопытные граждане, так его еще украли. А недавно стало известно об аналогичной находке в Европе — на территории археологического памятника в Пятра-Нямце, Румыния.

26 ноября
32 минуты
Илья Ведмеденко

Недавние события в Нагорном Карабахе показали, что победить в современной войне, не имея ударных беспилотников, сложно. Россия пока отстает от стран Запада, Китая, Израиля и даже Турции, но делает все возможное, чтобы сократить этот разрыв.

30 ноября
4 минуты
Василий Парфенов

Пилотируемый глубоководный аппарат «Фэньдоучжэ» опустился на глубину 10 909 метров в Марианскую впадину. Во время этого погружения впервые осуществлялась прямая трансляция фото и видео на поверхность.

14 ноября
34 минуты
Василий Парфенов

На вопрос, кто проживает на дне океана, люди отвечают по-разному. Дети и некоторые взрослые скажут: Губка Боб Квадратные Штаны. Фанаты Лавкрафта благоговейно, но с огоньком в глазах пробормочут нечто вроде «Ктулху фхтагн». А подводники и океанологи задумчиво посмотрят на вопрошающего и, если повезет, расскажут много интересного. Про квакеров, «биоуток», «блуп» и еще Посейдон его знает какие аномальные явления подводного мира.

22 ноября
24 минуты
Александр Березин

Планеты вокруг нашего Солнца расположены совсем не так, как в других системах. И это имеет крайне необычные практические последствия: расчеты показывают, что вокруг нашей звезды должны вращаться две потенциально обитаемые планеты, а не одна, как сейчас. Одна из них куда-то бесследно исчезла – и это еще в лучшем случае. Рассказываем, почему так получилось и кто конкретно в этом виноват.

24 ноября
8 минут
Мария Азарова

Попадание патогена в эпителий слизистой дыхательных путей и захват вирусом бокаловидных клеток приводит к нарушению слизистого барьера. Из-за уменьшения количества муцина снижается не только обонятельная чувствительность, но и возникают неприятные ощущения в носу и рту, в том числе сухость.

[miniorange_social_login]

Комментарии

9 Комментариев
lp.dbydjdf
10.02.2020
-
0
+
910/(910+3497)=21% смертности. Как медицинские математики получают 3%? Из потока заразившихся людей умирает каждый четвёртый-пятый!
    ivankolupayev
    10.02.2020
    -
    3
    +
    Подставляют в формулу правильные цифры. Не знаю откуда вы взяли 3497. На сегодняшний день общее число зараженных 40652, умерших 910, выздоровевших 3575 то есть: 910/(910+40652+3575)/100)=2,01% Берите общее число заболевших, а не только выздоровевших и все у вас получится. Так ли это страшно уже сравнивали. Но специально для вас. Летальность знаменитой "испанки" была значительно больше 10-20% от нее умерло 50-100 млн, а заражено было 550.
    +
      ещё комментарии
      Вадим Познышев
      19.03.2020
      -
      0
      +
      Летальность знаменитой "испанки" посчитали после её завершения, а мы находимся в самом начале гиперболы созданной коронавирусом, которая зависит от "прозрачности" поступающих данных стран, которые чаще всего её скрывают. Не думаю, что кто-то всерьёз сравнивает китайский коронавирус с печально известной "испанкой", но он ещё только разворачивается, что неминуемо приведёт у изменению процента смертности от его осложнений в силу невозможности давать своевременную квалифицированную помощь, особенно в развивающихся странах.
        ivankolupayev
        19.03.2020
        -
        1
        +
        Забавно что пандемия сейчас "свирепствует" именно в развитых странах. Что означает скорее то что для распространения вируса куда важнее мобильность населения и строгость карантинных мер чем качество медицинских услуг.
          Вадим Познышев
          19.03.2020
          -
          0
          +
          Иран имеет ввиду? :) Но на самом деле, на то они и "развитые", что способны признать проблему и открыто противостоять ей, информируя ВОЗ о реальном положении дел. Очевидно, что в многомилионной России, имеющей границы с Китаем и воздушное соединение со всеми странами мира, не может быть всего 2 сотни заражённых, но спорить не буду, скоро всё будет ясно. Здоровья всем!
            ivankolupayev
            20.03.2020
            -
            1
            +
            Иран пренебрег простейшими карантинными мерами и попал вместе с "высокоразвитыми" Прочитайте статью ниже.
            Александр Березин
            19.03.2020
            -
            0
            +
              06.10.2020
              -
              0
              +
              Во первых этот вирус не имеет отношения к Китаю, кроме того, что его там обнаружили и весьма успешно его там контролируют. А во вторых, так получилось, что у людей китайского и других происхождений, берущих родителей в Азии, прижилась специфическая мутация вируса. И здесь, в свою очередь, интересный момент, проливающий свет и на историю вируса, и на то, почему в России вирус не начал свирепствовать, одновременно с Китаем, не смотря на большое количество зараженных из Китая прибывавших в Россию. Мутация корона вируса, которую "поймали" в Китае, специфична, во первых это не прародитель вируса, но уже подтвержденный виток наследуемого, то есть ребенка основного родителя. Что полностью освобождает Китай от ответственности, как некоего зачинателя вируса. Родитель, от которого появился этот вирус идентифицировали, и место его рождения тоже, это Соединенные Штаты Америки. Кроме того, со временем стало понятно, что китайская мутация этого вируса, оставив в стороне, как она появилась, не заразна для людей европейского происхождения, и в частности людей русского происхождения. Мы болеем европейским вариантом корона вируса.
              Вадим Познышев
              20.03.2020
              -
              0
              +
              Иван, я не собираюсь ни с кем спорить, у каждого свои источники информации и своя голова. Время покажет, согласны? :) Всем не хворать!
Подтвердить?
Лучшие материалы
Предстоящие мероприятия
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: