В интернет выложили полный геном коронавируса 2019-nCoV
10 февраля
6 минут
Полина Гершберг
2
6353

В интернет выложили полный геном коронавируса 2019-nCoV

5.2

Открытый доступ к визуализированным данным поможет исследователям со всего мира ускорить работу над лечением и вакцинацией против смертельного патогена.

Модель белковых оболочек вируса
Модель белковых оболочек вируса /© NCBI

Команда из Научно-исследовательского института геномики Калифорнийского университета опубликовала полный биомолекулярный код 2019-nCoV. Посмотреть на главный вирус последних лет можно по ссылке.

Данные выложены в рамках проекта, изначально инициированного в 2000 году в рамках глобального международного проекта «Геном человека» — крупнейшего межнационального научно-исследовательского плана. На сегодня в открытом доступе находятся геномы и сборки не только человека, но и многих других организмов, которые доступны для просмотра и работы в графическом интерфейсе Genome Browser, имеющем большой набор инструментов для просмотра, анализа и загрузки данных.

«Когда мы показываем коронавирус в UCSC Genome Browser, это позволяет исследователям посмотреть на структуру вируса и, что более важно, работать с ней, чтобы исследовать, как можно его атаковать», — поясняет инженер UCSC Genome Browser Хирам Клоусон.

Образцы вируса обрабатываются исследовательскими лабораториями по всему миру, а исходные данные о его генетическом коде были отправлены во всемирное хранилище геномной информации в Национальном центре биоинформатики Национального института здравоохранения (NCBI) в Бетесде, штат Мэриленд.

Для визуализации институт использовал последовательность, полученную из NCBI: 29 903 нуклеотида (пар оснований, составляющих молекулы ДНК и РНК). 2019-nCoV имеет относительно простую структуру из одноцепочечной РНК.

NCBI присылает эти данные в виде буквенной последовательности. Информация обрабатывается и помещается в базу данных, откуда Genome Browser получает доступ к материалу и отображает в более удобном формате: исследователи могут увеличивать и уменьшать масштаб генома, есть даже интерфейс для моделирования CRISPR-редактуры генома.

Структура этого вируса состоит по меньшей мере из трех типов вирусных белков: S-протеинов, или «белковых шипов», мембранного белка и белка оболочки. Ученые отмечают, что 2019-nCoV кодируется десятью генами, и наиболее перспективными для работы по обезвреживанию называют S-протеины, которые нужны вирусу, чтобы «ухватиться» за атакуемую им клетку человеческого организма и проникнуть в нее.

NCBI — своего рода всемирное хранилище данных. Когда ученые обнаруживают новые вирусы, их отправляют в NCBI, где им присваивают название и номер (именно так 2019-nCoV получил свои). Как только организация обрабатывает новые данные, они поступают в общий доступ. При необходимости любой исследователь может обратиться к точному образцу необходимого для его работы микроорганизма. Genome Browser отображает вирус, используя именно эти данные.

По состоянию на утро 10 февраля от коронавируса 2019-nCoV уже умерли 910 человек, заражено 40 573, из них около 6,5 тысячи в тяжелом состоянии. Сегодня был зафиксирован самый высокий показатель суточной смертности — 97 человек. Общее число выздоровевших на сегодня — 3497 человека. За полтора месяца коронавирус унес больше жизней, чем эпидемия атипичной пневмонии 2002-2003 годов (тогда погибли 774 человека), однако уровень смертности среди заболевших у него существенно ниже: приблизительно 2,2% против 9,56%.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Позавчера, 11:32
4 минуты
Полина Гершберг

Ученые из Великобритании смогли разобраться, что происходит в первые мгновения после контакта двух капель воды, и показали этот процесс на видео.

Позавчера, 14:18
8 минут
Мария Азарова

На фоне распространения Covid-19 за пределами Китая глава Всемирной организации здравоохранения заявил, что называть вспышку коронавируса, число зараженных которым приближается к 82 тысячам, пандемией все еще не рекомендуется, однако мир должен быть готовым к такому варианту развития событий.

Позавчера, 12:15
5 минут
Сергей Васильев

Вопреки установившейся гипотезе, извержение супервулкана Тоба около 74 тысяч лет назад вряд ли стало катастрофой для молодого человечества.

Позавчера, 11:32
4 минуты
Полина Гершберг

Ученые из Великобритании смогли разобраться, что происходит в первые мгновения после контакта двух капель воды, и показали этот процесс на видео.

25 февраля
52 минуты
Александр Березин

На днях парламент Эстонии принял резолюцию, где указал на «роль Советского Союза в качестве одного из основных зачинщиков Второй мировой войны». Ранее президент Украины Владимир Зеленский заявил, что СССР виновен в развязывании Второй мировой. До того ведущий польский политик Ярослав Качиньский поставил СССР и Германию на одну доску в вопросе ответственности за начало мировой войны. Бывший президент Украины Кравчук даже заявил, что 17 октября 1939 года Сталин и Гитлер встречались во Львове, что зафиксировано документально. Разберемся, так ли это.

24 февраля
4 минуты
Мария Азарова

Власти КНР сообщили, что повторные анализы 195 выздоровевших пациентов вновь показали наличие инфекции.

11 февраля
4 минуты
Сергей Васильев

Экспериментальные данные указали на виды физических нагрузок, которые стимулируют нейропластичность мозга.

12 февраля
36 минут
Александр Березин

Сегодняшние удары турецкой армии в Сирии производят несколько шокирующее впечатление, но только до тех пор, пока мы не обратимся к истории. Напомним: главу Турции не так давно пытались ликвидировать в заговоре, поддерживаемом ЦРУ. И только информация из России позволила ему в последний момент спастись. У Анкары нет ни одного настоящего союзника на Западе. Фактически у нее вообще один заметный союзник: Москва. В этой ситуации Эрдоган внезапно бьет по сирийцам — другому партнеру России. Что это? Новый «удар в спину», как по Су-24 в 2015 году? Или как по Севастополю в 1914 году? Лавры Османской империи не дают покоя и тянут турок к внешнеполитическому самоубийству? Попробуем с точки зрения истории разобраться, зачем Турция сегодня, как и сто лет назад, принимает столь странные решения — и почему, на самом деле, они логичны.

13 февраля
5 минут
Полина Гершберг

Олигосахарид под названием 2’-фукозиллактоза оказался критически важным для когнитивных способностей детей.

[miniorange_social_login]

Комментарии

2 Комментария

lp.dbydjdf
3 недели назад
-
0
+
910/(910+3497)=21% смертности. Как медицинские математики получают 3%? Из потока заразившихся людей умирает каждый четвёртый-пятый!
    ivankolupayev
    3 недели назад
    -
    2
    +
    Подставляют в формулу правильные цифры. Не знаю откуда вы взяли 3497. На сегодняшний день общее число зараженных 40652, умерших 910, выздоровевших 3575 то есть: 910/(910+40652+3575)/100)=2,01% Берите общее число заболевших, а не только выздоровевших и все у вас получится. Так ли это страшно уже сравнивали. Но специально для вас. Летальность знаменитой "испанки" была значительно больше 10-20% от нее умерло 50-100 млн, а заражено было 550.
Подтвердить?
Лучшие материалы
Предстоящие мероприятия
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: