Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
МикроРНК человека всесторонне проанализировали
Матричные РНК передают информацию из генов в белки, в то время как микроРНК играют ключевую роль в регуляции работы генов. Ученые из МФТИ и Медико-генетического научного центра описали сложность взаимодействия микроРНК с матричной и другими РНК человека.
Работа опубликована в журнале Frontiers in Genetics.
Что такое микроРНК и белки-аргонавты?
Рибонуклеиновая кислота (РНК) — один из основных типов молекул, который реализует генетическую информацию в клетке. Принято выделять транспортные, рибосомальные и матричные РНК. Матричная РНК (мРНК) — посредник между хранилищем генов, дезоксирибонуклеиновой кислотой (ДНК), и образующихся «из генов» молекул белков. Образуясь на матрице ДНК в ядре клетки, мРНК перемещается в цитоплазму и, в свою очередь, становится матрицей, на которой происходит синтез белков. Но белки получаются далеко не из всех синтезируемых клеткой молекул РНК, а приблизительно лишь из 2%. Например, кроме матричной РНК, клетка производит микроРНК длиной 18–25 нуклеотидов, на матрице которой белок не синтезируется. О таких РНК и пойдет речь.
В клетках микроРНК работают в комплексе с белками семейства аргонавтов (AGO). Такой небольшой микроРНК-AGO комплекс соединяется с мРНК в одной из ее частей. С какой мРНК и в какой ее части связаться, определяет микроРНК (для человека их известно примерно 2,5 тысячи). Белок AGO либо просто блокирует производство белка с мРНК, либо совсем уничтожает мРНК, «разрезая» ее. Таким образом, если комплекс микроРНК-AGO вступит во взаимодействие с определенными, парными для него мРНК, то белок с нее синтезироваться больше не сможет. В этом случае получается, что гены, которые кодировали эту мРНК, «замалчиваются», то есть микроРНК, «захватив» мРНК, повлияла на работу генов.
Поэтому, несмотря на то, что микроРНК напрямую взаимодействует с мРНК, под этим взаимодействием также подразумевают взаимодействие между микроРНК и геном, кодирующим эту мРНК. Подобное «замалчивание» — один из многих механизмов регуляции экспрессии генов. Под регуляцией экспрессии генов подразумеваются клеточные механизмы, позволяющие управлять производительностью того или иного гена: полностью или частично выключать или включать его работу. Неправильная регуляция экспрессии генов вследствие «поломки» в функционировании микроРНК может привести к патологиям, в том числе к развитию раковой опухоли.
Представление о взаимодействиях между мРНК и микроРНК сегодня далеко от полного. Для человека сейчас известно около 20 тысяч мРНК и 2,5 тысячи микроРНК. Однако четкого понимания, кто из них с кем соединяется — нет. В своей предыдущей работе исследователи показали, что компьютерные программы, предназначенные для предсказания взаимодействий микроРНК и мРНК, работают не лучшим образом.
В новой работе ученые решили совместить экспериментальные данные о количестве образующихся в клетке мРНК и микроРНК с данными о взаимодействии между ними для двух типов клеток человека. На примере этих данных они рассмотрели, как связано количество конкретной микроРНК в клетке с тем, как много парных ей мРНК производится в этой же клетке. Можно предположить, что чем больше микроРНК образуется, тем больше соединений она должна образовывать.
Оказалось, что это не так. Помимо этого, исследователи разбирались, сколько пар образуется и каким образом, то есть с одинаковыми или разными микроРНК. Говоря по-научному, генетики исследовали, как связаны уровень экспрессии и активность связывания для микроРНК и мРНК. Также они выяснили, как поведение таких пар зависит от типа клеток.
Ольга Плотникова, один из авторов работы, аспирантка МФТИ, рассказывает: «Наше исследование посвящено изучению взаимодействий микроРНК и генов. Известно, что микроРНК — это важные некодирующие малые РНК, которые регулируют экспрессию генов. Ранее мы опубликовали статью, где показали, что программы, которыми пользуются для предсказания взаимодействий микроРНК и генов, работают не очень хорошо. Поэтому нам хотелось получить полную картину взаимодействий микроРНК: кто, с кем и как. Для этого мы проанализировали две единственные на данный момент научные работы с экспериментальными данными по полному интерактому между микроРНК и генами в двух разных клеточных линиях человека.
Затем мы соотнесли эти данные с результатами других экспериментальных работ, где определялся уровень экспрессии микроРНК и мРНК в этих же клеточных линиях. Мы показали, что не все гены активно регулируются микроРНК, а потенциал регуляции микроРНК не зависит напрямую от уровня ее экспрессии. Мы также смогли сравнить, как отличаются микроРНК-взаимодействия в двух клеточных линиях».
Методы
Основная проблема экспериментального изучения микроРНК взаимодействий — лимитированность методов. Одна группа методов позволяет одним экспериментом проверить одно взаимодействие (так называемые Reporter assay), другая группа — выявить все места связывания с микроРНК, однако она не дает информации о том, какая именно микроРНК связывалась в этом месте (так называемые CLIP-методы). В методе CLIP фиксируется то, что соединилось с белком AGO, и «вытягивается» за этот белок для дальнейшего распознавания провзаимодействовашей мРНК. Таким образом, можно выявить все места связывания микроРНК-мРНК, но при этом не знать, какая из тысяч микроРНК провзаимодействовала.
Недавно были разработаны две близкие методики (методы CLASH и CLEAR-CLIP), которые являются усовершенствованными CLIP-технологиями. Эти методы очень сложны и на сегодняшний день применены только на двух раковых клеточных линиях человека: почек и печени. В данной работе также использовались данные о количестве образующихся мРНК и микроРНК в каждой из упомянутых клеточных линий (данные об экспрессии). Для выявления областей мРНК, где взаимодействие с микроРНК точно происходит, дополнительно ученые использовали экспериментальные данные 79 CLIP-экспериментов, которые не содержат информации о том, какая микроРНК взаимодействует, но позволяют подтвердить, что в данном месте есть взаимодействие с микроРНК.
Результаты исследования
In silico ученые доказали, что данные полного взаимодействия микроРНК и генов, полученные усовершенствованными CLIP-методами, в двух разных клеточных линиях человека похожи, и что их можно сравнивать. Было показано, что большая часть комплексов микроРНК — мРНК образуется малым количеством мРНК и микроРНК. Например, только 1–2% кодирующих генов образуют больше десяти различных взаимодействий. Также были выявлены интересные мРНК, которые проявляют «губчатый эффект» — такие мРНК связывались в разных частях мРНК с большим количеством микроРНК (>50). Кроме того, исследователям удалось выявить группу микроРНК, которые, с одной стороны, слабо экспрессируются, а с другой, имеют много взаимодействий. Такой результат не очевиден: кажется, что чем сильнее экспрессируется конкретная микроРНК, тем больше она будет соединяться с различными мРНК.
Другая часть научной работы была посвящена созданию коллекции надежных микроРНК-связывающих областей, то есть мест, где мРНК с микроРНК точно провзаимодействуют. Созданная на ее основе онлайн-программа (доступна по ссылке) анализирует, находится ли интересующая позиция в геноме определенного человека в месте связывания с микроРНК. Так программа позволяет выявить нарушение связывания с микроРНК и нарушение регуляции генов, а значит, и возможную причину наследственных заболеваний. В перспективе она может быть использована, например, при анализе генома больных.
Картирование полного взаимодействия микроРНК и генов человека может помочь в расшифровке молекулярных основ наследственных и приобретенных заболеваний. В сентябре этого года МФТИ, в составе консорциум на базе Курчатовского центра, прошел отбор на создание одного из трех Центров геномных исследований мирового уровня, предусмотренных национальным проектом «Наука».
Американские ученые проанализировали данные о поедании фекалий животными, чтобы выяснить, какие причины стоят за этим поведением и какие закономерности можно проследить. В результате они разделили всю выборку более чем из 150 видов на семь категорий по тому, что заставляет зверей питаться таким сомнительным продуктом.
Несмотря на отмену попытки «экономичной» ловли первой ступени, шестой испытательный полет Starship был успешным. Корабль — вторая ступень системы впервые продемонстрировала возможность маневра на орбите. Первая ступень после приводнения неожиданно для всех смогла пережить два взрыва, не утратив плавучесть. Среди наблюдавших за испытанием был Дональд Трамп.
Международная команда специалистов во главе с сотрудниками Центра математического моделирования в разработке лекарств Первого МГМУ имени И. М. Сеченова выявила наиболее перспективные направления для исследований в области лечения аутоиммунных заболеваний. Команда первой провела систематический обзор для поиска всех опубликованных в научных работах математических моделей аутоиммунных патологий и выявила недостаток моделей, которые могут значительно ускорить разработку новых лекарств.
Международная коллаборация физиков под руководством ученых из Йельского университета в США представила самые убедительные на сегодня подтверждения существования нового типа сверхпроводящих материалов. Доказательство существования нематической фазы вещества — научный прорыв, открывающий путь к созданию сверхпроводимости совершенно новым способом.
Принято считать, что естественный спутник Земли возник в результате ее столкновения с другой планетой, но к этой версии есть вопросы. Теперь ученые предложили рассмотреть сценарий возможного захвата Луны притяжением Земли из пролетавшей мимо двойной системы.
Ученые из Аргентины в серии экспериментов проследили за поведением домашних собак во время разногласий между членами семьи и выявили у четвероногих питомцев ряд характерных реакций на конфликт.
Под рыжим верхним слоем с виду обычного камня открылся целый калейдоскоп довольно неожиданных оттенков. Это особенно интересно с учетом того, где лежит камень — в марсианском кратере, который по всем признакам когда-то был озером.
Международная коллаборация физиков под руководством ученых из Йельского университета в США представила самые убедительные на сегодня подтверждения существования нового типа сверхпроводящих материалов. Доказательство существования нематической фазы вещества — научный прорыв, открывающий путь к созданию сверхпроводимости совершенно новым способом.
Органические молекулы с пи-связью образуют очень устойчивые геометрии, которые не любят нарушаться. В 1924 году немецкий химик Юлиус Бредт сформулировал соответствующий запрет, вошедший в учебники химии. Тем не менее это в некоторых случаях возможно. В новой работе американские исследователи представили несколько «антибредтовских» соединений из класса олефинов.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
ПонятноИз-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
ПонятноНаши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
ПонятноМы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
ПонятноМы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Комментарии