Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Ученые узнали, о чем сигнализируют CpG-светофоры в ДНК
Группа исследователей, в которую входят биоинформатики из МФТИ, обнаружила надежные маркеры активности генов. Это открытие в будущем может найти применение в клинической практике.
Результаты опубликованы в журнале BMC Genomics.
В рамках химии макромолекула ДНК — полимер, иначе говоря, полинуклеотид, состоящий из повторяющихся блоков, называемых нуклеотидами. Их всего четыре, и они отличаются друг от друга азотистыми основаниями: аденин (A), тимин (T), гуанин (G) и цитозин (С).
Участок последовательности ДНК, где нуклеотиды C и G расположены последовательно один за другим с фосфатом (р) между ними, называется CpG-динуклеотидом.
Гены — это участки ДНК, которые несут в себе основную информацию об РНК и белках, производимых клеткой. В разных типах клеток одного организма последовательность ДНК обычно одинакова, но наборы «работающих» генов, с которых синтезируются РНК в данный момент, существенно отличаются.
Это происходит благодаря регуляторным механизмам, грубо говоря, включателям и выключателям того или иного гена, которые запускают или приостанавливают производство той или иной РНК. Начиная с некоторого уровня сложности организмов в ходе эволюции уже не происходит значительного увеличения числа или разнообразия генов, но становятся сложнее регуляторные программы, обеспечивающие активность нужных генов в нужный момент.
На данный момент хорошо изучено два больших класса механизмов, регулирующих транскрипцию генов (синтез РНК): регуляция с помощью факторов транскрипции и эпигенетическая регуляция. Факторы транскрипции — это регуляторные белки, которые могут связываться с ДНК, распознавая определенные последовательности нуклеотидов в регуляторных районах генов.
Связываясь с ДНК, факторы транскрипции привлекают специальную клеточную машинерию, которая начинает считывать РНК именно с этого гена. Их на данный момент известно множество (у человека — более полутора тысяч), а их комбинации регулируют не только «факт» начала транскрипции, но и ее активность.
Эпигенетическая регуляция — набор механизмов, приводящих к изменению активности гена без изменений в первичной структуре ДНК. Метилирование ДНК — один из этих механизмов. Чаще всего метильная группа (CH3) присоединяется к цитозину в составе CpG-динуклеотида, выступая в роли сигнальной метки, которая в итоге влияет на то, какие гены будут активны, определяя клеточный тип.
Неудивительно, что метилирование ДНК связано со множеством биологических процессов, нормальных и патологических. Аномальное метилирование ДНК можно встретить при раке, нарушении обмена веществ, сердечно-сосудистых, нейродегенеративных и других заболеваниях.
Метильная группа может присоединяться к цитозину в разных местах ДНК, и действовать она в них будет по-разному. Например, метилирование участков вокруг старта транскрипции чаще всего приводит к подавлению активности гена. Метилирование цитозинов внутри гена, вдали от старта, наоборот, обычно отражает его активацию.
«В своих предыдущих работах мы показали, что метилирование некоторых конкретных CpG-динуклеотидов тесно взаимосвязано с активностью генов. Позиции таких динуклеотидов мы назвали CpG-светофорами. На новом этапе мы выяснили, что метилирование CpG-светофоров более точно показывает активность генов, чем метилирование промотора или тела гена в целом.
А также продемонстрировали, что энхансеры — удаленные от генов участки, регулирующие их активность — обогащены CpG-светофорами», — пояснила Юлия Медведева, ведущий автор исследования, заведующий группой регуляторной транскриптомики и эпигеномики ФИЦ биотехнологии РАН, доцент кафедры биоинформатики и системной биологии МФТИ.
«Мы увидели, что CpG-светофоры сохраняются в процессе эволюции, то есть эти позиции реже мутируют, что свидетельствует об их функциональной значимости», — уточнила Анна Лиознова, аспирантка ФИЦ биотехнологии РАН.
«Ранее мы думали, что основное, что делают CpG-светофоры, — переключают участки связывания факторов транскрипции из активного в пассивное состояние. Удивительно, но оказалось, что этот объяснимый и ранее описанный в литературе механизм глобально встречается крайне редко и может объяснить работу только малой доли светофоров.
Мы предполагаем, что работа светофоров тесно связана с „картой“ активности районов ДНК (то есть „состоянием хроматина“), но конкретные механизмы только предстоит найти и изучить», — добавил Иван Кулаковский, один из авторов исследования, сотрудник ИМБ РАН и Института математических проблем биологии РАН.
CpG-светофоры — это CpG-динуклеотиды, метилирование которых отражает активность расположенного неподалеку гена. Иначе говоря, такие динуклеотиды могут сигнализировать, будет ли синтезироваться РНК с данного гена и впоследствии производиться белок. Изучая CpG-светофоры, ученые надеются понять механизмы генной регуляции.
В практической деятельности, например в клинике, определение статуса метилирования цитозинов надежнее, чем прямое измерение активности генов, поэтому есть надежда, что получится использовать CpG-светофоры в клинической практике в качестве хорошего индикатора генной активности.
Работа была проделана коллективом ученых из ФИЦ биотехнологий РАН, Института общей генетики (ИОГен) имени Вавилова РАН, МФТИ, Института математических проблем биологии РАН, Института молекулярной биологии (ИМБ) имени Энгельгардта РАН, Института проблем передачи информации РАН, МГУ и НИЦ вычислительной биологии Университета науки и техники имени короля Абдаллы (Саудовская Аравия).
Исследование было поддержано Российским фондом фундаментальных исследований и Российским научным фондом.
Telegram 
Дзен 
VK Ученые из МФТИ и МГУ провели важное исследование фундаментальных законов природы, значительно расширив возможности одного из самых перспективных инструментов для исследования М-теории — гипотетической «теории всего». Они обобщили математический метод, известный как три-векторные деформации, на полные, без каких-либо упрощений, уравнения 11-мерной супергравитации в рамках исключительной теории поля. Результатом стали явные «рецепты» того, как можно систематически изменять (или «деформировать») геометрию и поля любого известного 11-мерного пространства-времени, чтобы получить новые, ранее неизвестные решения, подчиняющиеся тем же элегантным алгебраическим условиям, что и в более простых случаях.
После тяжелого эмоционального потрясения, например развода или потери близкого человека, у некоторых людей может возникать кардиомиопатия такоцубо, также известная как стрессовая кардиомиопатия, или «синдромом разбитого сердца». Хотя это состояние, напоминающее симптомами сердечный приступ, чаще встречается у женщин, новое исследование показало, что для мужчин оно вдвое смертоноснее.
Споры вокруг выделения антропоцена в самостоятельную геологическую эпоху не утихли после официального отказа Международного союза геологических наук, наоборот, разожглись сильнее. Шведские геологи, придерживаясь логики союза, решили оценить легитимность других периодов кайнозойской эры и выяснили, что доказательства в пользу голоцена слабее, чем у антропоцена. Если идти дальше, то и половину ступеней кайнозоя можно откинуть.
Мохаммад Х. Аттаран (Mohammad H. Attaran) — концепт-дизайнер и цифровой художник, работающий в Великобритании. В своих проектах он сочетает эстетику научной фантастики с элементами, вдохновлёнными природой, особенно анатомией насекомых. Его машины, мехи и транспортные средства выглядят одновременно инопланетно и инженерно достоверно. Ну или почти.
Исследуя генетическое происхождение мужского населения Нидерландов, ученые заметили географические особенности распределения гаплогрупп. Теперь, чтобы их объяснить, проанализировали Y-хромосомы сотен человек, начиная с раннего Средневековья, в сравнении с геномами современного населения страны. Авторы рассчитывали обнаружить непрерывность популяций, однако столкнулись с неожиданными сложностями.
Когда пальцы долго находятся в воде, кожа на них начинает морщиться. Из-за чего и по какому принципу это происходит, долгое время известно не было. Однако специалисты по биомедицине из США нашли ответы на оба вопроса.
Да, с волосами и люком все так. У космонавта Суниты Уильямс волосы на МКС плавали свободно, а у Кэти Пэрри и прочих в полете 14 апреля 2025 года — нет. Но это не значит, что суборбитального космического полета первого чисто женского экипажа не было или что он был инсценировкой. Причем, в общем-то, чтобы понять это, даже не нужно обладать специальными знаниями.
Многие знают, как популярны сувениры из окаменелостей — зубы древних акул или полированные панцири аммонитов. Но чем реже встречаются такие артефакты, тем они ценнее, то есть на них можно много заработать. И это проблема для палеонтологов. Американский специалист по тираннозаврам оценил ущерб, который нанесла коммерческая добыча костей T. rex и подсчитал среднюю цену таких образцов. Оказалось, больше половины найденных тирексов находится в частных руках, а значит, для науки они недоступны или ненадежны.
Мощнейшее отключение электроэнергии за последние 20 лет истории Европы случилось уже неделю назад, а испанские власти пока так и не объявили о его причинах. Это логично: как мы покажем ниже, ответ на вопрос, кто виноват, получится очень неполиткорректным. И, более того, противоречащим линии правящей в Испании партии. Но мы живем за тысячи километров от нее, поэтому можем себе позволить аполитичный анализ случившегося. Так что же произошло на самом деле и каковы наши шансы увидеть подобное у себя дома?
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно