Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
В Сколтехе выяснили, как получить ДНК высокого качества из морских образцов
Методов выделения микробной ДНК очень много, но они не приспособлены под работу с морскими образцами. Отсутствие понятной, отработанной методики для этой задачи замедляет изучение морских микроорганизмов — при этом именно с таких исследований может начаться поиск новых генов, отвечающих за синтез антибиотиков или ферментов генетических редакторов. Коллектив ученых из Сколтеха, МГУ имени М. В. Ломоносова и других ведущих научных организаций выявил наиболее эффективные наборы для выделения ДНК из разных типов морских образцов.
Океаны все еще остаются самой неисследованной частью планеты Земля. И если разнообразие крупных организмов Северного Ледовитого океана во многом можно считать уже установленным, работ, направленных на исследование разнообразия «арктических» микроорганизмов, практически нет. Одна из проблем, помимо труднодоступности, — это получение микробной ДНК высокого качества: при работе с природными образцами часто происходит деградация ДНК, ее выделяется очень мало, а секвенированию мешают ингибиторы.
Методов выделения микробной ДНК очень много, однако они не приспособлены под работу с морскими образцами. Отсутствие понятной, отработанной методики для этой задачи замедляет исследование морских микроорганизмов — при этом именно с таких исследований может начаться поиск новых генов, отвечающих за синтез антибиотиков или ферментов генетических редакторов.
Коллектив ученых из Сколтеха, МГУ имени М. В. Ломоносова и других ведущих научных организаций во главе с руководителем Лаборатории анализа метагеномов Артемом Исаевым выявил наиболее эффективные наборы для выделения ДНК из разных типов морских образцов и представил результаты в новой работе в журнале Scientific Reports.
Акватории северных морей России долгое время оставались неисследованными. «Это труднодоступная зона, но очень разнообразная, поэтому мы сфокусировались именно на Тихом и Северном Ледовитом океанах. Совместно с Центром морских исследований МГУ мы организовали экспедиции и собрали три типа образцов: морские воду и грунт, а также образцы беспозвоночных», — рассказала первый автор работы Алина Демкина, старший лаборант в Лаборатории анализа метагеномов Сколтеха.
По словам ученых, несмотря на то что метагеномные исследования активно развиваются, до сих пор не выработано единых критериев и стандартов по работе с морскими образцами. «У природных образцов есть свои особенности. Нашей целью было выделить из них ДНК, отсеквенировать ее и проверить, какие бактерии там живут. Мы столкнулись с тем, что отработанных методик для выделения ДНК хорошего качества из таких образцов нет.
Создавать какой-то протокол с нуля — задача очень долгая, дорогая и трудоемкая, поэтому мы сфокусировались на готовых коммерческих наборах и проверили, какой из них может давать результат наилучшего качества для разных типов морских образцов», — поделилась Дарья Слонова, соавтор работы, младший научный сотрудник в Лаборатории анализа метагеномов Сколтеха.
Исследователи провели испытания восьми наборов для выделения ДНК. Для каждой комбинации набора и образца измеряли количество очищенной ДНК, степень ее фрагментации, наличие загрязняющих веществ, ингибирующих ПЦР, примесь ДНК эукариот, альфа-разнообразие и воспроизводимость результирующего состава сообщества на основе секвенирования ампликонов 16S рРНК. Также ученые определили так называемые «китомы» (от англ. kit — набор) — состав микробных таксонов, которые могут присутствовать в самих реагентах, используемых для выделения ДНК. Это особенно важно, так как воды северных морей достаточно бедны микробами, и поэтому даже незначительная примесь контаминирующей ДНК может отразиться на анализе.
«В статье мы даем рекомендации ученым, какие методы лучше всего подходят, чтобы правильно выделить ДНК из морских образцов», — продолжила Алина Демкина. «Исследователи смогут увидеть в статье, какие наборы подходят под каждый конкретный тип образца, в зависимости от целей их работы», — поддержала Дарья Слонова.
Исследование поддержано грантом Министерства науки и высшего образования России «Атлас микробных сообществ Российской Федерации» и грантом Российского научного фонда. Атлас микробных сообществ Российской Федерации — большой проект Лаборатории анализа метагеномов Сколтеха и МГУ имени М. В. Ломоносова. Его цель — исследование многообразия микроорганизмов на территории России.
Уникальность проекта в том, что в нем задействованы не только ученые, а широкий круг людей — школьники, студенты, волонтеры. Исследователи организуют экспедиции и собирают пробы грунта и воды в труднодоступных местах, выделяют метагеномную ДНК (ДНК всех микроорганизмов в пробах) и ищут новые антибиотики, вычленяя из метагеномов специальные биосинтетические кластеры.
Telegram 
Дзен 
VK Образцы грунта, взятые астронавтами полвека назад, вложили еще один важный кирпич в здание научной картины мира: гипотеза о том, что Земля исходно была сухой, не стыкуется с фактами. Похоже, идею о невозможности сохранения большого количества воды на «теплых» планетах придется пересмотреть.
Кэтлин Рубинс выступила перед комитетом Национальных академий США и рассказала, что не так с новыми скафандрами для близкой высадки американцев на Луне. Учитывая ее 300-дневный опыт пребывания в космосе, критика выглядит довольно обоснованной. В прошлом году Рубинс ушла с поста руководителя отделения внекорабельной деятельности отдела астронавтов, где она участвовала в разработке новых лунных скафандров.
Ученый из НИУ ВШЭ в Нижнем Новгороде и ИППИ РАН Иван Ремизов совершил концептуальный прорыв в теории дифференциальных уравнений. Ему удалось вывести универсальную формулу для решения задач, которые более 190 лет считались нерешаемыми аналитическим путем. Полученный результат радикально меняет картину мира в одной из старейших областей математики, важной для фундаментальной физики и экономики.
Образцы грунта, взятые астронавтами полвека назад, вложили еще один важный кирпич в здание научной картины мира: гипотеза о том, что Земля исходно была сухой, не стыкуется с фактами. Похоже, идею о невозможности сохранения большого количества воды на «теплых» планетах придется пересмотреть.
В зоопарках звери доживают до старости и выбывают из программ глобального сохранения видов, потому что не могут размножаться. Это ставит под угрозу усилия по поддержанию популяций редких видов.
Вопреки множеству оценок из СМИ, самый крупный остров мира небогат полезными ископаемыми, но и никак не «бесполезный кусок льда». Открытия датских ученых последних лет показывают, что ценность этого куска суши намного выше, чем можно было подумать еще в 2010-х. Так зачем на самом деле он нужен Трампу и может ли его отъем разрушить НАТО, как на это надеются некоторые в России?
От рыб произошли все наземные позвоночные, включая нас, но как именно рыбы стали главным населением морей — до последнего времени оставалось неясным. Авторы новой научной работы попытались доказать, что причиной этого было вымирание, возможно, вызванное белыми ночами.
Хотя зоологи уже не раз наблюдали использование орудий у относительно близких к людям видов, — от приматов до свиней — коровы до сих пор не были за этим замечены. Теперь ситуация изменилась: оказалось, что они могут использовать многоцелевые орудия по-разному, в зависимости от обстоятельств.
Образцы грунта, взятые астронавтами полвека назад, вложили еще один важный кирпич в здание научной картины мира: гипотеза о том, что Земля исходно была сухой, не стыкуется с фактами. Похоже, идею о невозможности сохранения большого количества воды на «теплых» планетах придется пересмотреть.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно