Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
В Сколтехе выяснили, как получить ДНК высокого качества из морских образцов
Методов выделения микробной ДНК очень много, но они не приспособлены под работу с морскими образцами. Отсутствие понятной, отработанной методики для этой задачи замедляет изучение морских микроорганизмов — при этом именно с таких исследований может начаться поиск новых генов, отвечающих за синтез антибиотиков или ферментов генетических редакторов. Коллектив ученых из Сколтеха, МГУ имени М. В. Ломоносова и других ведущих научных организаций выявил наиболее эффективные наборы для выделения ДНК из разных типов морских образцов.
Океаны все еще остаются самой неисследованной частью планеты Земля. И если разнообразие крупных организмов Северного Ледовитого океана во многом можно считать уже установленным, работ, направленных на исследование разнообразия «арктических» микроорганизмов, практически нет. Одна из проблем, помимо труднодоступности, — это получение микробной ДНК высокого качества: при работе с природными образцами часто происходит деградация ДНК, ее выделяется очень мало, а секвенированию мешают ингибиторы.
Методов выделения микробной ДНК очень много, однако они не приспособлены под работу с морскими образцами. Отсутствие понятной, отработанной методики для этой задачи замедляет исследование морских микроорганизмов — при этом именно с таких исследований может начаться поиск новых генов, отвечающих за синтез антибиотиков или ферментов генетических редакторов.
Коллектив ученых из Сколтеха, МГУ имени М. В. Ломоносова и других ведущих научных организаций во главе с руководителем Лаборатории анализа метагеномов Артемом Исаевым выявил наиболее эффективные наборы для выделения ДНК из разных типов морских образцов и представил результаты в новой работе в журнале Scientific Reports.
Акватории северных морей России долгое время оставались неисследованными. «Это труднодоступная зона, но очень разнообразная, поэтому мы сфокусировались именно на Тихом и Северном Ледовитом океанах. Совместно с Центром морских исследований МГУ мы организовали экспедиции и собрали три типа образцов: морские воду и грунт, а также образцы беспозвоночных», — рассказала первый автор работы Алина Демкина, старший лаборант в Лаборатории анализа метагеномов Сколтеха.
По словам ученых, несмотря на то что метагеномные исследования активно развиваются, до сих пор не выработано единых критериев и стандартов по работе с морскими образцами. «У природных образцов есть свои особенности. Нашей целью было выделить из них ДНК, отсеквенировать ее и проверить, какие бактерии там живут. Мы столкнулись с тем, что отработанных методик для выделения ДНК хорошего качества из таких образцов нет.
Создавать какой-то протокол с нуля — задача очень долгая, дорогая и трудоемкая, поэтому мы сфокусировались на готовых коммерческих наборах и проверили, какой из них может давать результат наилучшего качества для разных типов морских образцов», — поделилась Дарья Слонова, соавтор работы, младший научный сотрудник в Лаборатории анализа метагеномов Сколтеха.
Исследователи провели испытания восьми наборов для выделения ДНК. Для каждой комбинации набора и образца измеряли количество очищенной ДНК, степень ее фрагментации, наличие загрязняющих веществ, ингибирующих ПЦР, примесь ДНК эукариот, альфа-разнообразие и воспроизводимость результирующего состава сообщества на основе секвенирования ампликонов 16S рРНК. Также ученые определили так называемые «китомы» (от англ. kit — набор) — состав микробных таксонов, которые могут присутствовать в самих реагентах, используемых для выделения ДНК. Это особенно важно, так как воды северных морей достаточно бедны микробами, и поэтому даже незначительная примесь контаминирующей ДНК может отразиться на анализе.
«В статье мы даем рекомендации ученым, какие методы лучше всего подходят, чтобы правильно выделить ДНК из морских образцов», — продолжила Алина Демкина. «Исследователи смогут увидеть в статье, какие наборы подходят под каждый конкретный тип образца, в зависимости от целей их работы», — поддержала Дарья Слонова.
Исследование поддержано грантом Министерства науки и высшего образования России «Атлас микробных сообществ Российской Федерации» и грантом Российского научного фонда. Атлас микробных сообществ Российской Федерации — большой проект Лаборатории анализа метагеномов Сколтеха и МГУ имени М. В. Ломоносова. Его цель — исследование многообразия микроорганизмов на территории России.
Уникальность проекта в том, что в нем задействованы не только ученые, а широкий круг людей — школьники, студенты, волонтеры. Исследователи организуют экспедиции и собирают пробы грунта и воды в труднодоступных местах, выделяют метагеномную ДНК (ДНК всех микроорганизмов в пробах) и ищут новые антибиотики, вычленяя из метагеномов специальные биосинтетические кластеры.
Медики из США изучили данные общенациональной выборки и анализы биообразцов тинейджеров, чтобы выявить связь между частотой курения электронных сигарет и уровнем металлов в моче. Результаты этого исследования в очередной раз указали на необходимость контролировать сферу вейпинга, вводить новые правила и запреты, а также разрабатывать меры профилактики для подростков.
Образовательные программы, цель которых подготовить детей к школе, не всегда приводят к более высокой успеваемости. Дети, которые не проходили дошкольные курсы, зачастую учатся так же, как сверстники, специально готовившиеся к обучению.
В День Солнца, 3 мая, ученые Пермского Политеха рассказали, как можно из солнечных лучей получить электричество, что спрятано внутри солнечных батарей, почему они зимой эффективнее чем летом, как поможет сэкономить аккумулятор от электромобиля и кому выгоднее установить солнечные панели, а не тянуть провод от ТЭЦ.
Ледяной покров Антарктики претерпевает значительные изменения на протяжении года, и его поведение хорошо изучено в общем. Но некоторые локальные аномалии объяснить не получается вот уже несколько десятилетий. Одна из них — полынья возвышения Мод, или полынья моря Уэдделла, которая появляется нерегулярно на одном и том же месте. Международная команда океанологов, наконец, смогла разгадать механизмы ее образования.
Получив ранение лица, взрослый дикий орангутан Ракус тщательно обработал его растением с анальгетическими, противовоспалительными и жаропонижающими свойствами. Ранее такое поведение животных ученые не отмечали. Авторы новой научной работы предположили, что подобные умения появились еще у общего предка людей и других человекообразных обезьян.
Образовательные программы, цель которых подготовить детей к школе, не всегда приводят к более высокой успеваемости. Дети, которые не проходили дошкольные курсы, зачастую учатся так же, как сверстники, специально готовившиеся к обучению.
Ученые из Австралии и Канады пришли к выводу, что подавляющее большинство одиноких людей не вступает в романтические отношения из-за страха. С одной стороны ими руководят опасения, что их отвергнут, с другой — что они потеряют свою независимость.
Режим работы, количество трудовых часов в неделю и экономическую стабильность профессии прочно ассоциируют с благополучием человека. Количественно и качественно определить эти взаимосвязи получается редко — нужны большие выборки респондентов и длительное время наблюдений. Автор новой научной работы использовал долговременное исследование более чем семи тысяч американцев, чтобы выявить основные эффекты паттернов трудовой деятельности на психическое и физическое здоровье работающих людей.
Ледяной покров Антарктики претерпевает значительные изменения на протяжении года, и его поведение хорошо изучено в общем. Но некоторые локальные аномалии объяснить не получается вот уже несколько десятилетий. Одна из них — полынья возвышения Мод, или полынья моря Уэдделла, которая появляется нерегулярно на одном и том же месте. Международная команда океанологов, наконец, смогла разгадать механизмы ее образования.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
ПонятноИз-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
ПонятноНаши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
ПонятноМы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
ПонятноМы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Комментарии