• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
22.05.2017
ФизТех
605

Йод проявляет структуру мембранных белков

Структура таких белков позволяет на молекулярном уровне понимать зрение, обоняние, работу нервной и сердечно-сосудистой систем.

Йод проявляет структуру мембранных белков
Йод проявляет структуру мембранных белков

Исследование международного коллектива ученых, в который вошли и специалисты из МФТИ, показало, что давно известный метод «йодного фазирования» в структурной биологии оказывается неожиданно универсальным, если нужно определить структуру белка, живущего в клеточной мембране. Структура таких белков позволяет на молекулярном уровне понимать зрение, обоняние, работу нервной и сердечно-сосудистой систем.

Авторы работы, опубликованной в Science Advances, успешно применили известный метод йодного фазирования на четырех различных мембранных белках из разных классов, и обнаружили, что йод одинаково взаимодействует со всеми белками. Это дает гарантию на успех работы метода в случае новых структур и обеспечивает быстрое определение структур, важных для ускоренной и дешевой разработки лекарств компьютерными технологиями.

Мембранные белки — самые общительные биологические молекулы

Как известно, все живые организмы состоят из клеток. Все эти клетки, от кишечной палочки до человека, имеют общее строение. В частности, все клетки отделены от окружающего мира плотной клеточной мембраной, не пропускающей через себя большинство химических веществ. Такое уединение позволяет клетке поддерживать внутри себя постоянные условия, необходимые для отлаженной работы сложных биохимических механизмов. Однако, чтобы выжить, клетки должны внимательно наблюдать за изменениями внешней среды и своевременно реагировать на них. Для этого в геноме каждой клетки каждого организма закодированы сотни особых белков, встраивающихся в клеточную мембрану (и поэтому называющихся мембранными) и отвечающих за «общение» клетки с окружающим миром. Кроме того, такие белки могут переносить внутрь клетки химические вещества, которые не пропускает клеточная мембрана, но которые необходимы клетке для питания или проведения биохимических реакций.

Кристаллография помогает структурной биологии, но теряет фазы

Самый известный пример успеха структурной биологии — определение двухцепочечной структуры ДНК нобелевскими лауреатами Уотсоном и Криком в 1953 году. Элегантная модель, построенная ими, была разработана на основе структурных исследований их коллеги Розалинд Франклин. Двухцепочечная структура позволила объяснить процессы передачи генетической информации в клетках и заложила основу для современной биологии.

Кристаллография — основной метод структурной биологии. Она позволяет узнать структуру биологических молекул (чаще всего речь идет о белках) с точностью до атома. Такая точность позволяет не только увидеть основы работы белков, но и смоделировать их поведение, основываясь на законах физики.

Вся кристаллография построена на физическом явлении дифракции. Для измерения дифракционного сигнала на кристаллы белковых молекул светят рентгеновским излучением. При этом за счет того, что молекулы в кристалле хорошо упорядочены, сигнал многократно усиливается в определенных направлениях рассеяния, позволяя «засечь» его на фоне шума. Однако при этом во всех направлениях записывается лишь усредненный сигнал и теряются так называемые фазы. Они содержат информацию о том, насколько сигналы запаздывают друг относительно друга, и необходимы для определения структуры молекулы по данным дифракции. Потеря фаз немного похожа на то, как теряет свою ценность изображение при обесцвечивании: остается только «насыщенность» каждой отдельной точки, но детали о цвете теряются, не позволяя восстановить бóльшую часть информации.

В поисках утраченных фаз

На данный момент разнообразие решенных структур часто позволяет подбирать фазы компьютерными методами: сначала начальные фазы выбираются на основе какой-нибудь уже решенной структуры, а затем уточняются вручную. Однако этот подход часто не приводит к успеху. Особенно в случае данных низкого разрешения, типичных для мембранных белков, или абсолютно новых структур, не похожих ни на одну из предыдущих.

В таких случаях фазы находят экспериментально, используя так называемую аномальную дифракцию, — особую несимметричность дифракционных сигналов, испускаемых тяжелыми химическими элементами (йод, гадолиний, бром или даже сера). Для того, чтобы метод сработал, эти элементы должны сильно связываться с молекулами белка в кристалле, чтобы быть так же хорошо упорядоченными и давать сильный дифракционный сигнал. Часто подбор правильного элемента требует много времени и тратит много ценных белковых кристаллов.

Исследователи показали, что метод гарантированно сработает в случае взаимодействия мембранных белков и ионов йода в растворе. Это связано с характерной особенностью всех мембранных белков в природе. Они устроены так, что на границе «мембрана-раствор» все белки несут положительный заряд, который компенсирует отрицательно заряженную поверхность мембраны. Йод сильно взаимодействует с этими зарядами и «садится» на белок в совершенно определенных местах, гарантируя успех экспериментального поиска фаз.

Йод проявляет структуру мембранных белков
Место посадки йода в структурах разных белков. На A, B, C, D: слева — структура белка с отмеченными следами ионов йода (фиолетовым), справа — та же структура, встроенная в клеточную мембрану. Видно, что ионы йода (оранжевым) прикрепляются к белку на границе мембраны — именно там сконцентрирован выгодный для йода положительный заряд, нейтрализующий отрицательный заряд на поверхности мембраны

«В своей работе мы показали успешное решение структуры четырех уже известных белков из разных организмов: светочувствительной натриевой помпы из морской бактерии Krokinobacter eikastus, мембранного белка из кишечной палочки, аденозинового рецептора человека и протонной помпы из морской бактерии Marine Actinobacterial Clade. Все четыре структуры показали, что ионы йода действительно связываются с положительно заряженными аминокислотами в тех местах, где белок входит в мембрану. По сравнению с бромом, который иногда используют для решения фазовой проблемы, йод надежнее связывается с белком и гарантирует решение фазовой проблемы», — говорит Игорь Мельников, автор исследования, выпускник МФТИ и сотрудник Европейского центра синхротронной радиации.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), известен также как Физтех — ведущий российский вуз по подготовке специалистов в области теоретической, экспериментальной и прикладной физики, математики, информатики, химии, биологии и смежных дисциплин. Расположен в городе Долгопрудном Московской области, отдельные корпуса и факультеты находятся в Жуковском и в Москве.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
Вчера, 11:52
Игорь Байдов

Американская компания JetZero, которая обещает произвести фурор в гражданской авиации, получила сертификат летной годности на испытания уменьшенной копии разрабатываемого ею сверхэффективного реактивного авиалайнера со «смешанным крылом». Предстоящая программа летных испытаний будет направлена на оценку летно-технических характеристик самолета, его устойчивости и управляемости.

Вчера, 16:41
Василий Парфенов

Микроскопические животные тихоходки, известные как водяные медведи, славятся своей стойкостью к самым экстремальным условиям окружающей среды: их не могут гарантированно убить даже 10 дней в открытом космосе. Американские ученые смогли успешно воспроизвести один из механизмов рекордной выживаемости тихоходок в культуре человеческих клеток.

Вчера, 18:54
Александр Березин

На протяжении многих лет посадки деревьев позиционировали как средство борьбы с глобальным потеплением. Однако новое исследование показало существенно более сложную картину: похоже, лесопосадки в норме делают обратную работу, поднимая температуры. Причем в ближайшие десятки лет масштаб такого влияния будет довольно большим.

26 марта
Мария Азарова

Исследователи из Южной Кореи на примере супружеских пар проверили, как длина и состояние волос женщин отражаются на влечении к ним мужчин и частоте половых контактов.

Вчера, 11:52
Игорь Байдов

Американская компания JetZero, которая обещает произвести фурор в гражданской авиации, получила сертификат летной годности на испытания уменьшенной копии разрабатываемого ею сверхэффективного реактивного авиалайнера со «смешанным крылом». Предстоящая программа летных испытаний будет направлена на оценку летно-технических характеристик самолета, его устойчивости и управляемости.

Позавчера, 07:27
Полина

Международная команда исследователей проанализировала гены композитора Людвига ван Бетховена. Если оценивать по ним его способности к музыке, они окажутся невыдающимися.

11 марта
Игорь Байдов

Американская компания Stratolaunch сообщила об успешном завершении летных испытаний прототипа гиперзвукового аппарата Talon-A, оснащенного ракетным двигателем. Во время беспилотного полета планер развил сверхзвуковую скорость.

18 марта
Игорь Байдов

Грузовой самолет будут использовать для перевозки 90-метровых лопастей ветряных турбин, которые невозможно доставить по суше из-за размеров. Предполагается, что этот аппарат произведет революцию в сфере возобновляемых источников энергии.

13 марта
Алиса Гаджиева

Древние переселенцы из Анатолии не только устроили геноцид в Скандинавии, но и одарили выживших новыми болезнями.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: