Йод проявляет структуру мембранных белков — Naked Science
12 минут
ФизТех

Йод проявляет структуру мембранных белков

Структура таких белков позволяет на молекулярном уровне понимать зрение, обоняние, работу нервной и сердечно-сосудистой систем.

Йод проявляет структуру мембранных белков
Йод проявляет структуру мембранных белков

Исследование международного коллектива ученых, в который вошли и специалисты из МФТИ, показало, что давно известный метод «йодного фазирования» в структурной биологии оказывается неожиданно универсальным, если нужно определить структуру белка, живущего в клеточной мембране. Структура таких белков позволяет на молекулярном уровне понимать зрение, обоняние, работу нервной и сердечно-сосудистой систем.

Авторы работы, опубликованной в Science Advances, успешно применили известный метод йодного фазирования на четырех различных мембранных белках из разных классов, и обнаружили, что йод одинаково взаимодействует со всеми белками. Это дает гарантию на успех работы метода в случае новых структур и обеспечивает быстрое определение структур, важных для ускоренной и дешевой разработки лекарств компьютерными технологиями.

Мембранные белки — самые общительные биологические молекулы

Как известно, все живые организмы состоят из клеток. Все эти клетки, от кишечной палочки до человека, имеют общее строение. В частности, все клетки отделены от окружающего мира плотной клеточной мембраной, не пропускающей через себя большинство химических веществ. Такое уединение позволяет клетке поддерживать внутри себя постоянные условия, необходимые для отлаженной работы сложных биохимических механизмов. Однако, чтобы выжить, клетки должны внимательно наблюдать за изменениями внешней среды и своевременно реагировать на них. Для этого в геноме каждой клетки каждого организма закодированы сотни особых белков, встраивающихся в клеточную мембрану (и поэтому называющихся мембранными) и отвечающих за «общение» клетки с окружающим миром. Кроме того, такие белки могут переносить внутрь клетки химические вещества, которые не пропускает клеточная мембрана, но которые необходимы клетке для питания или проведения биохимических реакций.

Кристаллография помогает структурной биологии, но теряет фазы

Самый известный пример успеха структурной биологии — определение двухцепочечной структуры ДНК нобелевскими лауреатами Уотсоном и Криком в 1953 году. Элегантная модель, построенная ими, была разработана на основе структурных исследований их коллеги Розалинд Франклин. Двухцепочечная структура позволила объяснить процессы передачи генетической информации в клетках и заложила основу для современной биологии.

Кристаллография — основной метод структурной биологии. Она позволяет узнать структуру биологических молекул (чаще всего речь идет о белках) с точностью до атома. Такая точность позволяет не только увидеть основы работы белков, но и смоделировать их поведение, основываясь на законах физики.

Вся кристаллография построена на физическом явлении дифракции. Для измерения дифракционного сигнала на кристаллы белковых молекул светят рентгеновским излучением. При этом за счет того, что молекулы в кристалле хорошо упорядочены, сигнал многократно усиливается в определенных направлениях рассеяния, позволяя «засечь» его на фоне шума. Однако при этом во всех направлениях записывается лишь усредненный сигнал и теряются так называемые фазы. Они содержат информацию о том, насколько сигналы запаздывают друг относительно друга, и необходимы для определения структуры молекулы по данным дифракции. Потеря фаз немного похожа на то, как теряет свою ценность изображение при обесцвечивании: остается только «насыщенность» каждой отдельной точки, но детали о цвете теряются, не позволяя восстановить бóльшую часть информации.

<img src="http://old2.naked-science.ru/sites/default/files/images_custom/2017/05/1.png" alt="
Потеря информации при обесцвечивании изображения. Немного схожим образом теряется информация и в кристаллографии: при записи дифракционных данных остаются только интенсивности рассеянного рентгеновского света, а данные об их взаимосвязи пропадают бесследно.

В поисках утраченных фаз

На данный момент разнообразие решенных структур часто позволяет подбирать фазы компьютерными методами: сначала начальные фазы выбираются на основе какой-нибудь уже решенной структуры, а затем уточняются вручную. Однако этот подход часто не приводит к успеху. Особенно в случае данных низкого разрешения, типичных для мембранных белков, или абсолютно новых структур, не похожих ни на одну из предыдущих.

В таких случаях фазы находят экспериментально, используя так называемую аномальную дифракцию, — особую несимметричность дифракционных сигналов, испускаемых тяжелыми химическими элементами (йод, гадолиний, бром или даже сера). Для того, чтобы метод сработал, эти элементы должны сильно связываться с молекулами белка в кристалле, чтобы быть так же хорошо упорядоченными и давать сильный дифракционный сигнал. Часто подбор правильного элемента требует много времени и тратит много ценных белковых кристаллов.

Исследователи показали, что метод гарантированно сработает в случае взаимодействия мембранных белков и ионов йода в растворе. Это связано с характерной особенностью всех мембранных белков в природе. Они устроены так, что на границе «мембрана-раствор» все белки несут положительный заряд, который компенсирует отрицательно заряженную поверхность мембраны. Йод сильно взаимодействует с этими зарядами и «садится» на белок в совершенно определенных местах, гарантируя успех экспериментального поиска фаз.

Йод проявляет структуру мембранных белков
Место посадки йода в структурах разных белков. На A, B, C, D: слева — структура белка с отмеченными следами ионов йода (фиолетовым), справа — та же структура, встроенная в клеточную мембрану. Видно, что ионы йода (оранжевым) прикрепляются к белку на границе мембраны — именно там сконцентрирован выгодный для йода положительный заряд, нейтрализующий отрицательный заряд на поверхности мембраны

«В своей работе мы показали успешное решение структуры четырех уже известных белков из разных организмов: светочувствительной натриевой помпы из морской бактерии Krokinobacter eikastus, мембранного белка из кишечной палочки, аденозинового рецептора человека и протонной помпы из морской бактерии Marine Actinobacterial Clade. Все четыре структуры показали, что ионы йода действительно связываются с положительно заряженными аминокислотами в тех местах, где белок входит в мембрану. По сравнению с бромом, который иногда используют для решения фазовой проблемы, йод надежнее связывается с белком и гарантирует решение фазовой проблемы», — говорит Игорь Мельников, автор исследования, выпускник МФТИ и сотрудник Европейского центра синхротронной радиации.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
ФизТех
202 статей
Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), известен также как Физтех — ведущий российский вуз по подготовке специалистов в области теоретической, экспериментальной и прикладной физики, математики, информатики, химии, биологии и смежных дисциплин. Расположен в городе Долгопрудном Московской области, отдельные корпуса и факультеты находятся в Жуковском и в Москве.
26 ноября
32 минуты
Илья Ведмеденко

Недавние события в Нагорном Карабахе показали, что победить в современной войне, не имея ударных беспилотников, сложно. Россия пока отстает от стран Запада, Китая, Израиля и даже Турции, но делает все возможное, чтобы сократить этот разрыв.

26 ноября
23 минуты
Ростех

Ежегодно в России к врачам обращаются тысячи людей, укушенных клещами. Встреча с лесным паразитом грозит заражением опасными инфекциями, о которых известно не всем. К сожалению, вакцины от всех болезней, переносимых клещами, пока не изобрели, но от самой серьезной — клещевого энцефалита — можно защититься при помощи вакцинации. Готовиться к летнему сезону надо заранее, и конец осени — оптимальное время привиться. Какие заболевания может вызвать укус клеща и как избежать последствий нападения опасного паукообразного, рассказал эксперт холдинга госкорпорации «Ростех» «Нацимбио», доктор медицинских наук и профессор Александр Сергеев.

10 часов назад
2 минуты
Илья Ведмеденко

Перспективный китайский авиалайнер C919 допустили до финального этапа испытаний — завершающих летных тестов и сертификации.

23 ноября
5 минут
Денис Гордеев

До нынешнего года эти окаменелости видели воочию считаные десятки людей.

25 ноября
4 минуты
ПНИПУ

Ученые Пермского Политеха и Томского политехнического университета разработали уникальный сверхпрочный материал. Из него можно создать укрепляющие плиты для корпуса автомобилей – своеобразный «бронежилет». Также его можно использовать при отделке фасадов зданий и в производстве тротуарной плитки для придания им большей прочности. В отличие от аналогов, разработку впервые создали без дефицитных, дорогостоящих и токсичных материалов.

22 ноября
8 минут
Василий Парфенов

Второй китайский луноход «Нефритовый заяц» продолжает усердно трудиться на поверхности естественного спутника Земли. На опубликованных недавно новых фото видны как будущие объекты исследования, так и живописные виды обратной стороны Луны.

14 ноября
35 минут
Василий Парфенов

На вопрос, кто проживает на дне океана, люди отвечают по-разному. Дети и некоторые взрослые скажут: Губка Боб Квадратные Штаны. Фанаты Лавкрафта благоговейно, но с огоньком в глазах пробормочут нечто вроде «Ктулху фхтагн». А подводники и океанологи задумчиво посмотрят на вопрошающего и, если повезет, расскажут много интересного. Про квакеров, «биоуток», «блуп» и еще Посейдон его знает какие аномальные явления подводного мира.

22 ноября
24 минуты
Александр Березин

Планеты вокруг нашего Солнца расположены совсем не так, как в других системах. И это имеет крайне необычные практические последствия: расчеты показывают, что вокруг нашей звезды должны вращаться две потенциально обитаемые планеты, а не одна, как сейчас. Одна из них куда-то бесследно исчезла – и это еще в лучшем случае. Рассказываем, почему так получилось и кто конкретно в этом виноват.

24 ноября
7 минут
Мария Азарова

Попадание патогена в эпителий слизистой дыхательных путей и захват вирусом бокаловидных клеток приводит к нарушению слизистого барьера. Из-за уменьшения количества муцина снижается не только обонятельная чувствительность, но и возникают неприятные ощущения в носу и рту, в том числе сухость.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Лучшие материалы
Предстоящие мероприятия
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: