Ученые смогли наблюдать за лабораторными животными без установки меток
Разработана система автоматического отслеживания перемещений и движений лабораторных животных, для которой не требуется установка меток.
Американские и немецкие ученые совместно разработали систему автоматического слежения за лабораторными животными — DeepLabCut. Теперь исследователи следят за перемещениями и действиями подопытных, не ставя на них метки.
Традиционно видеонаблюдение дает много материала для научной работы с животными, но и занимает достаточно времени. Просмотр записей — длительная процедура, которую не всегда можно ускорить. Отличать животных друг от друга трудно, и на них приходится ставить метки. Если пометить крысу цветными пятнами легко, то с мелкими насекомыми возникает проблема. Кроме того, животные стирают метки.
Проблема распознавания отдельных особей с маркерами давно решена, также используют тепловые сигнатуры — они хорошо подходят для крупных животных на свободе. Если же эксперимент требует следить за отдельными конечностями или другими частями животного, то задача многократно усложняется. Сам ученый легко распознает детали на видео, но вынужден просматривать записи в реальном времени. Для автоматического распознавания движений пальцев метки придется ставить очень тесно. Крепления при этом сложно сделать надежно, так как животные будут их грызть.
Коллектив ученых во главе с Маттиасом Бетге (Matthias Bethge) отказался от меток, решив использовать нейросети. Метод прост: снимки размечают вручную с указанием точек, которые затем отслеживает программа. Нейросеть обучают, и она определяет для каждого пикселя изображения вероятность появления соответствующей части тела с учетом положения животного в пространстве. Число снимков, которые нужно разметить вручную, невелико: уже со ста система работает уверенно, исследователи рекомендуют для надежности разметить 200 кадров.
Ученые использовали сверточную нейронную сеть (convolutional neural network, CNN), строение которой аналогично работе зрительной коры человека. Поэтому такая архитектура сети хорошо подходит для распознавания образов. Специалисты дополнительно применили метод глубокого обучения (deep learning) с использованием технологии DNN (Deconvolutional Neural Networks). Параметры и фильтры, сформированные в процессе обучения CNN, используют для первичной обработки сигналов, что улучшает распознавание объектов.
Специалисты провели два эксперимента на мышах и один на дрозофилах.
Бег грызуна по бумажной катушке с «нарисованной» запахом дорожкой изучали при первом опыте. Видеозапись специально осложняли помехами: неоднородное освещение, динамические тени от животного, искажения от широкоугольного объектива. Во время бега мышь часто пересекала след и поворачивала.
Для опыта использовали семь мышей. Съемку вели две камеры, 640×480 и 1700×1200 пикселей, с частотой 30 Гц. Кадры с высоким разрешением чрезмерно велики для обработки, поэтому их обрезали до размера 800×800 пикселей вокруг изображения мыши. Ученые взяли 1080 случайных кадров из разных съемок и проставили метки на морду, кончики ушей и основание хвоста.
На видео зеленые и голубые точки показывают 30 будущих и прошлых позиций морды с периодичностью в 33,3 миллисекунды. Пурпурные ромбы обозначают расположение тела и морды с ушами в прошлом. Вместе эти четыре точки определяют направление тела и головы мыши. Дорожка с запахом нарисована серым цветом.
При втором исследовании отслеживали движения передней лапки мыши. Предварительно зверьков научили за вознаграждение тянуть специальный рычаг. Метки при таком наблюдении использовать практически невозможно.
В эксперименте использовали пять мышей. Съемка велась на камеру с разрешением 2048×1088 пикселей и частотой 100-320 кадров в секунду. Исследователи разметили 159 кадров, на каждом пальце было по четыре метки: на кончике, межфаланговом и пястно-фаланговом суставах, основании запястья. Изображение обрезали до области, содержащей нужное движение. Видео наглядно демонстрирует возможности метода.
Третий опыт — мониторинг поведения дрозофил во время яйцекладки. В этом случае нанесение меток крайне затруднительно из-за размера мушек. На кадрах разметили 12 точек: четыре на голове, семь на тельце и одну на яйцекладке. Метод отлично работал и в этом случае.
Вычисления каждого эксперимента требовали около полумиллиона шагов обучения нейросети, что заняло от 24 до 36 часов работы видеокарты NVIDIA GTX 1080 Ti.
Ученые выложили программу вычислений в свободный доступ.
Telegram 
Дзен 
VK Ученые нашли убедительное свидетельство того, что Большое Магелланово Облако — одна из ближайших к нам галактик — впервые приближается к Млечному Пути. Это открытие меняет представления о будущем нашей Галактики — от орбит спутников до распределения окружающего газа.
Во времена Екатерины II один из немецких колонистов в России мутировал, из-за чего все его потомки получали раннюю болезнь Альцгеймера. Теперь среди них появился первый, кого она не тронула, — по мнению ученых, благодаря жаре, которой он должен был подвергаться на работе.
Пока одни исследователи, включая российских, отрицают само наличие угрозы микропластика для мозга, другие продолжают собирать данные по этому вопросу. Более того: они даже предложили способ снизить угрозу для мозга за счет фильтрации крови от частиц пластика.
Генетика интеллекта сложна и связана с разными психоневрологическими состояниями. Оказалось, то, что повышает эрудицию, может ухудшать способность решать творческие задачи, — и наоборот. Причем паттерны этих связей уникальны для каждого диагноза.
Ученые давно сделали вывод о том, что в поздней Античности монеты перестали представлять собой цену как валюта, однако не было понятно когда именно это произошло. Новое исследование погребения римского воина из бельгийского форта Оденбург показало, в какой момент монеты стали цениться просто весом металла в кошельке.
Полифенолы и другие соединения заваренного кофе в лабораторной модели связывались с ядерным рецептором NR4A1, который участвует в ответе клеток на стресс, воспаление и повреждение. Вещества меняли активность рецептора и тормозили рост опухолевых клеток, а при подавлении рецептора эффект слабел. Ученые предложили молекулярное объяснение части полезных эффектов кофе, но не проверяли их у людей.
В последнее время пуски с российских северных космодромов осуществляют без предварительного уведомления, чего не было в прошлом. Вероятно, дело в недавно упомянутых главой «Роскосмоса» атаках на Плесецк во время пуска. Сегодняшний запуск обеспечил вывод на орбиту космических аппаратов военного назначения.
Когда международная экспедиционная группа, исследующая море Уэдделла в Антарктиде на борту ледокола «Поларштерн», попыталась укрыться от шторма, ученые и экипаж судна удивились внезапному появлению острова, не обозначенного ни на одной морской карте.
Окаменелые остатки рептилии возрастом 289 миллионов лет сохранили полное анатомическое устройство грудной клетки ранних покорителей суши. Благодаря нетронутым хрящам исследователи реконструировали механику первого полноценного реберного дыхания. Наличие в тканях оригинальных белков подтвердило, что сложные органические молекулы способны сохраняться в палеонтологической летописи почти на 100 миллионов лет дольше, чем считалось.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Последние комментарии