• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
11.05.2021
Мария А.
2
21 678

Ученые установили причину положительного теста на Covid-19 после выздоровления

5.5

Американские ученые показали, что РНК коронавируса SARS-CoV-2 проходит через обратную транскрипцию, встраивается в геном инфицированной клетки и экспрессируется в виде «химерных» транскриптов, сливающихся с вирусными с клеточными последовательностями.

Тестирование на коронавирус
Тестирование на коронавирус / © Getty Images / Автор: Telestis Scaevinius

У многих людей, перенесших Covid-19, продолжают обнаруживать РНК коронавируса спустя недели или месяцы после выздоровления. Хотя SARS-CoV-2 можно заразиться повторно, к таким пациентам это не относится: из их образцов не выделяют живой вирус, а некоторые исследования подтверждали подобные ложноположительные ПЦР-тесты, даже когда их участники находились на карантине.

Свой ответ на вопрос предлагают ученые из Института биомедицинских исследований Уайтхеда, Национального института рака и Массачусетского технологического института (США), работа которых опубликована в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences. Они показали, что генетические последовательности из РНК-вируса SARS-CoV-2 могут интегрироваться в геном клетки-хозяина посредством обратной транскрипции. Затем эти участки генома «считываются» в РНК и в результате выявляются с помощью ПЦР-теста.

Возбудитель Covid-19 — не единственный вирус, который встраивается в геном человека: порядка восьми процентов нашей дезоксирибонуклеиновой кислоты состоит из остатков древних вирусов. Некоторые, называемые ретровирусами, реплицируются при помощи интеграции в ДНК. «SARS-CoV-2 не относится к ретровирусам, значит, ему не нужна обратная транскрипция для репликации, — рассказал первый автор исследования Лигуо Чжан из Института Уайтхеда. — Однако неретровирусные последовательности РНК-вируса были обнаружены в геномах многих видов позвоночных, включая человека».

Чтобы проверить гипотезу, ученые провели эксперимент в лаборатории: они заразили человеческие клетки коронавирусом, а через два дня секвенировали их ДНК, чтобы посмотреть, содержит ли она следы генетического материала патогена. Для большей достоверности использовали три разных метода секвенирования. По итогу во всех образцах обнаружили генетический материал вируса, хотя ни одного из фрагментов было бы недостаточно для воссоздания живого SARS-CoV-2. Потом ученые исследовали ДНК, фланкирующую небольшие вирусные последовательности, чтобы понять механизм, посредством которого они туда попали. 

В этих окружающих последовательностях выявили признаки ретротранспозонов — элементов, способных самовоспроизводиться в геноме. Они представляют собой тип генетического компонента, который копирует и вставляет себя в разные места генома (транспозон) путем преобразования РНК обратно в ДНК при помощи обратной транскрипции. Транспозоны, также известные как «прыгающие гены», — участки ДНК, перемещающиеся из одной области генома в другую. Зачастую они активируются, чтобы «прыгать» в условиях сильного стресса, при раке или старении, и считаются мощными агентами генетических изменений.

Один из распространенных транспозонов в человеческом геноме — ретротранспозон LINE1, состоящий из мощной комбинации механизма разрезания ДНК и обратной транскриптазы, фермента, который создает молекулы ДНК из матрицы РНК (например, РНК коронавируса). «У интеграции LINE1 очень четкий след, — отмечают исследователи. — На стыке вирусной последовательности с клеточной ДНК происходит дупликация из 20 пар оснований». Еще одним признаком LINE1-опосредованной интеграции считается последовательность эндонуклеазы LINE1. Ученые выявили эти особенности почти в 70 процентах ДНК, содержащих вирусные последовательности, но не во всех: видимо, вирусная РНК может интегрироваться в клеточную ДНК посредством нескольких механизмов.

Исследователи также проанализировали опубликованные наборы данных по транскриптам РНК из разных типов образцов, включая те, что брали от больных с коронавирусом. Так удалось определить долю генов, транскрибированных в клетках этих пациентов и содержащих вирусные последовательности, которые могли получить из интегрированных вирусных копий. Процент варьировался от образца к образцу, однако для некоторых относительно большая часть вирусных транскриптов, судя по всему, была транскрибирована из вирусного генетического материала, встроенного в геном.

Ученые не просто подсчитывали транскрипты, содержащие вирусный материал, но смотрели, в каком направлении они были прочитаны. Если вирусные считывания оказывались результатом живых вирусов или существующих вирусных РНК в клетке, следовало ожидать, что большинство транскриптов были бы считаны в правильной ориентации для изученных последовательностей (в инфицированных клетках в лаборатории более 99 процентов имели правильную ориентацию). Однако если бы транскрипты стали продуктом случайной интеграции вируса в геном, произошло бы разделение: половина читалась бы вперед, а другая половина — назад, относительно генов хозяина. Именно это авторы работы увидели в образцах некоторых пациентов.

Конечно, чтобы точно установить, насколько такое явление распространено в реальной жизни, понадобится больший объем данных. Вероятно, только некоторые клетки человека подвергаются какой-либо вирусной интеграции. Если взять другой РНК-вирус, встраивающийся в геном клетки-хозяина, то только 0,001-0,01 процента инфицированных клеток содержала бы встроенную ДНК патогена. Частота интеграции SARS-CoV-2 у людей пока не известна. «Доля клеток, которые интегрируются, может быть очень маленькой, — добавили ученые. — Но даже если это случается редко, миллионы человек уже инфицированы, не так ли?»

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
Позавчера, 11:29
Татьяна

Все клеточные организмы ученые ведут от гипотетического предка — LUCA. Существует масса предположений и расчетов о том, как он был устроен, где и когда возник. В новой работе исследователи из Великобритании попытались ответить на эти вопросы.

Вчера, 16:00
Полина Меньшова

Хотя на предпочтения в литературе влияют образование, круг общения и множество других факторов, частично они могут передаваться по наследству. Ученые из Дании провели исследование и выяснили, какая доля различий в литературных вкусах может зависеть от генетических особенностей.

7 часов назад
Юлия Трепалина

Синдром самозванца, при котором люди испытывают чувство незаслуженности своих успехов, не раз становился предметом исследований. В свежем метаанализе американские психологи рассмотрели свыше сотни научных работ по этой теме и обнаружили четкую тенденцию: женщины набирали больше баллов в тестах на выявление этого состояния.

12 июля
Александр Березин

Falcon 9 Block 5 впервые за три сотни запусков дал частично неудачный полет. Ракета выводила 20 спутников компании SpaceX, с 15 связь уже пропала, еще пять могут быть потеряны в ближайшее время.

Позавчера, 11:29
Татьяна

Все клеточные организмы ученые ведут от гипотетического предка — LUCA. Существует масса предположений и расчетов о том, как он был устроен, где и когда возник. В новой работе исследователи из Великобритании попытались ответить на эти вопросы.

12 июля
Татьяна

Американские астронавты давно жалуются на систему ассенизации в скафандрах, которая представляет собой просто большой подгузник. Хватает его максимум на восемь часов, есть риск развития опрелостей и инфекций. К тому же в костюме мало запасов питьевой воды. Чтобы решить эти проблемы, ученые предложили более эффективный способ утилизации продуктов метаболизма.

25 июня
Игорь Байдов

Ученые из Китая и Бельгии воссоздали в лаборатории условия, существовавшие на Меркурии четыре миллиарда лет назад, и выяснили, что они были идеальными для образования слоя алмазов, который с течением времени становился лишь толще.

21 июня
Nadya

Земля начала формироваться примерно 4,5 миллиарда лет назад. Чтобы понять, как это происходило в ранние периоды развития нашей планеты, ученые ищут образцы древних горных пород. Одну из таких, возрастом почти 3,5 миллиарда лет, обнаружили рядом с городом Колли в Австралии.

1 июля
Александр Березин

Необычный биологический вид, по оценке авторов новой научной работы, пригоден для заселения четвертой планеты без каких-либо предварительных условий — уже в том виде, в котором он существует сейчас. Поскольку речь идет о фотосинтетическом организме, он способен нарабатывать существенное количество кислорода. Интересно, что кандидат на терраформирование Марса сохранил жизнеспособность после месяца в жидком азоте.

[miniorange_social_login]

Комментарии

2 Комментария
saet saetych
19.05.2021
-
0
+
Скорее это механизм формирования клеточной памяти (выбираются активные домены, которые могут быть использованы для продукции антител, но не активного вируса, записываются в ДНК для длительного сохранения).
Myname Mysurname
13.05.2021
-
0
+
Если данные подтвердятся, это значит, что вирь активирует транспозазу. Скачущие по геному транспозоны -- серьёзный онкогенный фактор. Будем надеяться, что транспозазу активирует не РНК S-белка...
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно