Ученые разработали новый способ обнаружения онкогенных бактерий и вирусов — Naked Science
5 минут
София Жаботинская

Ученые разработали новый способ обнаружения онкогенных бактерий и вирусов

Благодаря комбинации двух программ для анализа геномов в опухолях удалось обнаружить неожиданные патогены, которые могут быть ассоциированы с раком.

Графическое представление секвенированного генома H.pylori
Графическое представление секвенированного генома H.pylori / ©Tomb, Venter, White et al, Nature, 1997

Исследование, опубликованное в журнале Genome Biology, показывает, как изучение опухолей позволяет выявить ассоциированные с этими новообразованиями вирусы и бактерии. Эта работа поможет определить патогенез многих видов опухолей и, вполне возможно, создать вакцины от определенных типов рака.

Секвенирование генома — исследовательский метод, который несет огромный потенциал для выявления микробных агентов. Если в образце опухолевой ткани провести полное секвенирование генома, то ДНК патогенных микроорганизмов, связанных с развитием рака, тоже будет секвенирована. Это позволит ученым собрать данные о взаимосвязи различных вирусов и бактерий с определенными видами новообразований.

Ученые из Университета Восточной Англии провели сравнительный анализ более чем 70 комбинаций различных инструментов и настроек на 100 фиктивных геномах. Они состояли из реальных данных о секвенировании опухолевых тканей, которые в различных пропорциях дополнили информацией, полученной при секвенировании геномов бактерий. В процессе работы ученые определили две компьютерные программы, которые лучше всего подходят для обработки геномных последовательностей и выявления ДНК патогенных агентов.

Этими программами оказались mOTUs2 и Kraken. F-мера качества классификации при помощи этих программ составляла 0,9 и 0,91 соответственно (F-мерой называют гармоническое среднее между полнотой и точностью классификации; в идеале этот показатель должен стремиться к единице). На основе этих инструментов ученые разработали комбинированный алгоритм под названием SEPATH, который позволяет эффективно и точно установить взаимосвязь между метагеномикой (разнообразием генетического материала в образце) и самим заболеванием.

SEPATH проверили на нескольких реальных наборах данных, полученных при секвенировании образцов рака желудка и шейки матки. Достоверно известно, что эти заболевания часто обусловлены патогенным влиянием бактерий рода Helicobacter и вирусов рода Alphapapillomavirus соответственно. При детальном изучении в этих наборах обнаружились и многие другие потенциально опасные микроорганизмы. Так, в нескольких наборах данных по раку шейки матки алгоритм показал присутствие трепонемы — возбудителя сифилиса. В случае с раком желудка, кроме Helicobacter, в большинстве образцов были найдены гены вирусов рода Lymphocryptovirus — к ним, например, относится вирус Эпштейна — Барр.

«Мы только начинаем раскрывать роль, которую эти и другие патогены могут играть в развитии рака, — говорит ведущий автор исследования Дэн Брюэр. — Уже существует вакцина против ВПЧ, которая, как считается, предотвращает около 70 процентов случаев рака шейки матки. Мы надеемся, что благодаря выявлению бактерий и вирусов, связанных с другими видами рака, в будущем могут быть разработаны новые вакцины».

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
5 часов назад
10 минут
Василий Парфенов

Американский исследователь создал нейросеть, которая с точностью около 70% определяет политические убеждения человека, анализируя только его лицо. Ранее он уже сделал алгоритм, устанавливающий по фотографии сексуальную ориентацию. Оба этих эксперимента провели с целью опровергнуть так называемую новую френологию, а в итоге частично подтвердили псевдонаучные гипотезы.

7 часов назад
4 минуты
Ольга Иванова

Ученые из Австрии и Швейцарии описали хорошо сохранившийся скелет доисторической акулы Asteracanthus. Результаты исследований позволили выяснить, что длина рыбы составляла 2,5 метра: это делает акулу одной из самых больших для своего времени.

Вчера, 07:35
6 минут
Василий Парфенов

Приборы межпланетного зонда Juno, который исследует Юпитер, засекли близкий сигнал на частоте около 6,5 мегагерца, что находится в диапазоне высокочастотных радиоволн. На Земле они используются для ионосферной связи и загоризонтной радиолокации, но на орбите Юпитера их источник — природного происхождения.

11 января
6 минут
Мария Азарова

Авторы нового исследования получили доказательства того, что не только число партнеров для орального секса, но и другие факторы, которые ранее не принимали во внимание, влияют на риск заражения ВПЧ и последующее развите рака ротоглотки.

Позавчера, 08:20
11 минут
Мария Азарова

Проспективное когортное исследование более 309 тысяч взрослых жителей Великобритании выявило связь между моделями потребления алкоголя и риском неблагоприятных последствий для здоровья.

11 января
5 минут
Илья Ведмеденко

На территории Нигерии состоялось первое боевое применение нового китайского танка VT4. Он находится в числе главных конкурентов российских боевых машин на мировом рынке вооружений.

4 января
2 минуты
Илья Ведмеденко

В России приступили к летным испытаниям нового Ту-214. По имеющимся данным, речь идет о третьем и заключительном экземпляре Ту-214ПУ, изготовленном по контракту от 2017 года.

19.12.2020
38 минут
Александр Березин

За последние полвека люди в России (и не только) стали слабее на десятки процентов. Судя по всему, с такой же скоростью они теряют интерес к сексу и становятся уязвимее к ряду болезней. Речь идет не просто о снижении мужественности мужчин и все более слабых женщинах — перед нами прямая угроза здоровью обоих полов. Попробуем разобраться, что о ней известно.

23.12.2020
5 минут
Илья Ведмеденко

Российские инженеры создали опытный образец авиационного двигателя, предназначенного для стратегического бомбардировщика ПАК ДА.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Лучшие материалы
Предстоящие мероприятия
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: