Российские ученые изучили разнообразие белковых роторов
Ранее, для расшифровки структур белков использовали сложные и дорогостоящие экспериментальные методы. Исследователи из МФТИ предложили новый подход для предсказания структур больших белковых комплексов. Метод опробовали для предсказания свойств ферментов АТФ-синтаз, ключевых для энергетики любой живой клетки.
Работа опубликована в журнале PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. АТФ-синтаза использует потенциал на мембране для синтеза молекул аденозинтрифосфата (АТФ) — универсального «топливного элемента» живых систем. Этот фермент можно сравнить с электрическим мотором: у него есть неподвижная часть — статор и вращающаяся — ротор, который также называют с-кольцо. Ионы, переносимые АТФ-синтазой через мембрану, способствуют вращению ротора и синтезу АТФ статором. Сам ротор состоит из повторяющихся частей (с-субъединиц), количество которых и определяет, сколько ионов будет проходить через мембрану за один оборот и какого потенциала достаточно для работы белка.
Известны АТФ-синтазы, содержащие от восьми до 17 с-субъединиц. рентгеновскую кристаллографию или крио-электронную микроскопию. Однако развитие методов машинного обучения привело к созданию ряда прорывных подходов, в том числе и для предсказания белковых структур. Разработчики наиболее известного из них — AlphaFold — в 2024 году были удостоены Нобелевской премии по химии. При этом обычный AlphaFold не очень хорошо работает с большими белковыми комплексами, к которым относятся и АТФ-синтазы.
В своей работе исследователи из МФТИ предложили новый подход на основе AlphaFold, который позволил уверенно предсказывать количество субъединиц в белковых комплексах с вращательной симметрией. Для известных данных корреляция между предсказанием и экспериментальными значениями превзошла 90 процентов. Более того, подход оказался очень быстрым, благодаря чему стало возможно оценить количество субъединиц в АТФ-синтазах очень разных живых организмах.
«Самое неожиданное в наших результатах — это предсказание существования в природе микроорганизмов с очень крупным с-кольцом у АТФ-синтаз, в котором может быть до 27 повторяющихся субъединиц! Ранее в экспериментах ученые находили максимум 17 с-субъединиц. Что важно, моделирование методом молекулярной динамики подтверждает результаты этих предсказаний», — говорит Степан Осипов, первый автор опубликованной работы, аспирант Физтех-школы физики и исследований имени Ландау МФТИ.
Зачем природе нужны такие необычно большие с-кольца, если более «стандартные» роторы также демонстрируют высокую эффективность? Ответ на этот вопрос тесно связан с тем, в каких условиях обитают эти организмы. Возможно, они существуют при высоких температурах или в агрессивных средах, в которых постоянно теряют ионы через свои мембраны. Или дело может быть в малом энергетическом потенциале на мембране — тогда высокая кратность повторений в с-кольце призвана лучше «ловить» редкие протоны или ионы натрия. Подобные крупные роторы «потратят» больше протонов за один оборот, но позволят синтезировать АТФ при значительно меньших трансмембранных потенциалах. Чтобы проверить эти предположения, потребуются уже экспериментальные исследования реальных микроорганизмов, у которых по расчетам должны быть такие необычные с-кольца АТФ-синтаз.
«Это также означает, что для многих областей биотехнологии открываются новые возможности. К примеру, если научиться конструировать молекулярные “двигатели” с заданными параметрами, можно целенаправленно подстраивать эффективность энергетического обмена в клетках, создавать микроорганизмы для производства различных соединений в условиях, где традиционные штаммы не выживают», — комментирует Алексей Власов, старший научный сотрудник, и.о. заведующего лаборатории молекулярной клеточной биологии и оптогенетики МФТИ.
«Наша работа подсвечивает важность вычислительных алгоритмов на основе машинного обучения и искусственного интеллекта в современной структурной биологии, а также открывает новые возможности для поиска интересных белков в геномных данных и инженерии новых белков с заданными свойствами», — подытоживает Иван Гущин, исполнительный директор Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ.
Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда и Министерства науки и высшего образования России.
Telegram 
Дзен 
VK Правильно подобранные звуковые последовательности способны не только стимулировать рост растений, но и влиять на их урожайность. К такому выводу пришли авторы нового исследования. Они разработали технологию, которая позволяет воздействовать на процессы развития растений через акустические сигналы без использования генной инженерии или химикатов. В экспериментах добились повышения урожайности мяты, сои, болгарского перца и конопли.
Формально почти вся программа тринадцатого полета самой большой ракеты в истории выполнена. Однако испытания показали неполную отлаженность ключевого элемента системы. SpaceX оказывается в ситуации действительно плотных сроков: до намеченного возвращения людей на Луну всего два года и два месяца.
Сегодня на земле существует примерно 7500 языков, однако ученые давно подозревали, что в прошлом их было значительно больше. Международная группа лингвистов реконструировала историю языкового разнообразия за последние 12 тысяч лет и пришла к выводу, что человечество уже пережило «золотой век» языков, после которого их число начало быстро сокращаться.
Коллектив российских ученых из Института океанологии имени П. П. Ширшова РАН и МФТИ впервые детально описал синоптическую изменчивость плюма реки Печоры, который формируется в юго-восточной части Баренцева моря, называемой Печорским морем. Исследование показало, что эта опресненная водная масса способна резко разрастаться до площади 55 тысяч квадратных километров (более 60 процентов всего Печорского моря) не только во время весеннего половодья, когда речной сток максимален, но и в любой месяц лета, при условии что на нее воздействует ветер подходящего направления и скорости. Более того, ученые зафиксировали два редких, но регулярных явления: «линзы» пресной воды, отсоединившиеся от основного плюма, которые дрейфуют на сотни километров к Новой Земле, и частые затоки печорских вод в Карское море через пролив Карские Ворота.
Как нейросети меняют рынок дизайна, почему брендинг превращается в систему данных и какие навыки будут определять профессию дизайнера в ближайшие годы — рассказывает кандидат технических наук, заведующий кафедрой автоматизированного проектирования и дизайна НИТУ МИСИС Евгений Коржов.
Российские ученые разработали защитное покрытие для биорезорбируемых магниевых сплавов, которое позволяет замедлить коррозию материала и существенно уменьшить образование газа при его растворении в биологической среде.
Видеосервисы стали неотъемлемой частью жизни россиян. В 2026 году охваты большинства платформ продолжают расти, в том числе YouTube.
Древнеримские инженеры проложили колоссальную сеть дорог через Европу, Северную Африку и Ближний Восток, многие участки которой до сих пор поражают безупречной прямолинейностью. Секрет строительства заключался в использовании трех особых геодезических инструментов, с помощью которых разбивали местность на ровные отрезки и размечали трассы.
Очереди на заправках стали привычным явлением в России, а на фоне информационного вакуума от властей о конкретных показателях производства бензина в июне население вынуждено ориентироваться на слухи. Все это выглядит довольно странно, но есть нюанс: скорее всего, кризис уже начинает выдыхаться. Как именно мы это выяснили?
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно