Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Российские ученые изучили разнообразие белковых роторов
Ранее, для расшифровки структур белков использовали сложные и дорогостоящие экспериментальные методы. Исследователи из МФТИ предложили новый подход для предсказания структур больших белковых комплексов. Метод опробовали для предсказания свойств ферментов АТФ-синтаз, ключевых для энергетики любой живой клетки.
Работа опубликована в журнале PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics. АТФ-синтаза использует потенциал на мембране для синтеза молекул аденозинтрифосфата (АТФ) — универсального «топливного элемента» живых систем. Этот фермент можно сравнить с электрическим мотором: у него есть неподвижная часть — статор и вращающаяся — ротор, который также называют с-кольцо. Ионы, переносимые АТФ-синтазой через мембрану, способствуют вращению ротора и синтезу АТФ статором. Сам ротор состоит из повторяющихся частей (с-субъединиц), количество которых и определяет, сколько ионов будет проходить через мембрану за один оборот и какого потенциала достаточно для работы белка.
Известны АТФ-синтазы, содержащие от восьми до 17 с-субъединиц. рентгеновскую кристаллографию или крио-электронную микроскопию. Однако развитие методов машинного обучения привело к созданию ряда прорывных подходов, в том числе и для предсказания белковых структур. Разработчики наиболее известного из них — AlphaFold — в 2024 году были удостоены Нобелевской премии по химии. При этом обычный AlphaFold не очень хорошо работает с большими белковыми комплексами, к которым относятся и АТФ-синтазы.
В своей работе исследователи из МФТИ предложили новый подход на основе AlphaFold, который позволил уверенно предсказывать количество субъединиц в белковых комплексах с вращательной симметрией. Для известных данных корреляция между предсказанием и экспериментальными значениями превзошла 90 процентов. Более того, подход оказался очень быстрым, благодаря чему стало возможно оценить количество субъединиц в АТФ-синтазах очень разных живых организмах.
«Самое неожиданное в наших результатах — это предсказание существования в природе микроорганизмов с очень крупным с-кольцом у АТФ-синтаз, в котором может быть до 27 повторяющихся субъединиц! Ранее в экспериментах ученые находили максимум 17 с-субъединиц. Что важно, моделирование методом молекулярной динамики подтверждает результаты этих предсказаний», — говорит Степан Осипов, первый автор опубликованной работы, аспирант Физтех-школы физики и исследований имени Ландау МФТИ.
Зачем природе нужны такие необычно большие с-кольца, если более «стандартные» роторы также демонстрируют высокую эффективность? Ответ на этот вопрос тесно связан с тем, в каких условиях обитают эти организмы. Возможно, они существуют при высоких температурах или в агрессивных средах, в которых постоянно теряют ионы через свои мембраны. Или дело может быть в малом энергетическом потенциале на мембране — тогда высокая кратность повторений в с-кольце призвана лучше «ловить» редкие протоны или ионы натрия. Подобные крупные роторы «потратят» больше протонов за один оборот, но позволят синтезировать АТФ при значительно меньших трансмембранных потенциалах. Чтобы проверить эти предположения, потребуются уже экспериментальные исследования реальных микроорганизмов, у которых по расчетам должны быть такие необычные с-кольца АТФ-синтаз.
«Это также означает, что для многих областей биотехнологии открываются новые возможности. К примеру, если научиться конструировать молекулярные “двигатели” с заданными параметрами, можно целенаправленно подстраивать эффективность энергетического обмена в клетках, создавать микроорганизмы для производства различных соединений в условиях, где традиционные штаммы не выживают», — комментирует Алексей Власов, старший научный сотрудник, и.о. заведующего лаборатории молекулярной клеточной биологии и оптогенетики МФТИ.
«Наша работа подсвечивает важность вычислительных алгоритмов на основе машинного обучения и искусственного интеллекта в современной структурной биологии, а также открывает новые возможности для поиска интересных белков в геномных данных и инженерии новых белков с заданными свойствами», — подытоживает Иван Гущин, исполнительный директор Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ.
Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда и Министерства науки и высшего образования России.
Telegram 
Дзен 
VK Обломки, найденные на дне Кадисского залива, оказались потопленным Фрэнсисом Дрейком торговым судном
Ученые смогли установить, что обломки затонувшего корабля, обнаруженные на морском дне возле испанского города Кадис, принадлежали генуэзскому торговому судну. Его потопили в 1587 году, во время налета на город английской эскадры под командованием Фрэнсиса Дрейка.
Ученые, похоже, приблизились к разгадке происхождения пшеницы мягкой — той самой, из которой делают большую часть хлеба и другие мучные изделия. Согласно авторам нового исследования, она, предположительно, появилась 8000 лет назад на территории современной Грузии и Армении.
Клешни и жало скорпионов имеют участки, усиленные металлами. Авторы нового исследования выяснили, что в этих структурах содержатся строго определенные элементы — это напрямую связано с тем, как разные виды охотятся и защищаются.
Палеонтологи описали новый вид хищного клопа из мелового периода, передние лапы которого эволюционировали в клешни-пинцеты. Подобная анатомическая трансформация стала лишь четвертым задокументированным случаем за всю историю насекомых. Ископаемый вид получил название в честь корейской поп-группы Stray Kids из-за характерного положения застывших в смоле конечностей.
Релиз довольно неожиданно перенес время образования протонов и нейтронов в более раннее прошлое Вселенной. К сожалению, из его текста осталось неясным научное обоснование таких фундаментальных изменений в космологии. Также он резко передвинул в прошлое и момент возникновения реликтового излучения.
Спустя два с половиной года после того, как подводный аппарат обнаружил на дне залива Аляска загадочный «золотой шар», ученым, наконец, удалось разобраться в природе этого объекта. Они пришли к выводу, что это отброшенная часть оболочки или основания гигантской глубоководной актинии.
В последнее время пуски с российских северных космодромов осуществляют без предварительного уведомления, чего не было в прошлом. Вероятно, дело в недавно упомянутых главой «Роскосмоса» атаках на Плесецк во время пуска. Сегодняшний запуск обеспечил вывод на орбиту космических аппаратов военного назначения.
Четыре человека, летящие к Луне, столкнулись с целым рядом мелких неприятностей — от низкой температуры в начале работы до поломки мочевыводящей системы туалета на вторые сутки и необходимости взамен пользоваться пакетами. К счастью, пока самые крупные сложности удалось компенсировать. Но все они вместе могут сдвинуть ситуацию к решению, о котором Naked Science уже говорил в нашем видеоподкасте о миссии: не исключено, что при высадке астронавтов на Луне их корабль состыкуют со Starship не на окололунной, а уже на околоземной орбите.
Когда международная экспедиционная группа, исследующая море Уэдделла в Антарктиде на борту ледокола «Поларштерн», попыталась укрыться от шторма, ученые и экипаж судна удивились внезапному появлению острова, не обозначенного ни на одной морской карте.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно