Биофизики из МФТИ пролили свет на белковые взаимодействия — Naked Science
ФизТех

Биофизики из МФТИ пролили свет на белковые взаимодействия

4.3

Ученые из МФТИ разработали новый способ детекции белок-белковых взаимодействий в живых клетках. Полученный инструмент позволит исследовать межбелковые взаимодействия в анаэробных условиях и обеспечит основу для дальнейшего развития флуоресцентных и оптогенетических инструментов на основе доменов LOV.

Белки в чашке петри / ©Анна Юденко

Результаты работы опубликованы в журнале ACS Synthetic Biology. Чтобы увидеть конкретный белок в клетке, недостаточно просто посмотреть в микроскоп, так как типичный размер белков составляет порядка 10 нм, что во много раз меньше длины волны видимого света, а большинство белков при этом бесцветны. Для решения этой задачи нужно как-то пометить интересующий нас белок.

Один из способов — генетически прикрепить к нему (то есть внести изменения в его последовательность ДНК) флуоресцентный белок, который будет светиться при воздействии светом определенной длины волны. Наиболее часто используется всем известный GFP (Green Fluorescent Protein), однако он работает не при любых условиях. В качестве альтернативы могут быть использованы так называемые LOV-домены. Один из таких белков был разработан ранее учеными из МФТИ.

Задача усложняется, если хочется не просто посмотреть на один белок, а обнаружить взаимодействия двух разных. Один из возможных подходов — это использовать так называемые разделенные (по-английски — split) белки.

Три способа разреза флуоресцентного LOV-домена. Синими и оранжевыми спиралями показаны модельные взаимодействующие белки. Серым показаны части флуоресцентного белка до взаимодействия. Зеленым показан светящийся LOV-домен. FMN (флавинмононуклеотид) — молекула, которая нужна для поглощения и испускания света / ©ACS Synthetic Biology / Copyright (2021) American Chemical Society

«Представьте, что мы разделили лампочку на две части и дали эти части двум людям. Когда два человека подойдут друг к другу (и только в этом случае), лампочка соберется из двух половинок и начнет светиться. В нашем случае два человека — это два белка, про которых мы хотим узнать, взаимодействуют ли они в клетке, и если да, то в какой именно ее части. А лампочка — это светящийся белок, который разделили на две части и прикрепили их к исследуемым белкам», — прокомментировала Анна Юденко, сотрудник Центра исследования молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ.

Однако подобрать такие части белка, которые после разделения смогут снова собраться и флуоресцировать, — большая работа. По отдельности части белка могут быть нестабильны или выпадать в осадок или наоборот связываться друг с другом слишком сильно. Чтобы уменьшить риски, ученые в первую очередь провели биоинформатический анализ, который показал наилучшие места для разрезания флуоресцентного белка.

После этого было создано несколько десятков генетических конструкций, в которых соединили последовательности ДНК, кодирующие модельные белки и половинки флуоресцентного белка. В результате были найдены наилучшие варианты, которые давали хороший сигнал как на бактериальных клетках — кишечной палочки — так и на клетках человеческой нейробластомы (рисунок 2).

Рисунок 2. Слева — клетка нейробластомы человека с собранными флуоресцентными белками, пришитыми к двум модельным взаимодействующим молекулам, которые скапливаются в митохондриях. Светятся в основном митохондрии. Справа — бактерии, в которых собрался разделенный флуоресцентный белок / ©ACS Synthetic Biology / Copyright (2021) American Chemical Society

Полученный инструмент позволит исследовать межбелковые взаимодействия в анаэробных условиях и обеспечит основу для дальнейшего развития флуоресцентных и оптогенетических инструментов на основе доменов LOV. 

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), известен также как Физтех — ведущий российский вуз по подготовке специалистов в области теоретической, экспериментальной и прикладной физики, математики, информатики, химии, биологии и смежных дисциплин. Расположен в городе Долгопрудном Московской области, отдельные корпуса и факультеты находятся в Жуковском и в Москве.
Вчера, 11:36
68 минут
Ольга Иванова

Своими корнями история Армении уходит в глубокую древность и неразрывно связана с историей всего Древнего мира. Но зачастую, зная в деталях историю Рима и Древней Греции, мы в гораздо меньшей степени осведомлены о событиях, происходивших в Античное время в Армении, оказавшейся на перекрестке цивилизаций Запада и Востока. В силу многих причин она не попала в должном объеме в учебники и незнакома тем, кто интересуется историей. Попытаемся хоть немного исправить эту несправедливость.

Вчера, 15:39
5 минут
Илья Ведмеденко

Специалистам «Роскосмоса» удалось запустить основные двигатели нового модуля «Наука». Ранее сообщалось о технических неполадках, возникших после старта.

Позавчера, 10:07
6 минут
Сергей Васильев

Первые сейсмические данные о внутренней структуре Красной планеты показали ее удивительно толстую кору и большое расплавленное ядро.

Вчера, 11:36
68 минут
Ольга Иванова

Своими корнями история Армении уходит в глубокую древность и неразрывно связана с историей всего Древнего мира. Но зачастую, зная в деталях историю Рима и Древней Греции, мы в гораздо меньшей степени осведомлены о событиях, происходивших в Античное время в Армении, оказавшейся на перекрестке цивилизаций Запада и Востока. В силу многих причин она не попала в должном объеме в учебники и незнакома тем, кто интересуется историей. Попытаемся хоть немного исправить эту несправедливость.

21 июля
4 минуты
Сергей Васильев

До сих пор было неизвестно, могут ли плоды передавать сигналы материнскому растению, но опыты, поставленные на томатах, показали, что это действительно происходит.

Вчера, 15:39
5 минут
Илья Ведмеденко

Специалистам «Роскосмоса» удалось запустить основные двигатели нового модуля «Наука». Ранее сообщалось о технических неполадках, возникших после старта.

13 июля
5 минут
Ольга Иванова

Международная команда ученых идентифицировала ДНК из почвы в грузинской пещере. Благодаря этому исследователям удалось восстановить геном человека возрастом 25 тысяч лет, не имея никаких скелетных останков.

8 июля
7 минут
Василий Парфенов

Подросток из бельгийского города Остенде стал вторым самым юным обладателем высшего образования в обозримой истории. Он с отличием окончил курс физики в Антверпенском университете и теперь собирается защитить магистерскую степень, а затем и докторскую диссертацию в этой области. Цель у него простая и понятная: увеличение продолжительности жизни человека вплоть до полного бессмертия за счет замены частей тела и органов механическими или искусственными.

11 июля
28 минут
Александр Березин

Еще год назад почти все были уверены, что эпидемия быстро закончится. Ведь научные исследования говорили: иммунитет переболевших очень сильный, а повторные заболевания крайне редки. Российские власти все еще верят в это: глава Роспотребнадзора Анна Попова утверждает, будто повторно болеет только 1%. От этого в России до сих пор ждут достижения «группового иммунитета» осенью — и, разумеется, снятия ковидных ограничений. К сожалению, это пустые надежды. Данные из других стран вообще не показывают реальной возможности достичь группового иммунитета за счет переболевших. Разбираемся в деталях.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: