Как ИИ изменит нашу жизнь — в специальном проекте Naked Science!
Перейти
  • Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
08.09.2020
Сколтех
1 168

В Сколтехе узнали, как бактерии собирают «разведданные» о бактериофаге

4.1

Ученые Сколтеха из лаборатории профессора Северинова исследовали малоизученный тип системы CRISPR-Cas у бактерий, обитающих в условиях чрезвычайно высоких температур. В ходе исследования было установлено, как система CRISPR-Cas распознает угрозу, собирая фрагменты генетической информации бактериофага в своей генетической «базе данных», которую она использует для борьбы с инфекциями. Понимание этого механизма открывает перспективы для дальнейших генетических манипуляций как с бактериями, так и с их вирусами-фагами.

Термальные источники Камчатки, где обитают бактерии Thermus thermophilus / ©i.baraholka.com.ru

Результаты исследования опубликованы в журнале Nucleic Acids Research. CRISPR-Cas – это класс мощных защитных систем, которые большинство прокариот используют для распознавания и уничтожения чужеродного генетического материала, например, бактериофагов. Каждая из таких систем представляет собой набор белков Cas, которые расщепляют нуклеиновые кислоты и используют фрагменты чужеродных последовательностей из массивов данных CRISPR, хранящихся в хромосоме клетки.

Белки Cas действуют подобно наряду полиции, получившему ориентировку на преступника: они образуют комплексы с короткими CRISPR РНК, содержащими информацию о генетическом «захватчике», ищут комплементарные CRISPR РНК нуклеиновые кислоты, а затем распознают и уничтожают их.

В зависимости от типа белков Cas, системы CRISPR-Cas подразделяют на шесть типов. Наименее изученным и наиболее сложным типом белков Cas является III тип. «Системы III типа существенно отличаются от всех остальных. Во-первых, в отличие от систем других типов, они распознают не ДНК, а чужеродную РНК. Во-вторых, как это ни странно, распознав РНК-мишень, системы этого типа, тем не менее, уничтожают ДНК, с которой данная РНК была транскрибирована», − рассказывает первый автор статьи Константин Северинов.

Он и его коллеги исследовали систему CRISPR-Cas III типа у гипертермофильной бактерии Thermus thermophilus, обитающей в горячих источниках по всему миру. Ученых интересовало, каким образом бактерия получает спейсеры, то есть «записи» для своей «базы данных» CRISPR. Спейсеры — это фрагменты чужеродной ДНК, встроившиеся в ДНК бактерии и выполняющие роль «печатных форм» для CRISPR РНК, используемых в дальнейшем для распознавания новых инфекций.

«Thermus − термофильная бактерия, она существует при температуре 65 градусов и выше, поэтому ее удобно использовать в качестве модели для биохимического и особенно структурного анализа, так как ее белки очень устойчивы. Однако, есть и отрицательный момент: бактерию Thermus, как правило, рассматривают не как микроб, а, скорее, просто как источник стабильных белков для прикладных и фундаментальных исследований, − отмечает Северинов.

– Наименее понятным в иммунитете CRISPR является механизм появления новых спейсеров, который во многих отношениях работает скорее по ламарковскому, чем по дарвиновскому принципу. В случае систем CRISPR III типа ситуация оказывается еще сложнее, поскольку к узнаванию чужеродной РНК способны только те спейсеры, которые при встраивании в ДНК клетки были ориентированы определенным образом. Для других типов систем CRISPR-Cas такого требования нет. Нам хотелось понять, как системе III типа удается успешно приобретать спейсеры, способные обеспечить эффективную защиту хозяйской клетки».

Исследователи вырастили клетки T. thermophilus в лабораторных условиях и инфицировали их бактериофагом, выделенным ранее из горячего источника на Камчатке, а затем наблюдали за появлением новых спейсеров типа III в инфицированных бактериях. Ученые показали, что все новые спейсеры были получены из крошечной области генома бактериофага, который первым попадает в инфицированную клетку бактерии.

Вероятно, инфицированной клетке удается избавиться от инфекции и выжить благодаря тому, что она распознает угрозу уже на ранней стадии, а не потому, что система CRISPR III типа обладает особым внутренним механизмом, который выбирает спейсеры неслучайным образом. В результате, 50 процентов приобретенных спейсеров имеют неправильную ориентацию, а значит, не могут обеспечить защиту клетки. Исследователи предполагают, что та область фагового генома, из которого поступают спейсеры, может кодировать белки анти-CRISPR, поэтому для клетки жизненно важно, чтобы защита сработала до того, как она будет нейтрализована.

Ученые также показали, что некоторым фагам удалось уцелеть под воздействием защиты CRISPR-Cas III типа, но ради этого им пришлось пожертвовать мелкими фрагментами ДНК из целевых областей генома. «Тот факт, что мы можем выявлять выжившие фаги, которые удаляют области, распознаваемые защитными CRISPR РНК, означает, что мы можем легко создавать мутанты фагов, направляя на них специально сконструированные CRISPR РНК, распознающие интересующие нас области генома, − объясняет Константин Северинов.

– Если учесть, что нам очень мало известно о вирусах, инфицирующих термофильные бактерии, наши результаты открывают возможности для исследования этих вирусов с помощью сконструированных CRISPR РНК и определения функций отдельных генов вирусов». Исследование было поддержано грантами Российского научного фонда (РНФ). В работе принимали участие специалисты Института молекулярной генетики РАН, Института микробиологии Ваксмана при Ратгерском университете (США) и Государственного университета Нью-Джерси (США). 

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Сколковский институт науки и технологий — негосударственный технологический университет, расположенный в инновационном центре Сколково. Институт был создан в 2011 году при поддержке Массачусетского технологического института. Модель института предусматривает тесную интеграцию технологического образования, исследовательской работы и предпринимательских навыков. Институт ведёт обучение по программам магистратуры и PhD, рабочий язык — английский.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Вчера, 13:18
Анна Новиковская

Человечество неустанно в своих поисках следов внеземной жизни, но чаще всего принимает желаемое за действительное, например произведенный живыми организмами газ в атмосфере Земли за свидетельство присутствия жизни на Венере.

1 декабря
Александр Березин

«Многозубый плавающий охотник», найденный в Монголии, стал первым нептичьим динозавром со строением тела, указывающим на подобный образ жизни.

Позавчера, 12:31
Алиса Гаджиева

Серию секретных рисунков и надписей, добавленных таинственной женщиной-переписчицей, обнаружили в рукописи возрастом более 1200 лет.

30 ноября
НИУ ВШЭ

Около трети россиян с высшим образованием работают не в той сфере, в которой учились, выше всего этот показатель в сельском хозяйстве и обслуживании. При этом работа не по специальности оборачивается снижением зарплаты на 7–14 процентов. К таким выводам пришли исследователи из Высшей школы экономики совместно с коллегами из Португалии.

28 ноября
Анна Новиковская

Множество людей страдают от избыточного веса, и правильное питание — один из ключевых способов его избежать. Теперь австралийские ученые выяснили, что ежедневный перекус горсточкой сырого миндаля в долгосрочной перспективе может способствовать гормональной регуляции аппетита и сокращению потребляемой пищи.

28 ноября
Сергей Васильев

Люди с крайней избирательностью в пище воспринимают одни и те же блюда по-разному в зависимости от цвета посуды, из которой едят. Эксперименты продемонстрировали, что пища в белых мисках кажется им менее привлекательной, а в синих — более соленой.

19 ноября
Анна Новиковская

В последний раз черношейного фазанового голубя видели еще в 1882 году, и с тех пор ученые не знали, живет ли еще в лесах острова Фергуссон эта красивая птица. Теперь, наконец, им повезло: одна из камер запечатлела представителя редчайшего подвида фазановых голубей.

24 ноября
Редакция

Режиссер Илай Сасик (Eli Sasich), вдохновившись классическими научно-фантастическими фильмами «Чужой» и «Бегущий по лезвию», несколько лет назад снял короткометражный фильм «Атропа», который стоит посмотреть, если вы интересуетесь наукой и космическими технологиями.

24 ноября
Анна Новиковская

В то время как основные мировые языки со временем упрощают письменность, существует одно яркое исключение: китайский язык. За свою историю, насчитывающую три тысячелетия, его система письма становилась только сложнее и до сих пор остается крайне сложной для изучения.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: