• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
17.12.2018
Редакция Naked Science
537

Ученые разработали эффективную стратегию секвенирования тРНК для изучения активности микробиома

Разработка четкой картины динамики тРНК позволит понять активность естественных микробиомов и изучить их реакцию на внешние факторы окружающей среды, такие как изменение температуры или доступность питательных веществ.

maxresdefault
©Wikipedia / Автор: Sycophanta Duccius

Исследователи из Чикагского университета разработали стратегию высокоэффективного секвенирования РНК для изучения активности кишечного микробиома. В новом исследовании, опубликованном в журнале Nature Communications, группа ученых во главе с профессором биохимии и молекулярной биологии Тао Паном (Tao Pan) из Чикагского университета продемонстрировала применение секвенирования  транспортных РНК (тРНК) к образцам кишечного микробиома у мышей, которые соблюдали диету с низким или высоким содержанием жира. Новые инструменты анализируют тРНК, которые переводят генетическую информацию, закодированную в ДНК, в белки, выполняющие основные биологические функции.

 

С помощью инновационного оборудования и вычислительной стратегии, которая описана в исследовании, ученым удалось создать каталог молекул тРНК, извлеченных из образцов кишечника, и проследить их путь к бактериям, ответственным за их экспрессию, а также измерить химические модификации тРНК после транскрипции.

 

Каждая тРНК в бактериях имеет в среднем восемь химических модификаций, которые по-разному влияют на ее функционирование. Новая высокоэффективная стратегия секвенирования и анализа позволяет обнаружить два из них и измерить количество изменений по шкале от нуля до 100 процентов на каждом участке. Уровень одной модификации, названной m1A, был выше в кишечном микробиоме мышей, рацион которых включал высокое содержание жиров. Это первый случай, когда исследователям удалось наблюдать изменение уровня модификации тРНК в каком-либо микробиоме.

 

Модификация m1A помогает синтезировать определенные типы белков, которые могут быть распространены в рационе с высоким содержанием жиров, однако исследователи пока не знают, связано ли возникновение различий в модификации с подобной диетой.

 

«Существует несколько способов изучить активность микробиома, но нет ничего быстрее и эффективнее, чем секвенирование. Результатом нашего исследования стала разработка нового метода, который сообщает об активности микробиома через тРНК, обеспечивая высокую пропускную способность, что действительно ценно», — подытоживают ученые.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
21 ноября
Елизавета Александрова

До сих пор нашу Галактику считали типичным примером того, как все устроено в любых спиральных галактиках. Но недавно астрономы рассмотрели сотню максимально похожих аналогов Млечного Пути и обнаружили, что большинство из них все же заметно отличаются.

Позавчера, 10:30
НовГУ

В этой посуде можно готовить растворы с ионами серебра и меди, которые обладают мощным антимикробным, противовирусным и иммуностимулирующим действием. Это поможет в профилактике и лечении инфекционных и вирусных заболеваний (в том числе ОРВИ, гриппа, коронавируса), повысит иммунитет населения и предотвратит эпидемии.

21 ноября
Дарья Г.

Бурная эволюция массивных звезд играет большую роль во Вселенной. Именно они ионизируют межзвездный газ и, взрываясь сверхновыми, насыщают космос более тяжелыми элементами. Поэтому ученые так заинтересованы в их изучении. И вот астрономам впервые удалось получить снимок ближайших окрестностей красного сверхгиганта вне Млечного Пути.

19 ноября
Юлия Трепалина

Ученые из Аргентины в серии экспериментов проследили за поведением домашних собак во время разногласий между членами семьи и выявили у четвероногих питомцев ряд характерных реакций на конфликт.

17 ноября
Юлия Позднякова

Евгений Левичев с командой коллег работает над созданием источника синхротронного излучения — по сути большого рентгеновского «микроскопа», с помощью которого геологи, биологи, химики и другие специалисты смогут получить новую и полезную информацию. Задача у Евгения Борисовича непростая — сделать установку с рекордными параметрами: придумать оригинальные технические решения, смоделировать процесс и настроить все наилучшим образом. Член-корреспондент РАН Евгений Борисович Левичев — директор Центра коллективного пользования «Сибирский кольцевой источник фотонов» (ЦКП «СКИФ») и заместитель директора Института ядерной физики им. Г. И. Будкера СО РАН (ИЯФ СО РАН).

18 ноября
Дарья Мостовая

Ефим Аркадьевич Хазанов — академик РАН, доктор физико-математических наук, главный научный сотрудник отдела нелинейной и лазерной оптики в Институте прикладной физики им. А.В. Гапонова-Грехова РАН (Нижний Новгород), значимая фигура в российской науке. За 40 лет в науке он внес огромный вклад в развитие лазерной физики и нелинейной оптики — разработал фемтосекундный лазерный комплекс PEARL, предложил идею по созданию мегасайенс проекта XCELS, создал новое направление — термооптику магнитоактивных сред и многое другое. В 2018 году академик Хазанов был удостоен Государственной премии Российской Федерации. Он автор более 350 статей в рецензируемых научных журналах, а его работы были процитированы более 40 тысяч раз. Индекс Хирша Хазанова составляет 79. Ефим Аркадьевич рассказал нам о профессиональном пути, воспитании аспирантов, текущих исследованиях и своей жизни вне науки.

30 октября
Елизавета Александрова

Под рыжим верхним слоем с виду обычного камня открылся целый калейдоскоп довольно неожиданных оттенков. Это особенно интересно с учетом того, где лежит камень — в марсианском кратере, который по всем признакам когда-то был озером.

16 ноября
Evgenia

Международная коллаборация физиков под руководством ученых из Йельского университета в США представила самые убедительные на сегодня подтверждения существования нового типа сверхпроводящих материалов. Доказательство существования нематической фазы вещества — научный прорыв, открывающий путь к созданию сверхпроводимости совершенно новым способом.

31 октября
Татьяна

Органические молекулы с пи-связью образуют очень устойчивые геометрии, которые не любят нарушаться. В 1924 году немецкий химик Юлиус Бредт сформулировал соответствующий запрет, вошедший в учебники химии. Тем не менее это в некоторых случаях возможно. В новой работе американские исследователи представили несколько «антибредтовских» соединений из класса олефинов.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно