Ученые разработали эффективную стратегию секвенирования тРНК для изучения активности микробиома — Naked Science
17.12.2018
4 минуты
Редакция
226

Ученые разработали эффективную стратегию секвенирования тРНК для изучения активности микробиома

Разработка четкой картины динамики тРНК позволит понять активность естественных микробиомов и изучить их реакцию на внешние факторы окружающей среды, такие как изменение температуры или доступность питательных веществ.

maxresdefault

Исследователи из Чикагского университета разработали стратегию высокоэффективного секвенирования РНК для изучения активности кишечного микробиома. В новом исследовании, опубликованном в журнале Nature Communications, группа ученых во главе с профессором биохимии и молекулярной биологии Тао Паном (Tao Pan) из Чикагского университета продемонстрировала применение секвенирования  транспортных РНК (тРНК) к образцам кишечного микробиома у мышей, которые соблюдали диету с низким или высоким содержанием жира. Новые инструменты анализируют тРНК, которые переводят генетическую информацию, закодированную в ДНК, в белки, выполняющие основные биологические функции.

 

С помощью инновационного оборудования и вычислительной стратегии, которая описана в исследовании, ученым удалось создать каталог молекул тРНК, извлеченных из образцов кишечника, и проследить их путь к бактериям, ответственным за их экспрессию, а также измерить химические модификации тРНК после транскрипции.

 

Каждая тРНК в бактериях имеет в среднем восемь химических модификаций, которые по-разному влияют на ее функционирование. Новая высокоэффективная стратегия секвенирования и анализа позволяет обнаружить два из них и измерить количество изменений по шкале от нуля до 100 процентов на каждом участке. Уровень одной модификации, названной m1A, был выше в кишечном микробиоме мышей, рацион которых включал высокое содержание жиров. Это первый случай, когда исследователям удалось наблюдать изменение уровня модификации тРНК в каком-либо микробиоме.

 

Модификация m1A помогает синтезировать определенные типы белков, которые могут быть распространены в рационе с высоким содержанием жиров, однако исследователи пока не знают, связано ли возникновение различий в модификации с подобной диетой.

 

«Существует несколько способов изучить активность микробиома, но нет ничего быстрее и эффективнее, чем секвенирование. Результатом нашего исследования стала разработка нового метода, который сообщает об активности микробиома через тРНК, обеспечивая высокую пропускную способность, что действительно ценно», — подытоживают ученые.

Позавчера, 16:05
5 минут
Илья Ведмеденко

Исследователей в очередной раз удивили привычки кошек: как оказалось, они не прочь питаться одним человеческим трупом на протяжении месяца, несмотря на наличие других тел.

Позавчера, 12:24
7 минут
ТГУ

Старший научный сотрудник лаборатории «Гербарий» БИ ТГУ Вера Костикова совместно с новосибирскими коллегами выявила ценные лекарственные свойства у спиреи – кустарника, используемого в озеленении городов и дачных участков. Фитохимическое исследование показало, что растение обладает противовирусной и антиоксидантной активностью, что делает его перспективным для использования в медицине.

Вчера, 17:36
26 минут
Александр Березин

Многие считают зимнее купание «церковным обычаем». Однако на деле Церковь всегда выступала против него, считая нехристианским, и вредным для здоровья. При всей внешней разумности этой позиции, на самом деле, такие купания могут быть даже полезны — но не для всех. Выясняем, как именно и почему.

Позавчера, 16:05
5 минут
Илья Ведмеденко

Исследователей в очередной раз удивили привычки кошек: как оказалось, они не прочь питаться одним человеческим трупом на протяжении месяца, несмотря на наличие других тел.

Позавчера, 12:24
7 минут
ТГУ

Старший научный сотрудник лаборатории «Гербарий» БИ ТГУ Вера Костикова совместно с новосибирскими коллегами выявила ценные лекарственные свойства у спиреи – кустарника, используемого в озеленении городов и дачных участков. Фитохимическое исследование показало, что растение обладает противовирусной и антиоксидантной активностью, что делает его перспективным для использования в медицине.

Вчера, 17:36
26 минут
Александр Березин

Многие считают зимнее купание «церковным обычаем». Однако на деле Церковь всегда выступала против него, считая нехристианским, и вредным для здоровья. При всей внешней разумности этой позиции, на самом деле, такие купания могут быть даже полезны — но не для всех. Выясняем, как именно и почему.

Позавчера, 16:05
5 минут
Илья Ведмеденко

Исследователей в очередной раз удивили привычки кошек: как оказалось, они не прочь питаться одним человеческим трупом на протяжении месяца, несмотря на наличие других тел.

20.12.2019
24 минуты
Ольга Иванова

На самом деле, на логотипе этих гаджетов вовсе не яблоко, а контаминация знаков птицы и огня. Потому что символ компании VinSmart, входящей в корпорацию VinGroup, — энергия, устремленная ввысь. Это настоящее вьетнамское чудо, выросшее на продаже лапши быстрого приготовления, а теперь имеющее сеть супермаркетов, отелей, школ, производящее автомобили, кондиционеры, телевизоры, электроскутеры, умные дома и смартфоны для местного населения. Впрочем, не только для местного — гаджеты от VinGroup уже вышли на российский рынок. Naked Science побывал на заводе во Вьетнаме и узнал все о том, как их делают.

7 января
44 минуты
Александр Березин

Вашингтон и Тегеран близки к войне как никогда за последние годы. Но, скорее всего, США не пойдут дальше ограниченных ударов. Слишком уж неприятные последствия имели предшествующие силовые операции Штатов в Иране. Попробуем разобраться, что именно их остановит на этот раз.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Лучшие материалы
Предстоящие мероприятия
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: