Нуклеосомы могут подавлять эффективность расщепления CRISPR/Cas9

Техника по редактированию генов CRISPR/Cas9 использует РНК для обнаружения и удаления сегментов ДНК. Но что происходит, если целевой сегмент — часть нуклеосомы? В более раннем исследовании ученые предполагали, что в таких случаях снижается эффективность расщепления. В новой работе исследователи из Университета Юты обнаружили, что использование CRISPR/Cas9 действительно малоэффективно при применении на нуклеосомах. Работа была опубликована в журнале National Academy of Sciences.

Нити ДНК очень маленькие, но длинные: если их вытянуть, они достигают около двух метров в длину. Клетки обладают механизмами, которые помогают упаковать ДНК в их ядра. Этот механизм сворачивает нити в комки вокруг отдельных белков. Такие свернутые комки известны как нуклеосомы. Следуя логике, у техники по редактированию ДНК могут возникнуть сложности из-за проблем с доступом. Другие исследователи предполагали наличие таких проблем, но не изучали их. Теперь же ученые решили выяснить раз и навсегда, будет ли техника CRISPR/Cas9 так же эффективна на нитях, являющихся частью нуклеосом, как и на обычных нитях ДНК.

Они испытали технику CRISPR/Cas9 на различных направляющих РНК живых дрожжей, что позволило редактировать разные целевые участки. Однако лишь некоторые из них были нуклеосомами.

Исследователи сообщают, что эффективность расщепления в нуклеосомах была намного ниже, чем на других участках. Они также обнаружили, что при использовании техники, известной как «цинковые пальцы», таких изменений не наблюдалось. Группа предполагает, что для большей эффективности испытания техники по редактированию генов должны начинаться с нуклеосом.