• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
28.04.2020
Сколтех
5 290

Показано, как белок-универсал помогает бактериофагам обезоруживать свою жертву

4.7

Исследователи Сколтеха из лаборатории профессора Северинова совместно с коллегами из Швейцарии и Израиля исследовали малоизученный механизм защиты бактерий от вирусов – BREX, и продемонстрировали, что его можно «отключить» при помощи вирусного белка, имитирующего ДНК.

Бактериофаг / ©apendix.ru

Результаты исследования опубликованы в журнале Nucleic Acids Research. Между бактериями и их вирусами-бактериофагами идет непрекращающаяся война, в которой, как и во всякой войне, чрезвычайно важно уметь отличать своего от чужого. Для защиты от вирусов некоторые бактерии с помощью так называемых систем рестрикции-модификации (RM) научились «маркировать» свой генетический материал путем метилирования его отдельных участков.

Все «немаркированные» ДНК, например, ДНК бактериофага, распознаются, а затем разрушаются ферментами-эндонуклеазами. Некоторые фаги, в свою очередь, научились «спасаться» от RM-систем, используя белки, имитирующие немаркированную ДНК. Эндонуклеаза воспринимает такой белок как ДНК в силу их химической схожести и связывается с ним, что предотвращает «атаку» на ДНК фага.

Структура генного кластера BREX типа I из Escherichia coli / ©academic.oup.com

Аспирант Сколтеха Артем Исаев и его коллеги из Тель-Авивского университета и Научно-исследовательского центра Philip Morris International показали, что Ocr – белок хорошо изученного фага T7, имитирующий ДНК, представляет собой универсальный инструмент, который не только является ингибитором RM-систем, но и способен защищать фага от системы BREX (BacteRiophage EXclusion). BREX – это еще один способ защиты бактерий от фагов. Он используется многими бактериями и, в том числе, кишечной палочкой Escherichia coli, которая часто становится «жертвой» фага T7.

«Пять лет назад мы знали, что бактерии могут защищаться от вирусов с помощью RM-систем, CRISPR-системы и токсин-антитоксиновых систем. В последние годы с помощью методов биоинформатики было предсказано, что эти системы – лишь малая часть огромного многообразия защитных механизмов, которые бактерии используют для борьбы с фагами.

BREX стала первой среди новых предсказанных систем, защитное действие которой было показано в экспериментах. Такими системами обладает приблизительно одна десятая часть всех микроорганизмов, а у бактерий эти системы встречаются даже чаще, чем знаменитые CRISPR-системы. При этом нам пока неизвестно, как именно BREX-системы спасают бактерии от инфекции», – сказал Исаев.

Белок Ocr бактериофага Т7 мимикрирует под ДНК, «обманывая» систему BREX у кишечной палочки / ©Павел Одинев / Пресс-служба Сколтеха

В отличие от RM-систем, BREX не разрушает ДНК фага. Возможно, она каким-то образом препятствует ее репликации внутри зараженной клетки. Известно, что практически во всех механизмах BREX используется метилтрансфераза BrxX – фермент, отвечающий за «маркировку» ДНК бактерии с целью ее самораспознавания. По-видимому, белок Ocr связывается с метилтрансферазой BrxX и выключает ее. В результате клетка теряет возможность отличить свою ДНК от ДНК фага и не может бороться с инфекцией.

«Мы показали, что Ocr взаимодействует с метилтрансферазой, блокируя метилирование хозяйской ДНК. Теоретически это могло бы вызвать аутоиммунную реакцию: поскольку хозяйская ДНК уже не «маркирована» как таковая, она может подвергаться атаке со стороны системы BREX. Однако этого не происходит. Чтобы понять, как именно Ocr преодолевает BREX, в будущем нам необходимо будет понять принципы защитного действия BREX», – объяснил Исаев.

Так как системы защиты бактерий от вирусов в основном строятся на распознавании чужеродной ДНК, инструменты на их основе могут использоваться в молекулярной биологии и медицине. Благодаря открытию RM-систем и описанию механизма их работы стало возможным молекулярное клонирование, а открытие систем CRISPR положило начало геномному редактированию. Кроме того, исследование средств защиты бактерий и фагов может помочь в поиске и подборе вирусов для борьбы с резистентными к антибиотикам бактериями.

«История борьбы бактерий с фагами насчитывает миллиарды лет. Эта непрекращающаяся «гонка вооружений» является одной из основных движущих сил эволюции в мире микроорганизмов. Обе стороны накопили богатый арсенал стратегий борьбы друг с другом. Лично мне интересно узнать, какие еще тайны хранит в себе геном и какие новые механизмы мы сможем открыть, изучить и применить в будущем», – отметил в заключение Исаев.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Сколковский институт науки и технологий — негосударственный технологический университет, расположенный в инновационном центре Сколково. Институт был создан в 2011 году при поддержке Массачусетского технологического института. Модель института предусматривает тесную интеграцию технологического образования, исследовательской работы и предпринимательских навыков. Институт ведёт обучение по программам магистратуры и PhD, рабочий язык — английский.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
3 февраля
Сергей Васильев

В горных лесах на востоке Африки обнаружили крошечных тростнянок. В отличие от подавляющего большинства «нормальных» лягушек, они не способны издать ни звука, а при необходимости найти партнера делают это на ощупь.

3 февраля
Михаил Орлов

Голожаберные моллюски — группа морских брюхоногих с броской внешностью. Среди их уникальных способностей — так называемая клептокнидия, то есть «‎заимствование» стрекательных клеток у полипов, которых эти моллюски поедают. В своей новой статье российские зоологи разобрались в тонкостях этого необычного явления.

8 часов назад
Анна Новиковская

Хотя во время беременности нагрузка на женское тело возрастает, медики утверждают, что физическая активность пойдет матери и ребенку только на пользу.

2 февраля
НИУ ВШЭ

Изучая потребление алкоголя, экономисты и социологи обычно связывают его с условиями жизни людей и их человеческим капиталом: образованием, опытом работы, знаниями. Ученые из Лаборатории исследований рынка труда и Лаборатории экономико-социологических исследований НИУ ВШЭ обратили внимание на некогнитивные навыки, формирующиеся в детстве и подростковом возрасте, и выяснили, что эти качества во многом определяют вероятность злоупотребления спиртным и сокращают степень влияния образования.

3 февраля
Василий Парфенов

«Недостаточно комковатая» — так описал обнаруженную аномалию один из авторов нового исследования. В нем на основе наблюдений сразу двух обсерваторий, работающих с разными диапазонами излучений, удалось создать карту распределения материи во Вселенной с беспрецедентной точностью. Благодаря этому выяснилось, что стандартная модель — главная современная теория мироустройства, описывающая все частицы, поля и взаимодействия, кроме гравитации — имеет все шансы быть неполной.

31 января
ФизТех

Ученым из МФТИ и ОИВТ РАН удалось построить теоретическую модель для описания процесса роста оксидной пленки на поверхности стали в контакте с тяжелым жидкометаллическим расплавом свинец-висмут — теплоносителем, который может использоваться в реакторах нового поколения на быстрых нейтронах. Оксидная пленка — результат коррозии, но ее образование защищает от очень быстрой (жидкометаллической и межкристаллитной) коррозии. Понимание процесса коррозии стали в контакте с теплоносителем необходимо для обоснования безопасности эксплуатации подобных реакторов.

10 января
Алиса Гаджиева

Исследователи, изучающие систему обороны Великой стены, обнаружили следы более 130 секретных сквозных проходов и полагают, что это только начало.

25 января
Василий Парфенов

Пока фанаты SpaceX увлеченно следят за достижениями компании, астрономы грустно наблюдают, как их работа становится сложнее с каждым запуском спутников Starlink. Прогресс не проходит без жертв. Поэтому различные научные ассоциации ищут способы снизить негативное влияние множества новых рукотворных объектов в околоземном пространстве на качество данных, получаемых телескопами. Некоторые решения со стороны выглядят экстремальными — например, теперь лазеры для корректировки адаптивной оптики можно не выключать, если в поле зрения есть спутник Starlink. А это десятки ватт излучения!

9 января
Александр Березин

Избыточный вес убивает куда больше людей, чем войны с голодом вместе. До самых недавних пор это объясняли то «мусорным» фастудным питанием, то недостаточными физическими нагрузками. Научные работы показывают: эти гипотезы были неверны. За последние полвека сильно потолстели даже лабораторные животные, корм и нагрузки которых не менялись. Эпидемия лишнего веса действительно убийственна, но ее причина не в калориях или нехватке нагрузки. А в чем же? Naked Science исследует для вас этот вопрос.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: