В Сколтехе выяснили, как бактерии с маленьким геномом «экономят» на рибосомных белках
Исследователи из Сколтеха, МГУ и Института проблем передачи информации имени А.А. Харкевича (ИППИ РАН) исследовали геномы около 200 штаммов бактерий, чтобы установить, без каких белков в составе рибосомы можно обойтись и почему клетка может нормально функционировать и без них.
Результаты исследования опубликованы в журнале Molecular Biology and Evolution. Рибосома представляет собой универсальный клеточный механизм, присутствующий у всех эукариот и прокариот и отвечающий за процесс синтеза белка, который иначе называют процессом трансляции. Рибосома включает два основных компонента – малую и большую рибосомные субъединицы, состоящие из рибосомных молекул РНК (рРНК) и рибосомных белков.
Состав этих главных «фабрик по производству белков» у всех клеток практически одинаков, однако существуют данные, подтверждающие, что некоторые бактерии могут обходиться без полного набора рибосомных белков. В данном исследовании ученые попытались определить, какие из белков жизненно необходимы для нормального функционирования рибосомы, а какие нет.
Вице-президент Сколтеха по биомедицинским исследованиям профессор Михаил Гельфанд и его коллеги проанализировали состав рибосомных белков 214 относительно небольших геномов бактерий. Исследователи определили набор часто «теряемых» белков и показали, что лишь девять рибосомных белков абсолютно консервативны, а каждый из остальных 48 был утрачен хотя бы в одном штамме из рассматриваемого набора.
«Для эндосимбионтов − бактерий, живущих внутри других бактерий или клеток-эукариот, характерны крошечные геномы. Находясь в неизменной среде и не подвергаясь активному отбору, они могут терять относительно менее значимые гены, причем даже те, которые для свободноживущих бактерий абсолютно необходимы – это похоже на многоклеточных паразитов, у которых нередко исчезают целые органы.
Считается, что рибосома – одна из самых стабильных структур клетки, у которой, как правило, сохраняется стандартный набор белков. Но ясно, что бактерии, имеющей всего 121 ген (таков рекордно маленький размер генома бактерий), невозможно отдать пятьдесят с лишним на кодирование рибосомных белков, и поэтому некоторые из них теряются. Нам удалось показать, что эти потери происходят не случайно и подчиняются определенным закономерностям», − отметил профессор Гельфанд.
Вероятность потери рибосомных белков в малой субъединице была меньше, чем в большой, а наиболее часто теряемые белки оказывались на поверхности рибосомы, где они образовывали меньше связей с другими компонентами рибосомы. Более того, эти наиболее часто теряемые белки появились в рибосоме на более поздних этапах эволюции, поэтому когда вставал вопрос о том, какими рибосомными белками пожертвовать, бактерии, видимо, действовали по принципу «последним пришел, первым ушел».
Исследователи также установили, что наибольшие потери белков произошли у трех бактерий с самыми короткими геномами в выборке, и выявили отрицательную корреляцию между размером генома и количеством сохранившихся рибосомных белков. Тем не менее, поскольку рибосомные белки входят в комплект «основных рабочих инструментов» клетки, они, как правило, одними из последних покидают уменьшающийся бактериальный геном.
Telegram 
Дзен 
VK Деревья растут и люди стареют не потому, что идет время, а из-за происходящих внутри них процессов. Но можно ли сказать, что именно эти процессы порождают время? Ученый создал маленькую Вселенную, в которой дела обстоят именно так.
Ученые выяснили, что золото владеет уникальной «техникой самообороны», которая защищает его от потускнения. Оказалось, атомы на поверхности этого металла способны самостоятельно перестраиваться в особые защитные структуры. Такой невидимый барьер блокирует контакт с кислородом и подавляет процесс окисления в триллион раз эффективнее, чем поверхность любого другого металла.
Кит живет двести лет, умеет пробивать головой полуметровый лед и поет океанский джаз голосом несмазанной дверной петли. Охотоморские гренландские киты — это не просто многотонные ледоколы. Это древние узники, которые остались жить в Охотском море со времен последнего оледенения. Это счастливцы, которые смогли пережить гарпуны китобоев XIX-XX веков, но сегодня уязвимы не меньше. Чтобы спасти этих поразительных китов, российским ученым и команде фонда «Природа и люди» приходится: считать хвосты, читать биографии по шрамам, прятать подростков от хищников, стрелять (спутниковыми метками) с парамоторов и тяжелых дронов. Рассказываем, как устроена жизнь гренландских китов России и кто помогает им не исчезнуть навсегда с лица планеты.
Кит живет двести лет, умеет пробивать головой полуметровый лед и поет океанский джаз голосом несмазанной дверной петли. Охотоморские гренландские киты — это не просто многотонные ледоколы. Это древние узники, которые остались жить в Охотском море со времен последнего оледенения. Это счастливцы, которые смогли пережить гарпуны китобоев XIX-XX веков, но сегодня уязвимы не меньше. Чтобы спасти этих поразительных китов, российским ученым и команде фонда «Природа и люди» приходится: считать хвосты, читать биографии по шрамам, прятать подростков от хищников, стрелять (спутниковыми метками) с парамоторов и тяжелых дронов. Рассказываем, как устроена жизнь гренландских китов России и кто помогает им не исчезнуть навсегда с лица планеты.
Ученые выяснили, почему интервальное голодание для многих оказывается эффективнее обычных диет. Исследование показало, что ограничение времени для приема пищи избавляет худеющего от изнуряющего ощущения жесткого контроля и при этом позволяет сбросить ровно столько же, сколько при скрупулезном подсчете калорий.
Деревья растут и люди стареют не потому, что идет время, а из-за происходящих внутри них процессов. Но можно ли сказать, что именно эти процессы порождают время? Ученый создал маленькую Вселенную, в которой дела обстоят именно так.
Вселенная может оказаться «замкнутой» глобальной структурой, где свет от далеких галактик способен возвращаться к наблюдателю с разных направлений. Именно такой сценарий не удалось исключить авторам нового масштабного обзора. Проверить его предсказания астрономы смогут уже в ближайшие годы.
Ученые впервые на молекулярном уровне доказали, что обычная вода одновременно состоит из двух разных жидких состояний — более плотного и менее плотного, которые непрерывно сменяют друг друга. Раз молекулярная «двойственность» действительно существует, это подтверждает спорную 30-летнюю гипотезу. Новое открытие поможет, наконец, объяснить десятки «странных» физических аномалий воды, включая ее расширение при замерзании и парадоксальное изменение вязкости под давлением.
Американские ветеринары установили, что длина шага передних лап у пожилых собак отражает возрастные изменения в работе мозга. Когда у собак развивается деменция, шаги их передних лап становятся короче, причем эта связь не зависит от хронической боли в суставах.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно