Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Российские ученые получили высококачественный геном льна
Научный коллектив Института молекулярной биологии имени В. А. Энгельгардта (ИМБ) РАН совместно с исследователями из Федерального научного центра лубяных культур и Московского физико-технического института (МФТИ) разработал протокол выделения ДНК льна, включающий стадию изоляции клеточных ядер, который позволяет получить чистую высокомолекулярную ДНК. Используя созданный протокол, удалось даже с одного растения выделить достаточное количество ДНК для достижения большого выхода длинных чтений на платформе Oxford Nanopore Technologies (ONT), которая крайне чувствительна к качеству материала. Из полученных данных ученые собрали геном льна высокой протяженности и полноты.
Сегодня лен (Linum usitatissimum L.) широко используется в различных областях и становится все более востребованным. Льняное семя богато лигнанами, омега-3 и клетчаткой, что делает его полезной пищевой добавкой, а также сырьем для фармацевтической и косметологической промышленности. При производстве эмалей и лакокрасочных материалов масло льна используется для увеличения стойкости материала.
Льняное волокно применяется для создания одежды, бумаги, медицинских изделий, утеплителей, порохов и композитных материалов. Каждое из этих применений требует возделывания сортов льна с определенным набором характеристик. Для получения растений с конкретными признаками используют селекцию, при этом знание генетических основ, детерминирующих эти признаки, позволяет значительно повысить эффективность создания специализированных сортов.
Доступная высококачественная сборка генома растения — это необходимый инструмент для изучения ценных признаков сельскохозяйственных культур. Получение генома из материала с одного растения делает возможным совместный анализ генотипа и фенотипа. К сожалению, универсального подхода к построению качественной сборки генома не существует. Конечный результат зависит от самой структуры генома, выбранной платформы, объема и качества данных секвенирования.
В ходе исследования семена льна линии 3896 проращивали в чашках Петри, после чего высаживали в горшки с почвой. Когда растение достигало возраста в три-четыре недели, его частично накрывали темной тканью, защищающей от света, и растили еще одну неделю. Такая процедура позволяет уменьшить количество метаболитов в клетках растений для выделения более чистой ДНК. После роста в темноте проводили сбор листьев и немедленную их заморозку в жидком азоте. Собранный материал хранили при –70 °С до момента выделения клеточных ядер с последующей изоляцией ДНК.
«Нами разработан протокол изоляции ядер льна с последующим выделением ДНК, позволяющий из 0,5 г листьев выделить около 5 мкг чистой высокомолекулярной ДНК. Такой объем материала можно собрать даже с одного растения и получить более 30 млрд нуклеотидов длинными чтениями ONT», — рассказала Екатерина Дворянинова, сотрудник лаборатории сравнительной геномики и транскриптомики ИМБ РАН, аспирант МФТИ.
Для секвенирования использовали платформу третьего поколения ONT, позволяющую получать чтения длиной до миллионов нуклеотидов, что крайне важно для сборки протяженных геномов. Так как приложения для сборки геномов разрабатываются на основе разных алгоритмов, результат их работы зависит от качества и количества полученных данных секвенирования, а также от структуры самого генома.
Елизавета Сигова, старший лаборант лаборатории сравнительной геномики и транскриптомики ИМБ РАН, студент МФТИ, добавила: «На основе полученных данных секвенирования мы провели сравнительный анализ результатов работы различных геномных сборщиков и выбрали наиболее полную и протяженную сборку генома льна линии 3896».
Для выбора наиболее подходящего метода сборки тестировали восемь востребованных приложений-сборщиков. Качество сборок ученые оценивали с точки зрения полноты и непрерывности — оптимальная сборка генома должна быть полной, то есть содержать все обязательные консервативные участки, и протяженной, то есть состоять из как можно меньшего количества частей. Далее применялась так называемая процедура «полировки», которая используется для повышения точности полученной геномной сборки. Для выбора оптимальной схемы «полировки» также проводился сравнительный анализ востребованных на сегодняшний день приложений. В результате разработан алгоритм создания высококачественной сборки генома льна: от выращивания растений до биоинформатической обработки данных секвенирования.
«В нашем исследовании подчеркивается влияние выбранной стратегии построения генома на полученные параметры сборки и ее пригодность для будущих молекулярно-генетических исследований», — резюмирует Алексей Дмитриев, руководитель лаборатории сравнительной геномики и транскриптомики ИМБ РАН.
Геномы представителей одного и того же вида растений могут значительно отличаться друг от друга. Высококачественные геномные сборки позволяют выявить такие различия и перейти на ступень пангенома — совокупности нуклеотидных последовательностей всех представителей вида, что выводит исследования этого вида на новый уровень. Разработанный учеными алгоритм получения высококачественного генома льна необходим для создания пангенома этой культуры и будет способствовать селекции сортов с заданным комплексом характеристик и еще более широкому использованию этого ценного растения. Результаты исследования опубликованы в International Journal of Molecular Sciences.
Telegram 
Дзен 
VK Согласно гипотезе о так называемой Еврогондване, в эпоху динозавров Европа, как часть северного суперконтинента Лавразия, еще не полностью отделилась от южного суперконтинента Гондвана и животные могли свободно мигрировать между Европой и Африкой. Однако новый анализ найденных в Венгрии костей первобытного крокодила показал, что его сходство с гондванскими видами обусловлено не близким родством, а схожим образом жизни.
Треть века назад Штаты и Мексика подписали Североамериканское соглашение о свободной торговле. Авторы новой научной работы показали, что это спровоцировало рост войн между бандами и подъем смертности среди молодых мужчин на десятки процентов — но только в тех зонах, которые были интересны картелям. Всего после подписания соглашения в Мексике было убито (оценка с учетом исчезнувших трупов) более 0,85 миллиона человек.
Новые данные показали, что удар зонда DART не только изменил орбитальный период небольшого спутника Диморфа вокруг его «родителя» Дидима, но и вызвал небольшое изменение движения всей бинарной системы вокруг Солнца. Эти результаты укрепляют уверенность ученых в том, что технология кинетического удара, при заблаговременном обнаружении опасного объекта, может помочь отклонить потенциально опасный астероид от столкновения с Землей.
Одна сторона сыплет более дорогими и сложными баллистическими ракетами, другая — относительно дешевыми крылатыми. Но при этом первая на порядок беднее второй. А что у них с технологическим уровнем для наземной войны, и почему, кстати, глава второй избегает даже самого этого слова? Попробуем разобраться в реальных возможностях военных машин сторон потенциально самого опасного конфликта 2026 года.
Российские ученые из МФТИ с коллегами из Института прикладной математики им. М. В. Келдыша РАН и Института физики Земли им. О.Ю. Шмидта РАН разработали инновационный метод для расчета равновесного распределения несмешивающихся жидкостей в пористой среде. Результаты применения этого метода можно использовать в разработках по повышению нефтеотдачи и гидрологии, а также геологического СО2-хранения.
Запасы лития в России требуют переоценки и могут оказаться в разы выше, чем считалось до 2025 года. Об этом говорится в исследовании «Состояние ресурсной базы критически важных металлов и элементов для развития современных технологий», подготовленном учеными РГУ нефти и газа (НИУ) имени И.М. Губкина.
Астрономы недавно проанализировали базу данных о падающих на Землю объектах и пришли к выводу, что два из них прибыли из межзвездного пространства. Известна не только дата, но и место падения каждого из них.
В ноябре 2025 года при взлете российской ракеты с Байконура к МКС с существенной высоты упала кабина обслуживания 8У216. Поскольку в 2010-х годах из экономии средств у нас отказались от дублирования стартовых площадок, это создало ситуацию временной невозможности пилотируемых полетов. Теперь, всего через три месяца после происшествия, «Роскосмос» смог решить проблему, поставив запасную кабину обслуживания, найденную на складах Минобороны. Весенние пуски к МКС, запланированные ранее, теперь имеют шансы пройти в срок.
«Любить лишь можно только раз», — писал поэт Сергей Есенин, а герои культовых сериалов приходили к выводу, что «настоящая» влюбленность случается в жизни максимум дважды. Однако ни один из этих тезисов не подкреплен научными данными. Американские исследователи подошли к вопросу иначе: опросили более 10 тысяч человек и вывели среднее число сильных влюбленностей, возможных в течение жизни.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно