Российские ученые оценили силу Т-клеточного иммунного ответа к омикрону

Результаты исследования опубликованы на портале bioRxiv. Омикрон-штамм вируса SARS-CoV-2 вызвал новую волну пандемии во всем мире. Появившиеся в вирусе мутации позволяют ему более эффективно распространяться и уклоняться от антител, вследствие чего все чаще заражаются уже переболевшие и вакцинированные. При этом, согласно последним данным, тяжесть течения у вакцинированных на порядок ниже, чем у не встречавшихся с вирусом.

Ученые предполагают, что это можно объяснить несколькими факторами. Во-первых, штамм омикрон медленнее заражает клетки человека, во-вторых, есть гипотеза, связывающая легкое течение болезни с эффективной работой Т-клеточного иммунитета.

Для того чтобы подтвердить это предположение, коллектив ученых факультета биологии и биотехнологии ВШЭ и ИБХ РАН (Степан Нерсисян, Антон Жиянов, Алексей Галатенко, Максим Шкурников, Мария Захарова, Ирина Ишина, Инна Курбацкая, Азад Мамедов, Александр Габибов и Александр Тоневицкий) исследовали омикрон-штамм на наличие мутаций, позволяющих ему скрываться от Т-клеточного иммунного ответа.

Развитие Т-клеточного ответа начинается с узнавания вирусных пептидов (коротких фрагментов белков) молекулами главного комплекса гистосовместимости человека (HLA). Чем больше пептидов распознано, тем быстрее и эффективнее действует Т-клеточный иммунитет. Мутации вируса могут изменить такие пептиды, в результате чего они перестанут распознаваться молекулами HLA, и Т-клеточный ответ будет менее эффективен.

Биоинформатический алгоритм T-CoV показал, что штамму омикрон не удалось скрыться ни от одного варианта молекул HLA. Тем не менее был определен ряд вариантов молекул HLA, которые стали хуже узнавать S-белок омикрона. Яркой находкой оказался вариант молекулы HLA-DRB1*03:01. От него скрылся наиболее важный пептид вируса.

Расчеты биоинформатиков были проверены экспериментально в лаборатории. Ученые доказали, что между пептидами омикрона и экспрессированной в пробирке молекулой HLA-DRB1*03:01 нет связывания (подобные эксперименты проводятся вне организма).

Исследователи подчеркивают, что исходный пептид из уханьского базового штамма и дельты эффективно распознается этой молекулой. Авторы статьи обращают внимание на то, что выявленный вариант HLA-DRB1*03:01 присутствует у большого процента населения планеты, например у 8,9 процентов европейцев, 10 процентов жителей Москвы.

«Популяционное разнообразие вариантов молекул HLA, а также специфичность их работы не позволяют вирусу ускользать от T-клеточного иммунного ответа. Тем не менее от одной из молекул HLA вирусу удалось скрыть свой S-белок. Важно, что большинство вакцин против Covid-19 (Спутник V, вакцины Pfizer и Moderna, AstraZeneca и некоторые другие) несут в себе именно этот вирусный белок. Это означает, что люди с вариантом HLA-DRB1*03:01 (в Москве таких около 10 процентов), вакцинированные S-белком, могут тяжелее переносить болезнь, вызванную штаммом омикрон»,— отметил декан факультета биологии и биотехнологии ВШЭ Александр Тоневицкий. Работа исследователей из ВШЭ поддержана Сбербанком. 

НИУ ВШЭ

326 статей

Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики» — один из крупнейших и самых востребованных вузов России. В университете учится 54 тысячи студентов и работает почти 4,5 тысячи учёных и преподавателей. НИУ ВШЭ ведёт фундаментальные и прикладные исследования в области социально-экономических, гуманитарных, юридических, инженерных, компьютерных, физико-математических наук, а также креативных индустрий. В университете действуют 47 центров превосходства, или международных лабораторий. Вышка объединяет ведущих мировых исследователей в области изучения мозга, нейротехнологий, биоинформатики и искусственного интеллекта. Университет входит в первую группу программы «Приоритет-2030» в направлении «Исследовательское лидерство». Кампусы НИУ ВШЭ расположены в четырех городах — Москве, Санкт-Петербурге, Нижнем Новгороде и Перми, а также в цифровом пространстве — «Вышка Онлайн».

Показать больше