• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
20.09.2019
Philips
20 849

Нейросети и МРТ: молодые ученые предлагают новый подход в диагностике мозга

4.5

В рамках международной летней школы по машинному обучению представлено исследование автоматического обнаружения очаговых повреждений головного мозга.

Нейросети и МРТ: молодые ученые предлагают новый подход в диагностике мозга / ©psp-uk.co.uk

С 26 августа по 6 сентября в России впервые прошла международная летняя школа по машинному обучению (Machine Learning Summer School, MLSS). Мероприятие проходило на базе Сколковского института науки и технологий (Сколтех). В рамках школы лаборатория Philips в Сколково совместно с институтом провели конкурс на лучшую исследовательскую работу в области применения искусственного интеллекта в здравоохранении и биологии. В конкурсе приняло участие 150 человек из российских и зарубежных академических организаций (за исключением студентов Сколтеха, поскольку их участие могло вызвать конфликт интересов).

При оценке работ жюри принимало во внимание новаторство идеи, лежащей в основе исследования, техническую сложность, а также разнообразие областей исследования и университетов, принимающих участие в конкурсе. По его итогам были определены три победителя, которые получили возможность бесплатного посещения международной летней школы по машинному обучению.

Рассказываем о работе одного из победителей. Представленное Кимберлит Ван Вийен из университета Эразма в Роттердаме исследование посвящено автоматическому обнаружению очаговых повреждений головного мозга. Объектом исследования стали периваскулярные пространства, также известные как пространства Вирхова-Робина. Они расположены между стенками сосудов и белым веществом головного мозга. Их можно представить как заполненные жидкостью области, окружающие кровеносные сосуды некоторых органов, пути циркуляции спинномозговой жидкости.

Дело в том, что в головном мозге большинство капилляров имеют незаметное периваскулярное пространство, которое не видно на МРТ. Но расширение этих пространств, которые на МРТ выглядят как белые пятна (рисунок 1), является биомаркером, по которому можно выявить наличие возможных изменений в мозге.

Нейросети и МРТ: молодые ученые предлагают новый подход в диагностике мозга
Рисунок 1. Расширенные периваскулярные пространства / ©Фото предоставлено Кимберлит Ван Вийен (Университет Эразма в Роттердаме) / Пресс-служба Philips Research

Между тем, расширенные периваскулярные пространства не всегда являются признаком патологии. Таковыми они могут быть и у вполне здоровых людей. Чаще всего их расширение отмечается у пожилых пациентов и связано с возрастными изменениями в головном мозге. Однако в некоторых случаях расширенные периваскулярные пространства могут быть признаком атрофии головного мозга, церебральной ишемии (в том числе инфаркта мозга) и рассеянного энцефаломиелита.

Поэтому в случае выявления отклонений пациентам необходимо проходить дополнительную диагностику. У людей преклонного возраста расширение периваскулярных пространств нередко отмечается при гипертонии, атеросклерозе, деменции. Эти патологии обычно сопровождаются ухудшением памяти и другими когнитивными нарушениями.

Одна из проблем анализа МРТ-снимков  ручная обработка данных пространств, поскольку процесс требует больших временных затрат эксперта. К тому же даже у самого опытного врача глаз может «замылиться», и возникает вероятность совершения ошибки и появления неточностей в поставленном диагнозе. Кимберлит предлагает автоматизировать процесс разметки пространств Вирхова-Робина с помощью сверточных нейросетей (сверточными нейросетями называют основной инструмент для классификации и распознавания объектов, речи и лиц на фотографиях искусственным интеллектом).

Существующие сегодня подходы обучения нейросетей к решению этой задачи предполагают использование повоксельной разметки (повоксельной разметкой называют полную разметку трехмерного изображения, то есть то, что делает МРТ, что является сложной и трудоемкой процедурой.

В отличие от подходов, базирующихся на полной сегментации МРТ-изображения, в основе авторской идеи лежит предположение, что нейросеть способна предсказать морфологию пространств Вирхова-Робина, обучившись лишь на поточечной разметке (поточечной разметкой называют ту разметку, которая использует точку, пиксель и анализирует по ним снимок) снимков МРТ. В своем исследовании Кимберлит использовала для обучения нейросети 2000 изображений МРТ головного мозга с размеченными экспертами координатами периваскулярных пространств (рисунок 2).

Нейросети и МРТ: молодые ученые предлагают новый подход в диагностике мозга
Рисунок 2. МРТ головного мозга (слева) и его размеченная версия (справа). Периваскулярные пространства отмечены красными точками / ©Фото предоставлено Кимберлит Ван Вийен (Университет Эразма в Роттердаме) / Пресс-служба Philips Research

На основе точечных аннотаций и соответствующих им интенсивностей пикселей автор вычисляет карты расстояний до очагов повреждений. Это позволяет ему определить морфологию поврежденной области (рисунок 3).

Нейросети и МРТ: молодые ученые предлагают новый подход в диагностике мозга
Рисунок 3. Карта расстояний до очагов повреждений, построенная на основе аннотированного изображения МРТ / ©Фото предоставлено Кимберлит Ван Вийен (Университет Эразма в Роттердаме) / Пресс-служба Philips Research

Далее автор обучает сверточную нейросеть предсказывать морфологию повреждений на новых снимках МРТ. Архитектура сети представлена на рисунке 4.

Нейросети и МРТ: молодые ученые предлагают новый подход в диагностике мозга
Рисунок 4. Архитектура сверточной сети, представленная в авторской работе / ©Фото предоставлено Кимберлит Ван Вийен (Университет Эразма в Роттердаме) / Пресс-служба Philips Research

Тестирование сети проводилось на независимой базе данных из тысячи изображений МРТ. И вот как это происходило. Полученная сетью карта предсказаний подается на вход блока пост-обработки, который по данным карты находит наиболее вероятные локализации пространств Вирхова-Робина, после чего результат сравнивается с разметкой, сделанной экспертом и, таким образом, измеряется качество предсказания сети. На рисунке 5 представлены результаты таких предсказаний в сравнении с ручной разметкой эксперта.

Нейросети и МРТ: молодые ученые предлагают новый подход в диагностике мозга
Рисунок 5. Участок изображения МРТ. На первом снимке произведена ручная разметка, на втором, третьем и четвертом изображениях – предсказания нейросети, полученные на картах, построенных с использованием различных метрик (интенсивности, геодезической и евклидовой метрики, соответственно) / ©Фото предоставлено Кимберлит Ван Вийен (Университет Эразма в Роттердаме) / Пресс-служба Philips Research

Общая схема работы системы представлена на рисунке 6.

Нейросети и МРТ: молодые ученые предлагают новый подход в диагностике мозга
Рисунок 6. Общая схема работы системы, детектирующей очаговые поражения головного мозга по снимкам МРТ / ©Фото предоставлено Кимберлит Ван Вийен (Университет Эразма в Роттердаме) / Пресс-служба Philips Research

Итоги тестирования демонстрируют потенциал авторского подхода для обнаружения расширенных периваскулярных пространств в белом веществе. В дальнейшем автор планирует продолжить исследования метода на разных участках мозга, оценить качество сегментации очагов повреждения, а также процент ложноположительных срабатываний.

В перспективе результаты исследования помогут существенно сократить время врача на разметку МРТ снимков и выявить морфологию пораженных участков, а значит, сократить время на диагностику. Что касается внедрения метода в практику, то это будет нескоро, поскольку необходимо пройти этап довольно длительной процедуры сертификации предложенной модели.

Между тем, исследователи лаборатории Philips Research сегодня уже работают над ускорением процесса сканирования органов и получения МРТ-снимков. Во-первых, это позволит повысить качество снимков. Эффективность алгоритмов обработки изображений зависит как раз от него, а для получения снимка хорошего качества пациенту требуется находиться неподвижно около получаса. Это бывает затруднительно для отдельных категорий лиц, а иногда пациенты находятся в столь тяжелом состоянии, что на счету каждая минута. Во-вторых, это позволит увеличить пропускную способность аппарата МРТ, который является дорогостоящим. Таких аппаратов всегда мало, поэтому наблюдаются очереди на прохождение сканирования.

Кроме того, исследователи работают над алгоритмами перевода МРТ-изображения в КТ. Таким образом можно чтобы уменьшить ошибку при проведении диагностики, снизить радиационную нагрузку на пациента, уменьшить стоимость операции и количество повторных исследований за счет более высокого качества изображений, ускорить планирование терапии и в целом оказывать более высокоточную медицинскую помощь пациентам. Об этих исследованиях можно узнать в наших предыдущих материалах.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Вчера, 11:02
Игорь Байдов

Грузовой самолет будут использовать для перевозки 90-метровых лопастей ветряных турбин, которые невозможно доставить по суше из-за размеров. Предполагается, что этот аппарат произведет революцию в сфере возобновляемых источников энергии.

Вчера, 13:05
Ольга Иванова

Новые автомобили известных брендов, купленные за последние несколько лет, оказались в два раза менее качественными, чем те, что были приобретены в 2010 году. И в будущем ситуация будет только хуже. К такому выводу пришли исследователи из США, которые также оценили марки машин по их надежности, составив рейтинг — от более к менее качественным автомобилям.

Вчера, 19:23
Полина

Распространено мнение, что, чтобы справиться с гневом, необходимо дать волю негативным эмоциям. Исследователи из США доказали, что такой метод не позволяет снизить уровень агрессии.

Вчера, 11:02
Игорь Байдов

Грузовой самолет будут использовать для перевозки 90-метровых лопастей ветряных турбин, которые невозможно доставить по суше из-за размеров. Предполагается, что этот аппарат произведет революцию в сфере возобновляемых источников энергии.

Позавчера, 08:39
Михаил Орлов

Глобальные изменения климата сказываются как на природе, так и на населении Земли. Среди последствий потепления — волны жары и увеличение числа жарких дней, которые напрямую влияют на здоровье людей и повседневную жизнь. Российские ученые из Высшей школы экономики и Института географии РАН спрогнозировали, как летний зной будет влиять на жителей России в ближайшие десятилетия. Они назвали регионы РФ, которые могут пострадать от жары сильнее всего, и выявили ведущие факторы таких изменений.

15 марта
Юлия Трепалина

Рассмотрев опыт ферм по выращиванию крупных питонов в Азии, ученые пришли к выводу, что это один из эффективных, но в то же время наименее вредных для экологии видов животноводства. По мнению исследователей, людям стоит всерьез задуматься о его внедрении в массовых масштабах.

11 марта
Игорь Байдов

Американская компания Stratolaunch сообщила об успешном завершении летных испытаний прототипа гиперзвукового аппарата Talon-A, оснащенного ракетным двигателем. Во время беспилотного полета планер развил сверхзвуковую скорость.

13 марта
Алиса Гаджиева

Древние переселенцы из Анатолии не только устроили геноцид в Скандинавии, но и одарили выживших новыми болезнями.

Вчера, 11:02
Игорь Байдов

Грузовой самолет будут использовать для перевозки 90-метровых лопастей ветряных турбин, которые невозможно доставить по суше из-за размеров. Предполагается, что этот аппарат произведет революцию в сфере возобновляемых источников энергии.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: