Биофизики выяснили, каким должен быть новый антибиотик
Ученые из Института биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова РАН, МФТИ и ВШЭ исследовали взаимодействие известного природного антибиотика с его мишенью с помощью молекулярного моделирования. Эти данные помогут разработать эффективные антибиотики нового типа.
Результаты опубликованы в журнале Scientific reports. Злоупотребление антибиотиками приводит к быстрому развитию резистентности (устойчивости) бактерий, что создает угрозу здоровью людей во всем мире. Поэтому поиск и разработка новых классов антибактериальных средств с неиспользуемым сегодня способом действия крайне актуальны. В микробиологии известны небольшие антимикробные белки, называемые лантибиотиками, которые обладают бактерицидным потенциалом.
Низин, наиболее изученный лантибиотик, был обнаружен еще до открытия Александром Флемингом пенициллина. Низин никогда не использовали в клинической практике из-за нестабильности в организме человека. Однако он широко применяется в качестве пищевого консерванта с 1953 года без каких-либо признаков развития резистентности. Низин эффективно борется, в первую очередь, против бактерий с однослойной мембраной.
Есть сведения об активности в сочетании с ионами металлов против нескольких штаммов с двухслойной стенкой. Лантибиотик убивает бактерии путем разрушения мембраны и остановки синтеза клеточной стенки. Он активно взаимодействует со специфической мишенью в мембране клетки — липидом II. Несмотря на известность и активное использование в пищевой промышленности, механизм антимикробного действия низина на атомном уровне остается неизученным.
В своей работе авторы сначала искали комплексообразующие состояния обеих изолированных молекул в их природной среде. Полноразмерный низин и его N-концевой модуль распознавания поместили в водный раствор, а липид II встроили в модельную бактериальную мембрану. Дополнительное моделирование было выполнено для молекул в контрольных средах, в которых ранее проводились эксперименты. Далее ученые провели молекулярное моделирование активной части низина в присутствии аналога «головки» липида II в водном растворе.
«Полученные данные помогли изучить спонтанное образование комплексов и механизм распознавания молекулами друг друга», — поясняет один из авторов, Антон Чугунов, доцент Физтех-школы физики и исследований им. Ландау МФТИ и старший научный сотрудник ИБХ РАН.
После этого авторы разработали вычислительную методику «энергии пирофосфатного фармакофора», которая помогает легко идентифицировать в траекториях молекулярной динамики конформации низина, которые могут образовывать комплекс с липидом II. Наконец, основываясь на наиболее частых конформациях обеих молекул, ученые сконструировали предполагаемый комплекс модуля распознавания низина с липидом II в модельной бактериальной мембране, который оставался стабильным в течение длительного периода моделирования. Оказалось, что низин образует стабильный комплекс с двумя конформациями (состояниями) липида II.
«Наши результаты показывают, какие конформации липида II способны взаимодействовать с антибиотиками. Предыдущие исследования не учитывали липидное окружение, которое значительно влияет на поведение мишени. Наши расчеты показали, что всего 20–30% поверхности головной группы доступно для взаимодействия в природной среде. Это сильно ограничивает свободу выбора положений для связывания с низином. Судя по всему, до всего двух конформаций.
Таким образом, становится понятно, как нужно расположить молекулу антибиотика, чтобы она подействовала так же, как низин, или даже более эффективно. Разработанная нами модель связывания упростит поиск молекул-кандидатов, которые потом можно будет экспериментально исследовать на эффективность против бактерий», — дополняет Роман Ефремов, профессор Физтех-школы физики и исследований им. Ландау МФТИ, заведующий лабораторией моделирования биомолекулярных систем ИБХ РАН.
Telegram 
Дзен 
VK В доколумбовых Андах принадлежность к правящему роду определяла доступ к земле, торговле и статусу, поэтому удержать все внутри семьи было вопросом выживания. Ученые выяснили, что элиты долины Чинча решали эту задачу самым прямым способом — заключая браки между родственниками на протяжении как минимум двух поколений.
Последние несколько лет по всему миру выходит множество работ о том, что микрочастицы искусственных полимеров накапливаются в тканях человека и могут быть небезопасны. Мы решили обратиться к академику Алексею Хохлову, чтобы дать трибуну противоположной точке зрения. Выбор между ними предлагаем сделать читателю.
Ученые раскрыли причины удивительной сохранности крупнейшей из пирамид Гизы. Секрет того, что за прошедшие тысячелетия пирамиду не разрушили землетрясения, кроется в особенностях ее конструкции, в том числе в так называемых разгрузочных камерах, расположенных непосредственно над погребальной камерой фараона.
Астрофизики Южного федерального университета предложили объяснение одной из самых интригующих загадок современной физики — годичных колебаний сигнала в детекторе DAMA/LIBRA, который вот уже почти тридцать лет регистрирует странные сигналы в подземной лаборатории Гран-Сассо в Италии, интерпретируемые как взаимодействие частиц темной материи с обычным веществом.
В доколумбовых Андах принадлежность к правящему роду определяла доступ к земле, торговле и статусу, поэтому удержать все внутри семьи было вопросом выживания. Ученые выяснили, что элиты долины Чинча решали эту задачу самым прямым способом — заключая браки между родственниками на протяжении как минимум двух поколений.
Последние несколько лет по всему миру выходит множество работ о том, что микрочастицы искусственных полимеров накапливаются в тканях человека и могут быть небезопасны. Мы решили обратиться к академику Алексею Хохлову, чтобы дать трибуну противоположной точке зрения. Выбор между ними предлагаем сделать читателю.
В высокогорных районах Гималаев появился новый хищник. Он не боится людей, возглавляет стаи собак и все чаще заходит в деревни. Местные жители называют его «кхипшанг». Речь идет о гибриде гималайского волка и бродячей собаки. Ученые опасаются, что этот зверь изменит хрупкий баланс местной дикой природы и в скором времени станет весьма опасным для человека.
Релиз довольно неожиданно перенес время образования протонов и нейтронов в более раннее прошлое Вселенной. К сожалению, из его текста осталось неясным научное обоснование таких фундаментальных изменений в космологии. Также он резко передвинул в прошлое и момент возникновения реликтового излучения.
При совпадении нескольких условий наши глаза способны улавливать излучение в ближнем инфракрасном спектре. Тогда сетчатка начинает работать как нелинейный фотодетектор.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно