• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
04.04.2017
Редакция Naked Science
481

Прокариот уличили в «осознанных» мутациях

Американские ученые обнаружили, что генерирующие разнообразие ретроэлементы (DGRs) встречаются в геноме многих неидентифицированных прокариот и связаны с их белковой гипервариабельностью.

vibrio-cholerae
©Wikipedia

Прокариоты — микроорганизмы, клетки которых не имеют оформленного ядра (в отличие от эукариот). Они представлены двумя надцарствами — археями (Archaea) и бактериями (Bacteria), отличающимися чрезвычайным белковым разнообразием: более 1×1020 аминокислотных вариантов. В сочетании с малыми размерами это сильно затрудняет изучение эволюции бактерий и архей и их классификацию. Некоторые новые, но не изученные роды из числа этих доменов ученые относят к линии потенциального расхождения типов (CPR), или некультивированным бактериям, и экстремофилам (DPANN). Известно, что DPANN и CPR имеют небольшой геном (около 0,5–1,5 тысяч пар нуклеотидов) и не способны к биосинтезу для поддержания автономной жизнедеятельности, что, вероятно, указывает на их паразитическую природу. Однако механизмы их генетической диверсификации и адаптации к стрессу остаются неясными.

 

.

Схема DGR и мутагенного ретрохоминга / ©Zimmerly S. et al., Microbiology Spectrum, 2015

 

В качестве одного из возможных драйверов эволюции CPR и DPANN рассматриваются ретроэлементы, генерирующие разнообразие, — молекулярные последовательности, которые включают в себя ген, кодирующий обратную транскриптазу, целевой ген с вариабельным участком и матричный повтор, похожий на вариабельный участок. Путем обратной транскрипции с РНК матричного повтора образуется комплементарная ДНК (кДНК), в которой все аденины заменены на произвольный нуклеотид. После этого кДНК замещает вариабельный участок в целевом гене DGR. Таким образом получаются новые варианты генов, которые обеспечивают прокариотам (геном эукариот не содержит DGRs) уникальные направленность, скорость и диапазон мутаций. Тем не менее до сих пор эти ретроэлементы встречались только у отдельных прокариот (в частности, у двух групп DPANN) и бактериофагов и считались исключением.

 

В новой работе специалисты из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе и других вузов продолжили изучение микроорганизмов, обитающих в подземных водах аквифера Колорадо. На первом этапе образцы просеивали через фильтры с полосой пропускания 1,2, 0,2 и 0,1 микрометра (некоторые DPANN и CPR в 500 раз меньше Escherichia coli), после чего проводили их генетический анализ. Полученные данные сравнивали с 30 метагеномными и шестью метатранскриптомными наборами. Это позволило авторам выделить 1136 последовательностей, кодирующих основные функции DGR, что втрое больше, чем общее число известных ретроэлементов этого типа. Рассмотренные обратные транскриптазы ученые разделили на 699 белковых кластеров, при этом большинство из них (315) оказались связаны с самыми малыми, а наименьшее количество — с самыми крупными микроорганизмами.

 

Филогенез DGRs. Контуром обведены ретроэлементы, обнаруженные в новой работе / ©Blair G. Paul et al., Nature Microbiology, 2017

 

Неидентифицированные ранее DGRs чаще встречались в геноме CPR (в более чем 37 процентах случаев — в группе Parcubacteria), чем архей, и в целом относительно равномерно распределялись между подгруппами. Примечательно, что геном 26 процентов архей и 19 процентов бактерий содержал сразу несколько различных ретроэлементов, генерирующих разнообразие, в том числе аналоги вспомогательного белка Avd, отвечающего за мутагенный ретрохоминг (выбор участка для предпочтительного встраивания). По мнению ученых, это подтверждает гипотезу об эволюционной роли DGRs и их направленной активности. Количество аннотированных ретроэлементов, участвующих в этом процессе, благодаря проведенной работе увеличилось на 120 процентных пунктов.

 

Статья опубликована в журнале Nature Microbiology.

 

Ранее биологи представили обновленную версию филогенетического древа. Доминирующей формой жизни, согласно диаграмме, являются бактерии, тогда как археи наряду с эукариотами занимают на ней весьма скромное место.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
10 часов назад
Василий Парфенов

Изначально выглядевшая многообещающе ракета-носитель Antares в последние годы стала довольно проблемной. Для ее создания требовалась кооперация США, Украины и России, которая в свете сложившейся геополитической обстановки практически невозможна. Решением проблемы станет переход с российских двигателей на созданные в Америке. И ключевую роль в нем сыграет частично украинская компания Firefly Aerospace.

Вчера, 16:47
Ольга Иванова

Международная группа ученых пришла к выводу, что причиной упадка цивилизаций Ближнего Востока и Восточного Средиземноморья в бронзовом веке могли быть болезни, в том числе чума. При этом «древние» штаммы чумной палочки, вызывающей это заболевание, отличались от тех, что погубили население Европы в Средние века.

Вчера, 15:51
Василий Парфенов

Когда какая-нибудь страна решает провести испытания противоспутниковых ракет и сбивает свой старый аппарат на орбите, мировое сообщество сразу ее осуждает. Мол, количество космического мусора зазря увеличиваете и создаете опасность для мирного использования околоземного пространства! Такие публичные заявления лишний раз подпитывают боязнь пресловутого синдрома Кесслера. И одно из его следствий — распространенный миф о возможности борьбы со спутниками методом вывода ведра гаек (песка, гвоздей) на орбиту. Однако практика показывает, что кинетические способы поражения космической техники далеко не столь эффективны, как военным хотелось бы. Столкновения спутников со всяким мусором происходят регулярно, но из строя они в результате выходят далеко не всегда. Почему? Naked Science попробует разобраться.

Позавчера, 12:00
НИУ ВШЭ

Федеральная программа материнского капитала (и ее региональные аналоги) действительно приводит к тому, что семьи чаще и быстрее решаются завести второго ребенка. К такому выводу пришли сотрудники Исследовательской рабочей группы по экономико-математическому моделированию демографических процессов факультета экономических наук НИУ ВШЭ.

7 августа
Анна Новиковская

Историки долго мучились вопросом, почему древние римляне — те же, что сумели выстроить множество великолепных произведений архитектурного искусства, — с завидной регулярностью изготавливали странно асимметричные игральные кости, похожие на плохо слепленные детские поделки. Теперь у них есть возможный ответ на эту загадку.

6 августа
Сергей Васильев

Наблюдения показали, что планеты — мини-нептуны могут терять атмосферу под действием излучения своих звезд, переходя в группу каменистых планет-сверхземель.

11 июля
Василий Парфенов

Доступность высококачественных и актуальных данных от спутников дистанционного зондирования Земли растет с каждым годом. Такие компании, как Capella Space и Maxar Technologies, несколько лет подряд предлагают всем желающим беспрецедентно дешевые радарные и оптические снимки земной поверхности высокого разрешения. Это позволяет гражданским аналитикам наблюдать за военными объектами по всему миру и находить интересные артефакты.

2 августа
Александр Березин

Если западным странам удастся «лишить Кремль нефтяных доходов», то мир ждет геополитическое землетрясение. Только не обязательно в ту сторону, о которой вы сейчас подумали. На фоне того, что последует за «лишением», шок 1973 года может показаться детской игрой. Naked Science попробует оценить размах «потолочного катаклизма» заранее.

31 июля
Александр Березин

Саудовский принц одобрил строительство гигантского «лежачего небоскреба», который должен стать крупнейшим зданием в истории. Причем еще и самым экологичным в мире. Пресса и соцсети полны возмущенных оценок: «это антиутопия!», «проект сырой!» и тому подобным. Однако чисто технически это не так: «Зеркальную линию» на пять миллионов жителей вполне можно построить. И такое здание в самом деле будет энергоэффективным (и формально безуглеродным). Но у проекта есть другие слабые места, лежащие скорее в сфере науки, нежели техники. Naked Science попробовал разобраться в деталях.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: