• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
04.04.2017
Редакция Naked Science
572

Прокариот уличили в «осознанных» мутациях

Американские ученые обнаружили, что генерирующие разнообразие ретроэлементы (DGRs) встречаются в геноме многих неидентифицированных прокариот и связаны с их белковой гипервариабельностью.

vibrio-cholerae
©Wikipedia

Прокариоты — микроорганизмы, клетки которых не имеют оформленного ядра (в отличие от эукариот). Они представлены двумя надцарствами — археями (Archaea) и бактериями (Bacteria), отличающимися чрезвычайным белковым разнообразием: более 1×1020 аминокислотных вариантов. В сочетании с малыми размерами это сильно затрудняет изучение эволюции бактерий и архей и их классификацию. Некоторые новые, но не изученные роды из числа этих доменов ученые относят к линии потенциального расхождения типов (CPR), или некультивированным бактериям, и экстремофилам (DPANN). Известно, что DPANN и CPR имеют небольшой геном (около 0,5–1,5 тысяч пар нуклеотидов) и не способны к биосинтезу для поддержания автономной жизнедеятельности, что, вероятно, указывает на их паразитическую природу. Однако механизмы их генетической диверсификации и адаптации к стрессу остаются неясными.

 

.

Схема DGR и мутагенного ретрохоминга / ©Zimmerly S. et al., Microbiology Spectrum, 2015

 

В качестве одного из возможных драйверов эволюции CPR и DPANN рассматриваются ретроэлементы, генерирующие разнообразие, — молекулярные последовательности, которые включают в себя ген, кодирующий обратную транскриптазу, целевой ген с вариабельным участком и матричный повтор, похожий на вариабельный участок. Путем обратной транскрипции с РНК матричного повтора образуется комплементарная ДНК (кДНК), в которой все аденины заменены на произвольный нуклеотид. После этого кДНК замещает вариабельный участок в целевом гене DGR. Таким образом получаются новые варианты генов, которые обеспечивают прокариотам (геном эукариот не содержит DGRs) уникальные направленность, скорость и диапазон мутаций. Тем не менее до сих пор эти ретроэлементы встречались только у отдельных прокариот (в частности, у двух групп DPANN) и бактериофагов и считались исключением.

 

В новой работе специалисты из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе и других вузов продолжили изучение микроорганизмов, обитающих в подземных водах аквифера Колорадо. На первом этапе образцы просеивали через фильтры с полосой пропускания 1,2, 0,2 и 0,1 микрометра (некоторые DPANN и CPR в 500 раз меньше Escherichia coli), после чего проводили их генетический анализ. Полученные данные сравнивали с 30 метагеномными и шестью метатранскриптомными наборами. Это позволило авторам выделить 1136 последовательностей, кодирующих основные функции DGR, что втрое больше, чем общее число известных ретроэлементов этого типа. Рассмотренные обратные транскриптазы ученые разделили на 699 белковых кластеров, при этом большинство из них (315) оказались связаны с самыми малыми, а наименьшее количество — с самыми крупными микроорганизмами.

 

Филогенез DGRs. Контуром обведены ретроэлементы, обнаруженные в новой работе / ©Blair G. Paul et al., Nature Microbiology, 2017

 

Неидентифицированные ранее DGRs чаще встречались в геноме CPR (в более чем 37 процентах случаев — в группе Parcubacteria), чем архей, и в целом относительно равномерно распределялись между подгруппами. Примечательно, что геном 26 процентов архей и 19 процентов бактерий содержал сразу несколько различных ретроэлементов, генерирующих разнообразие, в том числе аналоги вспомогательного белка Avd, отвечающего за мутагенный ретрохоминг (выбор участка для предпочтительного встраивания). По мнению ученых, это подтверждает гипотезу об эволюционной роли DGRs и их направленной активности. Количество аннотированных ретроэлементов, участвующих в этом процессе, благодаря проведенной работе увеличилось на 120 процентных пунктов.

 

Статья опубликована в журнале Nature Microbiology.

 

Ранее биологи представили обновленную версию филогенетического древа. Доминирующей формой жизни, согласно диаграмме, являются бактерии, тогда как археи наряду с эукариотами занимают на ней весьма скромное место.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
9 часов назад
Михаил Орлов

Неоднородная потеря волос у мужчин (вроде залысин у лба или оголенного темечка) сильно зависит от наследственных факторов. Авторы новой статьи описали ранее неизвестные гены — виновники облысения. Оказалось, их довольно много и среди них есть те, что связаны с наследственными кожными болезнями.

Позавчера, 15:20
Ольга Иванова

Международная команда ученых пришла к выводу, что кубомедузы, у которых отсутствует мозг, способны к ассоциативному обучению. Это означает, что сложные нейронные процессы свойственны даже самым примитивным нервным системам.

Вчера, 11:41
Сколтех

Скалы, инженерные сооружения и памятники иногда покрываются похожими на соты углублениями с тонкими перегородками — геологи называют это ячеистым выветриванием. Обычно такого рода сотовые структуры наблюдаются на песчанике и граните во влажных средах с высоким содержанием соли, например вблизи моря, но также и в пустынях, и даже на Марсе. В природных объектах каменные соты выглядят как занятный орнамент, но для памятников это явление вредно. Соты в скалах активно изучаются уже около ста лет, но исчерпывающего ответа на вопрос, почему они формируются, до сих пор нет. Зато теперь есть компьютерная модель, которая симулирует выветривание породы при испарении соленой воды и воспроизводит загадочный рельеф, указывая, какие условия способствуют его появлению.

22 сентября
ЮУрГУ

Научный коллектив Института лингвистики и международных коммуникаций ЮУрГУ создал уникальный интернет-портал, представляющий собой большой банк данных об интерпретациях в русской лингвокультуре важных общечеловеческих ценностей и других ментальных категорий. Ученые исследовали ассоциации обывателей для таких ценностей, как «образование», «карьера», «Родина», а также для концепта «страх».

21 сентября
Дарья

Распространенное мнение о том, что подавление негативных мыслей может быть вредным и даже опасным для психического здоровья, признали ошибочным. К такому выводу пришли ученые из Кембриджского университета (Великобритания).

24 сентября
Михаил Орлов

Переход к паразитизму вызывает характерные изменения у самых разных существ. Авторы нового исследования узнали, как он повлиял на геномы растений, ставших «настолько паразитическими», что от них остался только клубень-химера с грибовидными соцветиями.

31 августа
Сергей Васильев

Вопреки предсказаниям, кислород-28 оказался крайне неустойчивым. Физики не успели даже зарегистрировать такие ядра, хотя теоретически они должны быть дважды магическими, а значит — особенно стабильными.

31 августа
Дарья Губина

Тотальная память — плохо для мозга. Чтобы детально запомнить событие, стоит о нем вспоминать как можно реже. Чем больше вы знаете по теме, тем больше новой информации вы запомните. Но если информации будет слишком много, то не вся она будет зафиксирована в мозге. Naked Science разбирается, как сегодня ученые, нейробиологи и психологи объясняют способности нашего мозга запоминать и учиться.

2 сентября
Редакция

Американский поэт и литературный критик Адам Кирш в эссе, опубликованном в The Guardian, рассуждает о том, как новые представления о возможностях животного разума меняют нас самих.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: