• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
29.07.2016, 18:31
sergey oglodkov
104

Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований

Около половины исследований в области транскриптомов содержат некорректные мета-данные о половой принадлежности образцов, показатель каждого пятого является неоднозначным. К такому выводу пришли ученые из Университета Британской Колумбии.

Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований – иллюстрация к материалу на Naked Science
/ Автор: Андрей Чернов

Транскриптом — совокупность всех молекул РНК (мРНК, некодирующих РНК), которые синтезируются клеткой или группой клеток. Понятие транскриптома — «онтогенетический» аналог понятия генома: в отличие от последнего транскриптом может сильно меняться в зависимости от условий окружающей среды. Одним из атрибутов исследований, связанных с транскриптомом, равно как и с геномом, является уточнение половой принадлежности изучаемого клеточного материала.

 

Авторы проверили 70 чужих научных работ — всего 4160 образцов, — аннотации к которым содержали такое указание. Для анализа ученые разработали метод классификации образцов на основе специфических половых генов: XIST, RPS4Y1 и KDM5D, характерных для развития плода по женскому (XIST) и мужскому (KDM5D, RPS4Y1) типу. В отдельную группу были выделены пробы, половая принадлежность которых не может быть установлена достоверно по техническим или естественным причинам.

 

Результаты показали, что в 32 из 70  (46%) работ мета-данные в аннотации противоречат реальной половой принадлежности биоматериала. В половине случаев такие ошибки встречались в генетических исследованиях в области онкологии. При этом доля образцов с неустановленной принадлежностью пола в таких работах оказалась значительно выше — 2,6 против 0,3%. Неоднозначные образцы были обнаружены в 15 из 70 (21%) исследований.

 

По словам авторов, неверная маркировка проб является серьезной проблемой, особенно при культивировании клеток. Под сомнение, однако, ставится и точность тестов на основе специфических половых генов. Так, многие «мужские» линии клеток утрачивают Y-хромосомы в период культивирования. Кроме того, в 2015 году были опубликованы результаты аналогичной проверки: тогда тесты показали, что сотни образцов, заявленных как «мужские», генетически являются «женскими», тогда как десять «женских» — «мужскими».

 

Тем не менее, ученые нередко пренебрегают базовой проверкой изучаемых клеток, отмечает доктор Аманда Кэйпс-Дэвис.

 

«Я надеюсь, люди просто будут внимательнее к тому, что анализируют», — заявила она.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
7 мая, 11:29
РНФ

Ученые нашли признак, который позволяет точно оценить пластичность органических кристаллов, востребованных в устройствах гибкой электроники и робототехнике. Ранее считалось, что хорошо гнутся материалы со слоистой структурой, где молекулы внутри слоя связаны крепко, а между слоями — слабо. Оказалось, что этих требований недостаточно и важно учитывать также энергию, которую нужно затратить на то, чтобы сдвинуть слои друг относительно друга — чем она ниже, тем материал более гибкий. Открытие упростит проектирование и создание органических кристаллов с заданными свойствами.

8 мая, 17:12
СПбГУ

Нейробиологи СПбГУ продемонстрировали, что активация рецептора следовых аминов TAAR1 эффективно подавляет агрессивное поведение, вызванное полным отсутствием серотонина в мозге. В дальнейшем этот результат поможет в разработке лекарственных препаратов, направленных на коррекцию патологических форм агрессии, возникающих при посттравматическом стрессовом расстройстве (ПТСР) и шизофрении.

9 мая, 12:15
Любовь С.

Астрономы впервые использовали гравитационные волны, чтобы косвенно оценить параметры одного из ключевых процессов термоядерного горения в массивных светилах. Именно от него зависит, какие звезды взрываются, какие превращаются в черные дыры и как во Вселенной появляются углерод и кислород — элементы, без которых не было бы ни планет, ни жизни.

5 мая, 11:45
ПНИПУ

Метеорный поток Эта-Аквариды достигнет своего максимума в ночь с 5 на 6 мая. Его частицы — осколки самой знаменитой кометы в истории, которая появляется над Землей раз в 76 лет. Ученый Пермского Политеха рассказал, как этот звездопад связан с кометой Галлея, почему у него есть «брат-близнец» и где лучше всего за ним наблюдать.

5 мая, 10:59
НИУ ВШЭ

В корпорациях, спорте и учебе люди часто сталкиваются с задачами, с которыми не справиться в одиночку. В таких случаях важную роль играет правильный подбор команды. Доцент факультета экономических наук НИУ ВШЭ Татьяна Майская вместе с коллегами из зарубежных университетов исследовала свойства команд и показала, что однородные команды лучше подходят для задач, где важен высокий средний результат, а разнообразные по составу — там, где критично избежать провала.

5 мая, 15:57
СПбГУ

Ученые Санкт-Петербургского государственного университета уточнили описание вторично морских тихоходок. Удалось доказать существование двух видов организмов в Белом, Баренцевом, Карском морях и море Лаптевых, а также поставить под сомнение, что еще три вида того же семейства представляют собой разные.

23 апреля, 18:34
Александр Березин

В последнее время пуски с российских северных космодромов осуществляют без предварительного уведомления, чего не было в прошлом. Вероятно, дело в недавно упомянутых главой «Роскосмоса» атаках на Плесецк во время пуска. Сегодняшний запуск обеспечил вывод на орбиту космических аппаратов военного назначения.

10 апреля, 10:51
Татьяна Зайцева

Когда международная экспедиционная группа, исследующая море Уэдделла в Антарктиде на борту ледокола «Поларштерн», попыталась укрыться от шторма, ученые и экипаж судна удивились внезапному появлению острова, не обозначенного ни на одной морской карте.

21 апреля, 20:03
Evgenia Vavilova

Химические связи в материале, из которого сделана электроника, разрываются не из-за накопительного износа от протекания тока через них, а из-за электронов с конкретной энергией.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Комментарий на проверке

Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Закрыть
Войти
Авторизуясь, вы даете согласие на обработку персональных данных и подтверждаете ознакомление с Политикой.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно