• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
29.07.2016
83

Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований

Около половины исследований в области транскриптомов содержат некорректные мета-данные о половой принадлежности образцов, показатель каждого пятого является неоднозначным. К такому выводу пришли ученые из Университета Британской Колумбии.

160112_em_geneediting

Транскриптом — совокупность всех молекул РНК (мРНК, некодирующих РНК), которые синтезируются клеткой или группой клеток. Понятие транскриптома — «онтогенетический» аналог понятия генома: в отличие от последнего транскриптом может сильно меняться в зависимости от условий окружающей среды. Одним из атрибутов исследований, связанных с транскриптомом, равно как и с геномом, является уточнение половой принадлежности изучаемого клеточного материала.

 

Авторы проверили 70 чужих научных работ — всего 4160 образцов, — аннотации к которым содержали такое указание. Для анализа ученые разработали метод классификации образцов на основе специфических половых генов: XIST, RPS4Y1 и KDM5D, характерных для развития плода по женскому (XIST) и мужскому (KDM5D, RPS4Y1) типу. В отдельную группу были выделены пробы, половая принадлежность которых не может быть установлена достоверно по техническим или естественным причинам.

 

Результаты показали, что в 32 из 70  (46%) работ мета-данные в аннотации противоречат реальной половой принадлежности биоматериала. В половине случаев такие ошибки встречались в генетических исследованиях в области онкологии. При этом доля образцов с неустановленной принадлежностью пола в таких работах оказалась значительно выше — 2,6 против 0,3%. Неоднозначные образцы были обнаружены в 15 из 70 (21%) исследований.

 

По словам авторов, неверная маркировка проб является серьезной проблемой, особенно при культивировании клеток. Под сомнение, однако, ставится и точность тестов на основе специфических половых генов. Так, многие «мужские» линии клеток утрачивают Y-хромосомы в период культивирования. Кроме того, в 2015 году были опубликованы результаты аналогичной проверки: тогда тесты показали, что сотни образцов, заявленных как «мужские», генетически являются «женскими», тогда как десять «женских» — «мужскими».

 

Тем не менее, ученые нередко пренебрегают базовой проверкой изучаемых клеток, отмечает доктор Аманда Кэйпс-Дэвис.

 

«Я надеюсь, люди просто будут внимательнее к тому, что анализируют», — заявила она.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
Вчера, 13:41
Анна Новиковская

В черных дырах заключено множество тайн, и теперь астрономам удалось раскрыть одну из них: почему раскаленные диски вокруг них иногда мерцают.

2 февраля
Сергей Васильев

Считается, что неандертальцы жили в коллективах максимум в пару десятков особей. Однако на их стоянках обнаруживают останки исключительно крупных животных, добыть и съесть которых можно только командой, насчитывающей сотни человек.

Позавчера, 19:19
Василий Парфенов

«Недостаточно комковатая» — так описал обнаруженную аномалию один из авторов нового исследования. В нем на основе наблюдений сразу двух обсерваторий, работающих с разными диапазонами излучений, удалось создать карту распределения материи во Вселенной с беспрецедентной точностью. Благодаря этому выяснилось, что стандартная модель — главная современная теория мироустройства, описывающая все частицы, поля и взаимодействия, кроме гравитации — имеет все шансы быть неполной.

1 февраля
Анна Новиковская

Крупные хищники, вынужденные делить среду обитания с людьми, все чаще рассматривают двуногих соседей в качестве добычи. Теперь ученые назвали семейство млекопитающих, от клыков и когтей которых люди погибают чаще всего.

29 января
Анна Новиковская

Почти все исследования физической работоспособности проводились исключительно на мужчинах, поскольку ученые полагали, что женский менструальный цикл влияет на их способность к физической нагрузке. И только теперь они выяснили, что это не так.

30 января
РНФ

Биологи выяснили, что почти половина генов в половой Х-хромосоме червеобразных ящериц, относящихся к наиболее древней группе чешуйчатых рептилий, генетически схожа с неполовыми хромосомами курицы. Эта необычная генетическая комбинация не встречается у других пресмыкающихся, что говорит о независимом происхождении половых хромосом в разных группах рептилий.

10 января
Алиса Гаджиева

Исследователи, изучающие систему обороны Великой стены, обнаружили следы более 130 секретных сквозных проходов и полагают, что это только начало.

25 января
Василий Парфенов

Пока фанаты SpaceX увлеченно следят за достижениями компании, астрономы грустно наблюдают, как их работа становится сложнее с каждым запуском спутников Starlink. Прогресс не проходит без жертв. Поэтому различные научные ассоциации ищут способы снизить негативное влияние множества новых рукотворных объектов в околоземном пространстве на качество данных, получаемых телескопами. Некоторые решения со стороны выглядят экстремальными — например, теперь лазеры для корректировки адаптивной оптики можно не выключать, если в поле зрения есть спутник Starlink. А это десятки ватт излучения!

5 января
Александра Медведева

Биологи показали, что нейронные сети гиппокампа, ответственные за пространственное восприятие, изменяются не линейным образом, а в соответствии с гиперболической геометрией. То есть мозг представляет пространство в форме расширяющихся песочных часов. Результаты исследования могут иметь значение для лучшего понимания различных нейродегенеративных расстройств.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: