• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
29.07.2016, 18:31
sergey oglodkov
104

Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований

Около половины исследований в области транскриптомов содержат некорректные мета-данные о половой принадлежности образцов, показатель каждого пятого является неоднозначным. К такому выводу пришли ученые из Университета Британской Колумбии.

Неверная половая маркировка поставила под сомнение итоги 46% транскриптомных исследований – иллюстрация к материалу на Naked Science
/ Автор: Андрей Чернов

Транскриптом — совокупность всех молекул РНК (мРНК, некодирующих РНК), которые синтезируются клеткой или группой клеток. Понятие транскриптома — «онтогенетический» аналог понятия генома: в отличие от последнего транскриптом может сильно меняться в зависимости от условий окружающей среды. Одним из атрибутов исследований, связанных с транскриптомом, равно как и с геномом, является уточнение половой принадлежности изучаемого клеточного материала.

 

Авторы проверили 70 чужих научных работ — всего 4160 образцов, — аннотации к которым содержали такое указание. Для анализа ученые разработали метод классификации образцов на основе специфических половых генов: XIST, RPS4Y1 и KDM5D, характерных для развития плода по женскому (XIST) и мужскому (KDM5D, RPS4Y1) типу. В отдельную группу были выделены пробы, половая принадлежность которых не может быть установлена достоверно по техническим или естественным причинам.

 

Результаты показали, что в 32 из 70  (46%) работ мета-данные в аннотации противоречат реальной половой принадлежности биоматериала. В половине случаев такие ошибки встречались в генетических исследованиях в области онкологии. При этом доля образцов с неустановленной принадлежностью пола в таких работах оказалась значительно выше — 2,6 против 0,3%. Неоднозначные образцы были обнаружены в 15 из 70 (21%) исследований.

 

По словам авторов, неверная маркировка проб является серьезной проблемой, особенно при культивировании клеток. Под сомнение, однако, ставится и точность тестов на основе специфических половых генов. Так, многие «мужские» линии клеток утрачивают Y-хромосомы в период культивирования. Кроме того, в 2015 году были опубликованы результаты аналогичной проверки: тогда тесты показали, что сотни образцов, заявленных как «мужские», генетически являются «женскими», тогда как десять «женских» — «мужскими».

 

Тем не менее, ученые нередко пренебрегают базовой проверкой изучаемых клеток, отмечает доктор Аманда Кэйпс-Дэвис.

 

«Я надеюсь, люди просто будут внимательнее к тому, что анализируют», — заявила она.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
1 августа, 20:27
Evgenia Vavilova

Команда исследователей из Германии и Турции впервые исследовала ледник на вершине Большого Арарата на высоте более пяти тысяч метров. Две недели в июле 2026 года ученые собирали данные о вечных снегах горы, которые до этого не были тщательно исследованы.

3 августа, 06:33
Мария Азарова

Даже успешная химиотерапия не всегда означает окончательную победу над опухолью: часть раковых клеток переживает лечение, перестает делиться и переходит в состояние клеточного старения. Новое исследование показало, что именно такие клетки могут создавать условия, облегчающие образование метастазов.

3 августа, 12:36
Evgenia Vavilova

На ускорителях частиц проводят не только их столкновения, имитирующие первые секунды жизни Вселенной. Эти сложные устройства еще работают фабрикой экзотических частиц, которые почти не встречаются в природе. Сложнее создания редкой частицы — только задача удержать ее на месте, чтобы исследователи смогли провести измерения.

1 августа, 20:27
Evgenia Vavilova

Команда исследователей из Германии и Турции впервые исследовала ледник на вершине Большого Арарата на высоте более пяти тысяч метров. Две недели в июле 2026 года ученые собирали данные о вечных снегах горы, которые до этого не были тщательно исследованы.

31 июля, 14:12
Андрей Серегин

Долгое время считалось, что до прихода европейцев тропические леса Амазонии были заселены сравнительно плохо. Однако выяснилось, что плотная растительность скрывает большинство следов древних обществ. С помощью воздушного лазерного сканирования ученые обнаружили сотни неизвестных земляных сооружений и предположили, что около двух тысяч лет назад население юго-западной части Амазонии могло достигать трех миллионов человек.

28 июля, 11:46
Редакция Naked Science

Правительство испанского автономного сообщества Арагон поддержало строительство гигафабрики по производству аккумуляторов в Фигеруэласе — совместный проект Stellantis и CATL. Решение завершило процесс согласования, открыв путь к реализации проекта TORO.

31 июля, 14:12
Андрей Серегин

Долгое время считалось, что до прихода европейцев тропические леса Амазонии были заселены сравнительно плохо. Однако выяснилось, что плотная растительность скрывает большинство следов древних обществ. С помощью воздушного лазерного сканирования ученые обнаружили сотни неизвестных земляных сооружений и предположили, что около двух тысяч лет назад население юго-западной части Амазонии могло достигать трех миллионов человек.

9 июля, 13:06
Редакция Naked Science

Видеосервисы стали неотъемлемой частью жизни россиян. В 2026 году охваты большинства платформ продолжают расти, в том числе YouTube.

19 июля, 20:09
Александр Березин

Очереди на заправках стали привычным явлением в России, а на фоне информационного вакуума от властей о конкретных показателях производства бензина в июне население вынуждено ориентироваться на слухи. Все это выглядит довольно странно, но есть нюанс: скорее всего, кризис уже начинает выдыхаться. Как именно мы это выяснили?

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий