• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
31.05.2017, 14:04
Редакция Naked Science
1,6 тыс

Микрожидкостный чип превзошел электрофорез в делении ДНК

Специалисты из Университета Твенте разработали микрожидкостный чип, который может разделять фрагменты ДНК значительно быстрее электрофореза.

agarose_electroph_color
©Wikipedia / Автор: Сергей Данилов

Разделение фрагментов ДНК широко применяется в молекулярной биологии, например, для измерения плазмид и анализа продуктов полимеразной цепной реакции (ПЦР). Как правило, с этой целью используется электрофорез. Метод заключается в следующем. В камеру с буферным раствором и электродами помещают гель с агарозой (полисахарид, рост содержания которого позволяет разделять молекулу на меньшие фрагменты), а затем — образец с ДНК и флуоресцентным красителем. Под действием электрического поля отрицательно заряженный сахарофосфатный остов двигает цепочки ДНК от катода к аноду. При этом скорость перемещения фрагментов отрицательно коррелирует с их длиной.

 

В результате ученые получают гель, на поверхности которого сконцентрированы идентичные по размеру (от нескольких десятков до нескольких тысяч пар оснований) фрагменты ДНК. Впоследствии они сравниваются с коммерчески доступными аналогами, длина которых известна. Несмотря на распространенность, метод электрофореза имеет ряд недостатков. В частности, разделение фрагментов с его помощью может занимать часы и, в случае крупных образцов, десятки часов. Чтобы ускорить и упростить процедуру, авторы новой работы создали микрожидкостный чип, состоящий из камеры размером 10×10 миллиметров с гелем и примыкающими к ней микроканалами (50 микрометров на 10 миллиметров).

 

Микрожидкостный чип превзошел электрофорез в делении ДНК – иллюстрация к материалу на Naked Science

Конструкция микрожидкостного чипа для разделения фрагментов ДНК / ©Burcu Gumuscu et al., Microsystems and Nano Engineering, 2017

 

В отличие от электрофореза, новая технология, помимо скорости движения, позволяет учитывать зависимость скорости переориентации фрагментов от их размера. В рамках испытаний авторы генерировали в перпендикулярных направлениях два переменных электрических поля. Соотношение их напряженности варьировалось в пределах 2,4–3. Частота поля подбиралась таким образом, чтобы ориентация молекул происходила в продольном направлении по зигзагообразной траектории. Это позволяло сильнее отклонять более короткие фрагменты. Таким образом, исследователям удалось разделить фрагменты разной длины — от 500 до 10 тысяч спаренных оснований: они поступали в соответствующие микроканалы.

 

По мнению ученых, представленный метод может значительно упростить и снизить расходы на подготовку к разделению фрагментов ДНК. Также микрожидкостный чип может быть масштабирован для применения в рамках электрофореза: в этом случае технология позволяет использовать вместо агарозы полиакриламидный гель. Последний помогает увеличить разрешение и является сравнительно недорогим, но из-за низкой плотности сейчас задействуется только в разделении небольших фрагментов — длиной в несколько десятков пар оснований. Кроме того, новый способ разделения занимает всего несколько минут и обеспечивает возможность одновременно очистить ДНК от побочных продуктов разделения.

 

Статья опубликована в журнале Microsystems and Nano Engineering.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
7 августа, 08:30
Александр Березин

Авторы новой работы утверждают, что общий предок всего живого (LUCA) по сути не был свободноживущим организмом. А его потомки, чтобы стать такими, пошли двумя принципиально разными путями, образовав две принципиально разные группы существ.

6 августа, 15:15
Максим Абдулаев

Палеонтологи из Германии и Австралии предположили, что одной из причин кембрийского взрыва стало появление плотного кала во время эволюции. В отличие от растворенной органики, фекалии быстро тонули, доставляя питательные вещества в глубоководные зоны. Эта линия доставки породила копрофагию (поедание экскрементов) и создала новые экологические ниши на глубине древних морей. Это и запустило цепную реакцию, известную как кембрийский взрыв.

7 августа, 13:39
Марк Чернов

Эксперименты показали, какие именно особые нейроны-регуляторы связывают ожидание награды с готовностью продолжать работу. Причем их отключение резко снижает настойчивость в достижении цели.

4 августа, 12:03
Александр Березин

Остров Пекан недалеко от Мексиканского залива в Луизиане вскоре перейдет в собственность компании Илона Маска. Здесь будет новый космодром для Starship, почти в 20 раз больше, чем в Бока-Чике, где уже стоят две стартовых площадки. Уникальное местоположение позволит компании попытаться реализовать амбициозную цель о запуске миллиона низкоорбитальных спутников на орбиты, где сегодня находится подавляющее меньшинство спутников Земли.

5 августа, 10:09
Александр Березин

Хотя тротиловый эквивалент взрыва от удара был умеренным, всего несколько тонн, благодаря рыхлости лунного грунта низких широт он может поднять до 400 тонн пыли. Она способна образовать облако высотой в десятки километров. Астрономы надеются провести наблюдения этого события и, возможно, зафиксировать какие-то особенности выброшенного лунного материала.

1 августа, 20:27
Evgenia Vavilova

Команда исследователей из Германии и Турции впервые исследовала ледник на вершине Большого Арарата на высоте более пяти тысяч метров. Две недели в июле 2026 года ученые собирали данные о вечных снегах горы, которые до этого не были тщательно исследованы.

31 июля, 14:12
Андрей Серегин

Долгое время считалось, что до прихода европейцев тропические леса Амазонии были заселены сравнительно плохо. Однако выяснилось, что плотная растительность скрывает большинство следов древних обществ. С помощью воздушного лазерного сканирования ученые обнаружили сотни неизвестных земляных сооружений и предположили, что около двух тысяч лет назад население юго-западной части Амазонии могло достигать трех миллионов человек.

9 июля, 13:06
Редакция Naked Science

Видеосервисы стали неотъемлемой частью жизни россиян. В 2026 году охваты большинства платформ продолжают расти, в том числе YouTube.

19 июля, 20:09
Александр Березин

Очереди на заправках стали привычным явлением в России, а на фоне информационного вакуума от властей о конкретных показателях производства бензина в июне население вынуждено ориентироваться на слухи. Все это выглядит довольно странно, но есть нюанс: скорее всего, кризис уже начинает выдыхаться. Как именно мы это выяснили?

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий