• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
04.06.2020, 11:11
ФизТех
1,3 тыс

В МФТИ разработали алгоритм персонализации модели электрической активности сердца

❋ 4.9

Ученые из лаборатории физиологии человека МФТИ совместно с коллегами из Казанского федерального университета и Университета Джорджа Вашингтона (The George Washington University) предложили алгоритм, который позволяет получить математическую модель, описывающую электрическое возбуждение клеток сердца конкретного пациента.

В МФТИ разработали алгоритм персонализации модели электрической активности сердца / ©achadafisioclinic.com / Автор: Андрей Чернов

В работе, опубликованной в научном журнале PLOS ONE, исследуется два возможных подхода к этой задаче: в одном случае с использованием экспериментальных записей электрической активности, а в другом — профиля экспрессии генов.

Каждое сокращение сердца вызвано предшествующим электрическим возбуждением, так называемым потенциалом действия. Последний обусловлен электрическими токами через ионные каналы. Количество каналов, формирующих ионные токи, неодинаково: изменения могут быть вызваны как заболеваниями, так и непаталогическими индивидуальными особенностями разных тканей сердца. Нарушение баланса между ионными токами различного типа может приводить к опасным аритмиям и смерти.

В силу большого количества факторов, влияющих на распространение возбуждения, общие принципы развития аритмий изучаются при помощи математических моделей на протяжении последних 50 лет. Несмотря на долгое развитие и усложнение таких моделей, они до сих пор редко применяются в клинической практике, главным образом из-за того, что описывают некоего «среднего» пациента. А чтобы они описывали конкретного пациента их нужно персонализировать, что является сложной задачей, решению которой и посвящена работа ученых.

Генетический алгоритм на основе персонализированных моделей человеческого потенциала сердечного действия / ©journals.plos.org

Первый подход, обсуждаемый в статье, основан на использовании экспериментальных записей формы потенциала действия и дальнейшей оптимизации модели при помощи специальных компьютерных алгоритмов. Данные алгоритмы используют эволюционные принципы для поиска таких параметров, при которых модель воспроизводит эксперимент.

При этом на множество случайно сгенерированных моделей поочередно действуют селекция, скрещивание и мутация. В работах разных групп прошлых лет показано, что недостаток этого подхода — сложность поиска уникального решения (существует множество комбинаций параметров, которые приводят к форме потенциала действия, близкой той, которая была записана у данного пациента).

Андрей Пикунов, один из авторов работы, сотрудник лаборатории физиологии человека МФТИ, говорит: «Мы пристально рассмотрели каждый из этапов работы алгоритма и оптимизировали их все. Например, в предыдущих работах модельные параметры подвергались мутации независимо друг от друга, а мы применили “векторную мутацию”, которая действует сразу на все параметры одновременно.

Так поиск требуемой параметризации модели идет значительно эффективнее. Вместе с другими модификациями получился алгоритм, который позволяет определить проводимости основных ионных каналов с высокой точностью».

Второй подход, обсуждаемый в статье, связан с использованием данных генетической экспрессии, процесса, в ходе которого наследственная информация от гена преобразуется в РНК или белок. Каждый ионный канал на клеточной мембране состоит из белковых субъединиц, которые встраиваются в клеточную мембрану после трансляции с матричной РНК (мРНК). Количество экспрессируемой мРНК может быть измерено, но до сих пор не было возможности предсказания электрофизиологических особенностей пациента на основе этой информации.

Для этого в данной работе модель была откалибрована с использованием описанных выше алгоритмов на одном из пациентов. Затем на основе разницы профилей экспрессии были разработаны математические модели, которые успешно предсказали форму потенциала действия других пациентов по их индивидуальному профилю экспрессии генов.

Роман Сюняев, автор работы, заведующий лабораторией физиологии человека МФТИ, говорит: «Кроме фундаментального интереса, у работы есть широкие практические перспективы: от использования пациент-специфических моделей в клинической практике до дизайна лекарств.

Так, многие лекарственные препараты зачастую действуют на различные ионные каналы. Разработанные алгоритмы в перспективе могут позволить понять на основании измерений формы потенциала действия эффект препарата на сердечные клетки». Работа была поддержана грантами РФФИ и РНФ.  

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), известен также как Физтех — ведущий российский вуз по подготовке специалистов в области теоретической, экспериментальной и прикладной физики, математики, информатики, химии, биологии и смежных дисциплин. Расположен в городе Долгопрудном Московской области, отдельные корпуса и факультеты находятся в Жуковском и в Москве.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
3 декабря, 11:53
Максим Абдулаев

Австралийские археологи обнаружили редкий клад каменных орудий на западе штата Квинсленд. В яме на берегу пересыхающего водоема лежали 60 совершенно новых тесел, изготовленных в XIX веке. Ученые установили, что это был «торговый пакет», подготовленный для обмена в экономической сети аборигенов. Владелец не смог забрать ценный груз, вероятно, из-за конфликта с европейскими поселенцами.

2 декабря, 17:10
Игорь Байдов

На холмах Западной Турции расположены сотни памятников бронзового века. На протяжении десятилетий их связывали с разрозненными поселениями, которые существовали независимо друг от друга. Однако археологи собрали доказательства, указывающие на то, что эти поселения могли быть частью ранее неизвестной цивилизации, которая представляла собой мощную политическую силу, державшую в напряжении Восточное Средиземноморье почти 3200 лет назад.

3 декабря, 21:39
Редакция Naked Science

В Москве 2 декабря прошел XII Конгресс «Инновационная практика: наука плюс бизнес». Организаторами мероприятия выступили компания «Иннопрактика» и Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова. Конгресс объединил 19 мероприятий, в которых приняли участие более 2000 человек. Среди участников были первые лица и ведущие специалисты государственных структур, крупных российских корпораций, институтов развития, инвестиционных компаний, представители вузов, научно-исследовательских институтов и высокотехнологичных российских компаний. Впервые на площадке Конгресса работала территория «Научи примером». Спикеры площадки в интерактивных форматах продемонстрировали, как инновационный менталитет работает в реальных проектах.

29 ноября, 12:42
Александр Березин

Позавчера, 27 ноября 2025 года, при запуске космонавтов к МКС на стартовую площадку № 31 упала кабина обслуживания стартового комплекса. Это означает, что новые пуски оттуда до починки невозможны. К сожалению, в 2010-х годах, в рамках «оптимизации» расходов, резервную площадку (с которой летал Юрий Гагарин) упразднили. Поэтому случилось беспрецедентное: в XXI веке страна с пилотируемой космической программой осталась без средств запуска людей на орбиту. Пока ремонт не закончится, проблема сохранится. Чем это может грозить?

27 ноября, 20:20
Максим Абдулаев

Японские биологи повторили античную технологию производства вина из изюма, чтобы выяснить механизм его брожения. Исследователи показали, что сушеный виноград, в отличие от свежего, накапливает на поверхности дикие дрожжи и способен превращать воду в алкоголь без внесения дополнительных заквасок.

27 ноября, 11:05
Игорь Байдов

Долгое время ученые полагали, что сотни гигантских статуй на острове Пасхи создали представители местной общины под руководством одного вождя. Однако авторы нового исследования поставили эту гипотезу под сомнение. Детальная трехмерная карта главного каменного карьера острова указала на более сложную картину. Вероятно, монументы были плодом творчества и соперничества небольших независимых групп.

29 ноября, 12:42
Александр Березин

Позавчера, 27 ноября 2025 года, при запуске космонавтов к МКС на стартовую площадку № 31 упала кабина обслуживания стартового комплекса. Это означает, что новые пуски оттуда до починки невозможны. К сожалению, в 2010-х годах, в рамках «оптимизации» расходов, резервную площадку (с которой летал Юрий Гагарин) упразднили. Поэтому случилось беспрецедентное: в XXI веке страна с пилотируемой космической программой осталась без средств запуска людей на орбиту. Пока ремонт не закончится, проблема сохранится. Чем это может грозить?

27 ноября, 20:20
Максим Абдулаев

Японские биологи повторили античную технологию производства вина из изюма, чтобы выяснить механизм его брожения. Исследователи показали, что сушеный виноград, в отличие от свежего, накапливает на поверхности дикие дрожжи и способен превращать воду в алкоголь без внесения дополнительных заквасок.

20 ноября, 13:12
Полина Меньшова

Человеческие языки разнообразны, но это разнообразие ограничивается повторяющимися закономерностями. Пытаясь описать правила, которым подчиняются различия в грамматике, лингвисты сформулировали ряд так называемых грамматических универсалий — утверждений, предположительно верных для всех или большинства языков мира. Международная команда ученых провела статистический анализ на материале 2430 языков и обнаружила, что соответствующими действительности можно считать около трети таких утверждений.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Закрыть
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно