Ученые СПбГУ секвенировали геном байкальской нерпы
Биологи Санкт-Петербургского университета в составе международного коллектива впервые описали геном единственного млекопитающего озера Байкал — байкальской нерпы.
Результаты исследования опубликованы в одном из лучших научных журналов в области генетики Genes. Байкальская нерпа – один из трех видов нерп, живущих в пресной воде, это единственное млекопитающее озера Байкал — самого глубокого озера на планете. В конце прошлого века из-за чумы плотоядных численность нерпы сильно сократилась (до 100 тысяч голов), однако в последние годы она постепенно восстанавливается. Как отмечают ученые, секвенирование генома животного в будущем позволит обеспечить постепенный рост популяции, поскольку гены животного хранят всю информацию об истории отдельных видов и особей. Такой подход поможет учитывать, в каких условиях животные лучше всего выживают.
«Эта идея появилась более десяти лет назад в рамках международного проекта Genome 10K 100к по инициативе тогда работавшего руководителя Центра геномной биоинформатики СПбГУ именпи Ф. Г. Добржанского СПбГУ Стива О’Брайена. Суть проекта заключалась в том, чтобы секвенировать геномы 100 тысяч живых организмов, в их числе оказалась и байкальская нерпа», — рассказала профессор кафедры цитологии и гистологии СПбГУ Алла Лапидус.
Проект затянулся из-за недостатка ресурсов и сложности ДНК байкальской нерпы. Первая версия, разработанная учеными, оказалась лишь набором отдельных фрагментов, упорядочить которые было крайне сложно из-за большого числа повторяющихся участков. Эту проблему удалось решить, используя новый метод Hi-C, что позволило ученым СПбГУ достичь цели и секвенировать геном байкальской нерпы.
«Метод Hi-C позволяет определить последовательности ДНК, которые физически находятся близко друг к другу в клетке. Обладая такой информацией, мы можем упорядочить имеющиеся у нас фрагменты, собрав их в полные хромосомы», — объяснил старший научный сотрудник Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Михаил Райко.
Благодаря секвенированию генома байкальской нерпы ученые Университета смогли понять ее происхождение и родственные связи, а также генетическое разнообразие популяции — ключевую характеристику для природоохранных видов, к которым относится байкальская нерпа. Так, отсутствие вариабельности, то есть генетического разнообразия, может ставить под угрозу само существование видов.
Еще один важный вопрос, на который в перспективе смогут ответить ученые благодаря данному исследованию – происхождение нерпы. В настоящее время существует теория, что около трех миллионов лет назад нерпа мигрировала с побережий Северного ледовитого океана на юг по рекам. Таким образом она оказалась в Байкале, который позднее оказался отделен от соленых водоемов.
Кроме того, данное исследование позволит ученым сравнить геном байкальской нерпы с другими представителями северной фауны и другими видами нерп, живущих в пресных водоемах, и определить, в какой момент популяции разделились. Подробнее о проведенной работе по секвенированию генома байкальской нерпы читайте в ближайшем номере журнала «Санкт-Петербургский государственный университет».
Telegram 
Дзен 
VK Иногда лучшая помощь природе — просто оставить ее в покое и не мешать. Британские экологи доказали, что заброшенная фермерская пашня способна без миллионных затрат и покупных семян превратиться в роскошный цветущий луг. Для этого потребовалось лишь 11 лет времени и обычный ежегодный покос травы.
Некоторые опасные для здоровья химические вещества продолжают обнаруживать в окружающей среде спустя десятилетия после того, как их использование решили ограничивать. Масштабный обзор европейских данных показал, где именно сохраняются эти загрязнители и насколько массовым было их распространение.
Биологи открыли новый вид рептилий и присвоили ему научное имя Acanthosaura syrax — в честь желтой драконицы Сиракс, на которой в сериале «Дом Дракона» летала королева Рейнира Таргариен. Авторы исследования признались, что такое название не просто дань популярному фэнтези: крошечное существо действительно поразительно напоминает экранную тезку.
Биологи провели молекулярный анализ тканей человеческого мозга и выяснили, что при тяжелой депрессии останавливается процесс образования новых нейронов. Открытие показало, что природа заболевания кроется не только в химическом дисбалансе нейромедиаторов, но и в физическом нарушении клеточного обновления гиппокампа.
Приблизительно 130 миллионов лет назад, когда по земле бродили динозавры, какое-то млекопитающее пробежало по влажной песчаной дюне на территории современной южной части Бразилии. Размер оставленных этим древним существом следов поразил палеонтологов.
Проблемы с дыханием во время сна могут отражаться не только на самочувствии днем, но и на интимной жизни мужчин. Новый метаанализ показал, что по мере усугубления таких нарушений во сне показатели эректильной функции снижаются.
Долгое время считалось, что до прихода европейцев тропические леса Амазонии были заселены сравнительно плохо. Однако выяснилось, что плотная растительность скрывает большинство следов древних обществ. С помощью воздушного лазерного сканирования ученые обнаружили сотни неизвестных земляных сооружений и предположили, что около двух тысяч лет назад население юго-западной части Амазонии могло достигать трех миллионов человек.
Американская компания Firebird официально запустила в городе Раздан крупный центр обработки данных и фабрику искусственного интеллекта. На сегодняшний день это самый масштабный технологический хаб подобного уровня в СНГ, а после завершения всех этапов строительства он войдет в пятерку самых мощных вычислительных кластеров в мире.
После сокращения длины очередей и роста доступности бензина в первую неделю августа ситуация снова ухудшилась. Если с 20 июня по начало августа кризис носил в основном психологический характер, то сейчас ситуация принципиально иная: августовские атаки на НПЗ показали, что меры по усилению их противовоздушной обороны не были достаточно полными. Значит, прогноз автора Naked Science от 19 июля о том, что острая фаза кризиса закончится до конца лета, был частично неверным.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно