Ученые составили полный атлас микроРНК – важных регуляторных молекул
05.10.2017
10 минут
ФизТех
7

Ученые составили полный атлас микроРНК – важных регуляторных молекул

4.2

Международный консорциум, в который входили российские ученые из ИОГен РАН и МФТИ, разработал атлас микроРНК человека и мыши.

Ученые составили полный атлас микроРНК – важных регуляторных молекул / ©orensmi.ru

МикроРНК играет важную роль в регуляции генов и дифференциации клеток, и они уже почти все известны науке. Однако про то, какие участки генома участвуют в регуляции самих микроРНК, было известно мало. Исследователи нашли эти участки при помощи специального алгоритма, определили активность всех микроРНК в разных тканях, а результаты выложили в открытый доступ. Научная работа опубликована в журнале Nature Biotechnology.

«МикроРНК представляют собой один из важнейших механизмов регуляции экспрессии генов. Создание полного атласа микроРНК в различных клетках приближает нас еще на один шаг к созданию полной картины регуляции генов», – комментирует Юлия Медведева, один из соавторов работы, старший научный сотрудник Центра биотехнологий РАН, преподаватель кафедры биоинформатики МФТИ.

Схема молекулы РНК
Схема молекулы РНК

МикроРНК – это маленькая молекула РНК длиной около 20 нуклеотидов, которая участвует в регуляции работы генов. В разных тканях необходима активность разного набора генов, а ненужные гены «глушат» молекулы микроРНК. Они являются как бы маленькими полицейскими: узнают ген, который не должен работать в этой ткани, и блокируют его. При многих болезнях наблюдаются отклонения в работе микроРНК, поэтому сейчас разрабатывается терапия антимикроРНК, например от рака. Кроме того, молекулы микроРНК можно использовать в качестве лекарства, так как с помощью них можно подавить синтез плохих белков. Но про то, как регулируется сама микроРНК, известно очень мало.

Работа микроРНК. Если микроРНК «садится» на информационную РНК, то синтез белка и РНК блокируется.
Работа микроРНК. Если микроРНК «садится» на информационную РНК, то синтез белка и РНК блокируется.

Звенья РНК – нуклеотиды аденин (A), цитозин (C), гуанин (G), урацил (U) – могут образовывать связи C-G, A-U и G-U. Например, последовательности CCUA и GGGU смогут связываться и будут называться комплементарными, а CCUA и UCCG не будут комплементарными. МикроРНК связывается с почти комплементарным ей участком РНК и таким образом не дает синтезировать белок с этого участка.

Предшественники первой открытой микроРНК (сверху) и первой открытой микроРНК у человека (снизу). Хотя РНК – одноцепочечная молекула, она необязательно прямая. Так, предшественники микроРНК имеют форму шпильки.
Предшественники первой открытой микроРНК (сверху) и первой открытой микроРНК у человека (снизу). Хотя РНК – одноцепочечная молекула, она необязательно прямая. Так, предшественники микроРНК имеют форму шпильки.

Еще лет 30 назад про микроРНК никто не знал. Только в 1993 году была описана первая представительница этих некодирующих РНК, то есть молекул РНК, на основе которых не производятся белки. РНК – это одноцепочечная молекула, состоящая из звеньев-нуклеотидов. Она получается из ДНК – двухцепочечной молекулы, в которой зашифрована последовательность РНК. На основе ДНК получаются все РНК: и кодирующие (матричные или информационные РНК), и некодирующие – перевод из ДНК в РНК называется «транскрипцией». Информационная РНК служит «рецептом», по которому производятся белки, а некодирующие РНК участвуют в «приготовлении» белка. Все РНК, чтобы выполнять свои функции, должны пройти несколько стадий созревания. Так, специальные белки вырезают из молекулы РНК длиной около 80 нуклеотидов маленький кусочек, и получается микроРНК. Говорят, что микроРНК вырезается из предшественника микроРНК, или пре-микроРНК.

Транскрипция начинается с того, что специальные белки (транскрипционные факторы) садятся на стартовую площадку – участок ДНК рядом с геном, которая называется «промотором». У предшественников микроРНК тоже есть промоторы, однако до сих пор многие из них не были определены достаточно точно. По этой причине было сложно изучать регуляцию микроРНК, хотя большинство микроРНК и их предшественники уже известны. МикроРНК тканеспецифичны: в одних тканях экспрессируются (переводятся из ДНК в РНК) предшественники одних микроРНК, а в других тканях – другие. Благодаря этому клетки в разных тканях обладают разными свойствами (потому что разные наборы генов блокируются).

Интерактивная карта экспрессии. Сверху — типы тканей, справа — микроРНК, на пересечении — уровень экспрессии данной РНК в данной ткани.
Интерактивная карта экспрессии. Сверху — типы тканей, справа — микроРНК, на пересечении — уровень экспрессии данной РНК в данной ткани.

Ученые составили полный атлас микроРНК с промоторами их предшественников в разных тканях. Работа проводилась в рамках большого исследовательского проекта FANTOM5 (Functional annotation of the mammalian genome – функциональная характеристика генома млекопитающих), который собирает и анализирует данные о функциональных элементах в геноме мыши и человека. Ранее они разработали технологию (CAGE, Cap Analysis of Gene Expression), при помощи которой можно находить промоторы в геноме. Они сопоставили данные о промоторах с данными о коротких РНК и для каждой микроРНК определили предшественника и его промотор. Многие микроРНК были описаны ранее, а некоторые новые микроРНК нашли с помощью специального алгоритма. Кроме этих данных, атлас содержит карту экспрессии предшественников всех микроРНК в более чем ста видах тканей человека. По этой карте можно посмотреть, в каких тканях какие микроРНК играют свою регулирующую роль.


Всеволод Макеев, один из соавторов работы и профессор кафедры биоинформатики МФТИ, поясняет: «Когда вы знаете, где находится промотор, вы можете, во-первых, пытаться понять, в какие регуляторные каскады эта микроРНК включена. А во-вторых, если у человека есть мутации на том участке, где находится промотор, у него могут быть какие-то нарушения регуляции и вы будете об этом знать, а в будущем даже, возможно, исправлять эти нарушения».

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
ФизТех
145 статей
Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), известен также как Физтех — ведущий российский вуз по подготовке специалистов в области теоретической, экспериментальной и прикладной физики, математики, информатики, химии, биологии и смежных дисциплин. Расположен в городе Долгопрудном Московской области, отдельные корпуса и факультеты находятся в Жуковском и в Москве.
Позавчера, 18:27
7 минут
Полина Гершберг

Мужчина, выглядящий легко поддающимся манипуляциям и давлению, не повышает вероятность того, что женщина выберет его в качестве сексуального партнера.

5 часов назад
8 минут
Полина Гершберг

Один из наиболее полезных режимов питания оказался хорош с неожиданной стороны: выяснилось, что он способствует развитию кишечных бактерий, связанных с улучшением качества жизни пожилых людей.

Позавчера, 18:54
5 минут
Мария Азарова

По мнению исследователей, мидии погибли вследствие «теплового стресса», вызванного повышением температуры океана.

12 февраля
36 минут
Александр Березин

Сегодняшние удары турецкой армии в Сирии производят несколько шокирующее впечатление, но только до тех пор, пока мы не обратимся к истории. Напомним: главу Турции не так давно пытались ликвидировать в заговоре, поддерживаемом ЦРУ. И только информация из России позволила ему в последний момент спастись. У Анкары нет ни одного настоящего союзника на Западе. Фактически у нее вообще один заметный союзник: Москва. В этой ситуации Эрдоган внезапно бьет по сирийцам — другому партнеру России. Что это? Новый «удар в спину», как по Су-24 в 2015 году? Или как по Севастополю в 1914 году? Лавры Османской империи не дают покоя и тянут турок к внешнеполитическому самоубийству? Попробуем с точки зрения истории разобраться, зачем Турция сегодня, как и сто лет назад, принимает столь странные решения — и почему, на самом деле, они логичны.

13 февраля
5 минут
Полина Гершберг

Олигосахарид под названием 2’-фукозиллактоза оказался критически важным для когнитивных способностей детей.

14 февраля
4 минуты
Полина Гершберг

Болезнь подтверждена у 472 и подозревается более чем у полутора тысяч человек. Как минимум 70 уже скончались.

11 февраля
4 минуты
Сергей Васильев

Экспериментальные данные указали на виды физических нагрузок, которые стимулируют нейропластичность мозга.

28 января
25 минут
Александр Березин

Недавняя научная работа предрекла серьезную эпидемию коронавируса 2019-nCoV. Согласно ей, 95% зараженных еще не зарегистрированы властями, а значит, через пару недель в одной Ухани будут сотни тысяч заболевших. При наблюдаемой смертности от вируса в 2,36% — это многие тысячи погибших. На самом деле, новая работа скорее «ловит хайп» или, если угодно, пытается держать мир настороже, чем описывает реальную эпидемию. Последние данные по заразности коронавируса показывают: он действительно неблестяще передается от человека к человеку. Для эпидемии в Китае этого достаточно, но большое число жертв за пределами этой страны маловероятно. Выясняем почему.

28 января
3 минуты
Полина Гершберг

Ученые создали информационную панель, показывающую распространение китайского коронавируса по миру в режиме реального времени. Данные вносятся из подтвержденных источников — это поможет бороться с дезинформацией.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Лучшие материалы
Предстоящие мероприятия
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: