Ученые установили, что мобильные генетические элементы могут непреднамеренно подавлять иммунитет бактерий
Системы рестрикции-модификации у бактерий отвечают за защиту клетки от чужеродного генетического материала, например, бактериофагов и плазмид. Иммунные системы требуют строгой регуляции, поскольку у бактерий, как и у человека, возможны аутоиммунные реакции — атака на собственную ДНК. Группа ученых во главе с руководителем Лаборатории анализа метагеномов в Сколтехе Артемом Исаевым изучила одну из первых открытых систем иммунитета у бактерий EcoKI и установила, что наличие в клетке плазмидной ДНК приводит к активации аллевиации рестрикции — встроенной программы подавления иммунитета. Этот эффект был назван плазмидо-индуцированной аллевиацией рестрикции. Он возникает, когда в клетку попадают плазмиды, обладающие особыми свойствами, которые начинают конфликтовать с внутриклеточным иммунитетом.
Результаты работы представлены в журнале Nucleic Acids Research. Плазмиды — это форма мобильных генетических элементов, кольцевые молекулы ДНК, которыми бактерии активно обмениваются друг с другом, что приводит к их быстрому распространению по популяции.
«Открытие оказалось для нас совершенно неожиданным. Мы изучали белок, который должен был ингибировать систему EcoKI, но данные никак не сходились. Тогда мы подумали: а не может ли оказаться, что сама плазмидная ДНК подавляет бактериальный иммунитет? Оказалось, что наличие плазмиды, которая обладает специальными элементами, сайтами для распознавания нуклеазы EcoKI системы, привлекало EcoKI нуклеазу на плазмидную ДНК, что запускало программу деградации этого белка.
В норме эта программа нужна, чтобы защитить клетку от случайной атаки нуклеазы на бактериальную хромосому, но оказалась, что плазмидная ДНК настолько активно привлекает на себя EcoKI нуклеазу, что это полностью отключает бактериальный иммунитет. Для самой плазмиды это тоже плохо, так как клетка становится чувствительна к заражению фагами, поэтому мы считаем, что подобный конфликт возникает непреднамеренно и просто отражает сложность различных биологических механизмов, которые не всегда друг с другом согласованы», — рассказал руководитель работы Артем Исаев.
Результаты ученых также внесли вклад в понимание процессов внутриклеточной рекомбинации — процесса, в котором одна молекула ДНК может обмениваться фрагментами со своей копией внутри клетки. Когда в бактериальном геноме происходит разрыв в ДНК, то, чтобы его устранить, клетка использует генетическую рекомбинацию, с помощью которой она находит похожую цепь ДНК. Этот процесс также требует наличия специальной последовательности, называемой Chi-сайтом. Если же этот сайт удалить, то двухцепочечный разрыв может привести к полной деградации поврежденной ДНК плазмиды.
«Мы установили, что для запуска аллевиации рестрикции плазмиде необходим Chi-сайт, то есть способность к активной рекомбинации. Однако в особых условиях, если удалить компоненты клетки, отвечающие за основные процессы рекомбинации (белки RecBCD и RecA), мы можем по-прежнему наблюдать аллевиацию рестрикции. Это говорит о том, что в бактериальной клетке есть скрытые или альтернативные способы рекомбинации, которые не проявляют себя в присутствии RecBCD и RecA. Теперь наша модельная система поможет исследовать эти пути», — рассказали первые авторы работы, аспиранты Сколтеха по программе «Науки о жизни» Михаил Скутель и Дарья Яновская. Исследование поддержано грантами РНФ, а также грантом Министерства науки и высшего образования России.
Telegram 
Дзен 
VK Эксперимент физиков из ЦЕРН позволил рассмотреть поведение глюонов внутри атомных ядер с беспрецедентной точностью. При сверхвысоких плотностях эти элементарные частицы переставали размножаться и начинали объединяться. Это помогло найти подтверждение теории «глюонного насыщения», а не принятого «ядерного затенения» для определенного диапазона сверхвысоких энергий.
Любовь к сладкому может быть связана не только с пищевыми привычками, но и с тем, как человек принимает решения. Исследователи НИУ ВШЭ объяснили, почему любители сладкого ведут себя импульсивно: дело не в стремлении получить все немедленно, а в нежелании мириться с неопределенностью. Результаты могут помочь улучшить терапию зависимостей.
МС-21-310 — импортозамещенная версия российского пассажирского самолета МС-21. Вскоре он появится на отечественных аэродромах, пообещали в «Ростехе». Также госкорпорация опубликовала видео, на котором можно увидеть процесс строительства этого авиалайнера.
Американская компания Firebird официально запустила в городе Раздан крупный центр обработки данных и фабрику искусственного интеллекта. На сегодняшний день это самый масштабный технологический хаб подобного уровня в СНГ, а после завершения всех этапов строительства он войдет в пятерку самых мощных вычислительных кластеров в мире.
Эксперимент физиков из ЦЕРН позволил рассмотреть поведение глюонов внутри атомных ядер с беспрецедентной точностью. При сверхвысоких плотностях эти элементарные частицы переставали размножаться и начинали объединяться. Это помогло найти подтверждение теории «глюонного насыщения», а не принятого «ядерного затенения» для определенного диапазона сверхвысоких энергий.
Британские экологи выяснили, что большинство людей не догадываются о вреде солнцезащитных кремов для Мирового океана. Обзор научной литературы и локальный уличный опрос наглядно продемонстрировали разрыв между реальными экологическими угрозами и повседневными привычками покупателей.
Долгое время считалось, что до прихода европейцев тропические леса Амазонии были заселены сравнительно плохо. Однако выяснилось, что плотная растительность скрывает большинство следов древних обществ. С помощью воздушного лазерного сканирования ученые обнаружили сотни неизвестных земляных сооружений и предположили, что около двух тысяч лет назад население юго-западной части Амазонии могло достигать трех миллионов человек.
Американская компания Firebird официально запустила в городе Раздан крупный центр обработки данных и фабрику искусственного интеллекта. На сегодняшний день это самый масштабный технологический хаб подобного уровня в СНГ, а после завершения всех этапов строительства он войдет в пятерку самых мощных вычислительных кластеров в мире.
Очереди на заправках стали привычным явлением в России, а на фоне информационного вакуума от властей о конкретных показателях производства бензина в июне население вынуждено ориентироваться на слухи. Все это выглядит довольно странно, но есть нюанс: скорее всего, кризис уже начинает выдыхаться. Как именно мы это выяснили?
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно