Предложен новый подход к определению размера атомов
Современные методы квантовой химии не позволяли полностью и точно описывать характеристики межмолекулярных взаимодействий, что затрудняло эффективность тех или иных разработок — например, в лекарственной терапии. Но ученые из Университета ИТМО и их коллеги из РАН предложили новый метод статистического анализа силы этих взаимодействий и размеров атомов.
Сегодня, когда новые лекарства разрабатывают на суперкомпьютерах, когда электроника работает в наномасштабе, ученым важно понимать, как ведут себя соседние молекулы по отношению друг к другу. Для этого нужно максимально точно знать эффективный размер атомов. Современные методы квантовой химии могут помочь в этом, однако их ответы либо недостаточно точны, либо их получение занимает месяцы работы суперкомпьютеров. Ученые Университета ИТМО и их коллеги из РАН предложили новый метод статистического анализа силы межмолекулярных взаимодействий и размеров атомов. Их работа попала на обложку журнала ChemPhysChem.
С точки зрения химии все мы живем в мире постоянных межмолекулярных взаимодействий. Процесс заварки чая, переваривание еды в нашем организме, жесткость нового вида пластика – все это зависит от характера взаимодействий отдельных молекул между собой. Проблема в том, что современные методы квантовой химии не позволяют полностью и точно описывать характеристики межмолекулярных взаимодействий.
Между тем, на современном уровне науки ученым важно понимать, какова энергия межмолекулярных взаимодействий. Исследователям надо точно знать, как взаимодействуют молекулы лекарства с клетками организма, или как упакованы молекулы в новом органическом полупроводниковом материале. Небольшие изменения в характере взаимодействия между молекулами могут сделать разработку очень эффективной, или наоборот крайне неконкурентоспособной.
Химики нашли выход – чтобы определять, насколько межмолекулярные взаимодействия определяют свойства химической системы, они стали использовать принцип эффективного размера атомов, или, как их называют, Ван-дер-Ваальсовых радиусов. В этой концепции предполагается, что сближение атомов из разных молекул на расстояние меньше некоторого свидетельствует о важности соответствующего взаимодействия, в противном случае им можно пренебречь.
Однако из-за особенностей методики определения вандерваальсовых радиусов их значения оказываются занижены на 10-15 процентов. В результате в анализ химических систем зачастую закрадываются ошибки – многие важные взаимодействия отбрасываются как незначительные, что делает работу исследователей менее эффективной. Группа ученых Университета ИТМО в сотрудничестве с сотрудниками ИнЭОС РАН предложила новый метод статистического анализа, который позволяет точнее определять размер атомов.
«Как обычно рассчитывается эффективный размер атомов, — рассказывает научный сотрудник Университета ИТМО Иван Чернышов, — у нас есть данные о всех возможных вариантах взаимодействия некоторых двух атомов. Если построить на их основе график распределения межатомных дистанций, то из него можно будет увидеть усредненное расстояние, соответствующее анализируемому взаимодействию.
Однако возможно это не всегда, поэтому вместо наиболее вероятной дистанции из графика достается другая, приближенная величина. Мы смогли обойти эту проблему, придумав способ отсеивания случайных контактов от «прямых» взаимодействий, в которых на «линии взгляда» между центрами двух атомов не находятся другие, экранирующие атомы», — поясняет соавтор исследования.
Несмотря на то, что российские ученые предложили для решения сложнейшей задачи из мира квантовой химии сравнительно простой статистический метод, он позволяет получать достаточно точные данные, необходимые для оценки размеров атомов, молекул, для оценки характера межмолекулярных взаимодействий, что очень важно для современных приложений.
«Сейчас активно исследуются взаимодействия между лекарствами и белками в организме, — поясняет Чернышов, — У вас есть хорошая молекула, которая показала свою эффективность, но для реального применения ее нужно улучшить, усилив связывания с активным центром. Для этого вы берете данные об эффективных размерах атомов, и смотрите, какие из наблюдаемых вами в структуре связанного белка взаимодействия важны, а какими можно пренебречь.
Те значения, которые до настоящего момента брались, определялись эмпирически и не имели конкретного физического смысла. Наш метод позволит значительно увеличить точность расчетов, особенно для новых, не изучавшихся ранее систем».
Telegram 
Дзен 
VK Американские биотехнологи впервые сообщили об обращении вспять клеточного старения в живых клетках печени человека — не мышиных, не синтетических, а именно человеческих. На волне этого результата компания привлекла 435 миллионов долларов и готовится к клиническим испытаниям.
Роль личности в истории чаще всего иллюстрируют правителями или полководцами. Но, глядя на современную карту мира, нельзя не признать: она выглядела бы принципиально иначе, если бы не одна крестьянская девушка, которую сожгли в этот день ровно 595 лет назад.
Может ли человек или другое животное воспользоваться преимуществами сна, не смыкая глаз? Этим вопросом задалась команда американских нейробиологов. Они провели эксперимент на грызунах и выяснили, что «включения и выключения» нейронной активности в коре бодрствующих мышей позволяют вызвать некоторые эффекты, аналогичные тем, которые появляются во время фазы медленного сна. Более того, такой подход помог добиться улучшения памяти. Теперь ученые хотят повторить эксперимент на людях.
В 2017 году человечество впервые заметило объект, прилетевший из другой звездной системы. Он оказался странным, почти не похожим ни на астероид, ни на комету, и получил имя Оумуамуа. Затем появился «нормальный» межзвездный странник — комета Борисова. А в 2025-м астрономы обнаружили 3I/ATLAS — объект, который, вероятно, хранит вещество времен рождения чужих миров. Но что изменили в астрономии эти три гостя из межзвездной тьмы?
Астрономы провели длительную радиодиагностику межзвездного объекта 3I/ATLAS и не нашли признаков искусственных технологий. Наблюдение окончательно подтвердило естественную природу ледяного тела, хотя ученые изначально не ожидали сенсации.
Тысячу лет назад колоссальный степной пояс от Амура до Дуная назывался Великой степью. На Руси его знали как Дикую степь. В этом краю жили кочевники, и среди них — хищная птица сокол-балобан. Сейчас цельной трансконтинентальной популяции балобана больше нет. Небольшой европейский островок уцелел в Венгрии, Австрии и в Крыму. Есть популяция в Казахстане, Монголии и Китае. В России сокол-балобан, помимо Крыма, живет в горах Южной Сибири. И выживание этой популяции, как и всего вида, под угрозой. Как живет эта птица и как ей помогают в нашей стране? Зачем в Хакасии посреди «нигде» построили огромный облёточник? Буквально сегодня в него уже доставили первую партию птиц.
В высокогорных районах Гималаев появился новый хищник. Он не боится людей, возглавляет стаи собак и все чаще заходит в деревни. Местные жители называют его «кхипшанг». Речь идет о гибриде гималайского волка и бродячей собаки. Ученые опасаются, что этот зверь изменит хрупкий баланс местной дикой природы и в скором времени станет весьма опасным для человека.
В доколумбовых Андах принадлежность к правящему роду определяла доступ к земле, торговле и статусу, поэтому удержать все внутри семьи было вопросом выживания. Ученые выяснили, что элиты долины Чинча решали эту задачу самым прямым способом — заключая браки между родственниками на протяжении как минимум двух поколений.
При совпадении нескольких условий наши глаза способны улавливать излучение в ближнем инфракрасном спектре. Тогда сетчатка начинает работать как нелинейный фотодетектор.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно