• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
03.11.2020
СПбГУ
838

Опубликована новая версия референсного генома человека, при помощи которой ученые смогут найти больше связей между мутациями и болезнями

5.4

Международный консорциум Telomere-to-Telomere, куда вошли ученые СПбГУ, опубликовал первую версию нового референсного генома человека. В ней впервые, при участии представителей университета, удалось расшифровать центромеры — участки ДНК с большим количеством повторов, составляющие около двух процентов всего генома. С помощью эталона ученые смогут найти больше связей между мутациями и болезнями, а значит — повысить эффективность различных видов лечения.

Опубликована новая версия референсного генома человека, при помощи которой ученые смогут найти больше связей между мутациями и болезнями / ©medrussia.org

Первая сборка генома была получена около двадцати лет назад. На проект «Геном человека» (The Human Genome Project, HGP) было потрачено несколько миллиардов долларов и более десяти лет упорной работы многих специалистов по всему миру. При этом полученная сборка на самом деле была далеко не полной.

Почти 10 процентов человеческого генома не было собрано из-за проблем на различных стадиях исследования: от биологических экспериментов до решения алгоритмических задач по сборке. В течение следующих двадцати лет референсный геном многократно улучшался, но тем не менее даже его последняя версия GRCh38 все еще содержала неизвестные последовательности длиной около 161 миллиона пар оснований — это почти 5 процентов генома.

«Одной из главных проблем для сборки являются длинные участки повторяющихся последовательностей. С использованием технологий секвенирования, способных производить только короткие фрагменты, было невозможно определить, где именно в геноме и в каком количестве такие повторяющиеся участки содержатся.

Но в 2010-х годах активное распространение получили новые технологии секвенирования, разрабатываемые компаниями Pacific BioSciences и Oxford Nanopore. Последовательности, получаемые с помощью этих технологий, намного длиннее, чем у предыдущих поколений секвенаторов, и составляют десятки и сотни тысяч оснований», — рассказала один из авторов проекта, научный сотрудник лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ Алла Михеенко.

Поэтому только сейчас, почти через двадцать лет после создания первой сборки генома человека, наука наконец-то готова закрыть все пробелы в референсном геноме. Для этого исследователи из разных стран объединились в международный консорциум Telomere-to-Telomere (T2T), возглавляемый Адамом Филлиппи (Adam Phillippy) из Национальных институтов здоровья США (The National Institutes of Health, NIH) и Карен Мига из Университета Калифорнии в Санта-Круз (University of California, Santa Cruz, UCSC).

Чтобы понять смысл названия консорциума, необходимо знать, что теломеры — это участки генома, которые находятся на концах каждой хромосомы. Соответственно, целью T2T является сборка каждой хромосомы «от теломеры до теломеры», то есть от начала до конца. Первая версия нового референсного генома, созданного Т2Т, была опубликована осенью 2020 года. Сейчас консорциум занимается подготовкой большой научной публикации, в которой будут подробно описаны методы сборки генома и проверки его на наличие ошибок. Теперь исследователей по всему миру ждет огромная работа по анализу нового референсного генома.

«Наша группа под руководством профессора Павла Певзнера занималась в первую очередь работой с одними из самых сложных участков человеческого генома, сборка которых до недавнего времени была принципиально невозможна, — центромерами. Это участки длиной несколько миллионов букв, в которых одна и та же последовательность может повторяться несколько тысяч раз. Центромеры участвуют в важнейших клеточных процессах — например, в делении клетки», — отметила другой автор проекта, сотрудница лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ Татьяна Дворкина.

Первая программа, способная получать автоматическую сборку центромер, была создана в лаборатории Павла Певзнера в Университете Калифорнии в Сан-Диего его аспирантом Андреем Бзикадзе. Затем группа под руководством Сергея Нурка из NIH создала программу HiCanu, способную собирать любые геномы из длинных высокоточных фрагментов, производимых секвенатором компании Pacific BioSciences. В проекте по расшифровке генома были использованы обе эти программы, что позволило получить последовательности центромер для всех хромосом. Примечательно, что оба ученых, Андрей Бзикадзе и Сергей Нурк, защитили диссертации (магистерскую и кандидатскую соответственно) в СПбГУ.

Программа TandemTools, разработанная сотрудниками Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Аллой Михеенко и Алексеем Гуревичем, позволила найти важные ошибки в первых вариантах сборки центромер, исправить алгоритм сборки и получить в итоге правильные последовательности, которые и были включены в опубликованную сборку генома. Другая программа, разработанная сотрудницей лаборатории Татьяной Дворкиной, StringDecomposer, использовалась для изучения структуры центромер, и результат ее работы сможет пролить свет на многие важные вопросы, связанные с эволюцией человеческого генома.

«Важно понимать, что собирать качественный геном каждого человека — задача, с одной стороны, невероятно сложная и дорогостоящая, а с другой — совершенно не нужная. Два разных человека генетически совпадают более чем на 99,9 процентов. Мы можем секвенировать ДНК человека, сравнивать полученные фрагменты с известным эталоном (или референсом) и находить различия», — объясняет Татьяна Дворкина.

Отличия от референсного генома могут быть как «вредными» (например, мутации, которые служат причиной генетических заболеваний), так и, напротив, «полезными». К примеру, существуют мутации, снижающие риск развития онкологических или сердечно-сосудистых заболеваний. Поиск «вредных» мутаций очень важен как для понимания механизмов развития различных заболеваний, так и для прогнозирования рисков и разработки методов лечения.

Сейчас любой человек может секвенировать свой геном и получить информацию о том, носителем каких генетических заболеваний он является, есть ли риск передачи этих заболеваний детям, повышен ли у него риск развития болезни Альцгеймера или рака. Все эти данные ученые получили, сравнивая геномы тысяч людей с референсом.

«Новые статьи, в которых исследователи сообщают о найденных связях между определенными участками в геноме и заболеваниями, публикуются буквально ежедневно. Именно поэтому, так важно, чтобы эталонная геномная последовательность была полная и безошибочная. В противном случае механизмы развития некоторых заболеваний останутся неясными и разработка лечения для них будет затруднена», — рассказала Алла Михеенко.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Один из старейших, крупнейших и ведущих классических университетов и один из важнейших центров науки, образования и культуры в России.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
6 декабря
Василий Парфенов

Украинская частная космическая компания Promin Aerospace, несмотря на сложную обстановку в стране, продолжает работу над ракетой оригинальной конструкции. Первый тестовый запуск намечен на первую половину 2023 года. В свежем интервью основатель стартапа рассказал, что даже если прототип не получится отправить в полет на родине, сроки не должны сильно измениться.

Вчера, 15:56
Анна Новиковская

Со школьной парты мы знаем, что мир живой природы делится на бактерии, грибы, растения и животных. Теперь к этому списку добавилась новая супергруппа микроорганизмов-хищников, которых назвали «проворами».

Вчера, 19:00
Алиса Гаджиева

Крупные травоядные ящеры юрского периода не умели щелкать хвостом как бичом, но все же могли использовать его как оборонительное оружие.

6 декабря
Василий Парфенов

Украинская частная космическая компания Promin Aerospace, несмотря на сложную обстановку в стране, продолжает работу над ракетой оригинальной конструкции. Первый тестовый запуск намечен на первую половину 2023 года. В свежем интервью основатель стартапа рассказал, что даже если прототип не получится отправить в полет на родине, сроки не должны сильно измениться.

5 декабря
Александр Березин

Глава Daimler Мартин Даум и Билл Гейтс в разное время, но вполне единодушно отмечали, что законы физики делают грузовую фуру — ключевой элемент современных перевозок — несовместимой с чистой электротягой. Многотонная батарея отнимает слишком много пространства и веса у коммерческого груза, поэтому проекты Tesla Semi Дауму и Гейтсу представлялись «непрактичными». А теперь Илон Маск наконец начал поставки этого грузовика — и просачивающиеся данные о его реальной массе показывают, что Гейтс и Даум ошибались. Как Маску удалось то, что все в один голос считали настолько невозможным, что никто даже не попытался составить ему конкуренцию? И почему это изменит мир вокруг нас?

2 декабря
Анна Новиковская

Найти лекарство от старости — заветная мечта человечества, но вполне может оказаться, что для мужчин и для женщин их придется разрабатывать по отдельности. Во всяком случае, один из самых многообещающих антивозрастных препаратов, рапамицин, по-разному воздействовал на самцов и самок дрозофил, продлив жизнь одним и не повлияв на других.

2 декабря
Алиса Гаджиева

Серию секретных рисунков и надписей, добавленных таинственной женщиной-переписчицей, обнаружили в рукописи возрастом более 1200 лет.

24 ноября
Редакция

Режиссер Илай Сасик (Eli Sasich), вдохновившись классическими научно-фантастическими фильмами «Чужой» и «Бегущий по лезвию», несколько лет назад снял короткометражный фильм «Атропа», который стоит посмотреть, если вы интересуетесь наукой и космическими технологиями.

19 ноября
Анна Новиковская

В последний раз черношейного фазанового голубя видели еще в 1882 году, и с тех пор ученые не знали, живет ли еще в лесах острова Фергуссон эта красивая птица. Теперь, наконец, им повезло: одна из камер запечатлела представителя редчайшего подвида фазановых голубей.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: