Активность пары генов определит назначение лекарства от рака
Биоинформатики МФТИ совместно с коллегами разработали способ определения молекулы ганглиозида GD2, которая активно производится в раковых клетках и служит терапевтической мишенью. Результат исследования повысит эффективность терапии рака GD2-специфичными антителами.
Статья опубликована в швейцарском журнале Biomedecines. Ганглиозид GD2 – сложная небелковая молекула, которая в большом количестве присутствует на поверхности многих раковых клеток. Так как здоровые клетки производят его в очень ограниченных количествах, то GD2 хорошо подходит для направленной иммунотерапии. Применение моноклональных антител, специфично связывающихся с этим веществом, вошло в клиническую практику для лечения некоторых видов рака.
Содержание GD2 на поверхности клеток определяет эффективность такой иммунотерапии, поэтому важно научиться надежно определять эту молекулу в опухолевых тканях. Классический метод иммуногистохимии часто приводит к неверным результатам из-за сложности измерений непосредственно в фиксированных тканях, которые получаются при биопсии. Анализ данных РНК-секвенирования оказывается удобнее и точнее, поэтому биоинформатики взялись за поиск связи между содержанием ганглиозида GD2 и работой маркерных генов.
Так как GD2 производится в результате ряда последовательных биохимических реакций, его содержание зависит от баланса участвующих в процессах ферментов. На активность последних влияет уровень экспрессии кодирующих их генов. Поэтому на основании уровней экспрессии можно классифицировать биологический образец по содержанию GD2, то есть определить его GD2-фенотип.
Чтобы понять, какие гены сильнее связаны с GD2-фенотипом, ученые сравнили уровни экспрессии генов, вовлеченных в биохимический путь синтеза ганглиозидов. В анализ также добавили пару из двух «ближайших» ферментов – катализаторов синтеза самого GD2 и его непосредственного предшественника.
Ученые выяснили, что именно по экспрессии этих двух генов (ST8SIA1 и B4GALNT1) можно наиболее точно предсказать GD2-фенотип клетки. Эта пара оказалась лучшим биомаркером, чем любая другая или гены по отдельности. Таким образом, посчитав количественный уровень экспрессии двух генов в клетках больного, можно сделать вывод о применимости GD2-направленной терапии. Результат исследования может применяться для многих типов рака и позволит повысить эффективность терапии GD2-специфичными антителами.
«Стоимость курса лечения GD2-специфичными антителами может составлять сотни тысяч долларов, а помогает оно при нейробластоме где-то в четверти случаев, причем часто имеет очень сильные побочные эффекты. Получается, что для большинства пациентов такая терапия оказывается бесполезна, даже вредна, не говоря о затратах.
Чтобы избежать этого, надо внедрять новые молекулярно-диагностические подходы. В этом и заключается задача нашей лаборатории», – комментирует Антон Буздин, руководитель исследования и заведующий лабораторией трансляционной геномной биоинформатики МФТИ.
«Исследования группы имеют огромное значение, так как решают одну из ключевых задач, на которые направлен национальный проект “Наука”: повышение эффективности высокотехнологичной дорогостоящей медицинской помощи», — добавил Денис Кузьмин, директор Физтех-школы биологической и медицинской физики МФТИ.
Помимо сотрудников лаборатории трансляционной геномной биоинформатики МФТИ в исследовании принимали участие их коллеги из Института биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова РАН, первого Московского государственного медицинского университета имени И. М. Сеченова, Института биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича, Национального медицинского исследовательского центра детской гематологии, онкологии и иммунологии имени Дмитрия Рогачёва, Инновационного центра «Сколково», а также компаний Omicsway, Real Target и Oncobox.
Telegram 
Дзен 
VK Генетика интеллекта сложна и связана с разными психоневрологическими состояниями. Оказалось, то, что повышает эрудицию, может ухудшать способность решать творческие задачи, — и наоборот. Причем паттерны этих связей уникальны для каждого диагноза.
Ученые давно сделали вывод о том, что в поздней Античности монеты перестали представлять собой цену как валюта, однако не было понятно когда именно это произошло. Новое исследование погребения римского воина из бельгийского форта Оденбург показало, в какой момент монеты стали цениться просто весом металла в кошельке.
Нуклеосомы — основные «катушки» упаковки ДНК — почти всегда находятся в искаженном состоянии, а не в аккуратной и стабильной форме, как считалось десятилетиями. Именно через такие микроскопические изменения, как выяснили ученые, клетка регулирует работу генов — а значит, управляет развитием, реакцией на внешние раздражители и даже возникновением болезней.
Ученые давно сделали вывод о том, что в поздней Античности монеты перестали представлять собой цену как валюта, однако не было понятно когда именно это произошло. Новое исследование погребения римского воина из бельгийского форта Оденбург показало, в какой момент монеты стали цениться просто весом металла в кошельке.
Генетика интеллекта сложна и связана с разными психоневрологическими состояниями. Оказалось, то, что повышает эрудицию, может ухудшать способность решать творческие задачи, — и наоборот. Причем паттерны этих связей уникальны для каждого диагноза.
На границе возможностей оптоволокна лазерный пучок самоорганизовывается в мощный, сфокусированный луч-иглу. Параметры этого излучения таковы, что позволяют в реальном времени без дополнительных ухищрений рассматривать клеточные процессы.
В последнее время пуски с российских северных космодромов осуществляют без предварительного уведомления, чего не было в прошлом. Вероятно, дело в недавно упомянутых главой «Роскосмоса» атаках на Плесецк во время пуска. Сегодняшний запуск обеспечил вывод на орбиту космических аппаратов военного назначения.
Четыре человека, летящие к Луне, столкнулись с целым рядом мелких неприятностей — от низкой температуры в начале работы до поломки мочевыводящей системы туалета на вторые сутки и необходимости взамен пользоваться пакетами. К счастью, пока самые крупные сложности удалось компенсировать. Но все они вместе могут сдвинуть ситуацию к решению, о котором Naked Science уже говорил в нашем видеоподкасте о миссии: не исключено, что при высадке астронавтов на Луне их корабль состыкуют со Starship не на окололунной, а уже на околоземной орбите.
Когда международная экспедиционная группа, исследующая море Уэдделла в Антарктиде на борту ледокола «Поларштерн», попыталась укрыться от шторма, ученые и экипаж судна удивились внезапному появлению острова, не обозначенного ни на одной морской карте.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно