Новое поколение нейронных сетей научили предсказывать свойства органических соединений — Naked Science
Сколтех

Новое поколение нейронных сетей научили предсказывать свойства органических соединений

Ученые создали новый метод прогнозирования важного свойства органических молекул – фактора биоконцентрации. Новый подход позволяет предсказывать сложные свойства веществ, используя минимальный набор исходных данных.

©Wikipedia

Исследователи из России, Эстонии и Великобритании создали новый метод прогнозирования важного свойства органических молекул – фактора биоконцентрации. Новый подход, основанный на классических моделях физико-химических взаимодействий растворителя с растворяемым веществом и современных методах машинного обучения, позволяет предсказывать сложные свойства веществ, используя минимальный набор исходных данных. Результаты исследования опубликованы в журнале Journal of Physics: Condensed Matter.

Фактор биоконцентрации характеризует степень накопления вещества в живых организмах и является одним из важнейших свойств органических веществ, используемых при оценке безопасности того или иного химического соединения. Оценить этот параметр на практике можно путем добавления исследуемого вещества, например, в емкость с живой рыбой, а через некоторое время —  измерения его концентрации в рыбе и в окружающей воде. Но как оценить фактор биоконцентрации чисто теоретически, без проведения дополнительных экспериментов?

Первый способ: сгенерировать множество параметров (дескрипторов), описывающих молекулы, и построить на основе этих данных математическую модель. Она может получиться точной, но плохо интерпретируемой за счет большого числа параметров. Что еще хуже, модель может работать неудовлетворительно для соединений, слишком отличающихся от представленных в обучающей выборке.

Второй подход основан на молекулярной теории жидкости, описывающей поведение веществ в растворах. Поскольку биоконцентрация – это сложный параметр, зависящий от множества факторов, то напрямую предсказать биоконцентрацию по физико-химической теории не получится.

Ученые из Сколтеха, Университета Тарту (Эстония) и Университета Стратклайда (Великобритания), под руководством профессора Сколтеха Максима Федорова разработали гибридный метод предсказания фактора биоконцентрации. Cначала они проводят физико-химические расчеты, на основе которых определяют трехмерные плотности водорода и кислорода вокруг изучаемой молекулы, а потом применяют к этим данным 3D сверточные нейронные сети. Такую технологию успешно используют для распознавания изображений. Этот подход демонстрирует, что для описания сложных свойств органических веществ достаточно небольшого объема исходной информации.

«Разработанный нами метод позволит существенно упростить прогнозирование экологической нагрузки от того или иного вещества. Но самое главное в нашей работе — это то, что мы разработали универсальный способ описания молекулы для передачи ее “образа” в трехмерную сверточную нейронную сеть. В перспективе наши разработки позволят прогнозировать свойства различных экзотических молекул и принципиально новых соединений, для которых существующие методы поиска соотношений “структура — свойство” неприменимы», – рассказывает аспирант Сколтеха Сергей Соснин, первый автор опубликованной статьи.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Сколковский институт науки и технологий — негосударственный технологический университет, расположенный в инновационном центре Сколково. Институт был создан в 2011 году при поддержке Массачусетского технологического института. Модель института предусматривает тесную интеграцию технологического образования, исследовательской работы и предпринимательских навыков. Институт ведёт обучение по программам магистратуры и PhD, рабочий язык — английский.
Вчера, 18:35
Илья Ведмеденко

Египтяне провели учения, на которых французский истребитель Rafale одолел российский Су-35. Оба самолета принадлежат к четвертому поколению.

Позавчера, 11:04
Александр Березин

До массовой термоядерной энергетики 20 лет — и всегда будет 20 лет. Это незатейливая шутка сама стала старой еще 20 лет назад. Общество расстраивается от того, что термояд все никак не могут вывести на промышленный уровень. И лишь Илон Маск считает, что термоядерный реактор вовсе не нужен. Внимательный анализ показывает, что он прав. Даже если все технические проблемы термоядерной энергетики чудесным образом разрешатся, у нее не будет шансов вытеснить конкурентов. Как так вышло, и что тогда спасет человечество от энергетического кризиса?

9 часов назад
Илья Ведмеденко

В Воронеже приступили к строительству первого «самолета Судного дня» нового типа. Машину создают на базе Ил-96-400М. В обозримом будущем такие самолеты заменят воздушные командные пункты Ил-80.

Позавчера, 11:04
Александр Березин

До массовой термоядерной энергетики 20 лет — и всегда будет 20 лет. Это незатейливая шутка сама стала старой еще 20 лет назад. Общество расстраивается от того, что термояд все никак не могут вывести на промышленный уровень. И лишь Илон Маск считает, что термоядерный реактор вовсе не нужен. Внимательный анализ показывает, что он прав. Даже если все технические проблемы термоядерной энергетики чудесным образом разрешатся, у нее не будет шансов вытеснить конкурентов. Как так вышло, и что тогда спасет человечество от энергетического кризиса?

Позавчера, 21:04
Мария Азарова

Ученые подтвердили связь между коронавирусной инфекцией и снижением когнитивных способностей на основе анализа данных более чем 81 тысячи человек.

24 июля
Ольга Иванова

Своими корнями история Армении уходит в глубокую древность и неразрывно связана с историей всего Древнего мира. Но зачастую, зная в деталях историю Рима и Древней Греции, мы в гораздо меньшей степени осведомлены о событиях, происходивших в Античное время в Армении, оказавшейся на перекрестке цивилизаций Запада и Востока. В силу многих причин она не попала в должном объеме в учебники и незнакома тем, кто интересуется историей. Попытаемся хоть немного исправить эту несправедливость.

13 июля
Ольга Иванова

Международная команда ученых идентифицировала ДНК из почвы в грузинской пещере. Благодаря этому исследователям удалось восстановить геном человека возрастом 25 тысяч лет, не имея никаких скелетных останков.

Позавчера, 11:04
Александр Березин

До массовой термоядерной энергетики 20 лет — и всегда будет 20 лет. Это незатейливая шутка сама стала старой еще 20 лет назад. Общество расстраивается от того, что термояд все никак не могут вывести на промышленный уровень. И лишь Илон Маск считает, что термоядерный реактор вовсе не нужен. Внимательный анализ показывает, что он прав. Даже если все технические проблемы термоядерной энергетики чудесным образом разрешатся, у нее не будет шансов вытеснить конкурентов. Как так вышло, и что тогда спасет человечество от энергетического кризиса?

8 июля
Василий Парфенов

Подросток из бельгийского города Остенде стал вторым самым юным обладателем высшего образования в обозримой истории. Он с отличием окончил курс физики в Антверпенском университете и теперь собирается защитить магистерскую степень, а затем и докторскую диссертацию в этой области. Цель у него простая и понятная: увеличение продолжительности жизни человека вплоть до полного бессмертия за счет замены частей тела и органов механическими или искусственными.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: