Новое поколение нейронных сетей научили предсказывать свойства органических соединений — Naked Science
6 минут
Сколтех

Новое поколение нейронных сетей научили предсказывать свойства органических соединений

Ученые создали новый метод прогнозирования важного свойства органических молекул – фактора биоконцентрации. Новый подход позволяет предсказывать сложные свойства веществ, используя минимальный набор исходных данных.

©Wikipedia

Исследователи из России, Эстонии и Великобритании создали новый метод прогнозирования важного свойства органических молекул – фактора биоконцентрации. Новый подход, основанный на классических моделях физико-химических взаимодействий растворителя с растворяемым веществом и современных методах машинного обучения, позволяет предсказывать сложные свойства веществ, используя минимальный набор исходных данных. Результаты исследования опубликованы в журнале Journal of Physics: Condensed Matter.

Фактор биоконцентрации характеризует степень накопления вещества в живых организмах и является одним из важнейших свойств органических веществ, используемых при оценке безопасности того или иного химического соединения. Оценить этот параметр на практике можно путем добавления исследуемого вещества, например, в емкость с живой рыбой, а через некоторое время —  измерения его концентрации в рыбе и в окружающей воде. Но как оценить фактор биоконцентрации чисто теоретически, без проведения дополнительных экспериментов?

Первый способ: сгенерировать множество параметров (дескрипторов), описывающих молекулы, и построить на основе этих данных математическую модель. Она может получиться точной, но плохо интерпретируемой за счет большого числа параметров. Что еще хуже, модель может работать неудовлетворительно для соединений, слишком отличающихся от представленных в обучающей выборке.

Второй подход основан на молекулярной теории жидкости, описывающей поведение веществ в растворах. Поскольку биоконцентрация – это сложный параметр, зависящий от множества факторов, то напрямую предсказать биоконцентрацию по физико-химической теории не получится.

Ученые из Сколтеха, Университета Тарту (Эстония) и Университета Стратклайда (Великобритания), под руководством профессора Сколтеха Максима Федорова разработали гибридный метод предсказания фактора биоконцентрации. Cначала они проводят физико-химические расчеты, на основе которых определяют трехмерные плотности водорода и кислорода вокруг изучаемой молекулы, а потом применяют к этим данным 3D сверточные нейронные сети. Такую технологию успешно используют для распознавания изображений. Этот подход демонстрирует, что для описания сложных свойств органических веществ достаточно небольшого объема исходной информации.

«Разработанный нами метод позволит существенно упростить прогнозирование экологической нагрузки от того или иного вещества. Но самое главное в нашей работе — это то, что мы разработали универсальный способ описания молекулы для передачи ее “образа” в трехмерную сверточную нейронную сеть. В перспективе наши разработки позволят прогнозировать свойства различных экзотических молекул и принципиально новых соединений, для которых существующие методы поиска соотношений “структура — свойство” неприменимы», – рассказывает аспирант Сколтеха Сергей Соснин, первый автор опубликованной статьи.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Сколтех
158 статей
Сколковский институт науки и технологий — негосударственный технологический университет, расположенный в инновационном центре Сколково. Институт был создан в 2011 году при поддержке Массачусетского технологического института. Модель института предусматривает тесную интеграцию технологического образования, исследовательской работы и предпринимательских навыков. Институт ведёт обучение по программам магистратуры и PhD, рабочий язык — английский.

Комментарии

Написать комментарий
Сегодня, 11:30
10 минут
Василий Парфенов

В ближайшие десять лет звездное небо пополнится тысячами новых ярких точек: спутниковые группировки растут как на дрожжах. Никто не отрицает неоспоримой пользы, которую они принесут, но для астрономических наблюдений это катастрофа. Ученые снова напомнили о проблеме, показав, как аппараты типа Starlink мешают работе даже космических телескопов, и предложили ряд рекомендаций по снижению вреда. Однако не все компании готовы им следовать на деле.

11 часов назад
5 минут
Ольга Иванова

Не потерять — в буквальном смысле. Ведь как всем известно, самки этих насекомых нередко промышляют тем, что откусывают голову (и другие части тела) самцам сразу после или даже во время спаривания. Ученые из Новой Зеландии выяснили, что мужские особи одного из видов богомолов могут применять определенную тактику для того, чтобы защититься от нападения агрессивной самки.

Позавчера, 19:15
4 минуты
Василий Парфенов

Знакомый почти каждому образ нашей спиральной Галактики, оказывается, не совсем корректен. Если посмотреть на Млечный Путь сбоку, его профиль представляет собой не линию, а волну.

16 января
5 минут
Илья Ведмеденко

Россия подняла в небо группу из шести военно-транспортных самолетов Ан-124-100. Такие тренировки позволяют отработать переброску на большие расстояния личного состава воинских подразделений.

18 января
5 минут
Василий Парфенов

В московском аэропорту Жуковский произошло ЧП: за пределы взлетно-посадочной полосы выкатился новейший отечественный авиалайнер МС-21-300. Он проходил испытания, во время которых имитировали прерванный полет из-за отказа одного двигателя.

16 января
9 минут
Василий Парфенов

Специалисты по информационной безопасности нашли пренеприятнейшую особенность ОС Windows 10. Ее штатный драйвер файловой системы NTFS при определенных условиях реагирует крайне деструктивным образом — критически повреждает главную файловую таблицу MFT. Вызвать такое его поведение можно огромным количеством способов: от создания подготовленной веб-страницы до отправки картинок, файлов и документов жертве.

4 января
2 минуты
Илья Ведмеденко

В России приступили к летным испытаниям нового Ту-214. По имеющимся данным, речь идет о третьем и заключительном экземпляре Ту-214ПУ, изготовленном по контракту от 2017 года.

6 января
42 минуты
Александр Березин

Попытки нашей страны создать замену сверхмассовому биплану советской эпохи терпят неудачи вот уже тридцать лет. Причина проста: кризис легкомоторной авиации в целом. Когда-то самая передовая часть авиастроения сегодня застряла на решениях большой древности — и без резкого изменения всей концепции "летающего такси" так и не увидит заметных результатов.

4 января
7 минут
Василий Парфенов

Наступление Мирового океана на сушу, как правило, связывают с глобальным потеплением. Однако испанские геологи описали еще одну проблему, которая только усугубляет ситуацию. Они подсчитали, что из-за проседания почв территория, на которой проживает 19% населения Земли, окажется ниже уровня моря уже к 2040 году.

[miniorange_social_login]
Подтвердить?
Лучшие материалы
Предстоящие мероприятия
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: