В Сколтехе проанализировали способы упаковки ДНК
Исследователи из Сколтеха и их коллеги оптимизировали анализ данных для метода изучения 3D-структуры ДНК в отдельных клетках мухи-дрозофилы. Новый подход позволяет ученым с большей уверенностью заглянуть в клетку, чтобы изучить способы упаковки ДНК, и приблизиться к пониманию основных механизмов этого крайне важного процесса.
Статья опубликована в журнале Nature Communications. Почти двухметровая нить ДНК помещается в крошечное ядро человеческой клетки благодаря тому, что хроматин, комплекс ДНК и белков, сворачивает ее в компактные, но сложные структуры. Для изучения способов упаковки ДНК ученые во всем мире используют так называемые методы фиксации конформации хромосом (3C), и один из наиболее производительных из них — метод Hi-C. Он позволяет обнаружить контакты ДНК всего генома с помощью высокопроизводительного секвенирования.
В этом, однако, и заключается проблема: для работы Hi-C необходимы десятки микрограммов ДНК — то есть миллионы клеток с уникальной пространственной организацией хроматина. Эту информацию приходится усреднять, чтобы получить общую картину, которая не будет учитывать особенности упаковки ДНК в отдельных клетках.
Подобно тому, как «среднестатистического человека» на самом деле не существует, традиционный метод Hi-C не может показать, какие именно из множества взаимодействий участков ДНК происходят одновременно в одной и той же клетке. Кроме того, этот «коллективный портрет» вряд ли поможет понять, какие физические процессы приводят к формированию той или иной трехмерной структуры хроматина.
«Мы видим некоторые структуры, например, так называемые топологически ассоциированные домены (ТАДы), в усредненных картах контактов ДНК, но мы не знаем, действительно ли они существуют в отдельных клетках, или же это артефакты усреднения. Кроме того, мы знаем, что с точки зрения экспрессии генов большое разнообразие встречается даже в клетках одной и той же ткани — отсюда возникает естественный вопрос о том, насколько они разнообразны на структурном уровне», — говорит соавтор статьи Михаил Гельфанд, вице-президент Сколтеха по биомедицинским исследованиям.
Чтобы разрешить эти проблемы и сделать эксперимент Hi-C более подходящим для отдельных клеток, исследователи нескольких институтов разработали метод, получивший название Hi-C одиночных клеток. Команда Сколтеха во главе с Гельфандом и доцентом Центра наук о жизни Сколтеха Екатериной Храмеевой поставила перед собой задачу оптимизировать обработку данных для Hi-C одиночных клеток и изучить фундаментальные свойства клеток дрозофилы.
Их коллеги из Института биологии гена РАН и Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова совместно с сотрудниками российско-французского Междисциплинарного научного центра Понселе оптимизировали метод, чтобы сделать его пригодным для экспериментов с клетками дрозофилы.
Команды начали со стандартных шагов метода Hi-C, при котором структура хроматина фиксируется химически, а ДНК разрезается и «пересобирается» так, чтобы фрагменты, которые в естественных условиях находились рядом, оказывались «сшитыми». Но затем вместо того, чтобы использовать сразу всю ДНК, ученые амплифицировали крошечное количество ДНК из каждой клетки с помощью полимеразы бактериофага phi29. Эта полимераза часто используется при амплификации ДНК, отчасти благодаря ее способности создавать большое количество ДНК даже по очень маленькому образцу с куда меньшим количеством ошибок, чем у других популярных полимераз.
Однако оказалось, что эта удобная ДНК-полимераза, несмотря на достаточно высокую точность копирования, все же может случайным образом «прыгать» между молекулами ДНК, создавая искусственные связи, которые алгоритм Hi-C не может отличить от настоящих взаимодействий. Поэтому исследователям пришлось придумать механизм отбраковки этих случайных «прыжков» полимеразы.
Они использовали свой новый метод на клетках дрозофилы, чтобы выяснить, имеют ли различные организмы общие фундаментальные принципы упаковки хроматина. Предыдущие исследования на клетках млекопитающих указывали на существование ТАДов только на контактных картах, получаемых популяционного Hi-C, но не в отдельных клетках. Однако изучение клеток дрозофилы показало, что эти домены есть и в каждой конкретной клетке.
Чтобы понять, какой биологический механизм отвечает за формирование этих устойчивых доменов, потребуются дополнительные исследования; пока ученые предложили две модели их возникновения. Одна из них предполагает, что хроматин у дрозофилы организован по механизму «липкости», то есть некоторые его участки с большей вероятностью соединяются друг с другом. Согласно другой, описывающей так называемый механизм экструзии петель, крупные белковые комплексы создают петли из нити ДНК и за счет этого упаковывают ДНК.
«Возможно, один из самых интересных вопросов заключается в том, одинаковы ли правила сворачивания хроматина у разных видов живых организмов. С помощью метода Hi-C одиночных клеток дрозофилы мы выяснили, что в геноме этого насекомого тоже присутствуют домены, похожие на домены в клетках млекопитающих. Однако эти структуры гораздо более упорядочены, чем у млекопитающих», — отмечает Александра Галицына, аспирантка Сколтеха и один из первых авторов статьи.
«Мы продолжим изучение архитектуры хроматина и механизмов формирования петель и ТАДов. В этой области еще много вопросов без ответов. Мы уже знаем, что эти механизмы у некоторых организмов могут различаться, но что представляет собой эволюция сворачивания хроматина в целом? Если мы хотим понять это на достаточном уровне детализации, нам нужно заполнить пробелы, изучая структуру хроматина у странных организмов, а не только у тех, что уже хорошо исследованы. Поэтому мы уже работаем с морскими губками, дрожжами и амебами», — говорит Екатерина Храмеева.
По ее словам, группа также занимается возможной связью изменений в организации хроматина с болезнями, развитием организма и старением. «Если предположить, что архитектура хроматина тесно связана с экспрессией генов, то, ответив на эти вопросы, мы сможем разобраться в регулировании развития человеческого организма, старения и заболеваний», — отмечает Храмеева.
В исследовании приняли участие специалисты Института биологии гена Российской академии наук, Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова, Национального центра научных исследований Франции, российско-французского Междисциплинарного научного центра Понселе и других организаций.
Telegram 
Дзен 
VK Биологи открыли новый вид рептилий и присвоили ему научное имя Acanthosaura syrax — в честь желтой драконицы Сиракс, на которой в сериале «Дом Дракона» летала королева Рейнира Таргариен. Авторы исследования признались, что такое название не просто дань популярному фэнтези: крошечное существо действительно поразительно напоминает экранную тезку.
Некоторые опасные для здоровья химические вещества продолжают обнаруживать в окружающей среде спустя десятилетия после того, как их использование решили ограничивать. Масштабный обзор европейских данных показал, где именно сохраняются эти загрязнители и насколько массовым было их распространение.
Вода в реке может выглядеть абсолютно чистой и прозрачной, но настоящее «досье» на экологическое состояние региона часто скрыто не в ней, а под ней — в донных отложениях. Это своеобразный химический архив, который накапливает все, что попадало в водоем на протяжении десятилетий. Ученые Южного федерального университета взяли на себя труд расшифровать этот архив в глобальном масштабе: они собрали и систематизировали все современные научные данные о том, как токсичные продукты горения оседают на дне рек и озер по всему миру. Результат этой работы позволил впервые увидеть полную картину загрязнения пресноводных экосистем — от Нижнего Дона и сибирских арктических рек до Амазонки, Нила и Миссисипи.
Ребенок легче взрослого, быстрее осваивается в новой обстановке и обладает пластичной нервной системой — значит, невесомость он перенесет проще. Это рассуждение звучит убедительно ровно до тех пор, пока ребенка считают уменьшенной копией взрослого. На самом деле его скелет еще набирает прочность, мышцы учатся работать вместе с нервной системой, вестибулярный аппарат настраивает ощущение положения тела, а органы и ткани проходят этапы, которые нельзя повторить после завершения роста. Если в этот период убрать постоянную нагрузку земного притяжения, организм будет не только приспосабливаться к новой среде: он станет формироваться внутри нее. Каким получится результат, медицина сегодня не знает: длительных орбитальных исследований с участием несовершеннолетних не проводилось.
Биологи провели молекулярный анализ тканей человеческого мозга и выяснили, что при тяжелой депрессии останавливается процесс образования новых нейронов. Открытие показало, что природа заболевания кроется не только в химическом дисбалансе нейромедиаторов, но и в физическом нарушении клеточного обновления гиппокампа.
Иногда лучшая помощь природе — просто оставить ее в покое и не мешать. Британские экологи доказали, что заброшенная фермерская пашня способна без миллионных затрат и покупных семян превратиться в роскошный цветущий луг. Для этого потребовалось лишь 11 лет времени и обычный ежегодный покос травы.
Долгое время считалось, что до прихода европейцев тропические леса Амазонии были заселены сравнительно плохо. Однако выяснилось, что плотная растительность скрывает большинство следов древних обществ. С помощью воздушного лазерного сканирования ученые обнаружили сотни неизвестных земляных сооружений и предположили, что около двух тысяч лет назад население юго-западной части Амазонии могло достигать трех миллионов человек.
Американская компания Firebird официально запустила в городе Раздан крупный центр обработки данных и фабрику искусственного интеллекта. На сегодняшний день это самый масштабный технологический хаб подобного уровня в СНГ, а после завершения всех этапов строительства он войдет в пятерку самых мощных вычислительных кластеров в мире.
После сокращения длины очередей и роста доступности бензина в первую неделю августа ситуация снова ухудшилась. Если с 20 июня по начало августа кризис носил в основном психологический характер, то сейчас ситуация принципиально иная: августовские атаки на НПЗ показали, что меры по усилению их противовоздушной обороны не были достаточно полными. Значит, прогноз автора Naked Science от 19 июля о том, что острая фаза кризиса закончится до конца лета, был частично неверным.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно