• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
08.02.2023
ФизТех
244

В поисках «слабого места» у туберкулезной палочки ученые исследовали ферредоксины

4.6

Ферредоксины, небольшие белки, играют ключевую роль в основных метаболических путях — сериях химических реакций, происходящих внутри клетки. Объединенная команда ученых из Сколтеха, МФТИ, Института биоорганической химии Беларуси и Института биомедицинской химии РАН изучила структуры ферредоксинов из туберкулезной палочки и их комплексов с белками-партнерами.

В поисках «слабого места» у туберкулезной палочки ученые исследовали ферредоксины / ©Getty images / Автор: Иван Беляев

Исследование поможет найти мишени для новых противотуберкулезных препаратов. Работа опубликована в журнале Frontiers in Molecular Biosciences. Ферредоксины — белки, содержащие в своем составе железо-серный кластер. Данная группа ферментов относится к одним из самых древних белков на Земле. Ферредоксины осуществляют восстановление CO2, участвуют в дыхании и других процессах, связанных с транспортом электронов в клетках.

В зависимости от аминокислотного состава и строения железо-серного кластера насчитывается множество ферредоксинов, встречающихся в разных организмах, в том числе и у человека, и выполняющих всевозможные функции в клетках. Несмотря на то, что гены многих ферредоксинов обнаружены в геномах и уже охарактеризованы учеными, их непосредственные белковые партнеры (молекулы, с которыми они взаимодействуют) и сами механизмы взаимодействия остаются малоизученными, а для множества ферредоксинов — и совсем неизвестными.

Группа ученых из Сколтеха, МФТИ, ИБОХ НАН и ИБМХ РАН исследовала ферредоксины палочки Mycobacterium tuberculosis — возбудителя туберкулеза. В геноме микобактерий закодировано пять ферредоксинов. Ученых заинтересовало то, что два 3Fe-4S-ферредоксина расположены рядом с генами цитохромов Р450 — белков, участвующих в важнейших реакциях в клетке, а также являющихся потенциальными мишенями для создания новых противотуберкулезных препаратов. Такая близость говорит о вероятной функциональной связи между ферредоксинами и цитохромами. Данный тезис подтверждается тем фактом, что цитохромам для работы действительно необходимы электроны, которые должны доставлять белки-партнеры, ферредоксины.

Андрей Гилеп, научный сотрудник Института биоорганической химии НАН Беларуси, рассказал: «Мы изучили свойства двух туберкулезных ферредоксинов — Fdx и FdxE, а также то, как происходит связывание FdxE с цитохромом CYP143».

В ходе исследования методом кристаллографии были получены структуры ферредоксина Fdx, цитохрома CYP143 и их комплекса FdxE-CYP143. Проанализировав структуры ферредоксинов, ученые определили их элементы, участвующие в связывании с белками-партнерами, а также участки, необходимые для осуществления транспорта электрона. В геноме микобактерии гены ферредоксина FdxE и цитохрома CYP143 находятся в непосредственной близости (в одном опероне), что позволило предположить, что они функционируют вместе. Чтобы подтвердить это, исследователи провели анализ их специфического взаимодействия методом поверхностного плазмонного резонанса. Полученные результаты показали высокое сродство этих белков, что подтвердило гипотезу.

Дальнейшее изучение термодинамических параметров показало, что основным механизмом связывания являются электростатические взаимодействия и образование водородных связей между партнерами. Наталья Струшкевич, старший преподаватель Центра молекулярной и клеточной биологии Сколтеха, пояснила: «Понимая, что мы имеем дело с микобактериальным тандемом ферредоксин — цитохром, мы решили получить кристаллическую структуру их комплекса.

Структура высокого разрешения показала, каким образом белки взаимодействуют друг с другом. Мы подтвердили результаты термодинамики образования комплекса белков — обнаружили многочисленные водородные связи и электростатические контакты. Чтобы оценить, насколько связывание с ферредоксином влияет на структуру цитохрома, мы также получили его структуру и определили участки белка, изменяющиеся при взаимодействии».

Для исследования атомной структуры белки кристаллизуют. Так как кристаллизация — процесс, довольно сильно влияющий на молекулу, необходимо было подтвердить полученные на кристаллах выводы в более близких к функционированию белков условиях. Ученые провели опыты по анализу связывания FdxE и CYP143 в растворе, где состояние белков ближе к нативному. Они использовали метод малоуглового рассеяния рентгеновского излучения, который позволил зафиксировать взаимодействие молекул друг с другом. Таким образом было показано, как взаимодействуют ферредоксины и цитохромы Р450, на примере FdxE и CYP143.

Валентин Борщевский, заместитель директора Центра исследований молекулярных механизмов старения и возрастных заболеваний МФТИ, добавил: «Наши данные проливают свет на структурные аспекты, определяющие межбелковые взаимодействия внутри этих комплексов во время переноса электронов. Но подробно эти системы еще предстоит охарактеризовать». 

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет), известен также как Физтех — ведущий российский вуз по подготовке специалистов в области теоретической, экспериментальной и прикладной физики, математики, информатики, химии, биологии и смежных дисциплин. Расположен в городе Долгопрудном Московской области, отдельные корпуса и факультеты находятся в Жуковском и в Москве.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Вчера, 12:48
ПНИПУ

Недавно вышел второй сезон сериала «Одни из нас» (TheLastofUs), созданного по сюжету популярнейшей видеоигры. Ученые Пермского Политеха решили разобраться, насколько реален сценарий грибной пандемии, превращающей людей зомби? Чем живет кордицепс и как он «ищет» своих жертв, действительно ли паразит способен эволюционировать настолько, чтобы поражать человеческий организм и подчинять себе его волю, был бы у людей шанс выжить, какие грибы уже поселились в наших телах и выручит ли нас иммунитет, сформированный тысячелетиями.

Вчера, 14:12
ФизТех

Исследователи МФТИ установили, что высокометастатические клетки после нескольких циклов миграции в стесненном пространстве, имитирующем поры соединительной ткани, окружающей опухоль, приобретают устойчивость к химиотерапии. Результаты исследования впервые показали, что клетки тройного негативного рака молочной железы после нескольких циклов такого проникновения увеличивали свою агрессивность и устойчивость к лекарствам.

Вчера, 17:21
СПбГУВМ

Новый метод позволяет объективно оценить размер сердца у декоративных кроликов по рентгеновским снимкам и вовремя выявить сердечные заболевания. Суть метода — в измерении отношения размера сердца к размеру позвонков животного, что дает возможность определить нормальные показатели и обнаружить патологии, например, увеличение сердца.

18 мая
Березин Александр

Экс-спикер Минобороны Армении Арцрун Ованнисян в эфире армянского Общественного телевидения решил «развеять миф» о Второй мировой войне. В частности, он заявил, что выигрыш Сталинградской битвы был не спасением для страны. Напротив, если бы немцы победили, уверен он, была бы создана объединенная историческая Армения — куда вошли бы земли, сегодня удерживаемые Турцией. Так ли все было на самом деле?

Вчера, 12:48
ПНИПУ

Недавно вышел второй сезон сериала «Одни из нас» (TheLastofUs), созданного по сюжету популярнейшей видеоигры. Ученые Пермского Политеха решили разобраться, насколько реален сценарий грибной пандемии, превращающей людей зомби? Чем живет кордицепс и как он «ищет» своих жертв, действительно ли паразит способен эволюционировать настолько, чтобы поражать человеческий организм и подчинять себе его волю, был бы у людей шанс выжить, какие грибы уже поселились в наших телах и выручит ли нас иммунитет, сформированный тысячелетиями.

Вчера, 14:12
ФизТех

Исследователи МФТИ установили, что высокометастатические клетки после нескольких циклов миграции в стесненном пространстве, имитирующем поры соединительной ткани, окружающей опухоль, приобретают устойчивость к химиотерапии. Результаты исследования впервые показали, что клетки тройного негативного рака молочной железы после нескольких циклов такого проникновения увеличивали свою агрессивность и устойчивость к лекарствам.

6 мая
Редакция Naked Science

Да, с волосами и люком все так. У космонавта Суниты Уильямс волосы на МКС плавали свободно, а у Кэти Пэрри и прочих в полете 14 апреля 2025 года — нет. Но это не значит, что суборбитального космического полета первого чисто женского экипажа не было или что он был инсценировкой. Причем, в общем-то, чтобы понять это, даже не нужно обладать специальными знаниями.

6 мая
Березин Александр

Мощнейшее отключение электроэнергии за последние 20 лет истории Европы случилось уже неделю назад, а испанские власти пока так и не объявили о его причинах. Это логично: как мы покажем ниже, ответ на вопрос, кто виноват, получится очень неполиткорректным. И, более того, противоречащим линии правящей в Испании партии. Но мы живем за тысячи километров от нее, поэтому можем себе позволить аполитичный анализ случившегося. Так что же произошло на самом деле и каковы наши шансы увидеть подобное у себя дома?

2 мая
Unitsky String Technologies Inc.

Инженеры компании UST Inc. разработали передовой рельсовый беспилотник, способный передвигаться на скорости до 500 километров в час. Юнибус U5-75304 предназначен для перевозки пассажиров и может в перспективе заменить среднемагистральную авиацию. Давайте узнаем, как конструктивные особенности обеспечивают продолжительное движение на больших скоростях, комфорт и безопасность пассажирам.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Закрыть
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно