• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
08.12.2020, 12:25
Сколтех
3 026

Ученые Сколтеха описали новые нуклеазы, которые помогут создать перспективный инструмент для редактирования генома

❋ 4.2

Исследователи Сколтеха и их коллеги из России и США описали две новые компактные нуклеазы Cas9, используемые системой CRISPR-Cas для разрезания ДНК, которые могут пополнить набор инструментов для редактирования генома. Ученые показали, что одна из двух нуклеаз может работать в клетках человека, что открывает перспективы для ее применения в биомедицинских приложениях.

Ученые Сколтеха описали новые нуклеазы, которые помогут создать перспективный инструмент для редактирования генома / ©Getty images / Автор: Александр Литвинов

Результаты исследования опубликованы в журнале Nucleic Acids Research. Технология геномного редактирования CRISPR-Cas заимствована у бактерий и основана на использовании Cas нуклеаз, которые способны с помощью CRISPR РНК разрезать генетические последовательности, выполняя роль лезвий в «генетических ножницах», открытие которых было удостоено Нобелевской премии (2020 год, Эммануэль Шарпантье и Дженифер Дудна).

Для исследовательских целей в качестве нуклеазы Cas9 чаще всего используют нуклеазу из бактерий-стрептококков, Streptococcus pyogenes (тип II-A SpCas9). Эта нуклеаза эффективна и относительно проста: один крупный белок одновременно связывается с CRISPR РНК и разрезает ДНК. Кроме того, SpCas9 для узнавания мишеней требует достаточно короткую PAM-последовательность “NGG” – несколько нуклеотидов, фланкирующих целевой сайт на ДНК, необходимые для успешного разрезания генома.

SpCas9 — крупный белок, а это может вызывать проблемы в случаях, когда необходимо, например, использовать частицу аденоассоциированного вируса (AAV) в качестве средства доставки «генетических ножниц» в клетку. В идеале в одной AAV частице должны уместиться и ген, кодирующий Cas белок, и последовательности, кодирующие направляющие CRISPR РНК, а это требует меньших по размеру белков Cas9. В то же время, для более коротких нуклеаз, как правило, требуются более длинные и сложные PAM-последовательности, поэтому исследователям зачастую приходится искать компромисс между размером белка и выбираемыми мишенями.

Авторы статьи – недавно защитившийся аспирант Сколтеха из лаборатории профессора Северинова Яна Федорова и сотрудник лаборатории Александра Васильева вместе с коллегами− описывают две новые небольшие нуклеазы Cas9, полученные из бактерии Defluviimonas sp.20V17, обитающей в гидротермальных источниках, и бактерии Pasteurella pneumotropica, паразитирующей у грызунов и других млекопитающих. Эти нуклеазы одновременно обладают достаточно малым для доставки в AAV векторе размером и имеют относительно короткие PAM-последовательности (“NNRNAY” и “NNNNRTT”), что является двойным преимуществом в случае ферментов Cas9.

Новые нуклеазы относятся к системам CRISPR-Cas типа II-C, где эффекторы Cas9 часто имеют меньший размер, чем SpCas9. Структура II-C нуклеаз очень похожа на строение SpCas9, но в то же время эти белки обладают рядом уникальных особенностей: у них отсутствует несколько субдоменов, а домен, отвечающий за взаимодействие со скаффолдом направляющей РНК, имеет меньший размер, что делает нуклеазы компактнее.

«Да, эффекторам Cas9 типа II-C, как правило, требуются более длинные PAM-последовательности, но это лишь наблюдение, основанное на изучении ограниченного количества описанных на сегодняшний день II-C нуклеаз. Вот, например, в бактерии Staphylococcus auricularis недавно был обнаружен белок SauriCas9, который аналогично белку PpCas9 требует короткую PAM-последовательность – всего лишь две “буквы” (“NNGG”). Думаю, в скором времени будут обнаружены и другие ферменты Cas9 типа II-C, требующие коротких PAM-последовательностей. Малоразмерные Cas9 с разными требованиями к PAM увеличивают число потенциальных ДНК-мишеней в геномах эукариот и прокариот, которые можно редактировать CRISPR-Cas системами», − говорит Яна Федорова.

Эксперименты in vitro и в бактериях показали эффективность двух новых нуклеаз в разрезании ДНК, а нуклеаза PpCas9, полученная из бактерии P. Pneumotropica, также оказалась активна в клетках человека. Кроме того, было установлено родство PpCas9 белка с другими нуклеазами Cas9 − Nme1Cas9 и Nme2Cas9, активность которых в эукариотических клетках была показана ранее. Для оценки эффективности PpCas9 в эукариотах потребуются дополнительные исследования, однако, по мнению авторов, этот белок может быть использован в ряду с традиционными нуклеазами, которые сегодня используются в микробных биотехнологиях и биомедицине для редактирования генома, и расширить применение CRISPR-Cas систем.

Исследователи отмечают, что предварительные исследования нецелевого разрезания PpCas9 ДНК указывают на достаточную специфичность этого фермента, однако необходимо провести полное исследование специфичности PpCas9 более сложными методами. «PpCas9 к тому же проявляет избирательность в выборе мишеней в эукариотах, что может уменьшать число потенциальных целевых сайтов в геноме и тем самым ограничивает применение белка. Причины и механизмы такой избирательности PpCas9 будут предметом дальнейших исследований», − добавляет Яна Федорова.

В исследовании приняли участие специалисты Института биологии гена РАН, Санкт-Петербургского политехнического университета Петра Великого, Санкт-Петербургского государственного университета, Института молекулярной генетики НИЦ «Курчатовский институт», Национального центра биотехнологической информации (США) и Национальной медицинской библиотеки при Национальных институтах здравоохранения (США).

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Сколковский институт науки и технологий — негосударственный технологический университет, расположенный в инновационном центре Сколково. Институт был создан в 2011 году при поддержке Массачусетского технологического института. Модель института предусматривает тесную интеграцию технологического образования, исследовательской работы и предпринимательских навыков. Институт ведёт обучение по программам магистратуры и PhD, рабочий язык — английский.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
18 августа, 11:11
Денис Яковлев

За последнее десятилетие ученые создали несколько сложных систем «мозг — компьютер», которые позволяли преобразовывать мозговую активность людей, лишившихся способности говорить из-за различных заболеваний, в речь. Однако до сих пор удавалось расшифровать лишь небольшое количество слов. Теперь в США создали алгоритм, благодаря которому удалось распознать до 54 процентов «речи».

16 августа, 19:09
Адель Романова

Астрономы подсчитали, что с поверхности летящего по Солнечной системе межзвездного объекта 3I/ATLAS каждую секунду испаряется около 40 килограммов водяного льда. Такую сильную кометную активность он проявил, будучи в три с половиной раза дальше Земли от Солнца. По мнению ученых, это довольно необычно.

19 августа, 10:44
Адель Романова

Ученые заново просмотрели старые записи о наблюдениях с помощью телескопа «Большое Ухо», который поймал знаменитый радиосигнал Wow!, и обнаружили данные о еще двух похожих событиях. Астрономы пришли к выводу, что это не могли быть обыкновенные земные радиопомехи и во всех трех случаях источник действительно располагался в глубоком космосе.

16 августа, 19:09
Адель Романова

Астрономы подсчитали, что с поверхности летящего по Солнечной системе межзвездного объекта 3I/ATLAS каждую секунду испаряется около 40 килограммов водяного льда. Такую сильную кометную активность он проявил, будучи в три с половиной раза дальше Земли от Солнца. По мнению ученых, это довольно необычно.

15 августа, 08:25
Любовь С.

Изображение блазара PKS 1424+240, полученное с помощью радиоинтерферометра VLBA, напомнило астрономам легендарное «Око Саурона» из «Властелина колец» — джет, пронизывающий кольцеобразное магнитное поле объекта, устремлен к нашей планете, а сам блазар может оказаться одним из наиболее ярких источников нейтрино в космосе.

18 августа, 11:11
Денис Яковлев

За последнее десятилетие ученые создали несколько сложных систем «мозг — компьютер», которые позволяли преобразовывать мозговую активность людей, лишившихся способности говорить из-за различных заболеваний, в речь. Однако до сих пор удавалось расшифровать лишь небольшое количество слов. Теперь в США создали алгоритм, благодаря которому удалось распознать до 54 процентов «речи».

25 июля, 07:47
Адель Романова

Прибывшая из межзвездного пространства предполагаемая комета 3I/ATLAS движется по траектории, максимально удобной для гравитационных маневров управляемого корабля, при этом возможность ее отслеживания с Земли практически минимальна. По мнению некоторых ученых, такое «поведение» объекта наводит на определенные мысли.

6 августа, 20:59
Татьяна Пичугина

Примерно 12 800 лет назад в Северном полушарии началось резкое изменение климата, которое сопровождалось вымиранием мегафауны и угасанием культуры Кловис. Такое могло произойти, например, из-за прорыва пресных вод в Атлантику или мощного вулканического извержения. Несколько лет назад ученые обнаружили места на суше с повышенным содержанием элементов платиновой группы, прослоями угля, микрочастицами расплава. По их мнению, это может быть признаком пребывания Земли в потоке обломков кометы или астероида. В новой работе впервые представлены доказательства кометного события в позднем дриасе из морских осадочных толщ.

22 июля, 14:44
ФизТех

Команда исследователей из Сколтеха, МФТИ, Института искусственного интеллекта AIRI и других научных центров разработала метод, позволяющий не просто отличать тексты, написанные человеком, от сгенерированных нейросетью, но и понимать, по каким именно признакам классификатор принимает решение о том, является ли текст генерацией или нет.  Анализируя внутренние состояния глубоких слоев языковой модели, ученые смогли выделить и интерпретировать численные признаки, отвечающие за стилистику, сложность и «степень уверенности» текста.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Закрыть
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно