• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
20.04.2022
Михаил Орлов
1 695

Глубокое машинное обучение использует «язык белков», чтобы предсказать их свойства

5.5

Модели глубокого обучения (deep learning) хорошо зарекомендовали себя при работе с текстами и речью. Однако они также эффективны для решения задач молекулярной биологии и биомедицины, в том числе предсказания функциональных свойств белков на основе их аминокислотной последовательности.

Глубокое обучение использует последовательность аминокислот, чтобы предсказать структуру и функции белков
Глубокое обучение использует последовательность аминокислот, чтобы предсказать структуру и функции белков / © Unsal et al. / Автор: Milonia Larcius

На протяжении многих лет биоинформатики, генетики, нейрофизиологи и другие специалисты в области наук о живом продолжают выяснять биологические функции генов и их продуктов — белков. Для этого им приходится использовать большие и порой имеющие сложную структуру данные, с которыми просто невозможно справиться без помощи машинного обучения и анализа данных.

Напомним, белки — это крупные биологические молекулы со сложной структурой. Они представляют собой длинные цепочки (полимеры), состоящие из множества связанных звеньев-аминокислот (мономеров). Белки могут выполнять самые различные и очень специфичные функции — от формирования «клеточного скелета» до катализа химических реакций, работы в качестве «молекулярных машин» и регуляции различных биологических процессов. Это возможно благодаря их особой трехмерной структуре, которая, в свою очередь, определяется именно аминокислотной последовательностью белка.

В то же время установить связь между аминокислотной последовательностью, структурой белка и его функциями — непростая и пока далеко не решенная задача. Поэтому исследователи из трех различных университетов Турции опубликовали в журнале Nature Machine Intelligence работу, в которой оценили возможность задействовать модели глубокого обучения (deep learning), исходно предназначенные для лингвистического анализа.

Глубокое обучение — разновидность машинного обучения на основе нейронных сетей. Оно называется глубоким, поскольку структура его сетей состоит из нескольких входных, выходных и расположенных между ними скрытых слоев нейронов. Авторы новой публикации рассмотрели как сильные стороны этого подхода, так и его недостатки.

«Полученные с помощью молекулярной биологии данные можно представить в виде языка (по сути, языка генов/белков) таким образом, что последовательность гена или белка окажется чем-то вроде имеющего определенный смысл предложения на естественном языке», — рассказал один из авторов, Тунча Доган (Tunca Dogan). Он считает, что значение такого «языка белков» сводится к особым биологическим, физическим и химическим свойствам этих биомолекул.

«В соответствии с этим работа ставила своей целью построение моделей машинного обучения, которые используют заимствованное у языковых моделей векторное представление в многомерном пространстве (high dimensional numerical embeddings. — Прим. ред.) для белков в качестве данных на входе и которые точно предсказывают их функциональные свойства».

Чтобы успешно оценить модели «белкового языка» и их показатели качества, исследователям пришлось для начала подготовить большие наборы надежных данных. Каждый из таких наборов имеет определенный «уровень сложности».

С помощью этого метода турецкие ученые смогли оценить пригодность разных архитектур «языкового моделирования» (включая BERT, T5, XLNet и ELMO) для выявления в последовательности белков скрытых паттернов. Исследователи считают, что эти незаметные на первый взгляд свойства последовательностей дают ценную информацию о функциональных признаках белков.

«Вероятно, самым примечательным результатом стало то, что эти модели глубокого обучения смогли успешно установить функциональные свойства белков, руководствуясь исключительно последовательностью аминокислот, хотя это довольно трудная задача. К тому же это хорошо согласуется с результатами других недавних исследований по предсказанию структуры (например, AlphaFold2 от Deepmind и RoseTTAFold от лаборатории Бейкера), в которых в качестве исходных данных использовали именно последовательность», — добавил Доган.

Новый подход и подобные ему методики могут иметь множество практических приложений, включая разработку персонализированных методов лечения.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
Вчера, 13:18
Татьяна

Два ключевых события сыграли решающую роль в формировании генетического профиля современных европейских народов. Первое связано с приходом ранних фермеров из Анатолии примерно восемь тысяч лет назад, второе — масштабная миграция на запад носителей ямной степной культуры, начавшаяся пять тысяч лет назад. Однако ученые видят множество отличий от общей картины в разных регионах. В новой работе они проанализировали ДНК древних жителей самого северо-запада Европы и обнаружили более тесную связь с охотниками-собирателями, чем где бы то ни было.

Вчера, 07:50
Игорь Байдов

В архивах английского поместья столетиями пылилась ничем не примечательная книга учета XVI века. Никто не подозревал, что внутри ее переплета скрываются фрагменты пергамента с историями, которые переписывали монахи семь веков назад. Тайна раскрылась, когда архивариус заметил странные символы на обложке. Так началось расследование, объединившее разных ученых. Исследователи три года пытались прочитать текст, не прикасаясь к нему. Теперь они представили результат своего труда — мир получил два ранее неизвестных эпизода о волшебнике Мерлине, короле Артуре и рыцаре Гавейне.

11 часов назад
Мария Азарова

Ученые из Австралии исследовали влияние сексуальной активности, а именно — самоудовлетворения и полового контакта с партнером — на объективные и субъективные параметры сна, в том числе на мотивацию поутру и готовность к новому дню.

27 марта
Сколтех

Ученые из Сколтеха исследовали разнообразие молекул, которые могут образовываться из атомов кислорода и углерода. Помимо широко известных углекислого и угарного газов, моделирование обнаружило две сотни экзотических, но относительно стабильных соединений этих двух элементов, многие из которых не были описаны ранее. Этот класс веществ представляет интерес для исследований космоса, аккумуляторных технологий, биохимии и — неожиданным образом — для разработки промышленной взрывчатки и ракетного топлива. Как оказалось, некоторые из открытых веществ при распаде будут высвобождать более 75 процентов взрывной энергии тротила.

Вчера, 13:18
Татьяна

Два ключевых события сыграли решающую роль в формировании генетического профиля современных европейских народов. Первое связано с приходом ранних фермеров из Анатолии примерно восемь тысяч лет назад, второе — масштабная миграция на запад носителей ямной степной культуры, начавшаяся пять тысяч лет назад. Однако ученые видят множество отличий от общей картины в разных регионах. В новой работе они проанализировали ДНК древних жителей самого северо-запада Европы и обнаружили более тесную связь с охотниками-собирателями, чем где бы то ни было.

Вчера, 07:50
Игорь Байдов

В архивах английского поместья столетиями пылилась ничем не примечательная книга учета XVI века. Никто не подозревал, что внутри ее переплета скрываются фрагменты пергамента с историями, которые переписывали монахи семь веков назад. Тайна раскрылась, когда архивариус заметил странные символы на обложке. Так началось расследование, объединившее разных ученых. Исследователи три года пытались прочитать текст, не прикасаясь к нему. Теперь они представили результат своего труда — мир получил два ранее неизвестных эпизода о волшебнике Мерлине, короле Артуре и рыцаре Гавейне.

6 марта
Юлия Трепалина

В двойственных, или обратимых, изображениях зритель может увидеть разные объекты в зависимости от того, на каких деталях концентрируется его внимание. Среди известных примеров таких рисунков — иллюзия «кролик-утка», сочетающая двух животных, и обратимая ваза (или ваза Рубина), которая может казаться двумя силуэтами лиц, если сосредоточиться на фоне. В соцсетях и популярных СМИ часто публикуют подобные картинки, утверждая, что по тому, какое изображение человек видит в первую очередь, можно судить о его личностных чертах и особенностях мышления. Двое психологов из Великобритании недавно проверили, так ли это на самом деле.

15 марта
Юлия Трепалина

Когда пара расстается, многие люди продолжают испытывать чувства к своим бывшим. Если разрыв произошел по инициативе другой стороны и отношения длились много лет, полностью «забыть» еще недавно близкого человека может быть непросто. Существует мнение, что и после расставания привязанность к экс-партнерам в какой-то мере сохраняется. Впрочем, согласно другой точке зрения, со временем эта эмоциональная связь ослабевает и утрачивается. Разобраться, как происходит на самом деле и сколько времени может потребоваться на полный эмоциональный разрыв с бывшими возлюбленными, взялись психологи из Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне (США).

18 марта
Илья

Масштабный анализ геномов показал, что вид Homo sapiens возник в результате смешения двух древних популяций. Они разделились полтора миллиона лет назад, а затем воссоединились до расселения по миру.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно