• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
04.05.2017
Редакция Naked Science
1
738

Ученые расшифровали геном чая

Группа ученых из Китая, Южной Кореи и США завершила полную сборку генома чайного куста.

untitled-6
©Wikipedia

Чай (Camellia sinensis) — вечнозеленое растение из семейства Theaceae, ряд представителей которого используются при производстве пищевого (C. oleifera) и эфирного (C. sasanqua) масел. Чай известен с 3000 года до нашей эры и, по современным представлениям, является наиболее древним безалкогольным напитком, содержащим кофеин. Благодаря этому и другим вторичным метаболитам, например теанину и катехинам, пищевая ценность кустарника связывается с лечебными свойствами. Однако, несмотря на распространенность и многообразие сортов, геном чайного куста изучен недостаточно. Ранее ученым удалось завершить полную сборку генома двух видов кофе — Coffea canephora и C. arabica.

 

В новой статье сотрудники Китайской академии наук (КАН), биотехнологической компании Macrogene и других учреждений описали результаты пятилетней сборки генома C. sinensis методом дробовика с помощью техник секвенирования нового поколения, в частности метода парных прочтений. Авторы изучили элитный сорт Yunkang 10 ассамского (индийского) чая. После амплификации (копирования) его ДНК разрезали на произвольные фрагменты, часть которых секвенировали и использовали для реконструкции нуклеотидной цепи оригинальной молекулы, а затем — и полного генома. Результаты позволили сократить число спаренных оснований до 3,02 миллиарда единиц, которые охватили 98 процентов генома.

 

Механизм синтеза кофеина в растениях (A), число NMT-генов в какао, чае и кофе (B), филогенетическое дерево NMT-генов чая, кофе и какао (C), профили экспрессии NMT-генов в разных частях C. sinensis / ©En-Hua Xia et al., Molecular Plant, 2017

 

Таким образом, размер генома C. sinensis втрое превышает показатель арабики (около 1,19 миллиарда спаренных оснований), включая в себя 37 618 скаффолдов, и практически соответствует человеческому (3,1 миллиарда спаренных оснований). По словам ученых, трудность сборки заключалась в том, что порядка 80 процентов генома чая состоит из ретротранспозонов — мобильных повторяющихся элементов, которые вновь и вновь меняли положение в течение 50 миллионов лет его эволюции. Чтобы выяснить, что отличает C. sinensis от других растений и представителей рода, авторы также сравнили экспрессию генов, участвующих в выработке кофеина и катехинов, в чайном кусте, кофе, какао и Camellia в целом.

 

Известно, что кофеин синтезируется в чае из ксантозина благодаря катализу со стороны S-аденозил-метионин-зависимых N-метилтрансфераз, которые кодируются одноименными (NMT) генами. Согласно анализу, геном C. sinensis содержит меньше NMT-генов, чем какао и кофе, при этом экспрессия большинства из них сосредоточена в цветах и листьях. Показатель других Camellia, наряду с катехинами, оказался еще ниже, что может служить ключевым критерием пищевой ценности растений. Поскольку катехины и кофеин относятся ко вторичным метаболитам и требуют активности большого числа генов для синтеза, именно это, а не способ обработки, определяет пригодность чая к употреблению, считают авторы.

 

Подробности исследования представлены в журнале Molecular Plant.

 

Ранее ученые также расшифровали геном ячменя. Как и в иных случаях, это поможет в выведении более устойчивых и питательных сортов и изучении других видов растений.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Сегодня, 08:55
Василий Парфенов

Генетический и изотопный анализ останков сразу из трех мезолитических захоронений помог разрешить пару важных загадок об устройстве общества, проживавшего в Европе 6700 лет назад. А все благодаря тому, что несколько женщин давным-давно питались рыбой — и теперь мы можем узнать подробности их сексуальной жизни.

Позавчера, 14:42
Юлия Трепалина

Первого марта в России отмечают День кошек. Это одни из самых популярных домашних животных, которые живут рядом с человеком уже порядка десяти тысяч лет. Несмотря на многовековое знакомство, в общении людей и кошек хватает неясностей. Так, французские ученые недавно выяснили, что почти в трети случаев знаки кошачьего неудовольствия толковались ошибочно.

29 февраля
Андрей

Американские химики в ходе экспериментов с пептидами обнаружили новое объяснение гомохиральности молекул, из которых строится жизнь. Оно основано на дисбалансе односторонних молекул в исходном составе.

28 февраля
Андрей

Международная группа геологов выяснила, когда начал отступать антарктический ледник Туэйтса, который называют «ледником Судного дня».

28 февраля
Ольга Иванова

Немецкие ученые изучили Danionella cerebrum — небольшой вид рыб длиной около 12 миллиметров. И выяснили, как эта крошка способна издавать звуки более 140 децибел.

26 февраля
Дарья Губина

В 2022 году зонд DART столкнулся с Диморфом, спутником астероида Дидим. Ученые хотели проверить, можно ли сбить с траектории небольшое, но потенциально опасное для нашей жизни космическое тело. Оказалось, DART не только изменил орбиту маленького объекта, но и полностью его «переворошил».

20 февраля
Полина

В Российской академии наук завершили первый Большой словарь ударений, его издадут к концу года. Лингвисты собрали наиболее современные нормы произношения привычных слов и зафиксировали ударение для лексики, которая появилась в русском языке недавно.

15 февраля
Дарья Губина

Титан — самый органически богатый спутник с глобальным океаном в Солнечной системе. И все же, сопоставив строение его поверхности с интенсивностью падения метеоритов, ученые пришли к выводу, что в океане спутника Сатурна вряд ли хватает элементов для жизни.

22 февраля
РНФ

Ученые показали, что экстремальный подъем уровня Каспийского моря на десятки метров, произошедший 18-13 тысяч лет назад и получивший название «Великая Хвалынская трансгрессия», мог быть вызван, вопреки существующим гипотезам, не таянием ледника, а естественными изменениями палеоклимата. Оказалось, что из-за холодного климата того периода обширные территории, с которых собирали воду впадающие в Каспий реки, были покрыты многолетней мерзлотой. В результате массы дождевых и талых вод почти не впитывались в мерзлые грунты и стекали в море, испарение с поверхности которого было небольшим. Все эти факторы привели к повышению уровня Каспия и увеличению площади моря более чем вдвое по сравнению с современным. Полученные данные помогут уточнить представления о масштабе колебаний уровня Каспийского моря при изменении климата.

[miniorange_social_login]

Комментарии

1 Комментарий

"которые вновь и вновь меняли положение в течение 50 миллиардов лет его эволюции" - может все такие миллионов?
Подтвердить?
Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: