Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Биологи ВШЭ указали на возможные ошибки метода сверхэкспрессии микроРНК
Исследователи из НИУ ВШЭ и ИБХ РАН обнаружили, что распространенный метод изучения генов, основанный на сверхэкспрессии микроРНК, может приводить к ошибочным результатам. Метод активно используется при изучении различных патологий, в частности онкологических заболеваний. Ошибки в экспериментах могут вести к неверным выводам, влиять на диагностику и ход лечения заболевания.
Результаты исследования опубликованы в журнале BBA. Работа исследователя — это не только постоянный поиск нового, но и внимание к конвенциональным, устоявшимся знаниям. Случается, что у надежных и, казалось бы, проверенных методов обнаруживаются свойства, на которые раньше не обращали внимания.
Группа исследователей под руководством Александра Тоневицкого, декана факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ, выявила особенности метода сверхэкспрессии микроРНК. Ученые обнаружили, что в некоторых случаях результаты эксперимента с использованием этого метода могут быть неверными, но выявить ошибки очень сложно.
МикроРНК — это маленькие молекулы РНК длиной примерно от 20 до 25 нуклеотидов. Они играют важную роль в регуляции экспрессии генов, то есть определяют, сколько белка будет синтезировано в клетке с конкретной молекулы матричной РНК (мРНК). Такая регуляция возможна благодаря короткому фрагменту внутри микроРНК, который может связываться с молекулой-мишенью мРНК, если находит в ней обратно комплементарный (биологически соответствующий) участок. Когда это происходит, с мРНК перестает считываться белок, и экспрессия гена снижается.
При развитии заболеваний, в том числе онкологических, наблюдается изменение уровня экспрессии микроРНК. В частности, при раке предстательной железы увеличивается число микроРНК miR-93-5р, причем более высокий уровень их экспрессии связан с большей агрессивностью этого типа рака. Значительно повысив количество микроРНК в клетках в лабораторных условиях, можно увидеть более четкую картину того, с изменением каких процессов в клетках связано увеличение экспрессии этой микроРНК.
Для сверхэкспрессии микроРНК часто используется следующий подход: сначала в клетках увеличивается количество РНК-предшественника — молекулы большей длины, из которой затем в результате ее обрезания специальным ферментом Dicer образуется микроРНК. Это естественный для клетки процесс. Однако от того, насколько точно Dicer разрежет молекулу-предшественника, зависит, какая именно последовательность микроРНК образуется в результате.
Авторы статьи обратили внимание на то, как фермент Dicer разрезает молекулу. Ученые закодировали нужную им последовательность в молекуле-предшественнике и предположили, что именно ее отрежет Dicer. Но оказалось, что Dicer не всегда работает так, как нужно ученым: фермент преимущественно действует по принципу молекулярной линейки и отмеряет всегда одну и ту же длину — 22 нуклеотида.
В процессе синтеза молекулы-предшественника в конце последовательности обязательно добавляется один или несколько урацилов (азотистое основание, характерное для РНК). В результате, если заданная последовательность микроРНК длиннее 19 нуклеотидов, Dicer из-за добавленных урацилов разрезает молекулу не там, где предполагалось в эксперименте. Такой сдвиг приводит к появлению вариативных форм микроРНК (изоформ).
Чтобы доказать причину смещения положения разрезания молекулы-предшественника, ученые в эксперименте задали несколько последовательностей микроРНК разной длины, в том числе цепочку длиной 23 нуклеотида, соответствующую микроРНК miR-93-5p. С помощью секвенирования — метода, позволяющего полностью прочитать последовательность нуклеотидов в молекуле РНК или ДНК, — они увидели, что из-за добавленных урацилов в цепочках длиннее 19 нуклеотидов положение разрезания сдвигается.
Образование изоформ микроРНК miR-93-5p приводило к снижению экспрессии гена HMGA1, который вовлечен в нарушение передачи генетической информации при делении клеток, а также в регуляцию экспрессии генов. Но HMGA1 не был мишенью стандартной формы miR-93-5p. Не зная об образовании изоформ микроРНК, можно сделать неверные выводы о молекулярных механизмах действия исследуемой микроРНК при раке предстательной железы.
«Изоформы ищут не те мРНК-мишени, которые были задуманы в эксперименте, и подавляют экспрессию других генов. Понимание этой особенности критически важно как для фундаментальных исследований, так и для медицины», — считает Диана Мальцева, заведующая Международной лабораторией микрофизиологических систем НИУ ВШЭ.
Ученые во всем мире используют такой подход для сверхэкспрессии микроРНК в своих экспериментах. Обычно корректность результатов проверяется с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Но этот метод в данном случае оказался недостаточно чувствителен.
«Как показала наша работа, увидеть смещение положения разрезания позволяет только секвенирование. К сожалению, это достаточно дорогостоящий метод, и не все лаборатории могут его себе позволить. Поэтому важно развивать современные методы сверхэкспрессии микроРНК и тщательно продумывать дизайн эксперимента», — объясняет Диана Мальцева.
Telegram 
Дзен 
VK Изучив поведение 69 видов птиц в разных областях Западных Гат (Индия), международная исследовательская группа наконец объяснила, почему территориальные и всеядные птицы чаще других поют по утрам.
Среди ныне живущих морских обитателей осталось всего несколько так называемых «живых» ископаемых вроде латимерии или мечехвоста. Остальных мы знаем по уцелевшим остаткам. Новый вид древней рыбы обнаружили палеонтологи в девонском песчанике Канадской Арктики. Судя по найденным зубам и челюстям, рыба была в разы меньше своих родственников, а значит, могла жить в реках, что необычно для этих существ.
Наблюдая ранние этапы рождения землеподобных миров, астрономы приблизились к решению «метрового барьера» — проблемы роста пылевых зерен до размеров, необходимых для формирования планет.
Изучив поведение 69 видов птиц в разных областях Западных Гат (Индия), международная исследовательская группа наконец объяснила, почему территориальные и всеядные птицы чаще других поют по утрам.
Среди ныне живущих морских обитателей осталось всего несколько так называемых «живых» ископаемых вроде латимерии или мечехвоста. Остальных мы знаем по уцелевшим остаткам. Новый вид древней рыбы обнаружили палеонтологи в девонском песчанике Канадской Арктики. Судя по найденным зубам и челюстям, рыба была в разы меньше своих родственников, а значит, могла жить в реках, что необычно для этих существ.
Наблюдая ранние этапы рождения землеподобных миров, астрономы приблизились к решению «метрового барьера» — проблемы роста пылевых зерен до размеров, необходимых для формирования планет.
Вид антилоп, с ледникового периода привыкший к массовым миграциям, пытается вернуться в свой исторический ареал, когда-то достигавший Днепра. Однако их нетипичные для травоядных привычки вызывают сильнейшее отторжение у сельских жителей, предлагающих массово уничтожать их с воздуха. С экологической точки зрения возвращение этих животных весьма желательно, но как примирить их с фермерами — неясно.
Недавно вышел второй сезон сериала «Одни из нас» (TheLastofUs), созданного по сюжету популярнейшей видеоигры. Ученые Пермского Политеха решили разобраться, насколько реален сценарий грибной пандемии, превращающей людей зомби? Чем живет кордицепс и как он «ищет» своих жертв, действительно ли паразит способен эволюционировать настолько, чтобы поражать человеческий организм и подчинять себе его волю, был бы у людей шанс выжить, какие грибы уже поселились в наших телах и выручит ли нас иммунитет, сформированный тысячелетиями.
Казахстанский Алматы — город контрастов, где горы соседствуют с урбанистическими пейзажами, а бизнес-центры — с историческими кварталами. Неизменным остается одно — пробки. Ежедневно сюда приезжает более 700 тысяч автомобилей из пригородов, при этом в самом мегаполисе зарегистрировано порядка 600 тысяч транспортных средств. В результате по улицам ежедневно движется более миллиона транспортных средств.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно