Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Физики «увидели» случайные петли в хромосомах
Коллектив ученых из Сколтеха, Массачусетского технологического университета и других ведущих научных организаций России и США представил физическую модель свернутого в петли полимера. Точное аналитическое решение этой модели позволило ученым воспроизвести универсальные особенности упаковки хромосом из экспериментальных данных. Теоретическая работа позволит исследователям понять, как петлевая экструзия влияет на биофизические свойства хромосомы, и определить параметры этих петель из экспериментальных данных.
Хромосомы человека представляют собой длинные полимерные цепи, хранящие генетическую информацию. В ядре каждой клетки представлен весь человеческий геном (ДНК), закодированный на 46 хромосомах общей длиной около двух метров. Чтобы разместиться в микроскопическом пространстве ядра клетки и при этом обеспечивать постоянный доступ к генетической информации, хромосомы сворачиваются в ядре специальным, неслучайным, образом. Фолдинг или сворачивание ДНК — актуальная задача на стыке физики полимеров и системной биологии.
Несколько лет назад в качестве одного их механизмов компактизации хромосом была выдвинута гипотеза активного выпетливания (экструзии) молекулярными моторами. Несмотря на то что была продемонстрирована способность моторов образовывать петли ДНК, экспериментально пронаблюдать петли в живой клетке технически очень сложно, практически невозможно.
Коллектив ученых из Сколтеха, Массачусетского технологического университета и других ведущих научных организаций России и США представил физическую модель свернутого в петли полимера. Точное аналитическое решение этой модели позволило ученым воспроизвести универсальные особенности упаковки хромосом из экспериментальных данных — на изображении представлены кривые производной вероятности контакта с характерным пиком и провалом. Теоретическая работа позволит исследователям понять, как петлевая экструзия влияет на биофизические свойства хромосомы, и определить параметры этих петель из экспериментальных данных. Статья опубликована в журнале Physical Review X.
Хромосома с петлями (слева) и кривые производной вероятности контакта (справа). На больших и малых масштабах фолдинг хромосомы существенно различается за счет эффекта разбавления топологических зацеплений, создаваемого петлями / © Кирилл Половников
«Экструзия петель моторами, как и многое в биологии, имеет случайный характер: они постоянно образуются и исчезают. Это, в частности, объясняет трудности их экспериментального обнаружения в единичной живой клетке. Мы пошли другим путем: разработали физическую теорию, которая показывает, как случайно распределенные петли на полимере влияли бы на пространственную организацию такого полимера. Далее мы проанализировали экспериментальные данные по пространственной упаковке хромосом, полученные на миллиардах живых клеток, и обнаружили там те же статистические особенности, что и в нашей модели, — рассказывает первый автор работы Кирилл Половников, старший преподаватель и руководитель исследовательской группы в Сколтехе.
Результаты ученых позволили определить характерный размер хромосомных петель и их плотность. Кроме того, ученые обнаружили новый топологический эффект, связанный с петлями. При экструзии петель длина остова полимерной цепи уменьшается, при этом он вытягивается в пространстве за счет так называемого «разбавления топологических зацеплений» в полимерной системе. Ученые разработали аналитическую теорию этого эффекта и также подтвердили свои результаты с помощью компьютерных симуляций. Таким образом, разработанная теория позволяет обнаружить и охарактеризовать петли хромосом в массиве экспериментальных данных, и меняет наше представление о топологической организации хромосом в живой клетке.
«Подобно тому, как астрофизики находят новые экзопланеты по падению светимости родительской звезды при прохождении планеты, наша теория предлагает инструмент обнаружения „следа“ петель в геномных данных. К нашему удивлению, найденные особенности оказались универсальными не только для человека, но и для различных клеток других организмов. По-видимому, сворачивание в петли является одним из наиболее общих принципов пространственной структуры ДНК», — добавляет Кирилл Половников. Работа поддержана Российским научным фондом.
Telegram 
Дзен 
VK Чтобы поразить добычу, ядовитая змея должна атаковать молниеносно, иначе жертва успеет отреагировать и убежать. Международная группа биологов провела масштабный эксперимент, в котором впервые в мельчайших деталях изучила и сравнила, как нападают и кусают представители трех семейств ядовитых змей: гадюковых, аспидовых и ужеобразных.
В современном доме, насыщенном разнообразной техникой, удлинители стали незаменимым атрибутом, позволяющим обеспечить электропитанием все необходимые устройства. Однако мало кто задумывается, что привычное использование этого аксессуара может нести серьезную угрозу безопасности. По статистике, значительная часть бытовых пожаров происходит из-за неправильной эксплуатации электропроводки и вспомогательных устройств. Какие приборы категорически нельзя подключать через удлинители и почему это может привести к трагическим последствиям, рассказывает профессор кафедры наноэлектроники РТУ МИРЭА, доктор физико-математических наук Алексей Юрасов.
В новом эксперименте исследователи из Финляндии проследили, как два типа питания повлияли на энергетический обмен веществ у псов породы стаффордширский бультерьер. Некоторые из биомаркеров, по которым судили об эффекте, в отношении собак применили впервые.
Насколько счастливым нужно быть человеку, чтобы это начало благоприятно сказываться на продолжительности жизни? Ученые определили минимальный уровень субъективного ощущения благополучия, или счастья, преодолев который, оно становится фактором, позитивно влияющим на здоровье населения страны.
Первый официальный документ, описывающий принцип действий в случае возможного контакта с внеземной цивилизацией, был принят Международной академией астронавтики (IAA) в 1989 году. С тех пор декларацию неоднократно пересматривали, а ее обновленную версию, адаптированную под реалии XXI века, ученые разработали совместно с участниками проекта по поиску инопланетян SETI.
Чтобы поразить добычу, ядовитая змея должна атаковать молниеносно, иначе жертва успеет отреагировать и убежать. Международная группа биологов провела масштабный эксперимент, в котором впервые в мельчайших деталях изучила и сравнила, как нападают и кусают представители трех семейств ядовитых змей: гадюковых, аспидовых и ужеобразных.
Согласно новой гипотезе, сознание возникает не только из-за активности нейронов, но и благодаря физическим процессам — электромагнитным полям от движения жидкости в мозге. Эта модель, как и ее предшественники, пока носит теоретический характер, но предлагает нестандартный взгляд на проблему синхронизации работы разных отделов мозга.
Археологи Института истории материальной культуры РАН (ИИМК РАН), при поддержке фонда «История отечества» в ходе раскопок обнаружили на всемирно известной стоянке каменного века Костенки-17 в Воронежской области редчайшие украшения из зубов песца и окаменелой раковины, а также уникальный для этого времени нуклеус из бивня мамонта для снятия заготовок.
Экспедиционное судно «Эндьюранс» более века называли самым прочным деревянным судном, когда-либо построенным человеком. Но находка, сделанная на дне моря, и изучение старых писем раскрыли неприятную правду. Легендарный «Эндьюранс» Шеклтона вовсе не был непобедимым левиафаном. Напротив, он имел фатальные недостатки, а капитан знал об этом еще до того, как ушел в роковое плавание к берегам Антарктиды.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно