Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Физики «увидели» случайные петли в хромосомах
Коллектив ученых из Сколтеха, Массачусетского технологического университета и других ведущих научных организаций России и США представил физическую модель свернутого в петли полимера. Точное аналитическое решение этой модели позволило ученым воспроизвести универсальные особенности упаковки хромосом из экспериментальных данных. Теоретическая работа позволит исследователям понять, как петлевая экструзия влияет на биофизические свойства хромосомы, и определить параметры этих петель из экспериментальных данных.
Хромосомы человека представляют собой длинные полимерные цепи, хранящие генетическую информацию. В ядре каждой клетки представлен весь человеческий геном (ДНК), закодированный на 46 хромосомах общей длиной около двух метров. Чтобы разместиться в микроскопическом пространстве ядра клетки и при этом обеспечивать постоянный доступ к генетической информации, хромосомы сворачиваются в ядре специальным, неслучайным, образом. Фолдинг или сворачивание ДНК — актуальная задача на стыке физики полимеров и системной биологии.
Несколько лет назад в качестве одного их механизмов компактизации хромосом была выдвинута гипотеза активного выпетливания (экструзии) молекулярными моторами. Несмотря на то что была продемонстрирована способность моторов образовывать петли ДНК, экспериментально пронаблюдать петли в живой клетке технически очень сложно, практически невозможно.
Коллектив ученых из Сколтеха, Массачусетского технологического университета и других ведущих научных организаций России и США представил физическую модель свернутого в петли полимера. Точное аналитическое решение этой модели позволило ученым воспроизвести универсальные особенности упаковки хромосом из экспериментальных данных — на изображении представлены кривые производной вероятности контакта с характерным пиком и провалом. Теоретическая работа позволит исследователям понять, как петлевая экструзия влияет на биофизические свойства хромосомы, и определить параметры этих петель из экспериментальных данных. Статья опубликована в журнале Physical Review X.
Хромосома с петлями (слева) и кривые производной вероятности контакта (справа). На больших и малых масштабах фолдинг хромосомы существенно различается за счет эффекта разбавления топологических зацеплений, создаваемого петлями / © Кирилл Половников
«Экструзия петель моторами, как и многое в биологии, имеет случайный характер: они постоянно образуются и исчезают. Это, в частности, объясняет трудности их экспериментального обнаружения в единичной живой клетке. Мы пошли другим путем: разработали физическую теорию, которая показывает, как случайно распределенные петли на полимере влияли бы на пространственную организацию такого полимера. Далее мы проанализировали экспериментальные данные по пространственной упаковке хромосом, полученные на миллиардах живых клеток, и обнаружили там те же статистические особенности, что и в нашей модели, — рассказывает первый автор работы Кирилл Половников, старший преподаватель и руководитель исследовательской группы в Сколтехе.
Результаты ученых позволили определить характерный размер хромосомных петель и их плотность. Кроме того, ученые обнаружили новый топологический эффект, связанный с петлями. При экструзии петель длина остова полимерной цепи уменьшается, при этом он вытягивается в пространстве за счет так называемого «разбавления топологических зацеплений» в полимерной системе. Ученые разработали аналитическую теорию этого эффекта и также подтвердили свои результаты с помощью компьютерных симуляций. Таким образом, разработанная теория позволяет обнаружить и охарактеризовать петли хромосом в массиве экспериментальных данных, и меняет наше представление о топологической организации хромосом в живой клетке.
«Подобно тому, как астрофизики находят новые экзопланеты по падению светимости родительской звезды при прохождении планеты, наша теория предлагает инструмент обнаружения „следа“ петель в геномных данных. К нашему удивлению, найденные особенности оказались универсальными не только для человека, но и для различных клеток других организмов. По-видимому, сворачивание в петли является одним из наиболее общих принципов пространственной структуры ДНК», — добавляет Кирилл Половников. Работа поддержана Российским научным фондом.
Telegram 
Дзен 
VK Японские биологи повторили античную технологию производства вина из изюма, чтобы выяснить механизм его брожения. Исследователи показали, что сушеный виноград, в отличие от свежего, накапливает на поверхности дикие дрожжи и способен превращать воду в алкоголь без внесения дополнительных заквасок.
Долгое время ученые полагали, что сотни гигантских статуй на острове Пасхи создали представители местной общины под руководством одного вождя. Однако авторы нового исследования поставили эту гипотезу под сомнение. Детальная трехмерная карта главного каменного карьера острова указала на более сложную картину. Вероятно, монументы были плодом творчества и соперничества небольших независимых групп.
Что стало настоящим фундаментом власти — умение обрабатывать землю или контроль над некоторыми культурными растениями? Авторы нового исследования пришли к выводу, что появление первых крупных сообществ и государств зависело не от земледелия в целом, а от выращивания определенных злаков. Эти культуры было легко хранить и, еще важнее, невероятно просто облагать налогом, что и дало толчок появлению цивилизации.
Японские биологи повторили античную технологию производства вина из изюма, чтобы выяснить механизм его брожения. Исследователи показали, что сушеный виноград, в отличие от свежего, накапливает на поверхности дикие дрожжи и способен превращать воду в алкоголь без внесения дополнительных заквасок.
Так называемые зумеры и альфа, несмотря на молодой возраст, уже формируют ключевые поведенческие и потребительские тренды. Ученые Пермского Политеха рассказали, почему обозначение поколений начали с конца алфавита, как альфа и зумеры отличаются в способности к терпеливости, совмещении цифрового и реального «Я», подходу к профессиональной деятельности и отношении к финансам, какое мышление пришло на смену клиповому и как использование искусственного интеллекта повлияет на авторитет родителей.
Коллектив российских ученых из МИРЭА — Российского технологического университета, Центра фотоники двумерных материалов МФТИ, Института металлургии и материаловедения им. А. А. Байкова РАН и ряда других ведущих научных центров провел глубокое исследование кристаллической структуры широко используемых пьезоэлектрических материалов на основе цирконата-титаната свинца. Используя метод рентгеноструктурного анализа, исследователи впервые смогли в деталях установить, как небольшие химические добавки кардинально меняют фазовый состав керамики и напрямую определяют ее электрофизические характеристики. Это открывает путь к целенаправленному дизайну «умных» материалов с заранее заданными свойствами для передовой электроники и сенсорики.
Человеческие языки разнообразны, но это разнообразие ограничивается повторяющимися закономерностями. Пытаясь описать правила, которым подчиняются различия в грамматике, лингвисты сформулировали ряд так называемых грамматических универсалий — утверждений, предположительно верных для всех или большинства языков мира. Международная команда ученых провела статистический анализ на материале 2430 языков и обнаружила, что соответствующими действительности можно считать около трети таких утверждений.
По расчетам, большинство «гостей» из других звездных систем летят к Земле примерно со стороны созвездия Геркулес. Скорее всего, они время от времени падают на нашу планету, просто мы еще не научились это замечать. Как удалось вычислить, чаще всего они должны падать зимой и где-то в окрестностях экватора.
Ученые открыли новый, ранее неизвестный способ передвижения бактерий по поверхностям, для которого не нужны жгутики. Эти микроорганизмы на краю колонии переваривают сахара, выделяют метаболиты и создают осмотическое давление. Оно вызывает микроскопическое «цунами», и на нем бактерии катятся вперед.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно