• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
04.05.2017
Редакция Naked Science
1
775

Ученые расшифровали геном чая

Группа ученых из Китая, Южной Кореи и США завершила полную сборку генома чайного куста.

untitled-6
©Wikipedia / Автор: Milonia Larcius

Чай (Camellia sinensis) — вечнозеленое растение из семейства Theaceae, ряд представителей которого используются при производстве пищевого (C. oleifera) и эфирного (C. sasanqua) масел. Чай известен с 3000 года до нашей эры и, по современным представлениям, является наиболее древним безалкогольным напитком, содержащим кофеин. Благодаря этому и другим вторичным метаболитам, например теанину и катехинам, пищевая ценность кустарника связывается с лечебными свойствами. Однако, несмотря на распространенность и многообразие сортов, геном чайного куста изучен недостаточно. Ранее ученым удалось завершить полную сборку генома двух видов кофе — Coffea canephora и C. arabica.

 

В новой статье сотрудники Китайской академии наук (КАН), биотехнологической компании Macrogene и других учреждений описали результаты пятилетней сборки генома C. sinensis методом дробовика с помощью техник секвенирования нового поколения, в частности метода парных прочтений. Авторы изучили элитный сорт Yunkang 10 ассамского (индийского) чая. После амплификации (копирования) его ДНК разрезали на произвольные фрагменты, часть которых секвенировали и использовали для реконструкции нуклеотидной цепи оригинальной молекулы, а затем — и полного генома. Результаты позволили сократить число спаренных оснований до 3,02 миллиарда единиц, которые охватили 98 процентов генома.

 

Ученые расшифровали геном чая – иллюстрация к материалу на Naked Science

Механизм синтеза кофеина в растениях (A), число NMT-генов в какао, чае и кофе (B), филогенетическое дерево NMT-генов чая, кофе и какао (C), профили экспрессии NMT-генов в разных частях C. sinensis / ©En-Hua Xia et al., Molecular Plant, 2017

 

Таким образом, размер генома C. sinensis втрое превышает показатель арабики (около 1,19 миллиарда спаренных оснований), включая в себя 37 618 скаффолдов, и практически соответствует человеческому (3,1 миллиарда спаренных оснований). По словам ученых, трудность сборки заключалась в том, что порядка 80 процентов генома чая состоит из ретротранспозонов — мобильных повторяющихся элементов, которые вновь и вновь меняли положение в течение 50 миллионов лет его эволюции. Чтобы выяснить, что отличает C. sinensis от других растений и представителей рода, авторы также сравнили экспрессию генов, участвующих в выработке кофеина и катехинов, в чайном кусте, кофе, какао и Camellia в целом.

 

Известно, что кофеин синтезируется в чае из ксантозина благодаря катализу со стороны S-аденозил-метионин-зависимых N-метилтрансфераз, которые кодируются одноименными (NMT) генами. Согласно анализу, геном C. sinensis содержит меньше NMT-генов, чем какао и кофе, при этом экспрессия большинства из них сосредоточена в цветах и листьях. Показатель других Camellia, наряду с катехинами, оказался еще ниже, что может служить ключевым критерием пищевой ценности растений. Поскольку катехины и кофеин относятся ко вторичным метаболитам и требуют активности большого числа генов для синтеза, именно это, а не способ обработки, определяет пригодность чая к употреблению, считают авторы.

 

Подробности исследования представлены в журнале Molecular Plant.

 

Ранее ученые также расшифровали геном ячменя. Как и в иных случаях, это поможет в выведении более устойчивых и питательных сортов и изучении других видов растений.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
5 часов назад
Полина Меньшова

Распространено мнение, что, чем чаще пара занимается сексом, тем сильнее каждый из партнеров доволен отношениями. Международная команда исследователей проверила этот тезис.

Позавчера, 13:32
Березин Александр

Ведущая космическая компания планеты предложила Пентагону «подписку» на услуги крупной спутниковой группировки. Она станет крупнейшим созвездием космических аппаратов, построенным в военных целях. Однако данные об этом исходят от информационного агентства Reuters, которое неоднократно публиковало фейки о компаниях Илона Маска.

Позавчера, 09:17
Любовь

Примерно 41-42 тысячи лет назад на Земле произошел кратковременный сдвиг магнитных полюсов, который мог способствовать вымиранию неандертальцев, но не Homo sapiens — их выживание авторы нового исследования связали с появлением теплой одежды и добычей охры.

16 апреля
ПНИПУ

Современное сельское хозяйство сталкивается с серьезными экологическими и агротехническими проблемами, которые связаны с использованием традиционных минеральных удобрений. Большинство из них быстро растворяются, вымываются из почвы и загрязняют водоемы, вызывая гибель экосистем. Ученики Политехнической школы под руководством ученых Пермского Политеха разработали удобрение нового состава: оно не только повышает урожайность, но также дольше действует и снижает нагрузку на окружающую среду.

15 апреля
НовГУ

Оснащенные высокочувствительными датчиками, разработанные новгородцами перчатки, будут отслеживать малейшее движение пальцев и кистей рук и проводить операции с помощью VR-симулятора. Это позволит вывести качество медицинского образования и станет помощником для практикующих хирургов.

15 апреля
ПНИПУ

В крупных компаниях для того, чтобы обслуживать оборудование, инженерам и аналитикам часто приходится разбираться в огромном количестве данных. Например, чтобы избежать поломок и вовремя ремонтировать оборудование, нужно понять, что сильнее влияет на появление дефектов: температура, вибрация или износ? Для этого специалисты занимаются анализом данных с применением технологий машинного обучения, однако это сложные области, которые требуют глубоких знаний программирования и математики. Ученые из Пермского Политеха создали программу в виде электронной книги, которая помогает легко разобраться в основах классификации данных. Она уже успешно применяется в обучении студентов высшей школы авиационного двигателестроения.

8 апреля
Березин Александр

До 13 тысяч лет назад в Северной Америке жил вид, который ученые до недавнего времени считали волком. Компания Colossal Biosciences объявила о возрождении этого вымершего вида, но биологические детали ставят ее заявление под серьезное сомнение.

2 апреля
Березин Александр

Известный американский отраслевой обозреватель Эрик Бергер взял интервью у экипажа космического корабля Boeing, из-за технических проблем которого два астронавта задержались на орбите на девять месяцев вместо одной недели. Детали, которые они озвучили, указывают на серьезные проблемы Starliner, о которых ранее умалчивали. Люди провели немало времени при глубоко нештатной температуре. При слегка другом сценарии миссии экипаж корабля мог погибнуть. Официальные заявления NASA и Boeing сразу после июньского полета к МКС, судя по интервью, были заведомо неправдивыми.

9 апреля
Unitsky String Technologies Inc.

Инженеры компании Unitsky String Technologies Inc. разработали несколько вариантов транспортно-инфраструктурных комплексов, способных значительно улучшить пассажирское сообщение в городах, расположенных по обеим берегам крупных водных артерий. Обычно такие мегаполисы сталкиваются с необходимостью строительства дорогих капитальных сооружений — шоссейных мостов, что не всегда подъемно для городского бюджета. Решение белорусских инженеров куда менее ресурсоемкое. Для примера возьмем Ростов-на-Дону, где есть запрос на устойчивое сообщение между левобережной частью города с историческим центром.

[miniorange_social_login]

Комментарии

1 Комментарий
"которые вновь и вновь меняли положение в течение 50 миллиардов лет его эволюции" - может все такие миллионов?
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно