Расшифрован геном опасного штамма кишечной палочки

Штамм – это группа особей внутри определенного вида, которая отличается от него какими-либо особенностями.

Впервые штамм кишечной палочки, известный как EDL933, выделили в 1980-х годах, однако широкую известность эта бактерия обрела в 1993 году, когда, как показало исследование, она оказалась главной причиной крупного пищевого отравления в сети ресторанов на западе США.

Геном EDL933 был частично расшифрован в 2001 году, однако технологии того времени оставили определенные «пробелы» в расшифровке.

Группа американских и египетских ученых под руководством Рами Азиза (Ramy Aziz) из Каирского университета при помощи секвенаторов (оборудования для расшифровки ДНК), разработанных компаниями Illumina и Pacific Biosciences, смогла полностью расшифровать геном EDL933.

Анализ смог обнаружить даже все «прыгающие гены» (транспозоны), которые могут перемещаться внутри определенного генома, порой причиняя ущерб другим генам или активируя сопротивление воздействию антибиотиков.

Ученые отмечают, что новые технологии буквально не оставляют места, где генетические характеристики  патогенов могут спрятаться.

Полное генетическое картирование патогенных штаммов может не только углубить наше понимание их генетических характеристик, но и помочь найти и использовать их уязвимости.

- Бернард Полссон, Калифорнийский университет в Сан-Диего

Более подробно с исследованием ученых можно ознакомиться в их статье, опубликованной в журнале Genome Announcements.