• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
4 августа
Сколтех
527

Проведено первое в России массовое секвенирование ВИЧ

4.7

Ученые из Сколтеха, ИППИ РАН, ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора и Орловского областного центра по профилактике и борьбе со СПИД провели первое подробное геномное исследование эпидемии ВИЧ-1 в России. Коллектив секвенировал клинически значимую часть генома вируса из образцов, взятых у примерно трети всех зараженных лиц в Орловской области. Исследователи рассчитывают, что полученные ими данные помогут усовершенствовать меры профилактики и борьбы с распространением ВИЧ-инфекции в регионе и за его пределами.

Проведено первое в России массовое секвенирование ВИЧ /©Getty images

Работа опубликована в журнале Virus Evolution. Глобальная эпидемия ВИЧ/СПИД началась в 1981 году, и до сих пор является серьезной проблемой здравоохранения. Для эффективного противодействия распространению ВИЧ необходимо учитывать характерные особенности эпидемии в каждом отдельно взятом регионе. Например, определение преобладающих путей передачи инфекции на основе недавно зарегистрированных случаев помогает медикам и властям устанавливать самые уязвимые на настоящий момент группы населения и адаптировать свою стратегию.

В некоторых странах структуру эпидемии отслеживают с особой точностью за счет привлечения генетических данных, сбор которых регулярно производится для мониторинга мутаций устойчивости к лекарствам. Такого рода «молекулярная эпидемиология» позволяет ученым эффективно обнаруживать растущие кластеры передачи инфекции, ранжировать их по темпам роста, подразделять по путям передачи и полам и выявлять распространение резистентных штаммов.

В России ежегодно регистрируется 100 тысяч новых случаев ВИЧ-инфекции; в общей сложности заражён каждый сотый взрослый. Молекулярная эпидемиология может помочь в борьбе с этой значимой угрозой здоровью общества, но на сегодня ее методы мало применимы, поскольку генетические данные доступны лишь для одного процента известных случаев ВИЧ-инфекции в России.

Научная группа во главе с профессором Сколтеха Георгием Базыкиным исследовала российскую эпидемию ВИЧ-инфекции «в миниатюре», просеквенировав клинически значимые участки генома вируса из образцов, взятых у одной трети зарегистрированных ВИЧ-положительных пациентов в Орловской области.

Геном ВИЧ состоит из девяти генов. Один из них, называемый pol, кодирует три белка, на которые воздействуют антиретровирусные медикаменты. Как следствие, этот ген имеет особое клиническое значение, и именно мутации в нем могут вызывать устойчивость вируса к лекарственным препаратам. Таким образом, внимание ученых как правило, сконцентрировано на этих примерно 30 процентов генома ВИЧ; в своей работе исследователи из Сколтеха и их коллеги секвенировали примерно половину этого участка.

Рисунок 1. Определение цепочек передачи инфекции (transmission lineages) и изолированных случаев (singletons) в Орловской области, порождаемых при завозе вируса в регион / ©Ксения Сафина / Сколтех и ИППИ РАН

Есть два типа вируса иммунодефицита человека, но в большинстве случаев речь идет о так называемом ВИЧ-1 — именно он преобладает по всему миру. Описано четыре случая передачи этого вируса человеку от животных. К ним восходят основная группа M и еще три сравнительно редкие группы, на которые подразделяют все штаммы вируса.

В рамках основной группы, которая ответственна за глобальную эпидемию ВИЧ, выделяются субтипы A, B, C и др. Исторически сложилось, что они неравномерно распространены в мире. Например, преобладающий в США и Западной Европе субтип B не играет столь важной роли в России, где движущей силой эпидемии является субтип A. Сосуществующие на одной территории субтипы время от времени порождают так называемые рекомбинантные, смешанные формы. Опознать субтип или рекомбинант ВИЧ можно довольно точно по анализу фрагмента все того же гена pol.

Как оказалось, эпидемия ВИЧ-1 в Орловской области представлена в первую очередь тремя генетическими вариантами — субтипами A (87%) и B (2%) и так называемой циркулирующей рекомбинантной формой 63 (CRF63, 7%), которая возникла при рекомбинации между субтипом A и другим генетическим вариантом. Анализ субтипов позволяет исследователям связывать генетические варианты с преобладающим путем передачи вируса.

Скажем, субтип A связан с гетеросексуальным каналом передачи и нарушением гигиены при инъекции наркотиков, что хорошо согласуется с официальной информацией о том, что в России в эпидемию ВИЧ вовлечена в основном гетеросексуальная популяция. Традиционно связываемый с гомосексуальными контактами субтип B, в свою очередь, действительно оказался значимо насыщен пациентами, которые сообщали о гомосексуальности.

Ученые также исследовали, сколько раз и когда вирус проникал в Орловскую область. Для этого орловские последовательности вируса рассмотрели в филогенетическом контексте собранных за пределами Орла образцов. В результате выявились орловские образцы, которые восходят к другим образцам, собранным за пределами области (рисунок 1). По оценкам авторов работы, за последние 20 лет ВИЧ был ввезён в Орловскую область более 300 раз. Из них 80 случаев породили наблюдаемые цепочки распространения инфекции. На основании наблюдаемых случаев проникновения в область субтипа A коллектив оценил репродуктивное число R, характеризующее субэпидемию этого преобладающего варианта (метрика R отражает, скольких людей в среднем заражает один инфицированный).

«По нашим оценкам, одна первичная инфекция порождает 2,8 вторичных инфекций, что свидетельствует об умеренно растущей эпидемии», — прокомментировала результаты первый автор статьи, младший научный сотрудник Сколтеха и ИППИ РАН Ксения Сафина.

«Рост числа инфекций, который мы видим в России, приводит к тому, что масштабы эпидемии продолжают расти. В первую очередь это связано с недостаточным обеспечением противовирусной терапией. ВОЗ стремится к так называемой “стратегии 95-95-95”, согласно которой не менее 95% людей, у которых диагностирована ВИЧ-инфекция, должны получать антиретровирусную терапию. В России же эта доля до сих пор остается низкой. Терапия не дает вирусу передаваться, а ее отсутствие приводит к тому, что заражается все больше людей», — комментирует Базыкин.

В основе определения случаев «завоза» вируса в область лежит идея филогенетического древа (рисунок 1): группы родственных орловских образцов, восходящие к образцам за пределами области, свидетельствуют, как минимум, об одном эпизоде завоза вируса. Единичные орловские образцы, которые не входят в состав ни одной цепочки распространения, признаются следствием такого завоза, который не повлек наблюдаемого распространения вируса в регионе.

Особый интерес представляет один из случаев весьма недавнего проникновения в регион рекомбинантной формы CRF63. Для исследователей стало неожиданностью, что этот эпизод оказался ответственным за огромное количество заражений (рисунок 2). Сравнение наиболее распространенного субтипа A с рекомбинантом CRF63 говорит о том, что последний, по всей видимости, распространяется быстрее. Точные причины этого непонятны — есть ряд возможных объяснений, и соответствовать действительности могут одновременно несколько из них.

С одной стороны, может отличаться сама биология вируса: рекомбинант может действительно оказаться заразнее. Прежние исследования уже показывали различия между вариантами ВИЧ с точки зрения вирусной нагрузки, реакции на терапию и скорости течения болезни. CRF63 — сравнительно молодой вариант, который пока не изучен экспериментально, поэтому такое объяснение не исключено.

В то же время быстрый рост кластера может объясняться не собственно биологическими, а эпидемиологическими различиями между субтипом A и CRF63. Последний появился в Орловской области позже, чем имело место большинство эпизодов проникновения субтипа A, и потому рекомбинант в среднем «моложе». А хорошо известно, что в среднем ВИЧ-положительные лица передают инфекцию значительно чаще в первые месяцы после заражения. Это тоже может объяснять, почему сравнительно «молодой» рекомбинант распространяется быстрее.

Рисунок 2. Вопреки своему недавнему проникновению в регион рекомбинантная форма CRF63 неожиданно сильно в нем представлена. На графике — зависимость количества орловских образцов в трансмиссионной линии (по вертикали) от предполагаемой даты завоза (по горизонтали). Красная точка в правом верхнем углу соответствует эпизоду проникновения рекомбинантной формы примерно в 2014 году / ©Ксения Сафина и другие / Virus Evolution
 

Относительно небольшая доля носителей рекомбинантного вируса проходит терапию, и это тоже указывает на то, что данная инфекционная волна началась недавно: во многих случаях болезнь еще не дошла до той стадии, когда большинство ВИЧ-положительных лиц вынуждены обратиться за медицинской помощью.

Кроме того, процент наркоманов среди носителей рекомбинантного вируса выше, чем в случае с магистральным субтипом A. Это тоже может отчасти объяснять различие в скорости распространения. Научный коллектив надеется, что результаты исследования помогут СПИД-центрам более эффективно бороться с эпидемией. «Каковы бы ни были факторы его распространения, ясно, что рекомбинантный кластер CRF63 может оказать значительное влияние на эпидемиологическую ситуацию в Орловской области и за ее пределами. Необходимо пристально следить за ним и прерывать цепочки распространения инфекции», — заявил Базыкин.

Исследователи сообщили о быстро растущем кластере CRF63 в СПИД-центр Орла. Они также собираются продолжить изучать эпидемиологическую ситуацию, опрашивать ВИЧ-положительных лиц из данного кластера и реконструировать круг их контактов. Коллектив планирует собирать и анализировать новые образцы из Орловской области практически в режиме реального времени и сообщать о новых растущих кластерах в СПИД-центр. Если этот проект будет успешен, он станет первым в своём роде в России и сможет продемонстрировать пользу молекулярно-эпидемиологического подхода для борьбы с ВИЧ. Исследование профинансировано Российским научным фондом. 

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Сколковский институт науки и технологий — негосударственный технологический университет, расположенный в инновационном центре Сколково. Институт был создан в 2011 году при поддержке Массачусетского технологического института. Модель института предусматривает тесную интеграцию технологического образования, исследовательской работы и предпринимательских навыков. Институт ведёт обучение по программам магистратуры и PhD, рабочий язык — английский.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
Вчера, 10:35
Александра Медведева

Ученые обнаружили экзопланету HD 56414 b размером с Нептун, вращающуюся вокруг яркой звезды спектрального класса А, к которому принадлежат Сириус и Вега. HD 56414 b оказалась самой маленькой из известных планет, вращающихся вокруг настолько горячих звезд. Исследователи пришли к выводу, что, если бы она находилась чуть ближе к звезде, ее атмосфера испарилась бы под воздействием излучения, оставив лишь каменное ядро. Вероятно, вокруг звезд класса А вращается множество ядер подобных планет, которые невозможно обнаружить.

Позавчера, 13:47
Анна Новиковская

Многие биологические виды, к сожалению, известны только по музейным экспонатам, но для некоторых из них остается надежда на повторное обнаружение. Теперь, воссоздав звучание стрекота 150-летнего предкузнечника, ученые надеются услышать его в природе.

11 августа
Анна Новиковская

Жизнь маленьких древесных обезьянок в тропических лесах Коста-Рики никогда не бывает простой, но все же у самок обыкновенных капуцинов есть секрет успешной жизни: иметь как можно больше подруг.

7 августа
Анна Новиковская

Историки долго мучились вопросом, почему древние римляне — те же, что сумели выстроить множество великолепных произведений архитектурного искусства, — с завидной регулярностью изготавливали странно асимметричные игральные кости, похожие на плохо слепленные детские поделки. Теперь у них есть возможный ответ на эту загадку.

9 августа
Ольга Иванова

Международная группа ученых пришла к выводу, что причиной упадка цивилизаций Ближнего Востока и Восточного Средиземноморья в бронзовом веке могли быть болезни, в том числе чума. При этом «древние» штаммы чумной палочки, вызывающей это заболевание, отличались от тех, что погубили население Европы в Средние века.

9 августа
Анна Новиковская

Долгое время никто точно не знал, спят ли пауки по ночам. Но теперь, проведя съемку детенышей прыгающих пауков, ученые смогли заметить их в состоянии, подозрительно похожем на быстрый сон птиц и млекопитающих.

2 августа
Александр Березин

Если западным странам удастся «лишить Кремль нефтяных доходов», то мир ждет геополитическое землетрясение. Только не обязательно в ту сторону, о которой вы сейчас подумали. На фоне того, что последует за «лишением», шок 1973 года может показаться детской игрой. Naked Science попробует оценить размах «потолочного катаклизма» заранее.

31 июля
Александр Березин

Саудовский принц одобрил строительство гигантского «лежачего небоскреба», который должен стать крупнейшим зданием в истории. Причем еще и самым экологичным в мире. Пресса и соцсети полны возмущенных оценок: «это антиутопия!», «проект сырой!» и тому подобным. Однако чисто технически это не так: «Зеркальную линию» на пять миллионов жителей вполне можно построить. И такое здание в самом деле будет энергоэффективным (и формально безуглеродным). Но у проекта есть другие слабые места, лежащие скорее в сфере науки, нежели техники. Naked Science попробовал разобраться в деталях.

27 июля
Алиса Гаджиева

Новое исследование показало, что появившаяся у человека способность переваривать молочный сахар никак не сказалась на распространенности потребления продуктов молочного животноводства.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий

Подтвердить?
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно

Сообщить об опечатке

Текст, который будет отправлен нашим редакторам: