Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Новый метод покажет, как РНК влияет на активность генома
Международная группа ученых, в которую входит представитель ФИЦ биотехнологии РАН, ИОГЕН и МФТИ, разработала новый, более надежный метод для изучения контактов РНК с ДНК в ядре клеток. Метод поможет определить роль РНК в регуляции работы генов.
РНК и активность генов
Статья об исследовании опубликована в Nature Communication. Работа была поддержана Российским научным фондом (РНФ). Ранее считалось, что РНК — это лишь промежуточная стадия между ДНК и белком (рисунок 1а). Но когда научный мир начал описывать работу генома, оказалось, что далеко не все участки ДНК кодируют РНК. Более того, даже те, с которых считывается РНК, не обязательно кодируют белки.
Функция большинства некодирующих РНК до сих пор неочевидна. В разных типах клеток должны работать разные гены и синтезироваться разные белки: в клетке мозга — одни, в клетке крови — другие. Это значит, что существуют факторы, которые влияют на активность генов. Теперь ученые начали понимать, что некодирующие РНК также являются одним из этих факторов.
Известно, что длинные некодирующие РНК взаимодействуют с хроматином — веществом, которое представляет собой молекулу ДНК, плотно упакованную с помощью белков (рисунок 1б). Хроматин может менять свою структуру: разворачиваться и сворачиваться, открывая гены для считывания или, наоборот, закрывая их.
Если некодирующие РНК связываются с определенными участками хроматина, они могут влиять на его структуру и таким образом регулировать активность этих участков. Чтобы понимать, как регулируется активность генов и как это влияет на специализацию клетки, необходимо знать, какие некодирующие РНК с какими участками связываются.
Как это работает
Есть несколько методов, которые позволяют определять места, где взаимодействуют РНК и хроматин. Однако из-за ряда ограничений они пропускают много взаимодействий, к тому же некоторые из них требуют для анализа большого количества материала или разрушения клетки. Авторы работы разработали новый метод, который не разрушает клетку до закрепления контактов РНК и хроматина и показывает более высокую точность, — они назвали его RADICL-seq.
В ядре клетки большинство РНК связаны с хроматином: РНК закрепляется в белках, которые связывают ДНК. Метод RADICL-seq заключается в следующем. В ядро добавляется фермент, который делает разрывы на ДНК и оставляет свободные концы, пригодные к сшивке. Также добавляется фермент, который разрушает свободные РНК и тем самым повышает точность определения контактов. Потом добавляют молекулу, у которой один конец — одноцепочечный и связывается с РНК, а второй — двухцепочечный и связывается с расположенной рядом ДНК (рисунок 2а).
Таким образом, эта молекула служит мостиком, скрепляющим РНК и ДНК. Дальше удаляют белки, достраивают вторую цепочку и получившийся ДНК-комплекс готовят к секвенированию (рисунок 2b), где определяют последовательности связанных РНК и ДНК.
Раскодировать некодирующее
Ученые проверили метод RADICL-seq в действии. По сравнению с другими методами, он показал более высокую точность определения хроматин-РНК-взаимодействий. Благодаря высокому разрешению метода авторам удалось найти новые контакты не только некодирующих, но и кодирующих РНК с хроматином, включая те, которые расположены вдали от мест, где данная РНК считывается.
Также они показали на клетках мыши, что метод подходит для изучения специфики взаимодействий в разных типах клеток. Они взяли две некодирующие РНК (одна из них, возможно, связана с шизофренией) и построили карту их взаимодействий с геномом в двух типах клеток: эмбриональных стволовых и предшественников олигодендроцитов (нейроглиальных клеток). Карты получились характерными для данных типов клеток и РНК (рисунок 3).
Исследование подтвердило важную роль длинных некодирующих РНК в регуляции участков генома, удаленных от мест считывания этих РНК. Гибкость метода RADICL-seq позволяет получить дополнительную биологическую информацию при внесении изменений в эксперимент. В частности, дает возможность обнаружить взаимодействия РНК-ДНК, не опосредованные белками хроматина.
Наличие таких контактов указывает на роль в регуляции экспрессии генов не только канонических взаимодействий (таких как РНК-ДНК двойные спирали), но и неканонических (триплексов РНК-ДНК-), а также на значение некодирующих РНК в нацеливании белковых комплексов в конкретные места генома.
«Мы планируем дальше исследовать, как РНК участвует в регуляции экспрессии генов, архитектуры хроматина и, в конечном счете, на идентичность клеток. Вполне возможно, что в будущем с помощью этих некодирующих РНК можно будет контролировать активность конкретных генов, что важно, например, для лечения различных заболеваний», — прокомментировала Юлия Медведева, заведующая группой регуляторной транскриптомики и эпигеномики ФИЦ биотехнологии РАН и заведующая лабораторией биоинформатики клеточных технологий МФТИ, руководитель проекта по гранту РНФ.
Существует несколько гипотез о том, как на самом деле древние египтяне строили свои пирамиды. Если о способах возведения монументальных сооружений и инструментах, которые использовали строители, более-менее известно, то о методах доставки блоков и их установки мнения разнятся. Команда французских архитекторов и египтологов изучила ландшафт вокруг самой древней из сохранившихся египетских пирамид — Джосера — и рассказала, как египтяне могли доставлять и поднимать камни для ее строительства.
Эпоксидные смолы известны своей прочностью, устойчивостью к химическим воздействиям и хорошими электрическими свойствами. Такие полимеры используют в качестве основы красок, покрытий, клеев и изоляционных материалов. Однако их применение ограничено высокой вязкостью. Ученые ПНИПУ синтезировали низковязкую, но прочную эпоксидную смолу. Разработка откроет новые горизонты ее использования, избавит от потребности применять разбавители и станет модификатором более высоковязких существующих смол без понижения механических характеристик. Например, клей и краска станут более устойчивыми.
В прошлом ИИ-системы выполняли определенный набор задач, а при появлении новых их нужно было переобучать. На это уходили дополнительные финансовые и вычислительные ресурсы. Открытие лаборатории исследований искусственного интеллекта T-Bank AI Research и Института AIRI меняет ситуацию. Ученые первыми в мире создали модель в области контекстного обучения (In-Context Learning), которая на нескольких примерах сама может учиться новым действиям.
Международная команда исследователей с участием ученых из НИУ ВШЭ изучила, как люди, владеющие двумя языками (билингвы), ассоциируют время с пространством. Оказалось, что и в первом, и во втором языке они связывают прошлое с левой частью пространства, а будущее — с правой. При этом чем выше уровень владения вторым языком, тем сильнее выражена эта связь.
Человек множеством способов загрязняет природу вокруг себя, преимущественно воду. В Мировой океан попадают как отходы с производств, так и тонны пластикового мусора. Все это способно отравлять жизнь морских животных, особенно редких вроде акул. Одним из малоизученных токсичных источников можно назвать наркотики, в частности кокаин. Случайное употребление этого вещества акулами раньше только предполагали, но теперь бразильские биологи нашли прямые доказательства.
На сегодня удалось подтвердить существование тысяч экзопланет, но лишь около 25 из них получилось запечатлеть напрямую. Причем из них лишь шесть объектов старше 100 миллионов лет. И вот, наконец, ученые смогли сделать снимок взрослой экзопланеты.
Необычный биологический вид, по оценке авторов новой научной работы, пригоден для заселения четвертой планеты без каких-либо предварительных условий — уже в том виде, в котором он существует сейчас. Поскольку речь идет о фотосинтетическом организме, он способен нарабатывать существенное количество кислорода. Интересно, что кандидат на терраформирование Марса сохранил жизнеспособность после месяца в жидком азоте.
Falcon 9 Block 5 впервые за три сотни запусков дал частично неудачный полет. Ракета выводила 20 спутников компании SpaceX, с 15 связь уже пропала, еще пять могут быть потеряны в ближайшее время.
Авторы нового исследования впервые показали, что круглые провалы в лунной поверхности не просто близки к многокилометровым пещерам на естественном спутнике Земли, но и располагают тоннелями, ведущими в глубину.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
ПонятноИз-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
ПонятноНаши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
ПонятноМы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
ПонятноМы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно
Комментарии