Ученые узнали, как участки ДНК помогают регулировать работу генов
Исследователи из НИУ ВШЭ и InsideOutBio с помощью машинного обучения определили местонахождение и функции зеркально закрученных структур ДНК — Z-флипонов в геномах человека и мыши. Ученые выяснили, какие участки Z-ДНК сохранялись у обоих видов в ходе эволюции, и впервые доказали, что они ускоряют процесс создания РНК-копий генов. Результаты помогут в разработке новых методов лечения генетических болезней.
Исследование опубликовано в журнале Scientific Reports. Еще со школы многие знают, как выглядит молекула ДНК: двойная спираль, напоминающая винтовую лестницу. В этой «лестнице» перекладины — пары азотистых оснований, а перила — чередующиеся цепочки из сахара и фосфатных групп. Обычно нить ДНК закручена вправо, однако существуют участки, способные временно перекручиваться влево и благодаря этому регулировать активность генов. Из-за внешней схожести с буквой Z такие участки называли Z-флипонами.
Команда исследователей Международной лаборатории биоинформатики Института искусственного интеллекта и цифровых наук факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ и компании InsideOutBio проанализировала геномы человека и мыши, чтобы предсказать местоположение Z-флипонов и определить их функцию. Для этого ученые проверяли, сохраняется ли участок Z-ДНК у разных видов в процессе эволюции: если участок не меняется, то он важен для работы и выживания организма.
Исследователи использовали ранее разработанную систему машинного обучения DeepZ. В системе учитывалась не только информация из линейной последовательности ДНК, но и данные из десятков тысяч омиксных экспериментов. Например, информация об эпигенетических метках — химических «значках» на ДНК или белках, которые помогают включать и выключать гены, не меняя саму структуру ДНК. Кроме того, ученые добавили данные об энергии перехода — энергии, необходимой для того, чтобы участок ДНК изменил свою структуру. На этих данных построили две модели машинного обучения: для человека и для мыши. После чего уже обученная модель «скользила» по всему геному и реагировала на места, где с высокой вероятностью есть участок Z-ДНК. Предсказания моделей сравнивали, а затем искали участки, которые сохраняются в геноме человека и мыши.
Исследователям удалось структурировать данные о расположении Z-флипонов в геномах мыши и человека, а также показать, в каких именно генах они находятся. Ученые доказали, что Z-флипоны — консервативные элементы, общие для разных организмов, и они сохраняются в процессе эволюции. Методом кластеризации исследователи выявили, что Z-флипоны группируются по функциям: одни участвуют в регуляции транскрипции, другие — в организации хроматина — «упаковки» ДНК внутри клетки. Это подтвердило, что омиксные признаки действительно определяют функциональный класс Z-флипонов, что важно для понимания их роли.
Также ученые впервые выяснили и статистически доказали, что Z-флипоны ускоряют инициацию транскрипции — процесс создания РНК-копий генов. Такая особенность позволяет клеткам быстрее адаптироваться к изменениям, что особенно важно для генов, участвующих в развитии нервной системы и других жизненно важных процессов.
«Чтобы сделать копию гена, РНК-полимераза должна прикрепиться к определенному участку ДНК и создать РНК-копию. Если копий нужно много, на участок одновременно садятся несколько “ксерокс-машинок”. Однако механизм здесь немного другой: вместо одной страницы, которая многократно копируется, есть одна “книжка” — последовательность ДНК. По “книжке” запускаются маленькие “ксерокс-машинки”, каждая из которых двигается вдоль ДНК и создает копию. Чтобы получить больше копий, важно, чтобы новые “машинки” садились сразу после того, как предыдущие завершат работу. Частота, с которой запускаются новые копии, и называется скоростью инициации транскрипции», — объясняет один из авторов статьи, заведующая Международной лабораторией биоинформатики факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ Мария Попцова.
Команда Международной лаборатории биоинформатики разработала сайт, где размещаются алгоритмы для анализа данных, основанные на машинном обучении, а также полногеномные аннотации — подробная информация о функциональных элементах генома.
Telegram 
Дзен 
VK Способность договариваться с сородичами, будь то танец пчел или предупреждающий крик примата, хорошо изучена. Но то, как животные координируют действия с представителями других видов, долго оставалось загадкой. Международная группа ученых собрала воедино все известные случаи такой межвидовой коммуникации и выяснила, что во время эволюции выработался гибкий язык сигналов.
В центре Млечного Пути обнаружили настоящий «ископаемый» фрагмент ранней Галактики. Данные космических телескопов «Джеймс Уэбб» и «Хаббл» показали, что скопление Терзан 5 пережило несколько вспышек звездообразования почти за всю свою историю, сохранив следы процессов, которые могли участвовать в формировании галактического центра.
Канадские исследователи установили, что регулярный прием добавок кальция, витамина D или их комбинации практически не снижает риск переломов и падений у большинства пожилых людей. Врачи, профессиональные ассоциации и официальные руководства по всему миру продолжают массово назначать эти препараты для защиты скелета, а объемы их выписки в последние годы только росли.
Биологи впервые составили глобальную цифровую карту подземных микоризных сетей (грибных систем, связывающих корни растений) нашей планеты. Выяснилось, что общая протяженность этих невидимых нитей составляет около 110 квадриллионов километров — эквивалентно одной десятой части звездного диска Млечного Пути. Эти скрытые структуры играют фундаментальную роль в поддержании наземных экосистем и глобальной регуляции климата.
Согласно американским СМИ, небольшая часть модуля МКС «Звезда» больше не будет использоваться космонавтами. Причиной якобы стала невозможность ликвидировать утечки воздуха в ней, несмотря на попытки, предпринятые «Роскосмосом» 5 июня 2026 года.
Биологи доказали, что способность млекопитающих восстанавливать утраченные конечности и их части не исчезла в ходе эволюции, а просто заблокирована на генетическом уровне. Во время экспериментов на животных авторы работы успешно вырастили заново кости, суставы, связки и сухожилия, которые обычно не восстанавливаются после ампутации.
Хотя длительность помех не превышала десяти секунд, это первый известный случай такого рода. Обычно спутникам не хватает мощности для создания радиосигналов той силы, что нужна для подобных помех.
В доколумбовых Андах принадлежность к правящему роду определяла доступ к земле, торговле и статусу, поэтому удержать все внутри семьи было вопросом выживания. Ученые выяснили, что элиты долины Чинча решали эту задачу самым прямым способом — заключая браки между родственниками на протяжении как минимум двух поколений.
Вначале Reuters опубликовал статью о взаимоотношениях SpaceX и Пентагона, которую миллиардер --- традиционно для его отношений с этим изданием — назвал фейком. Опровергая ее тезисы, он обнародовал информацию, не представленную ранее публично.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно