Уведомления
Авторизуйтесь или зарегистрируйтесь, чтобы оценивать материалы, создавать записи и писать комментарии.
Авторизуясь, вы соглашаетесь с правилами пользования сайтом и даете согласие на обработку персональных данных.
Ученые узнали, как участки ДНК помогают регулировать работу генов
Исследователи из НИУ ВШЭ и InsideOutBio с помощью машинного обучения определили местонахождение и функции зеркально закрученных структур ДНК — Z-флипонов в геномах человека и мыши. Ученые выяснили, какие участки Z-ДНК сохранялись у обоих видов в ходе эволюции, и впервые доказали, что они ускоряют процесс создания РНК-копий генов. Результаты помогут в разработке новых методов лечения генетических болезней.
Исследование опубликовано в журнале Scientific Reports. Еще со школы многие знают, как выглядит молекула ДНК: двойная спираль, напоминающая винтовую лестницу. В этой «лестнице» перекладины — пары азотистых оснований, а перила — чередующиеся цепочки из сахара и фосфатных групп. Обычно нить ДНК закручена вправо, однако существуют участки, способные временно перекручиваться влево и благодаря этому регулировать активность генов. Из-за внешней схожести с буквой Z такие участки называли Z-флипонами.
Команда исследователей Международной лаборатории биоинформатики Института искусственного интеллекта и цифровых наук факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ и компании InsideOutBio проанализировала геномы человека и мыши, чтобы предсказать местоположение Z-флипонов и определить их функцию. Для этого ученые проверяли, сохраняется ли участок Z-ДНК у разных видов в процессе эволюции: если участок не меняется, то он важен для работы и выживания организма.
Исследователи использовали ранее разработанную систему машинного обучения DeepZ. В системе учитывалась не только информация из линейной последовательности ДНК, но и данные из десятков тысяч омиксных экспериментов. Например, информация об эпигенетических метках — химических «значках» на ДНК или белках, которые помогают включать и выключать гены, не меняя саму структуру ДНК. Кроме того, ученые добавили данные об энергии перехода — энергии, необходимой для того, чтобы участок ДНК изменил свою структуру. На этих данных построили две модели машинного обучения: для человека и для мыши. После чего уже обученная модель «скользила» по всему геному и реагировала на места, где с высокой вероятностью есть участок Z-ДНК. Предсказания моделей сравнивали, а затем искали участки, которые сохраняются в геноме человека и мыши.
Исследователям удалось структурировать данные о расположении Z-флипонов в геномах мыши и человека, а также показать, в каких именно генах они находятся. Ученые доказали, что Z-флипоны — консервативные элементы, общие для разных организмов, и они сохраняются в процессе эволюции. Методом кластеризации исследователи выявили, что Z-флипоны группируются по функциям: одни участвуют в регуляции транскрипции, другие — в организации хроматина — «упаковки» ДНК внутри клетки. Это подтвердило, что омиксные признаки действительно определяют функциональный класс Z-флипонов, что важно для понимания их роли.
Также ученые впервые выяснили и статистически доказали, что Z-флипоны ускоряют инициацию транскрипции — процесс создания РНК-копий генов. Такая особенность позволяет клеткам быстрее адаптироваться к изменениям, что особенно важно для генов, участвующих в развитии нервной системы и других жизненно важных процессов.
«Чтобы сделать копию гена, РНК-полимераза должна прикрепиться к определенному участку ДНК и создать РНК-копию. Если копий нужно много, на участок одновременно садятся несколько “ксерокс-машинок”. Однако механизм здесь немного другой: вместо одной страницы, которая многократно копируется, есть одна “книжка” — последовательность ДНК. По “книжке” запускаются маленькие “ксерокс-машинки”, каждая из которых двигается вдоль ДНК и создает копию. Чтобы получить больше копий, важно, чтобы новые “машинки” садились сразу после того, как предыдущие завершат работу. Частота, с которой запускаются новые копии, и называется скоростью инициации транскрипции», — объясняет один из авторов статьи, заведующая Международной лабораторией биоинформатики факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ Мария Попцова.
Команда Международной лаборатории биоинформатики разработала сайт, где размещаются алгоритмы для анализа данных, основанные на машинном обучении, а также полногеномные аннотации — подробная информация о функциональных элементах генома.
Telegram 
Дзен 
VK Космическое одиночество человечества может оказаться естественным статистическим законом Вселенной: новая математическая модель показала, что вероятность возникновения сразу нескольких разумных цивилизаций крайне мала.
В последние годы содержание кошек дома без возможности свободного выгула все чаще преподносят как идеальную модель, которая ограждает дикую фауну от нападений и обеспечивает благополучие самих питомцев. Подобные утверждения в разных частях мира звучат от некоторых защитников природы и представителей властей. Однако группа ветеринаров из Австралии и Дании недавно раскритиковала такой подход. Ученые не спорят с тем, что кошки влияют на уязвимые экосистемы и что ограничение их свободы — действенная мера по смягчению этого эффекта. Тем не менее исследователи настаивают, что жизнь в изоляции для питомцев совсем не благо. Заявляющие обратное как минимум ошибаются, а в худшем случае намеренно вводят общественность в заблуждение.
Программирование, то есть умение создавать компьютерные программы, сегодня уже не просто профессия, а инструмент развития, творчества и влияния в современном обществе. Но что происходит в человеческом мозге, когда он осваивает этот важнейший навык? Изучить вопрос взялись исследователи из Университета Джонса Хопкинса (США).
Проанализировав данные наблюдений, полученных с помощью наземных обсерваторий за последние два десятилетия, астрономы обнаружили потенциально обитаемый мир — суперземлю Gliese 251 c (GJ 251 с). Планета обращается вокруг красного карлика на расстоянии около 18 световых лет от Земли и считается одним из самых перспективных кандидатов для поисков жизни.
В современном доме, насыщенном разнообразной техникой, удлинители стали незаменимым атрибутом, позволяющим обеспечить электропитанием все необходимые устройства. Однако мало кто задумывается, что привычное использование этого аксессуара может нести серьезную угрозу безопасности. По статистике, значительная часть бытовых пожаров происходит из-за неправильной эксплуатации электропроводки и вспомогательных устройств. Какие приборы категорически нельзя подключать через удлинители и почему это может привести к трагическим последствиям, рассказывает профессор кафедры наноэлектроники РТУ МИРЭА, доктор физико-математических наук Алексей Юрасов.
Исследователи объяснили, как цивилизация майя добивалась высокой точности в предсказании солнечных затмений на протяжении столетий. Для коррекции накапливающихся астрономических неточностей они использовали сложную систему пересекающихся календарных таблиц.
Проанализировав данные наблюдений, полученных с помощью наземных обсерваторий за последние два десятилетия, астрономы обнаружили потенциально обитаемый мир — суперземлю Gliese 251 c (GJ 251 с). Планета обращается вокруг красного карлика на расстоянии около 18 световых лет от Земли и считается одним из самых перспективных кандидатов для поисков жизни.
В современном доме, насыщенном разнообразной техникой, удлинители стали незаменимым атрибутом, позволяющим обеспечить электропитанием все необходимые устройства. Однако мало кто задумывается, что привычное использование этого аксессуара может нести серьезную угрозу безопасности. По статистике, значительная часть бытовых пожаров происходит из-за неправильной эксплуатации электропроводки и вспомогательных устройств. Какие приборы категорически нельзя подключать через удлинители и почему это может привести к трагическим последствиям, рассказывает профессор кафедры наноэлектроники РТУ МИРЭА, доктор физико-математических наук Алексей Юрасов.
Согласно новой гипотезе, сознание возникает не только из-за активности нейронов, но и благодаря физическим процессам — электромагнитным полям от движения жидкости в мозге. Эта модель, как и ее предшественники, пока носит теоретический характер, но предлагает нестандартный взгляд на проблему синхронизации работы разных отделов мозга.
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно