Ученые узнали, как участки ДНК помогают регулировать работу генов
Исследователи из НИУ ВШЭ и InsideOutBio с помощью машинного обучения определили местонахождение и функции зеркально закрученных структур ДНК — Z-флипонов в геномах человека и мыши. Ученые выяснили, какие участки Z-ДНК сохранялись у обоих видов в ходе эволюции, и впервые доказали, что они ускоряют процесс создания РНК-копий генов. Результаты помогут в разработке новых методов лечения генетических болезней.
Исследование опубликовано в журнале Scientific Reports. Еще со школы многие знают, как выглядит молекула ДНК: двойная спираль, напоминающая винтовую лестницу. В этой «лестнице» перекладины — пары азотистых оснований, а перила — чередующиеся цепочки из сахара и фосфатных групп. Обычно нить ДНК закручена вправо, однако существуют участки, способные временно перекручиваться влево и благодаря этому регулировать активность генов. Из-за внешней схожести с буквой Z такие участки называли Z-флипонами.
Команда исследователей Международной лаборатории биоинформатики Института искусственного интеллекта и цифровых наук факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ и компании InsideOutBio проанализировала геномы человека и мыши, чтобы предсказать местоположение Z-флипонов и определить их функцию. Для этого ученые проверяли, сохраняется ли участок Z-ДНК у разных видов в процессе эволюции: если участок не меняется, то он важен для работы и выживания организма.
Исследователи использовали ранее разработанную систему машинного обучения DeepZ. В системе учитывалась не только информация из линейной последовательности ДНК, но и данные из десятков тысяч омиксных экспериментов. Например, информация об эпигенетических метках — химических «значках» на ДНК или белках, которые помогают включать и выключать гены, не меняя саму структуру ДНК. Кроме того, ученые добавили данные об энергии перехода — энергии, необходимой для того, чтобы участок ДНК изменил свою структуру. На этих данных построили две модели машинного обучения: для человека и для мыши. После чего уже обученная модель «скользила» по всему геному и реагировала на места, где с высокой вероятностью есть участок Z-ДНК. Предсказания моделей сравнивали, а затем искали участки, которые сохраняются в геноме человека и мыши.
Исследователям удалось структурировать данные о расположении Z-флипонов в геномах мыши и человека, а также показать, в каких именно генах они находятся. Ученые доказали, что Z-флипоны — консервативные элементы, общие для разных организмов, и они сохраняются в процессе эволюции. Методом кластеризации исследователи выявили, что Z-флипоны группируются по функциям: одни участвуют в регуляции транскрипции, другие — в организации хроматина — «упаковки» ДНК внутри клетки. Это подтвердило, что омиксные признаки действительно определяют функциональный класс Z-флипонов, что важно для понимания их роли.
Также ученые впервые выяснили и статистически доказали, что Z-флипоны ускоряют инициацию транскрипции — процесс создания РНК-копий генов. Такая особенность позволяет клеткам быстрее адаптироваться к изменениям, что особенно важно для генов, участвующих в развитии нервной системы и других жизненно важных процессов.
«Чтобы сделать копию гена, РНК-полимераза должна прикрепиться к определенному участку ДНК и создать РНК-копию. Если копий нужно много, на участок одновременно садятся несколько “ксерокс-машинок”. Однако механизм здесь немного другой: вместо одной страницы, которая многократно копируется, есть одна “книжка” — последовательность ДНК. По “книжке” запускаются маленькие “ксерокс-машинки”, каждая из которых двигается вдоль ДНК и создает копию. Чтобы получить больше копий, важно, чтобы новые “машинки” садились сразу после того, как предыдущие завершат работу. Частота, с которой запускаются новые копии, и называется скоростью инициации транскрипции», — объясняет один из авторов статьи, заведующая Международной лабораторией биоинформатики факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ Мария Попцова.
Команда Международной лаборатории биоинформатики разработала сайт, где размещаются алгоритмы для анализа данных, основанные на машинном обучении, а также полногеномные аннотации — подробная информация о функциональных элементах генома.
Telegram 
Дзен 
VK У любителей кофе выявили расхождение в уровнях тестостерона: одна форма этого гормона повышалась вместе с количеством выпитого, а другая, напротив, снижалась. Результат оказался особенно интересным на фоне изменений других показателей, связанных с обменом веществ и здоровьем сердца.
В черепах участников битв эпохи Средневековья часто находят отверстия квадратной формы, о происхождении которых спорят специалисты. Авторы нового исследования пришли к выводу, что такое повреждение — следствие смертельного удара по голове палицей.
Анализ почти 69 тысяч видов насекомых помог опровергнуть главенствующую теорию эволюции, которая полвека объясняла устройство колоний пчел, муравьев и ос. Исследователи выяснили, что общепринятый генетический фактор сам по себе не приводит к разделению труда, а настоящий секрет их коллективного выживания кроется в совсем других биологических чертах.
В черепах участников битв эпохи Средневековья часто находят отверстия квадратной формы, о происхождении которых спорят специалисты. Авторы нового исследования пришли к выводу, что такое повреждение — следствие смертельного удара по голове палицей.
У любителей кофе выявили расхождение в уровнях тестостерона: одна форма этого гормона повышалась вместе с количеством выпитого, а другая, напротив, снижалась. Результат оказался особенно интересным на фоне изменений других показателей, связанных с обменом веществ и здоровьем сердца.
Защитный жилет, протестированный в ходе миссии «Артемида I», реально защитил от космической радиации
Специальный пластиковый жилет смог существенно снизить дозу радиации, полученную манекеном во время тестового полета корабля Orion к Луне. По уровню защиты жилет не уступил специальному противорадиационному убежищу внутри корабля. В будущем такая экипировка позволит защищать астронавтов от солнечных вспышек во время полетов на Луну и Марс, минимально сковывая их работу.
Долгое время считалось, что до прихода европейцев тропические леса Амазонии были заселены сравнительно плохо. Однако выяснилось, что плотная растительность скрывает большинство следов древних обществ. С помощью воздушного лазерного сканирования ученые обнаружили сотни неизвестных земляных сооружений и предположили, что около двух тысяч лет назад население юго-западной части Амазонии могло достигать трех миллионов человек.
Американская компания Firebird официально запустила в городе Раздан крупный центр обработки данных и фабрику искусственного интеллекта. На сегодняшний день это самый масштабный технологический хаб подобного уровня в СНГ, а после завершения всех этапов строительства он войдет в пятерку самых мощных вычислительных кластеров в мире.
Очереди на заправках стали привычным явлением в России, а на фоне информационного вакуума от властей о конкретных показателях производства бензина в июне население вынуждено ориентироваться на слухи. Все это выглядит довольно странно, но есть нюанс: скорее всего, кризис уже начинает выдыхаться. Как именно мы это выяснили?
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно