• Добавить в закладки
  • Facebook
  • Twitter
  • Telegram
  • VK
  • Печать
  • Email
  • Скопировать ссылку
05.05.2022
Сколтех
1 245

В Сколтехе выявили роль случая в возникновении бактерий, устойчивых к антибиотикам

4.7

Исследователи из лаборатории Константина Северинова описали роль случайности в процессе приобретения и поддержании клетками бактерий небольших молекул ДНК, называемых плазмидами. Находящиеся на плазмидах гены делают бактерии устойчивыми к антибиотикам, и для борьбы с этим опасным явлением необходимо учитывать выявленные в исследовании закономерности.

В Сколтехе выявили роль случая в возникновении бактерий, устойчивых к антибиотикам / ©Getty images / Автор: Ирина Мельникова

Работа опубликована в PNAS. Плазмиды — небольшие кольцевые молекулы ДНК. Попав в бактериальную клетку, они используют ее ресурсы для того, чтобы воспроизводить самих себя и передаваться в дочерние клетки. Клетки способны бороться с плазмидами с помощью защитных систем CRISPR-Cas.

Название CRISPR-Cas отражает два ключевых компонента системы. CRISPR — своего рода база образцов чужеродной ДНК, с которой ранее сталкивалась бактерия. Они используются для распознавания повторно вторгающихся в клетку вирусов-бактериофагов или плазмид. Затем такую чужеродную ДНК уничтожают белки Cas.

Прежде считалось: будучи узнанными системой CRISPR-Cas, плазмиды либо очень быстро уничтожаются, либо изменяют (мутируют) свою ДНК, так что она становится незаметной для CRISPR-Cas. То есть выдерживать прямую конфронтацию с CRISPR-Cas плазмиды не могут.

«Мы доказали, что это не всегда так, — рассказывает первый автор исследования, аспирант Сколтеха Виктор Мамонтов. — Дело в том, что CRISPR-Cas может устранять конечное число молекул плазмиды в единицу времени. Поскольку плазмидная ДНК постоянно копируется, для каждой пары „плазмида — нацеленная на нее система CRISPR-Cas“ существует такая точка, в которой скорости этих двух разнонаправленных процессов уравновешивают друг друга. Если такое равновесие установится, то плазмида может закрепиться в клетках и без накопления дополнительных мутаций».

В верхнем ряду — динамика образования колонии, возникающей из одной клетки кишечной палочки. Исходная клетка содержит плазмиду, против которой действует CRISPR-Cas. Клетки, окрашенные зелёным красителем, имеют плазмиду; остальные её потеряли под действием CRISPR-Cas / ©Виктор Мамонтов и другие / PNAS

Математическое моделирование показало, что небольшой процент клеток, захвативших плазмиду, самопроизвольно приходит в положение равновесия с CRISPR-Cas по воле случая. Мамонтов поясняет: «Хотя при попадании одиночной плазмиды в клетку у нее крайне мало шансов уклониться от защиты CRISPR-Cas, если ей „повезет“, она может успеть размножиться до того, как Cas-белки ее уничтожат. Это не только создает возможность устойчивого существования плазмид в клетках с противодействующей им системой CRISPR-Cas, но и дает дополнительные возможности для возникновения случайных защитных мутаций в плазмидной ДНК, которые полностью выведут ее из-под действия CRISPR-Cas».

«Если перейти от борьбы плазмид за выживание внутри отдельно взятой клетки на уровень клеточной популяции — например, колонии клеток, выросшей на чашке Петри — то здесь нам тоже удалось сделать неожиданное наблюдение, — говорит Мамонтов. — Можно было бы предположить, что в колонии, выросшей на питательной среде с антибиотиком, все клетки будут содержать плазмиды с генами устойчивости к антибиотику, несмотря на противодействие системы CRISPR-Cas.

Оказалось, что это не так: большинство клеток вообще не имеет плазмид и существует в присутствии антибиотика за счет очень немногих клеток, которые достигли устойчивого равновесия между плазмидами и CRISPR-Cas. Именно эти редкие клетки позволяют остальным выжить в присутствии антибиотика».

«По всей видимости, устойчивые к антибиотику клетки помогают остальным, создавая вокруг себя безопасное пространство. И небольшой доли клеток с плазмидами оказывается достаточно на всю популяцию», — говорит Мамонтов. По словам ученых, способность плазмид случайно обходить защитное действие CRISPR-Cas и достигать положения равновесия делает бактериальную популяцию более стабильной, повышая ее разнообразие. Отдельные клетки могут нести ненужную в текущих условиях плазмиду, которая при изменении условий может оказаться полезной и даже спасти популяцию от вымирания.

Предложенная авторами модель включает в себя указанные выше особенности распространения плазмид как в отдельной клетке, так и в клеточной популяции и позволит разрабатывать методы удаления плазмид устойчивости к антибиотикам из клеток патогенных бактерий. Ученые в разных странах стремятся приспособить для этой цели системы CRISPR-Cas: по задумке они смогут лишать особо опасные резистентные бактерии плазмид с генами устойчивости к антибиотикам. Без понимания тонкостей взаимодействия CRISPR-Cas и плазмид создать такие инструменты не получится. 

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl + Enter.
Сколковский институт науки и технологий — негосударственный технологический университет, расположенный в инновационном центре Сколково. Институт был создан в 2011 году при поддержке Массачусетского технологического института. Модель института предусматривает тесную интеграцию технологического образования, исследовательской работы и предпринимательских навыков. Институт ведёт обучение по программам магистратуры и PhD, рабочий язык — английский.
Подписывайтесь на нас в Telegram, Яндекс.Новостях и VK
Предстоящие мероприятия
Позавчера, 13:18
Татьяна

Два ключевых события сыграли решающую роль в формировании генетического профиля современных европейских народов. Первое связано с приходом ранних фермеров из Анатолии примерно восемь тысяч лет назад, второе — масштабная миграция на запад носителей ямной степной культуры, начавшаяся пять тысяч лет назад. Однако ученые видят множество отличий от общей картины в разных регионах. В новой работе они проанализировали ДНК древних жителей самого северо-запада Европы и обнаружили более тесную связь с охотниками-собирателями, чем где бы то ни было.

Позавчера, 07:50
Игорь Байдов

В архивах английского поместья столетиями пылилась ничем не примечательная книга учета XVI века. Никто не подозревал, что внутри ее переплета скрываются фрагменты пергамента с историями, которые переписывали монахи семь веков назад. Тайна раскрылась, когда архивариус заметил странные символы на обложке. Так началось расследование, объединившее разных ученых. Исследователи три года пытались прочитать текст, не прикасаясь к нему. Теперь они представили результат своего труда — мир получил два ранее неизвестных эпизода о волшебнике Мерлине, короле Артуре и рыцаре Гавейне.

Позавчера, 17:18
Редакция Naked Science

В 2023 году руководство особой экономической зоны «Алабуга» представило план развития до 2048-го: он предполагает освоение космического пространства.

27 марта
Сколтех

Ученые из Сколтеха исследовали разнообразие молекул, которые могут образовываться из атомов кислорода и углерода. Помимо широко известных углекислого и угарного газов, моделирование обнаружило две сотни экзотических, но относительно стабильных соединений этих двух элементов, многие из которых не были описаны ранее. Этот класс веществ представляет интерес для исследований космоса, аккумуляторных технологий, биохимии и — неожиданным образом — для разработки промышленной взрывчатки и ракетного топлива. Как оказалось, некоторые из открытых веществ при распаде будут высвобождать более 75 процентов взрывной энергии тротила.

Позавчера, 13:18
Татьяна

Два ключевых события сыграли решающую роль в формировании генетического профиля современных европейских народов. Первое связано с приходом ранних фермеров из Анатолии примерно восемь тысяч лет назад, второе — масштабная миграция на запад носителей ямной степной культуры, начавшаяся пять тысяч лет назад. Однако ученые видят множество отличий от общей картины в разных регионах. В новой работе они проанализировали ДНК древних жителей самого северо-запада Европы и обнаружили более тесную связь с охотниками-собирателями, чем где бы то ни было.

Позавчера, 07:50
Игорь Байдов

В архивах английского поместья столетиями пылилась ничем не примечательная книга учета XVI века. Никто не подозревал, что внутри ее переплета скрываются фрагменты пергамента с историями, которые переписывали монахи семь веков назад. Тайна раскрылась, когда архивариус заметил странные символы на обложке. Так началось расследование, объединившее разных ученых. Исследователи три года пытались прочитать текст, не прикасаясь к нему. Теперь они представили результат своего труда — мир получил два ранее неизвестных эпизода о волшебнике Мерлине, короле Артуре и рыцаре Гавейне.

6 марта
Юлия Трепалина

В двойственных, или обратимых, изображениях зритель может увидеть разные объекты в зависимости от того, на каких деталях концентрируется его внимание. Среди известных примеров таких рисунков — иллюзия «кролик-утка», сочетающая двух животных, и обратимая ваза (или ваза Рубина), которая может казаться двумя силуэтами лиц, если сосредоточиться на фоне. В соцсетях и популярных СМИ часто публикуют подобные картинки, утверждая, что по тому, какое изображение человек видит в первую очередь, можно судить о его личностных чертах и особенностях мышления. Двое психологов из Великобритании недавно проверили, так ли это на самом деле.

15 марта
Юлия Трепалина

Когда пара расстается, многие люди продолжают испытывать чувства к своим бывшим. Если разрыв произошел по инициативе другой стороны и отношения длились много лет, полностью «забыть» еще недавно близкого человека может быть непросто. Существует мнение, что и после расставания привязанность к экс-партнерам в какой-то мере сохраняется. Впрочем, согласно другой точке зрения, со временем эта эмоциональная связь ослабевает и утрачивается. Разобраться, как происходит на самом деле и сколько времени может потребоваться на полный эмоциональный разрыв с бывшими возлюбленными, взялись психологи из Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне (США).

18 марта
Илья

Масштабный анализ геномов показал, что вид Homo sapiens возник в результате смешения двух древних популяций. Они разделились полтора миллиона лет назад, а затем воссоединились до расселения по миру.

[miniorange_social_login]

Комментарии

Написать комментарий
Подтвердить?
Подтвердить?
Причина отклонения
Подтвердить?
Не получилось опубликовать!

Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.

Понятно
Жалоба отправлена

Мы обязательно проверим комментарий и
при необходимости примем меры.

Спасибо
Аккаунт заблокирован!

Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.

Понятно
Что-то пошло не так!

Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.

Понятно
Лучшие материалы
Войти
Регистрируясь, вы соглашаетесь с правилами использования сайта и даете согласие на обработку персональных данных.
Ваша заявка получена

Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно
Ваше сообщение получено

Мы скоро прочитаем его и свяжемся с Вами по указанной почте. Спасибо за интерес к проекту.

Понятно