В НИУ ВШЭ разобрались в плюсах и минусах open-source GPU-технологий для суперкомпьютеров
Исследователи Международной лаборатории суперкомпьютерного атомистического моделирования и многомасштабного анализа НИУ ВШЭ, ОИВТ РАН и МФТИ сравнили работу популярных программ молекулярного моделирования на GPU-ускорителях AMD и Nvidia. Ученые впервые перенесли LAMMPS на новую open-source GPU-технологию AMD HIP. В этой развивающейся технологии увидели большие перспективы, поскольку она позволяет эффективно использовать единый код и на ускорителях Nvidia, и на новых GPU компании AMD.
В опубликованной работе в журнале International Journal of High Performance Computing Applications ученые впервые перенесли LAMMPS на новую open-source GPU-технологию AMD HIP. Исследователи провели детальный анализ производительности трех программ для молекулярного моделирования LAMMPS, Gromacs и OpenMM на GPU-ускорителях Nvidia и AMD с сопоставимыми пиковыми характеристиками.
Для тестов ученые использовали модели белка ApoA1 — Аполипопротеин A1 — аполипопротеин плазмы крови, основной белок носителя «хорошего холестерина». Выяснилось, что на производительность научных расчетов влияют не только характеристики аппаратного обеспечения, но и программное окружение. Оказалось, что недостаточно эффективная работа драйверов AMD в сложных сценариях параллельного запуска вычислительных ядер может вносить значительные задержки. Open-source решения имеют пока свои минусы.
В опубликованной работе ученые впервые перенесли LAMMPS на новую open-source GPU-технологию AMD HIP. В этой развивающейся технологии увидели большие перспективы, поскольку она позволяет эффективно использовать единый код и на ускорителях Nvidia, и на новых GPU компании AMD. Разработанная модификация LAMMPS опубликована под открытой лицензией и доступна в официальном репозитории – пользователи по всему миру могут использовать эту разработку для ускорения своих расчетов.
«Мы провели детальный анализ и сравнение подсистем памяти GPU-ускорителей архитектур Nvidia Volta и AMD Vega20. Я обнаружил разницу в логике параллельного запуска GPU ядер и продемонстрировал ее с помощью визуализации профилей программы. И пропускная способность, и задержки иерархии внутренней памяти GPU-ускорителя, и эффективное параллельное выполнение GPU-ядер — все это оказывает очень большое влияние на реальную производительность GPU-программ», — говорит один из авторов статьи, аспирант НИУ ВШЭ Всеволод Никольский. По мнению авторов статьи, участие в этой технологической гонке титанов современной микроэлектроники демонстрирует очевидную тенденцию к увеличению разнообразия технологий GPU-ускорителей.
«С одной стороны, это позитивный для конечных пользователей факт, стимулирующий конкуренцию, повышение эффективности и снижение стоимости суперкомпьютеров. С другой стороны, сложность разработки эффективных программ для гибридных вычислительных систем еще больше усилится в результате необходимости учитывать наличие нескольких различных типов GPU-архитектур и технологий программирования, — комментирует профессор ВШЭ Владимир Стегайлов.
— Даже поддержка переносимости программ для обычных процессоров на различных архитектурах (x86, Arm, POWER) часто оказывается нетривиальной. Переносимость программ между различными GPU-платформами – вопрос намного более сложный. Open-source парадигма устраняет многие барьеры и помогает разработчикам больших и сложных суперкомпьютерных программ».
В 2020 году усилился дефицит на рынке графических ускорителей. Хорошо известны популярные области их использования: майнинг криптовалют и задачи машинного обучения. Однако GPU-ускорители нужны и в науке для математического моделирования новых материалов и биологических молекул. «Создание мощных суперкомпьютеров и разработка быстрых и эффективных программ — это подготовка инструментов для решения сложнейших общемировых вызовов, таких как пандемия COVID-19. Вычислительные инструменты для молекулярного моделирования используются сегодня во всем мире для поиска путей борьбы с этим вирусом», — говорит один из авторов статьи, научный сотрудник НИУ ВШЭ Николай Кондратюк.
Важнейшие программы для математического моделирования разрабатываются международными коллективами и учеными из десятков организаций. Разработка ведется с открытым исходным кодом и под свободными лицензиями. Конкуренция двух титанов современной микроэлектроники Nvidia и AMD привела к появлению новой open-source инфраструктуры AMD ROCm для программирования GPU-ускорителей.
Открытость платформы позволяет надеяться на максимальную переносимость кодов, разработанных с ее использованием, на суперкомпьютеры самых разных типов. Подобная стратегия AMD отличается от похода компании Nvidia, чья технология CUDA является закрытым стандартом.
Отклик научного сообщества не заставил себя ждать. Близятся к завершению проекты создания новых крупнейших суперкомпьютеров, использующих GPU-ускорители AMD. Полным ходом идет строительство суперкомпьютера Lumi в Финляндии с производительностью 0.5 экзафлопс (что эквивалентно, например, суммарной производительности полутора миллионов ноутбуков). В этом же году в США появится в полтора раза более мощный суперкомпьютер Frontier (1,5 экзафлопс), а в 2023 году — еще более мощный El Capitan (2 экзафлопс).
Telegram 
Дзен 
VK Правильно подобранные звуковые последовательности способны не только стимулировать рост растений, но и влиять на их урожайность. К такому выводу пришли авторы нового исследования. Они разработали технологию, которая позволяет воздействовать на процессы развития растений через акустические сигналы без использования генной инженерии или химикатов. В экспериментах добились повышения урожайности мяты, сои, болгарского перца и конопли.
Формально почти вся программа тринадцатого полета самой большой ракеты в истории выполнена. Однако испытания показали неполную отлаженность ключевого элемента системы. SpaceX оказывается в ситуации действительно плотных сроков: до намеченного возвращения людей на Луну всего два года и два месяца.
Сегодня на земле существует примерно 7500 языков, однако ученые давно подозревали, что в прошлом их было значительно больше. Международная группа лингвистов реконструировала историю языкового разнообразия за последние 12 тысяч лет и пришла к выводу, что человечество уже пережило «золотой век» языков, после которого их число начало быстро сокращаться.
Коллектив российских ученых из Института океанологии имени П. П. Ширшова РАН и МФТИ впервые детально описал синоптическую изменчивость плюма реки Печоры, который формируется в юго-восточной части Баренцева моря, называемой Печорским морем. Исследование показало, что эта опресненная водная масса способна резко разрастаться до площади 55 тысяч квадратных километров (более 60 процентов всего Печорского моря) не только во время весеннего половодья, когда речной сток максимален, но и в любой месяц лета, при условии что на нее воздействует ветер подходящего направления и скорости. Более того, ученые зафиксировали два редких, но регулярных явления: «линзы» пресной воды, отсоединившиеся от основного плюма, которые дрейфуют на сотни километров к Новой Земле, и частые затоки печорских вод в Карское море через пролив Карские Ворота.
Российские ученые разработали защитное покрытие для биорезорбируемых магниевых сплавов, которое позволяет замедлить коррозию материала и существенно уменьшить образование газа при его растворении в биологической среде.
Правильно подобранные звуковые последовательности способны не только стимулировать рост растений, но и влиять на их урожайность. К такому выводу пришли авторы нового исследования. Они разработали технологию, которая позволяет воздействовать на процессы развития растений через акустические сигналы без использования генной инженерии или химикатов. В экспериментах добились повышения урожайности мяты, сои, болгарского перца и конопли.
Видеосервисы стали неотъемлемой частью жизни россиян. В 2026 году охваты большинства платформ продолжают расти, в том числе YouTube.
Древнеримские инженеры проложили колоссальную сеть дорог через Европу, Северную Африку и Ближний Восток, многие участки которой до сих пор поражают безупречной прямолинейностью. Секрет строительства заключался в использовании трех особых геодезических инструментов, с помощью которых разбивали местность на ровные отрезки и размечали трассы.
Очереди на заправках стали привычным явлением в России, а на фоне информационного вакуума от властей о конкретных показателях производства бензина в июне население вынуждено ориентироваться на слухи. Все это выглядит довольно странно, но есть нюанс: скорее всего, кризис уже начинает выдыхаться. Как именно мы это выяснили?
Вы попытались написать запрещенную фразу или вас забанили за частые нарушения.
Понятно
Что-то в вашем комментарии показалось подозрительным, поэтому перед публикацией он пройдет модерацию.
Понятно
Из-за нарушений правил сайта на ваш аккаунт были наложены ограничения. Если это ошибка, напишите нам.
Понятно
Наши фильтры обнаружили в ваших действиях признаки накрутки. Отдохните немного и вернитесь к нам позже.
Понятно
Мы скоро изучим заявку и свяжемся с Вами по указанной почте в случае положительного исхода. Спасибо за интерес к проекту.
Понятно